黄巢此时，只是长安周围地区的“皇帝”，其势力范围东不出同州、华州、西不过兴平。关起门来当皇帝，听着舒服，但地小就无粮饷来源，日益窘困。反观唐朝，僖宗在蜀地，诸道入贡，蜀地又富足，正朔所在，节度使们也纷纷想趁乱立功，皆趋长安而来，把都城团团围住。最要命的，中和二年（公元882年），黄巢部将朱温眼见贼众来日无多，竟然以同州（今陕西大荔）向唐廷投降，被封为右金吾大将军，赐名全忠。
中和三年三月（公元883年），沙陀李克用进屯沙苑，大败黄巢之弟黄揆，并进一步与河中、易定、忠武三道唐军合兵，与尚让率领的十五万贼军主力大战于梁田陂（今陕西渭南）。激战一天，“贼众大败，俘斩数万，伏尸三十里”。兵败食尽之余，黄巢本人主力再败，惶急之下，贼军烧毁长安大部分宫室，向外奔逃而去。
“官军暴掠，无异于贼，长安室屋及民所存无几。”黄巢残军自蓝田逃入商山后，故意在路上抛洒金银财宝，“官军争取之，不急追，贼遂逸去”。
破黄巢诸道官军，李克用兵势最强，“诸将皆畏之”，这个沙陀人一目微眇，人称“独眼龙”，当时才二十八岁。
四海滔滔的鼎沸局面――黄巢灭亡前后的混乱局面
黄巢虽然从长安败出，元气犹存。他派其将孟楷率万余贼兵猛攻蔡州，蔡州节度使秦宗权出战不胜，随风倒得很快，马上向黄巢称臣，堂堂一唐朝节度使，竟然与败走长安的贼军“连兵而进”，真不知当时两部军队怎样统一服色。这位秦宗权原为忠武军牙将，黄巢初起时还常常“督励士众，登城拒守”，并在长安陷落后与监军杨复光积极“勤王”，也曾出师攻败贼军数次。这样一个节度使，竟因一次军败而降贼，可见当时唐王朝的威信已经一败涂地，人心思乱，依强附势。
黄巢前锋孟楷击降蔡州后，志骄意满，又东向急击陈州（今河南淮阳）。陈州刺史赵犨早有准备，先示之以弱，小退连连，伺贼军骄急，一举击袭，把万余黄巢前锋军几乎杀个精光，并擒斩孟楷。黄巢闻爱将被斩，急怒攻心，指挥手下所有部队屯于溵水，与秦宗权合兵，“掘堑五重，百道攻之”，下定决心要拿下陈州为孟楷报仇。
赵犨存必死之心，“数引锐兵开门出击贼，破之”。黄巢益怒，在州城北面扎下主营，“立宫室百司，为持久之计”，黄巢这位贼头也好笑，皇帝的感觉上来后就下不去，败北战斗途中，还摆昔日长安的排场。
由于几年内征战连连，百姓无法耕田生产，民间没有多少粮食积储，黄巢贼兵想抢粮也抢不到。但这也难不倒这群“起义军”，他们四处搜索，倒不是搜粮，而是搜掠能见到的百姓，然后成百上千地押回，生生抛入刚刚制作的特大石磨中，“糜骨皮于臼”，然后连皮夹骨带肉烤煮作为军粮，“日食数千人”，并把人肉军粮生产地命名为“舂磨寨”。
贼军先是就近掠人来杀吃，周围的人吃光后，就“纵兵四掠，自河南、许、唐、邓、显、郑、汴、曹、徐等数十州，咸被其毒。”唐将朱余忠（朱温）、周岌、时溥等人畏贼军强盛，也只能龟缩不出，任凭贼军掠百姓回去作军粮。
估计是黄巢军队先前曾发生过数次瘟疫，至此也有一定的防疫经验，吃了这么多活人肉，也不见他们有疾病大病的发生记载，反而个个身强体壮。有了这些“好干粮”，吃人恶魔们精神俊爽，日夜不停攻城，但就是攻不下陈州。
黄巢围困陈州近十个月，吃了数十万人，仍然攻不下近在咫尺的坚城。不久，唐军诸道继进，在陈州附近的西华（今天河南境内）大败贼将黄思邺。黄巢闻讯，内心始惧，退军故阳里（今淮阳北部）。陈州之围至此终于解除。
围打陈州是黄巢退出长安后最大的一招臭棋，他不仅丧失了先前“游击战”的灵活性，又给了唐廷调兵遣将、重新部署的机会。至此，黄巢进退维谷，兵心又丧，终离败亡不远了。
黄巢从陈州撤围后，又遇夏日大雨，军营皆为大水漂冲毁坏，只得引兵向汴州方向奔进，屠尉氏县城后，尚让率五千精锐兵卒直逼大梁（今河南开封）。
朱全忠得知“老战友”来袭，慌忙向沙陀人李克用求援。沙陀爷们挺实在，接到告急信马上就率军从许州（今河南许昌）出发，在中牟（今河南开封西部）北满渡追击黄巢，乘贼军半渡而击之，击杀一万多人，“贼众溃”。贼军骁将尚让见势不妙，率众向唐将时溥投降，其余几个将领也向朱全忠投降。
李克用马不停蹄，穷追黄巢，在封丘又大败黄巢，这位“皇帝”收集千余残兵，向兖州方向奔逃。路过老家冤句时，黄巢身边才剩几百号人。李克用骑兵一天一夜急奔二百多里地，粮尽后急还汴州，带上干粮又去追击，生俘得黄巢小儿子并缴获黄巢的“皇帝”仪仗和龙袍符印等。
黄巢长年四处奔跑“打游击”，在逃跑方面是顶级专家，竟也最终率百来人遁去。
李克用带着战利品返还汴州，在城外扎营。“地主”朱温热情得不行，非要请“大恩人”李克用入城，并在上源驿舍以最高规格接待这位沙陀将军。
当晚，朱全忠大排宴筵，“礼貌甚恭”，宴请李克用、监军及其亲随数百人。当时，这两位唐朝节度使自己还不知道此次酒会是一次“历史性的”酒会，因为日后五代中的两个皇帝（后梁与后唐的“开国君”）第一次碰头。
开始大家还挺高兴，气氛热烈。数杯美酒落肚，李克用“乘酒使气”，估计他内心深入也看不起朱全忠这位昔日黄巢贼军的降将，语多侵慢，骂骂咧咧，让朱全忠老大不高兴。老朱当时也没敢翻脸，硬挺着连连向大模大样、胡言乱语的李克用敬酒，把这位沙陀哥们灌得大醉。
酒席宴后，老朱黑着大脸走出驿舍。宣武将杨彦洪一直参加酒会，头尾瞧个真切，便劝朱全忠下手，连夜弄死李克用这批人，并提醒老朱说：“胡人急则乘马，事起后，看见乘马的人一定要用箭射杀。”
老朱杀心顿炽，连连点头，马上安排人用兵车和木栅堵住驿舍周围的路口，连夜发兵围攻李克用。细想一下，老朱此人也太阴险，好歹李克用长途奔波来救大梁，如果沙陀骑兵不来，老朱与从前的“老领导”黄巢开仗，还不一定打得赢。人家老李借酒骂几句，依理也不是刻意。老朱救命之恩不记，人家的酒话粗口就要报仇，由此，也可看出老朱阴险寡恩的性格阴暗面。
朱全忠军士明火执仗，喊杀阵阵，开始围攻驿舍。监军陈景乃一胆小公公，不敢出首，只有李克用的亲兵薛志勤、史敬思等十来个勇士格斗抵战。
李克用醉酒如泥，对外间事一无所知。仆人闻乱，忙吹灭烛火，把主人拖到床上，用冷水喷其面把他泼醒，告诉他外面汴军已包围驿舍要杀人。这时，李克用才醒转，“始张目援弓而起”，摇摇晃晃，真让他现在参加格斗，非常勉强。幸亏亲兵薛志勤善射，一箭一个，射死汴兵数十人。围攻的汴军军士鼓噪，不敢上前，纷纷以火炬向驿舍乱投，准备把李克用等人变成“烧鸡”。
烟火四合之际，正巧“大雨震电，天地晦冥”，暴雨忽下，火焰顿熄，李克用等人这才没被烧死，边斗边退，踰墙而逃。经过驿舍边一道桥时最为惊险，桥那边密密麻麻满是是汴兵，幸亏沙陀亲兵一个顶五个，箭射枪捅，终于杀出一条血路。李克用亲兵史敬思断后，拼死拒战，虽然最后被剁成肉酱，但为主人赢得了逃出生天的宝贵时机。
李克用等人急奔尉氏门，杀掉守门汴兵，从城头缒下逃生。李克用跑了，驿舍内一直未动手的监军陈景大公公及其三百多随从皆被汴兵杀得一个不剩。
围攻驿舍时，朱全忠也骑马在不远处观战。宣武将杨彦洪忘了自己先前说过“胡人急则乘马”的话，飞身跃骑一匹高头大马要追杀李克用。电光闪过之际，看见一个人纵马狂奔，朱全忠使尽全力就是一箭，把杨彦洪射个透心凉，倒于马下，死了。小人枉做小人。
半夜汴兵开始进攻驿舍时，就有三、两个沙陀兵士逃出城入李克用大营告变。李克用老婆刘氏“多智略”，怕事急众乱引起军变，立刻下令以“乱军”罪名斩杀告变的兵士，“阴召大将前来，谋保军以还”。平明时分，浑身是血的李克用身边只有几人，逃回本营，准备勒兵进攻朱全忠。刘氏劝丈夫“您为国讨贼，救诸侯之急，现汴人（朱全忠）无道欲谋害您，应向朝廷申诉。如果举兵相攻，则天下不知曲直在哪一方，而且又给对方以脱辩的借口”。
李克用深觉有理，暂时咽下这口气，引兵而去，“但移书责（朱）全忠。”
朱全忠假装不知情，回信表示：“前晚的事情我根本就不知道，是朝廷派使者与杨彦洪密谋要害您，现在杨彦洪已经被我杀掉，希望明公谅察。”随后，二人争相上书指责对方“罪恶”。唐廷已失去充任“仲裁者”的能力，“不复为之辩曲直”。见朝廷装聋作哑，混战的各藩镇“由是相互吞视，惟力是视，皆无所禀畏矣！”
从此开始，朱全忠、李克用交恶，成为不可说解的世仇，杀杀打打几十年，两个人活着时谁也没能彻底消灭对方。最后，还是李克用儿子李存勗争气，灭掉了朱全忠的儿子以及他对立的“后梁”。
再说黄巢。这位“皇帝”一路逃跑，到了瑕丘（今山东兖州境内）被昔日的铁杆助手、最坚决的“革命者”，如今的唐将尚让以及唐将陈景瑜追上，又大败一场。大凡变节将领追杀老主子，肯定要比真正的敌人还凶狠。尚让熟悉黄巢战法，自然一打即胜。
这次作战，基本把黄巢身边的军队杀得殆尽。黄“皇帝”仅剩几位亲戚，仓惶之下，一行人逃到泰山附近的狼虎谷躲藏，东奔西颠，成了一伙“野人”。
情急智生，黄巢外甥林言不想死，趁几个舅舅啃地瓜之际，跃身而起，先把大舅黄巢脑袋砍下，又杀黄存、黄邺、黄揆、黄钦等七个舅舅。接着，这位年轻有为的“义军”首领又杀掉黄巢的“皇后”与“皇太子”，一并砍下头颅。史书对此记载不一，有的说是黄巢自杀未死，让外甥帮忙。即使如此，外甥也不能把数位舅舅都“帮忙”弄死。
然后，林言自骑一匹马，把十来个血淋淋的首级串起来搭在另外一匹马上，下山向唐将时溥投降。走到半路，遇到一股属于李克用部属的沙陀军人。林言马上纵下马跪地，指着那一大串血淋淋的人头说明自己向官军投降的诚意。这帮沙陀人一听都乐了，真是天下掉下一屋子热馅饼的好事。领队小头目顺手一刀，把林言脑袋也砍掉，一伙人急忙拎着这些人头就近赶至时溥大营中领功。时溥当然也大喜过望，记录下这些沙陀人的姓名，派赏大笔金银遣送走。然后，他马上用黄锻锦盒把黄巢等人的脑袋泡上水银，遣人飞速送往成都呈唐僖宗报捷。
黄巢贼寇折腾近十年，终于至此告一段落。
仔细思考黄巢反叛始终事变，就会发现他与李自成很有一比。首先，黄巢先从王仙芝，李自成先从高近祥；其二，黄巢入京前万里转战，所向披靡，但一入长安，不过二年多就渐落颓境。李自成入北京前也是游动战，转战四方，入京后马上堕落，有十八天“皇帝”的谑称；其三，黄巢、李自成均攻陷首都后称帝，僭号改元；其四，黄巢、李自成手下多有儒生从贼，这些人皆是屡屡试不第的举子，其檄文告示，皆有文采可观；其五，黄巢入长安，下令唐官三品以上皆停用，四品以下依旧留任。李自成入北京，也是如此行事，不知是否其手下读过新、旧唐书，有样学样；其六，正史记载黄巢为林言所杀，但传言讲他变姓名易容貌当了和尚。李自成败后，正史载他在九宫山被村民打死，但也有传言讲他化装逃跑为僧。上述种种，真让人觉得李自就是黄巢的后身。
此外，落举不第，也是黄巢造反的重要原因。当初，唐太宗在端门，看见新进士络绎而出，大笑说：“天下英雄，尽入我彀中矣！”由此，唐人赵碬也有诗曰：“太宗皇帝真长策，赚得英雄尽白头”。诚可哀又诚可笑者，也恰恰是考试不中，黄巢奋起，趁乱为巨盗，终覆唐朝。后来不久，朱全忠的谋士李振，也是久试不第，劝老朱尽诛“清流”，把唐朝几十个大臣皆杀头后投尸于黄河。一直到清朝，真正给予满人致命打击的，也是一个久试失败的读书人———洪秀全。
唐僖宗中和四年（公元884年）八月，躲在成都的僖宗君臣齐上大玄楼受俘观礼。时溥等人派兵献上黄巢等人的首级以及在战斗中陆续俘获的黄巢姬妾嫔妃。僖宗观见下面跪着数百绝色美女，一时间还来了精神，责问道：“汝曹皆勋贵子女，世受国恩，为何从贼！”
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