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但是，武则天却与魏元忠生了尖锐的矛盾，弄得无法调和。原因是魏元忠对她宠“二张”不予原谅。他见武则天宠幸小人，心里憋奴在街上闹事，便带着手下赶过去，下令把那人当场打死。接着，武则天内定张易之的兄弟、歧州刺史张昌期为雍州长史。在朝廷上征求宰相们意见，众宰相都表示同意，魏元忠却说：“张昌期不堪为长史”女皇问他原因，他回答：“张昌期不懂政事，以前任职歧州，户口都逃亡殆尽。雍州是京畿地区，事务重大，薛季昶精明强干，应当由他担任。”女皇见他说的有道理，也就同意了。而且，还重用了他推荐的薛季昶，让他做右御史台谏议大夫，充山东道防御大使，节制幽、沧、瀛、定、桓等州诸军，以防突厥，说明女皇帝对他信任的程度很深。而魏元忠对皇帝宠“二张”就是主谅解，他又向武则天面奏：“臣自先帝以来，蒙被恩渥，今承乏宰相，不能尽忠死节，使小人左侧，臣之罪也”＇《资治通鉴》，卷o7，长安三年九月。＇武则天听了自然明白他说的是什么，心里不高兴，认为他管的太多。
………【第四百七十二章。勿看】………
第四百七十二章。勿看
魏元忠向武则天辞行，向她说：“臣老矣，今向岭南，十死一生。陛下他日必有思臣之时。”
武则天让他说说明白，当时张易之、张昌宗都在武则天身边侍候着。魏元忠指着他们说：“此二小人，终究是祸乱之根”张易之等听了，吓得屁滚尿流，赶紧下殿叩头，捶胸顿，直叫冤枉。
魏元忠说罢叩而去。女皇见魏元忠离去，从龙椅上站了起来，踉跄了几步，若有所失地说：“元忠真的走了吗？”
殿侍御史王晙还想上殿替魏元忠说理，宗拦住他说：“元忠幸得全身而退，你再多说，引起皇帝震怒，不知该有多狼狈呢”王晙说：“魏公以忠获罪，我以义再奏，即使也被配流放也再所不辞”宋叹曰：“我不能为魏公申理，深负朝廷啊”
魏元忠离京时，太子仆（掌管太子车與、乘骑、仪仗官员）崔贞慎等八人为他在效外饯行（因魏元忠兼太子左庶子）。张易之兄弟听说此事，便化名“柴明”投信铜匦，密告魏元忠与崔贞等继续谋反。武则天又令监察御史马怀素调查。武则天进一步认为魏元忠身为朝辅大臣，又在太子东宫任重要职务，他们生离死别，急生变，可能做出不轨之事，因此想查出个水落石出。马怀素查案时，她同时派人监督、催促，以防保庇作弊。
马怀素很快上奏说：“崔贞等人仅为饯行，并无反状。”并提出让柴明出来与崔贞等人对质，武则天闻奏说：“我并不知柴明何许人，你也不必让他们对质，只要根据密状报的案情审理就可以了。”马怀素说，实情就是送行。武则天大怒，说：“你是想纵容他们造反吗？”马怀素说：“臣不敢魏元忠以宰相被谪，崔贞作为故旧相送，要诬陷他谋反，臣不敢这么做。西汉时栾布上奏敕免彭越，汉高祖不认为栾布有罪。何况魏元忠的罪名实情和贬官的处理都不如彭越重，难道陛下还要杀死送他的人吗？陛下自操生杀大权，欲加之罪，陛下就亲自断案好了。而如今既委臣审理，臣不敢不据实上奏。”武则天听后口气缓和了些，说：“你想一点也不加他们罪吗？”马怀素说：“臣愚昧无知，着不出他们有什么罪状。”
武则天见马怀素说得句句有理，对答如流，态度安闲，觉得应该是真情，便心释然，不再审崔贞等人。
其实，武则天也自知宠幸张氏兄弟不好，但总以为自己这么大年纪了，让他们陪着笑笑闹闹，自己愉快，也不影响大局。大臣们一般的劝谏，认为皇帝不该这么做，对张家兄弟看不惯，这她都能理解，也不怎么生气。然而魏元忠一个辅大臣，自己又多年信任他，非要以死相拼，她也就不能容忍。加上张氏兄弟和密状告他造反，又有这么多人拿性命同他一同争斗，参与人又多是东宫太子的属官，那个苏安恒因魏元忠的事说得那么严重。因此，她才揪住不放，审个明白。魏元忠一国宰相，竟因张氏兄弟而遭贬，实不值也。
魏元忠因张氏兄弟问题获谴，但这个问题未得解决，“二张”仍为女皇侍幸，接下来仍争斗不止。
魏元忠是朝臣的领袖，他被贬放之后武则天对枢班子再次调整。长安四年（7o4年），提拔韦安石知纳言事、李峤知内史事，二臣是女皇一手裁培的大臣，她放心得下。唐休是西陲老将，因他熟悉边情，用他为夏官尚书、兼幽州和营州等都督，又兼安东都护，也算是一位将相人物。以天官侍郎韦嗣立为凤阁侍郎、同平章事，他是前宰相韦思谦之子，韦思谦死时将二子嗣立、承庆托之女皇，他们都相继被武则天提到宰相位置，都很有才干。宋、桓彦范用为御史丞、袁怒为右台丞。崔玄韦亦为女皇一手提拔，现亦充宰相之列。姚元崇是平定契丹时露出才能，被武则提为凤郎的，后又为狄仁杰推荐，再提为同平章事，又委为相王府长史，并兼夏官尚书事。姚自称不宜任职相王府，任兵部尚书典兵马，更适全自己。女皇同意了他的请求，再授以娄武道行军大总管，再提为安抚大使，以备突厥侵扰。
张柬之是狄仁杰一南推荐的人物，武则天见他思想保守未知重用。后来姚元崇又推荐他，女皇听从，授为同平章事。此人已年过八十，果然被武则天料定，他进入宰相班子便在暗拉人，以女皇年迈企图拥太子上台，逼女皇退位，恢复唐室，是武周王朝的一个掘墓者。
这些大臣，以宋对“二张”看法最重，魏元忠被罢他表现也最为激烈。他是邢州南和（今河北南和县）人，很有才干，升迁也快。举进士后便出仕为上党尉，寻迁监察御史、凤阁舍人。居官清正、性格耿直，女皇重视他，提为御史丞。他十分鄙视张易之兄弟，尤其因他们使魏元忠遭罢更为气恼。一次，女皇集宴，张氏兄弟坐在他的上位，畏惧他的正直，便虚位揖之说：“公方今第一人，何乃不坐？”宋则说：“才劣位卑，张卿以第一，何也？”天官侍郎郑景忙说：“丞奈何卿五郎？”宋讽刺他说：“以官言之，正当为卿。足下非张卿家奴，何郎三有？”在场的官员除武三思外无不大惊失色，怕宋惹出乱子来。武则天也看到了当时的场面，但她深知宋的为人，便也没怪罪他。
宰相杨再思就不行了，他虽然也受重视，但对张氏兄弟却以谄媚为事。司礼少卿张同休是张易之的哥哥，经常召公卿举宴，一次在宴会上有人戏弄杨再思：“杨内史面似高丽。”再再思为取悦张家兄弟，竟当场反披官服，剪个纸由戴在头上，跳起高丽舞来，举座大笑。有人赞张昌宗漂亮，说：“六郎面似莲花。”杨再思则说：“乃莲花似六郎”
长安四年七月，张同休和汴州刺史张昌期、尚方少监张昌仪一起坐赃下狱，他们都是依仗张易之、张昌宗而贪脏获罪。因此，司刑贾正言、御史大夫李承嘉等人上奏，张昌宗被牵入赃案，应一同治罪。御史丞桓言范又上奏：张同休、张昌宗共贪污赃款四千余缗，张昌宗免官。张昌宗奏说：“臣有功于国，所犯不致免官。”女皇问宰相们：“昌宗有功乎？”杨再思说：“昌宗以往合炼神丹，圣躬服之有效，此实莫大之功”女皇大悦，遂免张昌宗罪，官职照旧。张同休贬为歧山丞，张昌仪贬为博望丞。左补阙戴令言见杨再思谄媚，乃作《两脚野狐赋》讽刺他＇《唐书》，《杨再思传》，记为《两脚野狐赋》，《资治通鉴》，卷o7记为《两脚狐赋》。＇。
到了年底，女皇病得颇重，一直住在长生院。宰相们一直见不到女皇，朝政大事也无法处理，病床边只有张氏兄弟陪侍。有一天病稍微好了点，宰相崔玄韦入奏建议：“皇太子、相王仁明孝友，足侍汤药。宫禁事重，伏愿不令异姓出入。”女皇仅表谢意＇《唐会要？识堂上》，卷5，长安四年八月。＇。大臣们皆知女皇病重，应以太子侍侧、大臣视疾，而仅让近侍幸在侧，易成大祸，心甚不安。
张氏兄弟也见形势急迫，女皇病重，一旦有变大臣们必然会杀害他们。于是，也于同党联系，准备利用侍侯之机谋乱。他们的行踪被大臣们觉察，有人便写出招贴，以示相警。大街上出现“易之兄弟谋反”的飞书。女皇仍不相信，也不理睬。到十二月十九日，许州人杨元嗣上书，说：“张昌宗曾召术士李弘泰占相，弘泰言昌宗有天子相，劝于定州造佛寺，则天下归心”。＇《资治通鉴》，卷o7，长安四年十二月。＇女皇听后，命宰相承庆、司刑崔神庆、左台宋共同鞠讯。
鞠讯后，宰相韦承庆上奏说：“昌宗款称‘弘泰之语，寻已奏闻’，准法自者原其罪；弘泰妖言，请收行法。”意思是，虽有此事，张昌宗已经自了，可免治其罪。
但宋却上奏：“昌宗宠荣如是，复召术士占相，志欲何求？弘泰声称筮得纯乾，是天子之卦。昌宗傥以私泰为妖妄，何不执送有司？虽云先已奏闻，终是包藏祸心，法当处斩破家。请收付狱，穷理其罪。”女皇听后好久说不出话来。宋接着说：“傥不收系，恐其摇动众心。”武则天一时拿不出主意，便说：“卿且停推，俟更详察状。”
宋退后，谏官李邕又进谏：“向观宋所奏，志安社稷，非为身谋，愿陛下可其奏。”女皇不听。
武则天只想保住张氏兄弟，就下诏让宋出京去审理幽州都督贪案；接着又让李峤出使陇、蜀。宋不去，向女皇说：地方罪案应由侍御史或监察御史去审，而陇蜀之地并无异变，他是御史丞，按规定不应到地方管这些职外事。
司刑少卿桓彦范接着上奏：“昌宗无功荷宠，而包藏祸心，自招其疚，此乃皇天降怒；陛下不能加诛，则违天不详……苟逆臣不诛，社稷亡矣请付鸾台三司考竟其罪”接着，崔玄韦等也一起上奏。女皇再无退路，只得让法司议其罪。有司立即决定处以死刑。女皇犹说：“昌宗已自奏闻。”宋说：“昌宗为飞书所逼，穷而自陈，势非得已。且谋反大逆，无容自守而免，若昌宗不服大刑，安用国法”＇《资治通鉴》，卷o7，长安四年十二月。＇女皇想让宰相们法外开恩，饶其不死，也受到坚决抵制。武则天没法，只好让张氏兄弟去御史台受审。
御史台上，丞宋立于庭审问“二张”罪案。尚未定谳，女皇派来使者宣布敕令，命特赦张氏兄弟。宋一见长叹一声说：“不先击小子脑袋，负此恨矣”事后女皇令张昌宗到宋家谢罪，宋拒绝，说：“公事当公言之，若私见，则法无私也。”张氏兄弟终于免得加罪。
武则天掩护张氏兄弟，朝内重臣与她当面争执，针锋相对。但她也不认为他们忠心耿直，是朝臣理所应该的作风，因此未见愠怒和加罪。她也知张氏兄弟有罪，但他们长期侍候自己，要杀他们也不忍心。她也知道，“二张”遭大臣嫉恨，全是自己追求晚年娱悦，宠爱他们所造成。因此，大臣们没有错，张氏兄弟也没有错。自己七老八十，只有这点要求，难道不应该吗？
久视元年（699年）正月，突厥兵在赵州吃了败仗而退走，当时在赵州的唐兵将领是吉顼和亲王武懿宗。回朝后，二人在女皇面前争功。吉顼相貌魁假，辩口如流，而武懿宗矮小伛偻口拙心浊。吉顼在女皇面前傲视懿宗，声气凌厉。女皇看了很生气，对吉顼严厉地说：“顼在朕前，犹卑我诸武，况异时讵可倚也”意思是说：“你在我面前还这么卑视我武氏人，何况平时，还让我怎再倚重你啊”过了几天，吉顼又来奏事，正要援正引今，女皇怒道：“卿所言，朕饫闻之，无多言太宗有马名狮子骢，肥逸无能调驭者。朕为宫女侍侧，言于太后曰：‘妾能制之，然须三物：一铁鞭，二铁挝，三匕。铁鞭击之不服，则以挝挝其，又不服，则以匕断其喉。’太宗壮朕之志。今日卿岂足污朕匕邪”吉顼吓得惶惧流汗，伏地求生。又过几天，吉顼的弟弟犯了冒官的罪，连累吉顼被贬官，由天官侍郎、同平章事被贬为固安县尉。吉顼是女皇的心腹大臣，流着泪向女皇辞行，行前涕泣言曰：“臣钤今远离阙庭，永无再见之期，愿陈一言。”女皇很同情他，让他坐下来慢慢说。吉顼说：“合水土为泥，有争乎？”女皇说：“无之”。又说：“分半为佛，半为天尊，有争乎？”女皇说：“有争矣。”吉顼顿接着说：“宗室、外戚各当其分，则天下安。今太�