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得知李克用已经杀到长安附近，李茂贞大惧，忙杀掉惹事的干儿子李继鹏，上表请罪，又写信与李克用讲和。唐昭宗想“各个击破”，下诏赦免李茂贞，让他与李克用一起合讨王行瑜。同时，为了奖赏李克用的“勤王”之功，唐昭宗又派二子入李克用大营拜这位沙陀人为兄，又以自己绝宠的奇色美人魏国夫人陈氏赐以“功臣”享用。皇帝赐妃予臣下，千古罕有。李克用笑而纳之。
沙陀头子李克用精兵强将，又有皇帝上谕旨，打得邠州节度使王行瑜弃城而走，不久，这位倒霉蛋便为属下所杀，传首京城。其宗族二百多口，也尽为他自己的乱军所杀。唐昭宗高兴，进封李克用为晋王。李克用暗中派人与唐昭宗谋议，想趁机平灭凤翔节度使李茂贞。可是，有亲近太监劝昭宗说如果李茂贞被灭，沙陀军大盛，对朝廷也非好事。耳软之下，唐昭宗下诏，褒赏李克用的“忠诚”，命他还镇。这位沙陀将还算听话，好人做到底，引兵东归。李克用一走，“李茂贞骄横如故”。
李克用大军屯扎渭北时，李茂贞和韩建当时真吓得不轻，“事朝廷礼甚恭”。沙陀军还，这两个贼臣“贡献渐疏，表章骄慢”。
唐昭宗经过此次逃亡，痛下决心要建设“自己的军队”，在神策东、西禁军外，又置安圣、保宁、宣化十数支亲军，征募数万人，以宗室诸王统领。
藩镇李茂贞对诸王将军很不爽，认定这些军队是要讨伐自己的，便扬言要“诣阙诉冤”。消息传出，京师士民争亡匿山谷。果然，他很快兴兵，上表称“勒兵入朝请罪”，并于乾宁三年（公元896年）夏天杀至长安近郊。
惊惶之余，延王李戒丕谏劝唐昭宗从鄜州渡黄河，迂回到太原依附李克用。无奈，昭宗只得再次出逃。
一行人至渭北，华州刺史韩建“坚请”皇帝到自己地盘，而昭宗自己及群臣“亦惮远去”，便听从韩建之劝前往华州，以州府为行宫。其实，韩建与李茂贞是一伙儿，唐昭宗此去，无异于自投狼穴。
沙陀军头李克用闻此讯，叹道：“韩建为贼臣弱帝室，皇上不为李茂贞所擒，也会被朱全忠所虏，当初若听我言平灭李茂贞，岂有今日之祸！”
李茂贞乱兵冲入长安，烧杀劫掠，“自中和（僖宗末期）以来所茸宫室、市肆，燔烧俱尽。”赫赫长安，大部分地方又成为瓦砾堆。
韩建控制唐昭宗后，出放当时的宰相崔胤于湖南。
崔胤密通朱全忠，让他为自己说话，并劝朱全忠筑洛阳宫室迎昭宗迁都。朱全忠上表，韩建害怕，又召回崔胤为相。拧不过朱全忠，韩建便打诸王主意，上表奏称睦王等宗室八王要谋杀自己，准备劫驾奔往太原李克用部。
昭宗大惊，遣诸位王爷到韩建处自诉，被拒绝。不得已，昭宗下诏解散诸王所统兵士，护卫甲兵归韩建总管，至此，“天子之亲军尽矣”，曾经救驾的捧日都头李筠等人也为韩建所杀。
待至延王李戒丕从太原出使回来，韩建便与太监刘季述合谋，矫制发兵围困诸王被软禁的府宅，进行攻杀。这些凤子龙孙如同笼中鸡鹅，“诸王被发，或缘垣，或升屋，”哀声大叫“皇帝救我”。结果，延王等十一个李氏宗室王爷尽数被擒，一起押至华州西边的石隄谷，集体处决。事后，诸王尸体皆为野兽所吞噬，真正是死无葬身之地。
极度郁闷之下，唐昭宗登楼，作《菩萨蛮》一首：“登楼延望秦宫殿，茫茫不见双飞燕，渭水一条流，千山与万丘。野烟生碧树，陌上行人去。何处有英雄，迎归大内中。”诗意悲怆已极。
干了如此坏事，韩建、李茂贞仍然害怕沙陀李克用，“乞修和好，同奖王室。”由于李克用自己被幽州的刘仁恭与朱全忠牵制住，也腾不出手来“打架”，便“许之”。朱全忠先是联合刘仁恭攻李克用，不久，他又联合魏博兵复攻刘仁恭，连破对方八寨，杀掠甚众。
光华元年（公元899年），唐昭宗还都，但是，朝权又由依恃朱全忠为后盾的宰相崔胤所专。崔胤也是小人一个，他专权后，把从前同立一朝的老同事们贬杀多人，“势震中外”，连宦官也畏惧他的权势，“不胜其愤”。
从华州返都的唐昭宗经过数次失败，心灰意冷，忽忽不乐，终日纵酒麻醉自己。
光华三年十二月，唐昭宗在禁苑打猎后，又喝得大醉，“手杀黄门、侍女多人”，长期压抑而致心理变态，酒精作用下的唐昭宗可能把眼前的小宦者、宫人们皆当成了囚他辱他的贼臣，剑光处处，鲜血淋漓。左军中尉刘季述等宦官愤恨南司（崔胤等宰相）权大，便借这一机会禁绝宫中内外往来，骗崔胤入宫，表示要“废昏立明”。崔胤畏死，“不敢违”，只得在连名状上署上自己的名字。
于是，刘季述率甲士千余人大呼冲入禁宫，逢人就杀。唐昭宗刚刚酒醒，闻乱，吓得从床上滚落于地。挣扎起身后，昭宗欲逃。刘季述等人已经冲入寝殿，把昭宗按在原座，并宣布以太子裕王李裕为帝。
唐昭宗自己还想辩解，倒是他的何皇后见势不妙，马上取来传国玉玺付与刘季述，扶唐昭宗入少阳院。刘季述带着兵士随后赶入少阳院，立唐昭宗于前，自坐于榻上大骂皇帝“数十罪”。然后，他命人严加看守唐昭宗，并亲自在大门上锁，又亲自灌铁汁入锁孔，“穴墙以通饮食”，把皇帝“硬禁”起来。“凡兵器针刀皆不得入，上（昭宗）求钱帛俱不得，求纸笔亦不予。时大寒，嫔御公主无衣衾，号哭声闻于外”。
然后，刘季述一面赏赐军人爵位财宝以市恩，一面尽杀昭宗平时亲信的宫人、太监、道士、僧人，“每夜杀人，昼以十余车载尸出”，想通过杀人来“立威”。刘公公很想顺便杀掉宰相崔胤，但他又十分害怕崔胤的后台朱全忠兴兵问罪，只能留他不杀。
朱全忠闻乱大喜，提前南还。刘季述忙派人携密信来谒，“许以唐社稷输之”，朱全忠逮捕来使，同时密派心腹蒋玄晖入长安见宰相崔胤谋划，准备一同诛灭宦官。
崔胤察知禁军左神禁指挥使孙德昭深恨太监专政，便暗相交结，伏兵于安福门，趁上朝时先杀掉手中握有兵权的禁中中尉大公公王仲光，并驰至少阳院在墙外高呼：“逆贼已诛，请陛下出劳将士。”
唐昭宗和何皇后都不敢相信，直到王仲先没有胡须的脑袋被抛扔入院中，夫妇二人才敢破门而出。
崔胤来前，保卫皇帝御长安门楼，宣布反正。很快，刘季述等几个首恶相继被擒，顿时皆被大棒击死，并诏命灭族。
大乱之时，深怕自己儿子李裕被杀，唐昭宗表示被太监拥立的儿子“幼弱，为凶竖所立，非其罪也”，仍令其还东宫。
事后，崔胤进封为司徒；朱全忠由东平郡王进为东平王。朱王爷掉转兵头，乘势又攻败河中节度使王珂，尽有其地。凤翔节度使李茂贞也趁乱买好，勒兵入贺，不费一兵一卒，又得尚书令官职的嘉赏。不久，他率兵还镇。
宰相崔胤为能以外兵制约宦官，恳请留兵三千。
崔胤主政后，想把军权完全从宦官手中夺回，由文臣掌军。昭宗自己不能谋断，召问禁卫军将。这些人不喜为宰相、文臣所制，对答道：“臣等累世在军中，未闻书生为军主。”于是，唐昭宗仍委宦官韩全海和张彦弘统领左右禁军。
崔胤未得禁军军权，不停上言唐昭宗尽诛宦官，韩全海等人“涕泣求哀”于昭宗。妇人之仁，唐昭宗不听崔胤之言。
当时，朱全忠与李茂贞俱有“挟天子以令诸侯”之意，老朱想拥皇上到洛阳，老李想劫皇上去凤翔。崔胤着忙，密送信于朱全忠，称：“今不速来，必成罪人！”于是，朱全忠发兵大梁，时为天复元年冬十一月（公元901年）。
得知朱全忠发兵，大公公韩全海纠结李继筠、李彦弼等禁卫军将，裹挟唐昭宗以及诸王、官人奔往凤翔，纵兵大掠内宫宝物。
唐昭宗本不想外逃，但军士们已在宫内外到处纵火。“是日冬至，上（唐昭宗）独坐思政殿，翘一足，一足蹋阑干，庭无群臣，旁无侍者。顷之，不得已，与皇后、妃嫔、诸王百余人皆上马，恸哭声不绝。出门，回顾禁中，火已赫然”。
生不逢时，这位大唐天子一次又一次地奔逃奔逃再奔逃。
朱全忠大军逼至，李茂贞的“友军”头头韩建知道自己打不过，单骑迎降。朱全忠大喜，署之为忠武节度使，以兵援送他回老家陈州当官。
朱全忠率军在长安城内只呆了一天，见没什么便宜可捞，转头就拔军趋凤翔，在城东扎下大营。李茂贞亲自上城道歉，唐昭宗又手诏劝朱全忠归镇。于是，老朱移兵转攻邠州，并击降驻守的静难军节度使杨崇本。朱全忠还归河中后，又派部将朱犮宁带兵，西出进击李茂贞。
宰相崔胤亲自从华州赶到河中，向朱全忠泣诉，求他前去救驾。“如朱公再不发兵，李茂贞就可能劫圣驾幸蜀地，如果那样，时势大异！”众人宴饮，崔胤“亲执板，为（朱）全忠歌以侑酒。”堂堂宰相当歌童，并非为君为国，而是为他一已之私。
审时度势后，朱全忠又发五万精兵，向凤翔进发。李茂贞出兵迎战，大败而还，据城不出。朱全忠挺会演戏，他“朝服向城而泣”，大喊道：“臣但款迎天子还都，不与岐王（李茂贞）角胜也。”留城不攻，朱全忠建五座大营予以包围。凤翔城坚，确实很难急攻而下。双方相持两个多月，朱全忠忽然诈退，李茂贞不知是计，开城追击，正中埋伏，被杀无数。“（李）茂贞自是丧气”，闭门再也不敢出战。
冬日苦寒，又连日大雪，“城中食尽，冻馁死者不可胜计。”往往街上一人倒地还未死，身上肉已被旁人割削而食。“市中卖人肉，斤值钱百，犬肉值五百”。李茂贞本军也乏食，只能杀狗杀猪供“御膳”。唐昭宗迫不得已，卖掉自己的御衣和小王子们镶有珠宝的小衣服买东西吃。双方乏食交战，还不忘互相谩骂。城上凤翔守军骂城下“夺天子贼”，城下围困的汴军骂城上的守军是“劫天子贼”，嗷嗷不已，也不嫌费口水。
凤翔守兵争噪要杀韩全海等致祸的宦官，韩大公公吓得向李茂贞叩头求哀。围困日久，城中禁军军将多有出城投降者。李茂贞再也挺不住，单独拜见唐昭宗，表示要诛杀韩全海，与朱全忠和解，奉皇帝还长安。
昭宗大喜，忙派一个小太监领凤翔兵四十人逮捕了韩全海以及禁军首领二十多人，当即处斩，把这些脑袋放在一个大筐内，送去城外的朱全忠的大营。
为了取悦朱全忠，李茂贞还急诏崔胤回朝为相。当然，想进一步加保险，李茂贞又要昭宗把女儿平原公主嫁给自己儿子宋侃（李茂贞原姓宋，因依附太监“立功”得赐姓李）。何皇后心疼自己亲生女儿，昭宗劝她：“只要我能出得城去，不必担心你闺女”。堂堂皇帝，至此连女儿也要舍弃，嫁与悍将之子为媳。
于是，李茂贞终于大开城门，放唐昭宗出城入朱全忠营。君臣相见，昭宗解自己玉带赐予这位“功臣”，并赐号“回天再造竭忠守正功臣”，进爵梁王。
困厄之后，昭宗又得以返回长安。不久，他就让朱全忠写信要回女儿平原公主。李茂贞不敢不还，但公主已被其子宋侃开处破瓜。
朱全忠、崔胤疯狂报复，尽杀宦官近千人，包括退休在家的、出使在外监军的，皆宣诏令所在军将杀之，“止留黄衣幼弱者三十人以备洒扫”。本来新任中尉第五可范对昭宗皇帝非常忠谨，也被当作首犯诛杀。昭宗也不敢保他，只得“私书祭文”安慰这位枉死的公公。
不久，朱全忠欲争淄青之地，辞别皇帝还镇。
宰相崔胤借朱全忠之军力诛除宦官、打败李茂贞之后，见老朱吞并关中、威震天下，纂夺之志已露，便内心生惧。于是，表面上他仍不停向朱全忠报告长安都城的情况，暗中想自己培植势力以遏制对方。于是，他写信给朱全忠，表示长安离凤翔的李茂贞太近，要早作准备，增募军兵，以免皇帝再被劫迁。朱全忠虽是大老粗出身，阴贼过人，当然知道崔胤的用意。他表面从崔胤所请，暗地派人在长安仔细监视崔胤的一举一动。崔胤自以为得计，终日招兵买马，封官命将。
未等崔胤羽翼长成，朱全忠密表崔胤谋反，并命自己留置于长安的将领宿卫都指挥使朱友谅带兵包围崔胤府第，逮捕斩杀了这位崔胤及其党徒数十人。然后，朱全忠又表奏与自己相善的右拾遗柳璨为宰相。唐昭宗只能宣诏任命。
朱全忠一不做，二不休，以李茂贞将要劫驾为辞，派牙将“请”唐昭宗迁都洛阳。此时，唐昭宗从也得从，不从也得从。他只能又一次（也是最后一次）泣别