就在军队武装打击的同时，全俄警方也展开了严厉打击恐怖活动的“旋风”行动。仅9月16～18日三天内，逮捕的逃犯就达2200多人，嫌疑犯9000多人，没收武器2000多件，发现私藏武器的黑窝点1万多个，找到炸药300公斤，爆炸装置774个。到10月2日为止，俄警方在“旋风”行动中侦破的涉嫌恐怖案件达17万个，发现炸药515吨，爆炸装置4000个，收缴枪支7000件，有不少炸弹炸药由于及时发现排除而未能爆炸，否则将会有更多的平民百姓伤亡。
在俄展开军事行动后不久，普京在接受俄罗斯电视台的采访时，对他的车臣政策做了进一步阐述。他评述了车臣局势和俄罗斯领土上的恐怖活动，分析了其背景，提出了政府和社会的主要任务。
普京指出：“我们来回忆一下苏联解体和随后发生的一些事件。苏联解体后分离主义情绪高涨，特别是在车臣共和国这种势力具有极强的进攻性。俄罗斯与车臣就相互关系进行了长时间的谈判，但没有取得积极成果。俄罗斯军队一度进入车臣，对此各方反应强烈。在车臣，在全世界，最主要是在俄罗斯的许多地区，人们都把这看做是俄罗斯领导人的帝国野心大发作。”
“这样做是对还是错，且不对此做评价，我们现在也不去讨论这一决定的动机是什么。我认为，当时一切和平手段并不是都用尽了。我再说一遍，谁对谁错我们暂且不去下结论。我只想提请你们注意，所有这一切都是在军事失利、缺乏周密的军事行动计划和造成重大人员伤亡的情况下发生的。”
在这次采访后不久，普京下令对车臣首府格罗兹尼进行全面空袭。23日，俄空军轰炸了格罗兹尼国际机场和西南部的一座炼油厂，导致六人丧命。另有两人在其它地方被俄军打死。
24日，四架苏25型地面攻击机向卡姆卡拉前军事基地的电视台发射了十多枚导弹，该军事基地已被车臣武装改为了警察总部。空袭造成3人丧命，20人受伤，10来栋房屋被炸毁。此外，俄军火箭还攻击了格罗兹尼以西50公里萨马什基村的一辆汽车。25日上午8时30分，12架俄罗斯喷气式战斗机再次对格罗兹尼和周围地区进行了历时30分钟的突袭，摧毁了电视转播塔和移动电话控制中心，使这个主张独立的共和国境内的通讯中心和其它设施几乎瘫痪，突袭还导致10人死亡。
俄罗斯空军总司令科尔努科夫对记者说，只要武装分子没有被消灭，俄罗斯空军就将继续打击车臣境内的目标。这位总司令认为，为完成这一任务用不着在车臣使用战略空军，只要使用一些高精确度武器，包括激光制导的导弹和可控炸弹即可达到目的。他说，迄今为止俄罗斯空军没有损失一架飞机。
26日，伴随着俄罗斯战机的轰鸣声，俄国防部长谢尔盖耶夫首度警告说：“我们已拟妥多种版本的地面行动计划，将视情况实施，我们的主要目标是歼灭匪徒。”
面对普京的强大进攻，9月26日车臣方面宣布，为避免大规模战争，车臣总统马斯哈多夫表示愿同俄罗斯领导人进行建设性政治对话。马斯哈多夫表示，还有希望通过外交手段和平解决俄车关系问题。他说：“车臣人民和俄罗斯人民都不希望再发生一场战争。”
针对马斯哈多夫的呼吁，27日普京在克里姆林宫会见叶利钦后对记者说，总统同车臣总统马斯哈多夫举行会谈的筹备工作一刻也没有停止过，但只能是“在俄罗斯总统认为必须进行会见和会见对俄罗斯有利的情况下”才能进行。
就在普京表示可以谈判的同时，俄军的进攻丝毫没有停止。9月27日俄空军再次出动了苏24轰炸机和苏25强击机50多架次，对车臣全境的弹药库、燃料库、石油加工厂、恐怖分子的基地以及首府格罗兹尼和古杰尔梅斯的一些目标进行了轰炸。俄国防部长谢尔盖耶夫说，俄联邦军队将彻底消灭车臣叛匪。军方人士称，俄罗斯第五十八军已做好准备，只要莫斯科发布命令，就进攻车臣。
面对这种情况车臣武装也没有坐以待毙。9月26日，马斯哈多夫主持召开了作战司令部会议，批准了一项格罗兹尼秘密防御计划。并委任巴萨耶夫负责同达吉斯坦毗邻的东部前线的军事行动。
次日，车臣宣布全民动员，要求平民在各地挖战壕造堡垒。为准备战斗行动，武装分子还建立了食品储备，格罗兹尼所有的防空洞都被重新利用。车武装头目达拉耶夫说，一旦联邦军队进入车臣，“不会再次发生1994年12月那样顺利抵达总统府的事情了”。他说，在边境俄军就将遇到武装反击，因为共和国进行了深层次的防御部署。车臣当局同时邀请了国际观察员，向他们展示俄罗斯的轰炸结果。巴萨耶夫和另一叛匪首领哈塔卜也同时培训了几支颠覆行动队伍，以便渗透到邻近地区从事恐怖活动。
9月28日，车臣共和国驻俄罗斯总代表迈尔别克·瓦恰加耶夫对记者说，车臣官方确信“就在最近俄罗斯将开始采取地面行动”。他说：“鉴于事态的这种发展，车臣正在紧急备战，以抗击侵略。”看来，车臣方面已经意识到，这场战争已不可避免。而对俄罗斯政府来说，在第一次车臣战争不光彩结束的三年中也一直在考虑怎样对付这个叛乱的共和国。不管是克里姆林宫还是国防部都没有放弃努力。9月30日，俄军从三个方向车臣开进，第二次反“车独”的车臣战争正式开始。
10月2日，几千名俄罗斯军人和一千多辆装甲车大举进入车臣，当地瑙尔斯基行政长官尼古拉耶夫说：“一支80公里长的俄罗斯部队，周四晚上进入车臣北部的瑙尔斯基及绍尔科夫斯基。”当晚，俄罗斯部队已深入到车臣大约5公里的地方，并且占据了车臣捷列克河以北的部分地区。
同日，俄另一支部队也从因吉舍佳进入车臣西部，朝距离首府格罗兹尼西南部大约30公里的巴穆特挺进。
10月4日，俄军已攻入车臣10公里，并设立了三层“安全区”：第一条防线由内务部内卫部队和警察守卫，第二和第三条防线由俄罗斯武装部队守卫。军队的任务是对付突破第一条防线的车臣叛军，切断叛军同外界的联系。同时，俄罗斯内卫部队已占领了车臣的一个叫博罗兹季诺夫斯卡的村庄。这个村庄位于距车臣边界13公里的地方。
第二次车臣战争（三）
但直到此时，俄军仍不承认他们计划展开全面的攻势。俄军发言人称，发动进攻的俄罗斯军队并没有进入车臣村庄，不过，他们所占领的基地就在村庄附近，他们也曾和叛军进行小规模的战斗。
10月5日，车臣总统马斯哈多夫签署了关于在共和国实行战时状态的命令，对于车臣来说，这只能意味着一点：战争的开始。显然，这是对俄罗斯联邦的答复。此时俄军已控制了车臣的两个平原地区——瑙尔斯基和绍尔科夫斯基，占领了卡尔加林斯卡等村镇周围的阵地。这些地区的武装分子和大多数男性居民已离开了居民点，撤离到车臣内地，同时他们组织了5～10人的武装小组以确保车臣人的主要力量撤退。这些小组还在村镇的入口处构筑了战壕，在俄罗斯联邦军队可能通过的地方埋设了地雷。
10月6日，俄罗斯内务部和国防部的机动部队彻底完成了在车臣边界建立安全区的任务，安全区把武装匪帮占据的地区同北高加索毗邻地区完全隔离了起来。俄罗斯国防部长谢尔盖耶夫确认了联邦军队在车臣执行建立安全区的计划。“这一计划已经得到执行，联邦军队在有些地方越过了捷列克河，有些地方还没有越过。”普京也表示，建立一个保护区是俄军进入车臣的首要任务，但其最终目标是根绝恐怖活动。
同日，俄罗斯总统在宪法法院的全权代表米哈伊尔·米秋科夫对记者说，根据车臣总统马斯哈多夫的命令在车臣共和国实行战时状态是非法的。他说，根据俄联邦宪法，只有俄联邦总统才能宣布实行战时状态。
10月7日，俄军已经占领了车臣的1/3领土。当战线推进至穿过车臣北部地区的捷列克河河岸时，爆发了第一次大规模的战斗。
10月8日夜，车臣武装分子渡过捷列克河，冲进伊什舍尔斯卡亚村偷袭俄军。双方激战了4个小时，战斗中俄官兵200余人阵亡，30多辆装甲车被击毁，40多名俄士兵被俘虏，还有1架俄军战斗机被击落。
在军事进攻的同时，俄罗斯车臣共和国人民议会在莫斯科举行会议，开始组建该共和国最高行政机关——国务委员会，并任命赛杜拉耶夫为委员会主席。
根据车臣人民议会通过的有关决定，国务委员会成员将由委员会主席提名，经议会批准后产生。人民议会同时请求俄总统叶利钦任命国务委员会主席为其驻车臣的全权代表，并“提供支持，使车臣共和国形势正常化”。
赛杜拉耶夫对俄记者发表谈话指出，恐怖分子在车臣为所欲为的日子不长了。车臣国务委员会的主要任务是把玷污了车臣人民并妨碍其正常生活的败类清除出去。他说，他已同俄政府总理普京、俄总统办公厅和政府其它部门领导人进行了磋商，并打算在近期前往车臣。
车臣人民议会是1996年6月16日选出的。同年10月车臣政权转入以马斯哈多夫为首的反对派手中，人民议会被迫停止工作。1999年10月1日，该议会在俄首都莫斯科恢复工作，被俄联邦中央政权和各派政治力量视为车臣惟一合法的权力机关。
随后，为统一对外宣传口径，普京宣布，负责发布有关北高加索新闻的俄罗斯新闻中心成立，并在成立仪式上表示，封锁车臣仅是俄联邦军队行动的第一阶段，俄军的最终目标是全歼车臣境内的恐怖分子。他说：“军事行动虽然会带来损失，但如果今天不动手，明天就会造成更大损失。”
随着战局的不利，车臣总统马斯哈多夫在10月10日夜提出了停战呼吁。“我们在今天刚向莫斯科发出了停止战争的和平计划，如果能停止战争，哪怕是一天以后，一个小时以后，也应当进行会见。如果明天会见叶利钦，我会提醒他我们过去有协议……”
而普京对此的回答则是，不仅要消灭武装，更要“消除他们（车臣匪徒）有可能在那里东山再起的条件”。为此将动用一切可以动用的手段——军事上的和政治上的。同时他表示：“车臣是俄罗斯联邦的领土……我们的武装力量在自己的国土上是可以在征得国家领导人和俄联邦政府同意的情况下想怎样调拨就怎样调拨的。”
普京说：“我们将努力使在车臣的每一起伤亡对我们来说都是一次非常事件。”“现在战事正在进行，而且既然是战争就会有伤亡。当然，非常遗憾的是，今后还会有伤亡。但我重复一遍，不管我们采取什么行动，我们都会努力把伤亡减少到最小。”
最后普京强调：“无论如何我们不会使我们的经济变成军事经济或军事化经济，但国防始终是我们的优先发展方面。它在预算中始终是占第一位的。为国防建设已经拨了很多钱。因此对已拨资金可以进行重新分配。”普京最后指出，核遏制力量不会受到任何损失。
同时俄罗斯国防部长谢尔盖耶夫元帅也表示：“真正的车臣人要求帮助他们把格罗兹尼从土匪手里解放出来。我们将帮助他们。车臣既有土匪，也有真正的车臣人。”
谢尔盖耶夫在谈到已经解放了的车臣地区时指出：“在这些地方必须安排好人民的生活。军队将直接参与这项工作，因为在过渡时期这些地区实际上没有权力机关。这些地方将在军代表办事处系统的基础上建立权力机构，上述系统还将解决文化和社会方面的问题。这些地区的居民主要是妇女、儿童、老人和中年男子。他们的主要要求是给他们提供一些儿童服装和糖果，孩子们已经四年没见到糖果了。”
谢尔盖耶夫还说，一周以来，被解放了的地区没有听到一声枪响。“在这里实际上不需要进行任何清理”。人们愿意过上正常的和平生活。
10月11日，俄军队首次控制了车臣捷列克河以南部分地区。捷列克河自俄联邦军队从车臣北部进入后一直是车臣武装同俄联邦军队的天然分界线。车臣武装主要集结在捷列克河以南地区。而俄联邦军队此前也一直没有越过捷列克河，而是从奥塞梯共和国开进车臣西南部的。
10月12日，普京宣布，俄罗斯将会进一步扩大在车臣共和国的安全区，而且不排除派军进驻首府格罗兹尼的可能性，以便让车臣能够从武装分子手中解放出来。普京又说，俄罗斯当局的最终目标是全面歼灭车臣境内的所有匪帮，以及使他们无法生存。为达到这个目标，俄罗斯政府将使用一切手段。
普京认为，马斯哈多夫提出的停战计划是绝望的表示。例如，他提出立即停止战斗行