王仙芝十分高兴，决定接受。黄巢却十分愤怒，说：“当初共立大誓，横行天下。如今你去左神策军做官，众多士卒将何处安身？”此时群情激愤，人人责骂王仙芝，怒不可遏的黄巢还出拳把王仙芝打得头破血流。
这里要特别提到的是，唐朝廷只有给王仙芝一个人的任命，其他人只字未提。鉴于黄巢之后数次请求招安的经历，他此时意志坚决地表示反对，应该只是因为唐朝廷没有给他官做。倘若唐朝廷策略一些，在招安书上列上义军主要将领的名字，哪怕是虚职，这次招安多半就成了。不过只需要简单的一纸文书，为何唐朝廷偏偏不做呢？这其中大有文章。
昔日有“二桃杀三士”的典故。三名勇士是公孙捷、田开疆、古冶子，以勇力搏虎闻，为齐景公所宠信。晏婴认为三士不懂得君臣大义和朝廷礼仪，所以想除掉他们。刚好有一天，鲁昭公和大夫叔孙婼到了齐国，齐景公设宴招待，晏婴陪坐，田开疆等三士带剑立于阶下，昂昂自若，目中无人。酒喝到一半，齐景公对鲁昭公说：“我园子里种了一棵‘万寿金桃’，长了三十多年了，一直只开花不结果，恰好今年结了几颗果子，我想请您品尝品尝。”鲁昭公听了很高兴。晏婴便去摘桃。一会儿，端来了六个大如碗、香气扑鼻的桃子，晏婴说：“还有三、四个没熟，我就先摘了这些熟的。”客气了一番后，齐景公和鲁昭公各吃了一个桃子，叔孙婼和晏婴也各吃了一个桃子。晏婴说：“这里还有两个桃子，主公可传令诸臣自表功劳，功劳最大的两人便可以吃桃。”齐景公同意了，还让晏婴当评委。公孙捷第一个走上台说：“当年我跟主公去打猎，赤手打死了一只猛虎，救了主公一命，这功劳大不大？”晏婴连忙说：“这个功劳很大，可以喝一杯酒，吃个桃子。”古冶子立即跳出来说：“杀个老虎算什么，我曾经杀了黄河里一个妖鼋，救了主公一命，你说我该不该吃个桃子？”齐景公说：“当时若不是古将军，我早已葬身鼋腹了，古将军盖世奇功，可以吃桃。”晏婴一听，赶紧给古冶子递桃。这时，田开疆站了出来：“我曾经南征北战，杀敌无数，使诸侯震惊，推举公主为盟主，这个功劳不知大不大？”晏婴连忙说：“田大将军的功劳比公孙将军和古将军大十倍，只是金桃已经没有了，请大王赐给他一杯酒，等明年桃熟后再给田将军桃子。”田开疆一听，热血上冲，说：“我功劳不小却吃不上桃子，反而在两位国君面前受这种侮辱，我还有什么脸面活到这世上？”说完就拔剑自杀了。公孙捷大吃一惊，持剑说：“我功劳小吃了桃，田史功劳大反而吃不上桃子，他死了，我又有什么脸面活在世上？”说完也自杀了。古冶子大声喊道：“我们三人结为兄弟，他俩都死了，我活着也没什么意思。”也拔剑自杀了。晏婴洞悉人性，用两个桃子做引子，不费吹灰之力就杀掉了三名勇士。
唐朝廷的招安只任命王仙芝一人，也有“二桃杀三士”的嫌疑。分配不公，必然引起内讧。唐朝廷想用一纸任命书来离间农民军将领关系的目的，也如愿以偿地达到了。
在黄巢和众部将的坚决反对下，王仙芝被迫放弃了唐朝廷授予的官职。当时的局势应该是相当紧张的，大有王仙芝不同意就会血溅当场的意思，因为之后王仙芝和黄巢就公开分裂了。他们不但是同乡，还是曾经在私盐贩战场上出生入死的好伙伴，如果不是无法弥补的矛盾，二人不会冒着被官军各个击破的危险分道扬镳。这矛盾，一定是黄巢用武力逼迫王仙芝不敢当场接受招安。义军因招安一事分化，三千余人跟从王仙芝及尚君长，二千余人随黄巢北上。
为了泄“招安不成”的愤怒，王仙芝纵部在蕲州大肆剽掠。蕲州城内的百姓，一半被赶出城外，一半被杀死，百姓的房屋被焚毁。在中间斡旋的唐蕲州刺史裴偓逃奔鄂州，前来招安的宦官逃奔襄州，王镣被农民军扣留。
黄巢挥兵北上，乾符四年（877年）正月，攻克郓州（治今山东郓城），杀天平节度使薛崇；三月，又攻破沂州。黄巢虽连下二州，但仍是孤军作战，势单力薄。这时王仙芝部将尚让（尚君长弟）屯兵嵖岈山（今河南遂平西），黄巢便与尚让会合，共保嵖岈山。这样，在形势的逼迫下，黄巢不得不与老搭档王仙芝再一次走到了一起。
黄巢与王仙芝再次合兵不久，即进攻宋州（治今河南商丘南），企图切断运河交通。由于唐廷调来大批援军，农民军作战失利。于是王仙芝率原班人马南下，再次与黄巢分裂。黄巢折向南略蕲、黄（州治黄冈，今湖北新洲县），北扑濮州（治鄄城，今山东鄄城县北）、滑州（治白马，治河南滑县东），进攻洛阳外围的叶（今河南叶县南）、阳翟（今河南禹县）。唐朝廷为了保卫东都洛阳，调动重兵来东都一带布防。黄巢见无机可乘，便挥兵南下了。
而王仙芝一度过江攻下鄂州（治江夏，今湖北武汉市），但其主力还在江北。义军连破安州（治安陆，今湖北安陆县）、随州（治随，今湖北随县），又向郢（州治京山，今湖北京山县）、复（州治沔阳，今湖北沔阳县西南）一带作战略的转移。
这时候，唐招讨副使、都监、宦官杨复光派人去劝诱王仙芝投降。王仙芝上次招安不成，一直很是后悔，为了表示诚意，派最亲信的心腹尚君长去邓州见杨复光。节度使宋威知道消息后，为了邀功，派人将尚君长在半路劫取。宋威就是前面谎报王仙芝已死的那人。这个脸皮极厚的宋威抓到尚君长后，立即上奏朝廷，说临阵生擒了尚君长。宦官杨复光大怒，也上奏称尚君长确实是来投降，并非宋威在战场上所擒。唐朝廷派了御史归仁绍来调查，毫无结果，于是将尚君长斩于狗脊岭。
尚君长一死，王仙芝招安的路就断了。乾符五年（878年）正月，王仙芝攻入江陵外郭，五百沙陀骑兵从襄阳赶来增援江陵的唐军，王仙芝兵败撤走。同月，唐朝廷解除了年老多病、战而无功的宋威的兵权，提拔颍州刺史张自勉为招讨副使，又调西川节度使高骈为荆南节度使兼盐铁转运使，加强兵力，加紧围剿王仙芝义军。二月，王仙芝率领义军南下蕲州（治蕲春，今湖北蕲春北）。曾元裕穷追不舍。双方在黄梅（今湖北黄梅县西北）决战，农民军大败，约五万义军壮烈牺牲，王仙芝在突围中不幸遇难。
王仙芝战死的时候，黄巢正在攻打亳州（治谯县，今安徽亳县），尚未攻下。王仙芝死后，余部由尚让率领，赶来和黄巢军会合。此时，黄巢的心中应该是又悲又喜吧，悲的是少了一个老朋友，也就少了一份牵制唐朝廷的力量；喜的是，老朋友的部下终于都归自己所有了。于是，义军公推黄巢为主，号冲天大将军，改元“王霸”，并设官分职，初步建立了农民军政权机构。“冲天”二字显然取自黄巢描摹菊花的“冲天香阵透长安”之句。
不久，在黄巢率军袭破了沂、濮二州之后，形势又一度逆转。唐廷命右卫上将军张自勉为东北行营招讨使，督兵进剿农民军。黄巢欲进兵襄邑、雍丘，为滑州节度使李峄所阻。在各地活动的义军也多被官军击溃。黄巢欲进攻东都洛阳，唐朝廷又迅速派来大批援军。
这时，唐朝廷再一次诱降，诏命黄巢为右卫将军。史书上记载说：黄巢“度藩镇不一，未足制己”，拒绝投降唐朝。但实际上，此时尚君长和王仙芝新死不久，尤其是尚君长的“送死”，黄巢不得不怀疑招安是个阴谋。这应该才是黄巢拒绝招安的根本原因。
乾符五年（878）三月，黄巢率军进攻汴、宋二州，唐朝廷以张自勉充东南面行营招讨使，以阻止义军。黄巢转攻卫南（今河南滑县东北）、叶（河南叶县）、阳翟（河南禹县），唐廷又诏命河阳兵千人开赴东都，与宣武、昭义兵守卫宫阙，还征调义成兵三千人守卫东都附近的伊阙、武牢等地，以增强东都的防御力量。黄巢见河南一带官军势力强大，难以取胜，而江南则力量相对薄弱；而王仙芝旧将王重隐又攻陷了洪州（治今江西南昌），转战于湖南，于是便率军渡江南下，与王重隐部相呼应，接连攻下了虔、吉、饶、信等州。八月，黄巢军进攻宣州，在南陵被官军打败。于是，黄巢率军又进入浙东，经婺州至衢州（今属浙江），然后披荆斩棘，开山路七百里，攻入福建。同年十二月，义军进入福州（今属福建）。之后，黄巢军再一次被官军打败，在官军的追击下进入广东。此时，距离黄巢进长安还有整整两年。
唐镇海节度使高骈贪立战功，曾奏请朝廷，请求率兵万余追击黄巢，以将黄巢部彻底剿灭。唐朝廷却另有预忌，深怕追剿黄巢失败，中原防守空虚，东西二都难以防守；加上当时帝国的兵权都在各藩镇节度使手中，大量调动军队南下，中原局势难以预料。因而没有同意高骈的计划。不仅如此，唐朝廷因只是担心黄巢重新北上，布置了几道防线，没有调动军队进行任何针对黄巢的军事进攻。本来败局已定的黄巢得到了宝贵的喘息机会。
就这样，黄巢率军攻城略地，随打随弃，如狂风骤雨先后席卷了中原大地，给所到之处均带去了极大的破坏，肆意抢掠唐官府、富有者的财物，无意于根据地建设。后勤补给除劫掠以外，即强令地方官征调，而地方官员自然转嫁于黎民百姓，涸泽而渔的补给方式又势必使得农民军不能在某一地区滞留太久。更重要的是，黄巢显然对首都长安以外的其他任何城市与地区缺乏兴趣，只想在进攻与逃跑之间渐渐壮大势力，伺机图谋北上。不论南下抑或北伐，都可视作是黄巢朝向长安的迂回曲折的道路。可见长安曾经是多么的壮观，竟然对黄巢这个外乡人产生了致命的吸引力。
经过一系列的挫折后，农民军主力基本上退出了中原战场。可以说，自从黄巢揭竿而起后，到目前为止，虽然有局部的军事胜利，但那胜利太小，仅仅限于攻陷几座小城池，战果几乎是微不足道的。黄巢基本上是靠游击战在大范围内的运动游走来取得生存，多少有点疲于奔命的感觉。可以想象，这种大失败的经历会对黄巢的心理产生不小的影响。他或许逐渐意识到，曾经的凌云壮志并不是那么容易实现的，一系列的打击让他逐渐现实而清醒起来。可以说这个时候开始，他已经意识到，他梦想中的长安离他实在太遥远，也许会永远可望而不可及。
王仙芝、黄巢起义后，全国各地有不少小股农民军纷纷响应。这里特别提到江西的一支农民军，由柳彦璋率领。乾符四年（877年）六月，柳彦璋率部攻陷江州，擒获唐江州刺史陶祥。柳彦璋让陶祥向朝廷上表，请求归顺。僖宗下诏，任命柳彦璋为右监门将军，并命令柳彦璋将部众解散后奔赴京师做官；又下诏任命左武卫将军刘秉仁为江州刺史。柳彦璋接到诏敕后不肯答应，率领战船百余艘在湓江上设立水寨。新江州刺史刘秉仁有勇有谋，乘驿马上任，单独驾一叶小船来到柳彦璋水寨中。柳彦璋大出意料，一时不知所措，傻头傻脑地上前迎拜时，被刘秉仁乘机斩首。刘秉仁随即将柳彦璋军全部解散，创下一人平一军的奇迹。事见《资治通鉴·卷二百五十三》。
关于这个刘秉仁，还有个相当有名的故事。根据明人冯梦龙的《古今笑史》记载：刘秉仁来任江州刺史时，从京师带来一头骆驼，放养在庐山下。庐山附近的百姓见了大惊失色，敲起鼓来聚集起来，合力把骆驼打死了。于是去禀告新任的刺史说：“某日于某处捕获庐山精。”刘秉仁命人把“庐山精”抬进来，却发现是他自己放养的骆驼。
黄巢后面的故事在前面的篇章已经有所论述。值得注意的是，黄巢后来先后提过想当两个地方的节度使，天平和广州。天平是他的家乡，毫无疑问，他希望能衣锦还乡，这可以说是几乎所有中国人都有的乡土情结。而广州，则是因为黄巢到达广州后，发现这块远离中原的地方还相当富庶，相对天平而言，广州也更加安全。但无论如何，长安才是黄巢心底深处最期待的梦想。
最后再提一下沙陀与唐朝的关系。从前面提到的庞勋起义和王仙芝起义都可以看到，沙陀军经常会在关键的战事中出现，在镇压农民军上起了极为重要的作用。
沙陀是西突厥的别部，名为处月，又被音译为朱邪。相传他们的先祖出生于雕窝之中，酋长因为他生得怪异，便让各族轮流抚养，因此得姓“诸爷”，即不是一个人抚养，后来传成了朱邪，即“诸”变成“朱”，“爷