其住持。后又得康熙帝召见，于康熙四十一年（1702）敕号碧洞真人。从此开龙门派碧洞宗支派。二仙庵成为龙门派著名丛林。从清初传至现在已历二十四代，成为近代四川道教的主要派别。
据《长春道教源流》卷七载，有龙门第十一代道士曾一贯，于康熙间入广东罗浮山。任冲虚观住持。其徒柯阳桂（1619～1671），度弟子百余人。清末，有儒士陈铭珪（1824～？）嗣其传，派名教友，住持罗浮山酥醪观。撰有《长春道教源流》八卷，收集全真道史料颇富，为研究全真道史的重要资料。其卷七云：‘今粤东罗浮及会城诸道观，询其派，又皆全真也。‘
在西北地区，有龙门派第十一代刘一明（1734～1821），号悟元子，山西曲沃（今闻喜县东北）人。出家后，云游晋、陕、川、甘一带，遇龛谷老人传丹术以后，隐甘肃榆中县牺云山修炼，并著书立说，所写丹书被辑为《道书十二种》，流传颇广，成为清代内丹学一大家。
在云南，还有被称为‘龙门西竺心宗‘的特殊支派。据《金盖心灯》所述，该派祖师鸡足道者，自云月支国人，名野怛婆阇，自印度来华，居鸡足山修炼。顺治十六年（1659），赴京师谒王常月，受其戒法，赠名黄守中，为龙门第八代。该派以鸡足山为活动中心，下传管天仙（派名太清）、大脚仙（王太原）。再传金怀怀（王清楚）、白马李等。
此外，湖北武昌长春观，在清末，‘著屋千间，道友万数‘，⑤与西安八仙庵、成都二仙庵等并称天下龙门大丛林。山东福山县道士张宗璿，为龙门派第二十三代，于光绪十年（1884）赴白云观传法，开霍山派。又有龙门派第八代徐守诚（1632～1692），于清初去江西南昌西山，兼传净明道，成为当时净明道的重要传人。
综上可见，自清初王常月先后在北京白云观，以及南京、杭州、湖州、武当山等地传戒收徒以后，龙门派确有很大的发展。发展中心在江、浙，遍及全国许多省区。尤以顺治、康熙、雍正、乾隆、嘉庆几朝为最盛。其间支派繁衍，不少支系更流传至近现代。因此它是中国封建社会后期最昌盛的道教派别，几乎成为全真道的代表。其盛况与佛教禅宗五家中的临济宗相类似，故世有‘临济、龙门半天下‘之说。
龙门派承其祖派全真道之余绪，以精于内丹学著称于世。
其门下拥有许多著名内丹理论家，如伍守阳、谢凝素、柳华阳、刘一明、闵一得，为其中的佼佼者。他们所著的内丹书，较其前辈，有承袭，也有发展，总的特点是功法更细致，更浅明。
龙门派传播的中心在江南（与初期全真道在北方不同），不能不受南方本位道教正一道的影响，表现出与正一道融合的倾向。如铁竹道人施亮，本从王常月受戒，为龙门第八代，后改宗正一，启苏州穹窿山支派。八代孙守一门下阎晓峰，住茅山乾元观，其所传后人改皈茅山派。八代徐守诚，参礼南昌西山净明道士孔玄微，兼传净明道，其徒张太玄亦兼师净明道士周德峰。十代王洞阳晚住余杭大涤山，济人作福无虚日，延请祈祷无不立应，《金盖心灯》谓其‘名誉籍甚‘。十一代徐嶐岩，后归正一道，法名汉臣，精于道法，其徒蒋雨庵、陈樵云、朱春阳，皆得正一法，蒋雨庵并传承正一派。其后还有沈一炳、闵一得、曾一贯、王来因、陈来干等等。至清末，各地全真派龙门道士，大都兼行祈禳斋醮，以香火收入为谋生之一途，全真与正一在宗教行持方面渐无多大区别。
玄教是符箓三宗分衍的支派之一。创始于元初，流传至元末。
该派直接从龙虎宗分衍而来，其创始人为元初龙虎山道士张留孙（1248～1321）。他在至元十三年（1276），随三十六代天师张宗演赵阙觐元世祖，留侍阙下。此后以祈祷术‘有验‘，为元世祖所信任。十四年，赐号上卿，铸宝剑与之。
十五年，赐号玄教宗师，授道教都提点，管领江北淮东淮西荆襄道教事，佩银印。此后历成宗、武宗、仁宗等朝，宠遇不衰，屡蒙加封，由上卿加特进上卿；由知集贤院事到领集贤院事；由玄教宗师到玄教大宗师，并加开府仪同三司。至延皊二年（1315），头衔为‘开府仪同三司、特进上卿、辅成赞化保运玄教大宗师、志道弘教冲玄仁靖大真人、知集贤院事、领诸路道教事。‘张留孙从至元十五年作玄教宗师以后，即陆续从龙虎山征调道士到两都崇真宫（后升崇真万寿宫），或委以京师道职，或派至江南各地管理教务，以这批人为骨干，逐渐发展组织，最后形成一个规模较大、辖域较广的一个道派，时人称之为玄教。
玄教的组织规模是比较大的。单就其领导骨干而言，即有几十人至百余人。袁桷《玄教大宗师张公家传》中，即载其主要弟子五十四人；首为继任玄教大宗师吴全节；其次，以真人佩银印者三人：夏文泳、毛颖达、王寿衍；以真人制书命者三人：余以诚、孙益谦、陈日新；以玺书命者九人：何恩荣、李奕芳、张嗣房、薛廷凤、舒致祥、张德隆、薛玄曦、徐天麟、丁应松；其他弟子三十八人：上官与龄、何斯可、……
等。显然这是玄教最主要的骨干。赵孟瞓《玄教大宗师张公碑铭》谓张留孙有弟子七十五人。元明善《大元敕赐上清正一万寿宫碑》谓张留孙弟子中，‘制授主名宫观者百许人。‘由此可以推知其规模之大。
据玄教宫观的分布情况看，其传播范围也很大。现存资料记载，除张留孙坐镇京师崇真万寿宫外，又选派大批弟子主持各地宫观。如余以诚领镇江路诸宫观。孙益谦领杭州佑圣观、延祥观。陈日新除提点大都崇真万寿宫外，又领龙兴路玉隆万寿宫，还领杭州宗阳宫。何恩荣提点信州真庆宫。李奕芳提点南岳庙，兼领潭州路衡山昭圣宫、寿宁宫住持提点。
张嗣房提点潭州岳麓宫。徐懋昭主常州路宜兴州通真观，并在信州龙虎山建仙源观、神翁观。上官与龄任常州路通真观住持提点。王寿衍提举杭州开元宫，兼领杭州路道教诸宫观。
薛玄曦住持镇江乾元宫，又住持杭州佑圣观，兼领杭州诸宫观。薛廷凤领镇江马蹟山紫府观，后领杭州四圣延祥观，再后兼领镇江道教。徐天麟、冯志广住持龙虎山仙源观。何斯可主信州仙岩元禧观等。以上这些，仅是现存资料中的部分记录，分别见于有关传记、碑刻。实际上玄教弟子所领主要宫观，遍布今江苏、浙江、江西、湖南、广东等省，加上在北方两京附近的宫观，可见传播地域是比较广的。组织规模、社会影响都超过当时南方诸符祭派和北方的真大道、太一道，较之北方的全真道也毫不逊色。
玄教之所以能在短期内发展成如此大的规模，主要是因为得到了当时统治者的大力支持。其原因，一方面是，蒙古族世奉萨满教，在思想上较易接受龙虎宗和玄教奉行的符箓道术；另方面，更主要的是因元前期全真道势力发展过猛，对群众影响过大，引起了统治者的疑忌，从其统治的利益着想，必须对其略加制约，而把扶植道教的重点转到张陵听创道教这方面来。其得到元朝统治者的大力扶持，具体表现在玄教首领所受的尊宠上。前面说到，玄教创始人张留孙，从元世祖起，受到历代皇帝的尊宠，其政治地位之高，道教权力之大，在当时道教诸派首领中是独一无二的。不仅如此，他与他的弟子吴全节（玄教第二任掌教）还参与了元朝的政治，‘朝廷有大谋议，必见咨询‘。①多次受诏外出访贤，向朝廷推荐官员；官吏间发生矛盾纠纷，又主动为之疏解。赵孟瞓《玄教大宗师张公碑铭》说，张留孙‘每进见，必陈说古今治乱成败之理，多所裨益。士大夫赖公荐扬，致位尊显者，数十百人。及以过失获谴，赖公救解，自贷于死者，亦如之‘。
他们的这些活动，一方面取得了皇帝更大的信任，将他们‘比于亲臣‘；另方面，交结大臣并在其中获得令誉。当延皊四年（1317），张留孙年满七十时，仁宗为之大举祝寿，‘赐宴崇真宫，内外有司各以其职供具，宰相百官咸与焉‘。②元惠宗至元四年（1338），吴全节年满七十，庆典一如张留孙。张留孙死后，送回龙虎山安葬，‘自京师至其乡，水陆数千里，所过郡县，迎送设奠，不约而集。比葬，四方吊问之使交至‘。‘自王公以下，治丧致客，未有若此盛者‘。③张留孙辈利用元室对玄教首领的尊宠和优越的政治地位，使玄教获得很大的发展。
玄教是从龙虎宗分裂出来的，张留孙和他的许多弟子，都出身龙虎山，其基本信仰和主要方术，亦与龙虎宗无异。但是，它有自己的传承系统，有的组织体制。因而它是一个的道派，与原龙虎宗有别。
其传承系统共历五代。第一代掌教张留孙，掌教四十四年。其生前所受的封号，除开府仪同三司以外，其余各项，皆为其后历代继任者所承袭。第二代掌教吴全节（1269～1346），字成季，号闲闲。龙虎山道士。于张留孙逝世之次年，即至治二年（1322），继任掌教二十五年，于至正六年（1346）逝世。第三代掌教夏文泳（1277～1349）。字明适，号紫清。龙虎山道士。延皊七年（1320），张留孙预将教事付吴全节时，命夏文泳继吴之后嗣教。至顺二年（1331），吴全节告老，夏即遵嘱嗣教。至正六年（1346），吴全节逝世后，正式继任掌教。但仅四年，于至正九年逝世。第四代掌教张德隆（生卒不详）。字元杰，自号环溪。张留孙从子。早年学道龙虎山。至正九年继夏文泳掌教。时已至元代末期，至正十一年，韩山童的白莲教和刘福通的红巾军相继起事，天下大乱，元统治处于风雨飘摇中。张德隆掌教至何年，未见记载。
一般学者皆以张德隆为玄教最末一任掌教。但从王祎《马迹山紫府观碑》和苏伯衡《梁道士传》的记载中，发现继张德隆之后，还有一个于大宗师掌领玄教，而据《汉天师世家》卷三《张正言传》考之，此于大宗师当为于有兴。他先后拜师何恩荣、薛廷凤、薛玄曦，为张留孙之再传。考上述诸文所记，至正十四年，于有兴已任掌教，至正十八年仍在掌教任中。此时离元亡已不到十年，他可能是玄教最末一代掌教了。
在玄教掌教的嬗递过程中，逐渐形成了一套掌教传承制度。主要的有：第一，除第一代掌教张留孙由元世祖直接任命外，其后的几代掌教皆由前任掌教选定，推荐给皇帝，由皇帝降‘玺书‘加以任命。第二，继任掌教在接任时，除必须有皇帝正式任命的‘玺书‘外，又须以张留孙遗下的大宗师印和宝剑相承传，以为内部凭证。据袁桷《玄教大宗师家传》记载，宝剑为至元十四年由元世祖所赐，上刻‘大元赐张上卿‘；印则是皇庆二年（1313）仁宗所赐，上刻‘玄教大宗师‘，手授曰：‘以是传教俾永远‘。这种以印、剑象征教权的传承办法，是模仿历代天师以张陵都功印和佩剑相传承的制度而来。但玄教大宗师的印、剑都来自皇帝所赐，比张陵的印、剑更具有权威性。玄教掌教所受的玺书和印、剑，又明确表明其教权直接来自皇帝，他们可以凭借这些象征教权、皇权之物，自主地行使对该教派的管理权，不必再听命于天师。因此，无论该教派所辖区域道官的任命、宫观的建立，以及道士的吸收等，都是由玄教历任掌教独自处理。
玄教又有的组织领导体制。其首脑机关在大都崇真万寿宫，最高首领是玄教大宗师。下设玄教嗣师、崇真万寿宫提点、江淮荆襄道教都提点等职，以辅助大宗师工作。其下根据元朝的行政区划，设立各级地方组织。路设道录司，职其事者为道录、道判；州设道正司，职其事者为道正、道判；
县设威仪司，职其事者为威仪；最基层是宫观，设住持、提点、提举。可见其组织体系已经相当完备，这是多年经验积累的结果。
玄教在元代虽然兴盛，但它在道教理论上却无建树，倒是有不少弟子在儒学方面有相当造诣。其中以玄教第二代掌教吴全节最为突出。其师张留孙‘每与廷臣议论，及奏对上前，及于儒学之事，必曰：‘臣留孙之弟子全节深知儒学，可备顾问。‘是以武宗、仁宗之世，尝yu使返初服，而置诸辅弼焉‘。④当时大儒吴澄也对吴全节的儒学十分称赞，谓：‘吴真人全节寄迹道家，游意儒术，明粹开豁，超出流俗。‘（吴澄《题吴真人封赠祖父诰词后》）许有壬曾奉敕给吴全节的画像写赞语，其中有两句云：