尽管广州当时是唐朝最大的对外贸易港口和重要的财赋供应地之一，又是岭南的政治、军事要地，但毕竟与大唐江山比起来，显然是一隅与天下的差别。倘若黄巢求为广州节度使的要求被批准了，恐怕历史将会是另外一个方向。
其时，唐朝廷已经知道势必激怒黄巢。在农民军是招降还是消灭的问题上，总是主战派在朝堂上占了上风。果然，黄巢得到唐朝廷的率府率的委任状后，痛骂当朝执政宰相。由此可以看出他失望之极，也表明他确实对这个广州节度使抱了很大期望。
在强烈的不满下，黄巢开始挥军急攻广州。乾符六年（879年）九月，农民军攻克广州重镇，俘虏了唐节度使李迢。又分兵西取桂州（今广西桂林），控制了岭南的大部分地区。之后，黄巢在广州自称“义军都统”，并发布檄文，斥责唐朝廷“宦竖柄朝，垢蠹纪纲，指诸臣与中人赂遗交构状，铨贡失才”。此时，黄巢表现出读书人的才干和敏锐目光，史称檄文中所指出的问题所在，“皆当时极敝”。
这时候的黄巢，应该是很志满意得的。他原来就想当广州节度使，现在，即使没有唐朝廷的承认，他已经是广州实质上的主人了。转战各地多年，已经让黄巢相当厌倦，这次占领广州后，他便打算留在这里经营，“永为巢穴”。
［据说黄巢的农民军在广州进行了一场大屠杀。那时期来自西拉甫港的著名大食（阿拉伯）商人阿萨德人声称：黄巢在广州杀死十二万人（当时广州全部人口约二十万），其中大多数是来自东南亚、印度、波斯和阿拉伯世界的外国商人。数目不一定确切，但杀人屠城、劫掠财货肯定是事实。因为对于贸然进入广州的农民军而言，商人是能提供后勤补给的重要来源，所以这些人不幸成为了刀下之鬼。］
按照黄巢前期的表现，如果不发生大的意外，他大概就不打算再离开广州了。他确实写过野心勃勃的《菊花诗》，但多年辗转各地的经历已经慢慢消磨了他的雄心。长期的漂泊下来，他的理想已经由“天下”演变成“一隅”，只要有一个富饶的城池，能当个城主，他就心满意足了。正是这种强烈的“城主”意识，才使得黄巢在占领长安后长期流连在那里，始终舍不得放弃，最后也败在了那里。
言归正传，黄巢得到广州后，正打算将这里发展成根据地，农民军突然遭受到重大挫折，不过，不是败在与唐军对垒的战场上，而是败在岭南独特的气候上。黄巢军大都是北方人，不习惯岭南地区当地气候。而刚好就在这一年，从春至夏，疫病大为流行。进入冬季后，农民军有三、四成的人染上瘴疫而死，人数锐减。
黄巢尚在踌躇，他不想轻易放弃好不容易得来的广州，他的部下却呆不住了，“劝请北归，以图大利”。黄巢见农民军士气相当低落，在广州难以持久，于是决定率军北上，杀回中原地区。
而农民军攻取广州后，唐朝廷极度恐慌，急忙任命宰相王铎为荆南节度使、南面行营招讨都统驻江陵，又任命李系为行营副都统兼湖南观察使，使他率兵十万屯驻潭州（今湖南长沙），“以塞岭北之路，拒黄巢”。
刚好这时候湘江水暴涨，农民军自己动手，编制了数十个大木筏，自桂州顺湘江顺流而下，连下永州（今湖南零陵）和衡州（今湖南衡阳），抵达湖南重镇潭州城下。
镇守潭州的唐将李系紧闭城门，不敢出来迎战。黄巢见李系如此懦弱，便挥军急攻，结果一日而下。李系率少数心腹逃跑。当时潭州还有唐军十万人，都被黄巢杀死，尸体被抛入湘江，血染红了湘江水，死尸遮盖住了整个江面。
黄巢乘胜派得力部将尚让进逼江陵（今属湖北）。农民军一路北上，队伍大为充实壮大，进攻江陵时，号称有五十万。当时唐宰相王铎任荆南节度使，亲自坐镇江陵。他见农民军声势浩大，而江陵唐军不满万人，心中害怕，便留部将刘汉宏据守江陵，自己率众退守襄阳。为了掩饰逃跑的真相，王铎宣称自己要襄阳会合山南东道节度使刘巨容所率的军队。
唐将刘汉宏也并非善类，他见王铎弃城逃走，将一个乱摊子留给自己，心中忿怒，干脆对对江陵大肆抢劫，还放火烧城，几乎将江陵城烧了个干净。江陵士民被迫逃窜到附近山谷。时值隆冬，天降大雪，大批无辜百姓因而冻死。满山遍野都是僵尸，触目惊心。刘汉宏之后率其部向北逃往，沦为强盗。
刘汉宏毁江陵十多天后，黄巢的军队才赶到。不过，此时的江陵已经成为一座尚在冒着青烟的焦黑的空城。连黄巢都难以相信，眼前的景象竟然是唐军自己造成的。
天下兴亡交替，受苦的都是老百姓。后世史书多将黄巢记载成一个杀人如麻的“贼”，其实，唐官军绝对不比黄巢好到哪里去。黄巢杀人总还是有理由，要么是为了军饷，要么是为了报复，而唐官军却常常毫无理由地胡乱杀人。
在广州被黄巢俘虏的唐岭南东道节度使李迢一直被押在农民军中。黄巢此时已经占据了大半个荆南地区，又动了不思进取的心思，要挟李迢上表唐朝廷，再替他求节度使一职，去实现他“城主”的理想。从前面李迢曾经替黄巢上奏一事来看，此人并非耿直有气节之人。不过，当了农民军俘虏后，他大概已经明白了唐朝廷对黄巢的态度，更大的可能则是他在农民军中呆了一段时间，对黄巢及其部队有了更深的了解，认为这些人不足与朝廷抗衡。于是，李迢表现出宗室弟子的最后一点骨气，坚决地拒绝说：“吾腕可断，表不可为。”（《《新唐书·卷二百二十五下·黄巢传》》）于是被黄巢怒而杀死。
到这个时候，黄巢还是没有下定探取天下的决心，对他而言，每走出一步，都是被动的，都是因为被唐朝廷方面的拒绝推向另一面。
黄巢随即与尚让合兵，继续进攻襄阳。唐山南东道节度使刘巨容与唐淄州刺史兼江西招讨使曹全晸合兵，屯兵于荆门（今湖北），以抗拒黄巢。刘巨容事先定下计策，他负责设下伏兵，而曹全晸率轻骑迎战黄巢，然后由曹诱敌深入。
双方交战前一天，刘巨容选了五百匹沙陀良马，配上钌辔藻鞯，赶向黄巢军大营。黄巢军以为是对方马惊跑了过来，自然都乐得收为己用。因为这些沙陀马都是好马好鞍，都被将领们抢先霸住。第二天，黄巢军与曹全晸军交战，曹全晸佯败而走，黄巢发军追赶。追了一阵，黄巢意识到不对劲儿，想下令收兵。唐军中的沙陀人立即用沙陀语高声呼唤，沙陀马听到主人声音，立即往前狂奔，那些骑着沙陀马的农民军将领拉都拉不住。黄巢军因而戏剧性地进入了刘巨容的埋伏圈，唐军伏兵齐发，黄巢军大败，被一路追杀到江陵，被俘虏和杀死的农民军有十分之七八之多。
此时，倘若唐节度使刘巨容继续追击，黄巢要么被擒，要么被杀，无外乎这两种下场，这样也就绝对没有后来“满城尽带黄金甲”的事了。然而，令人称奇的是，刘巨容突然下令停止追击，还发了一番惊人之论：“朝廷经常说话不算数，危急的时候，就抚慰笼络我们这些将士，不惜赏官予人。而事情一旦平定下来，就将我们这些人抛在一边，甚至有人会因功得罪。我们不如让黄巢之辈残留下来，以为我辈取富贵的资本。”唐军将士听了这一番“留贼以为富贵之资”的“高论”，深以为然，于是不再提追击黄巢之事。
另一支唐军在曹全晸的率领下继续追赶农民军。黄巢狼狈不堪地逃命，几乎就要被生擒活捉，然而，上天再一次青睐了他。曹全晸正要渡长江时，唐朝廷刚好在这个关键时候任命泰宁都将段彦谟代曹全晸为招讨使，果然应验了刘巨容“朝廷无信”的预言。这样的情况下，曹全晸受到了打击，自然也停止了追击。黄巢带着残兵败将得以逃走，转战于江西、安徽、浙江、湖北等地，队伍又迅速扩充到二十几万人，势力复振。
在这一场大战中，宰相王铎不但无尺寸之功，还弃城逃跑在先，直接导致了江陵被毁。而最大的罪魁祸首刘汉宏竟然在事后又被王铎招降。唐朝廷的军队都是这样的将帅统兵，结局就可想而知。
关于王铎，还有个怕老婆的笑话。王铎惧内，出京时，只带了姬妾随行，将夫人留在了京城。有一天，部下忽然来报：“夫人离开京城前来，已在半路上了。”王铎闻报，十分惊恐，问周围的人说：“黄巢兵渐渐逼来，夫人又气冲冲自北方赶来，旦夕之间，就要到达，这可怎么办？”一个幕僚开玩笑说：“不如投降黄巢吧。”众人都大笑不止。
唐山南东道节度使刘巨容大破黄巢后回到襄阳。这时候，襄阳发生了“荆南兵变”。荆南监军杨复光命忠武都将宋浩暂管府事，泰宁都将段彦谟率所部兵守荆南城。不久后，僖宗下诏任宋浩为荆南安抚使，段彦感到位居宋浩之下是种耻辱，处处与宋浩作对。宋浩禁止砍伐街中的槐柳树，而段彦谟的部下违犯了禁令，宋浩就下令杖责犯禁士兵。段彦谟极感愤怒，怀挟利刀驰入军府，当场杀死宋浩及其二子。监军杨复光装作什么都不知道，只求息事宁人，上奏唐朝廷，说宋浩因残暴被激愤的士兵所杀。于是僖宗下诏任命段彦谟为朗州刺史，又任命工部待郎郑绍业为荆南节度使。
从上面可以看出，当时农民军的实力根本无法与唐朝廷抗衡。然而，唐朝廷方面没有统一的指挥调度，没有强有力的威震一方的统帅，朝廷内外将相离心，各藩镇各有私心。这些对唐帝国而言都是相当不寻常的，而黄巢刚好就有意和无意地利用了这些不寻常。可以说，黄巢的游刃有余彻底地暴露了朝廷各机构间无法协调的真象。
过了年，到了880年，此时僖宗改元为广明元年，黄巢的运气开始好转。他率军离开鄂州（今湖北武昌）东进，数月间连下饶（今江西波阳）、信（上饶）、池（今安徽贵池）、歙（歙县）婺（今浙江金华）、睦（建德）等州。
黄巢接连取胜，再一次震撼了唐朝廷，僖宗一面任命淮南节度使高骈为诸道行营都统，指挥各路兵马联合进攻黄巢军。同时征调昭义、感化、义武诸道兵南下，与高骈协同作战。
高骈是当时知名度极高的武将。高家世代为禁军将领，祖父为宪宗朝平定西川的名将高崇文。高骈本人常年在边关领兵抵御党项、西蕃侵犯，屡建奇功。他在朱叔明手下任侍御时，曾经“一箭贯双雕”，被称为“落雕侍御”，一时传为美谈。高骈曾任西川节度使，在任上刑罚严酷，滥杀无辜。
高骈喜好妖术，每当调发军队时，都要于夜晚张开旗帜，排列队形，对着将士焚烧纸画的人和马，并散发小豆，说道：“蜀中士兵懦弱胆怯，今天我要派遣玄女神兵在前面行进。”主帅如此，蜀军都感到羞辱。高骈又命令民间均使用足陌钱进行交易，钱不足百的人都被处死。由于刑罚严厉残酷，蜀中百姓均感不安。
当时，西南有南诏骚扰边境，曾经围困成都，当时的节度使杨庆复用高官厚禄招募突将，由此抵挡住南诏的进攻。高骈到成都后，托言称蜀中屡遭南蛮侵犯，百姓尚未恢复产业，停发了突将的俸禄，突将怨恨异常。到了后来，突将们忍无可忍，起事攻入节度使府。高骈藏在厕所中，未被突将发现，幸免遇难。最后还是宦官监军派人出来招谕突将，承诺恢复他们的官职和俸禄，突将才还归本营。高骈部下天平军一直紧闭营门，见突将退走，才打开营门，假装出击。追到城北，那里刚好有数百命役夫数百人在修筑球场。天平军竟将这些役夫全部杀死，砍下首级，送到节度使府，宣称已将作乱者诛尽。高骈立即赏赐丰厚的金帛。
而高骈躲在厕所中的时候，已经暗中记下了作乱突将的姓名，派人乘夜将这些人家围住，跳墙破户入宅，不分老幼，全部杀死。有的婴儿被扑杀于门阶上，有的被在柱上撞死，一时流血成渠，哭喊之声震天，被杀死者达数千人。晚上，高骈再派人用车拖尸体投入江中。
因为高骈的这些“铁血”手段，王仙芝、黄巢农民军转战江南后，唐朝廷任高骈为镇海军（今江苏镇江）节度使、诸道兵马都统、江淮盐铁转运使。次年，又迁淮南（今江苏扬州北）节度副大使知节度事，仍充都统、盐铁使，负责镇压王仙芝、黄巢起义军。
高骈并非只是一介武夫，他同时还是一位才情出众的诗人，《唐诗纪事》称他的诗“雅有奇藻”。当时藩镇养士成风。高骈在扬州时，也吸纳了一批贤才能人加入其幕府中。其中，最著名的当数后来被誉为韩