蒋先生乃于孙的陆军总司令任期届满，连任一次后（一九五四年六月），调桂永清为参谋总长，孙为总统府参军长，再度打入冷宫。蒋做这样的决定，客观的原因是“狡兔死，走狗烹”，以孙做门面的作用消失；主观的情势，孙犯众怒，易导致内部的不和，且优虑孙为美国所利用，怕祸起萧墙。
孙的想法是“对于钧座尽忠效力，不惜贡献其生命以及一切，冀报万一”，＇18＇唯才不得展，志不得伸，参谋总长一职，居然，没有他的份，由黄埔系的桂永清，垂手而得，难免气愤填膺，险走极端。
孙是职业军人，“为了自己能独当一面，获得领导权，铲除那些贪污无能的官僚”诉诸枪杆子，原无足为奇。
《时代周刊》的一篇文章，言简意赅，发人深省。
“五十五岁的孙立人，能干、勇敢，是最西方式的事军领袖。台湾很多政界人士，深为不解，孙将军何以能屹立那么久？孙坚信，在现有的领导下，台湾无法幸存，私下谈及大陆之失，纯由于蒋氏坚持，政府私人化，反共大业和他自己相连在一起……。主张面对现实，放弃反攻希望。”＇19＇
依官方公布的调查报告，以及其它非官方的资料，“孙立人事件”的经过，大致如下：
主犯郭廷亮，三十四岁，原籍云南，税警总团干部教练所学员队二期毕业，时孙任团长。改新三十八师，郭是中尉排长，改新一军，郭升少校营长，一九四八年六月，驻军沈阳，和米店主人白经武结识，经白介绍，与李玉竹女士结婚，白借机“以匪党言论煽惑”。沈阳失陷，郭要求白协助取得路条，白介绍其兄经文，任吕正操部联络科科长，白经文嘱郭到台时，须为中共工作。郭因而顺利离开解放区，经天津、上海转台。＇20＇
郭到台后，先后任孙部少校营长、陆总搜索组大队长、步校教官、陆总第五署督训组。但“郭在四十三年（一九五四年）八月以前，并无显著或积极之匪谍活动。”一九五四年九月，某晚七时许，有操北方口音的李X到郭家相访，李谓：“白先生要你积极进行，不久他会到台湾来。”郭随即执行所交代之任务，利用与孙多年长官部属关系，在军中联络少尉级军官一百零数人，预备于适当时机，发动“兵谏”。
孙交卸陆军总司令时，曾令陆总督训组副组长于新民造册，把各军师团单位的联络人送孙。一九五四年八月和十月，孙曾两度召见郭廷亮，了解联络进展情况。
从犯六人，为三十七岁的江云锦，曾任陆军官校干部训练总队大队长，“陆总”第五署督训组副组长。“借到部队督训机会，在每一团中，指定职阶较高，学识较优，年资较深之同学为负责人，与部队中之各同学联络。”田祥鸿，三十岁，四川人，任上尉情报官，受郭指示，“把军训班（第四军官训练班）同学联络起来，结成一股力量”，“向政府提出改革事项。”刘凯英，二十九岁，安徽合肥人，供职某部，任第四军官训练班学生联络人。还有陈良埙，三十四岁，福建林森人，孙的随从参谋，和中校督导官李成亮。
六月初，国军在台南地区，举行总统亲校，孙等选定此时，为发难日期。郭廷亮于五月十五日，＇21＇台北谒孙，向孙报告，XX部队将在五月二十二日至六月二日开始团教练。“此项休息时间为采取行动最佳之时期。”孙本人计划于五月二十五日左右南下，以XXX为指挥所，“将于五月底或六月初有所行动”。
事情发生变的，孙决定于二十八日去南部，但“奉谕”于三十日与蒋先生同坐飞机，郭廷亮则已于二十五日被捕，仅由陈良埙于二十八日乘车南下，沿公路通知各地人马。
六月六日，南部地区七万部队，举行检阅，来宾有专程自南朝鲜抵台的美国第八军军长泰勒中将和蔡斯团长。受检部队，规定晨四时半前，抵屏东机场受检位置。预定上午九时半，正式检阅开始＇奇Qisuu。ｃom书＇，但延至十一时三十的，始克举行，检阅台前，两度用扫雷器进行反复检查。＇22＇
一说，孙事机不密，已先后有二十余人，向当局告密，证诸郭廷亮于事发前十二日被捕，情治单位，早掌握同谋人的动态；一说，某炮兵连突奉命携带弹药，引起某炮长怀疑，偷偷溜出营房向政治部主任阮成章报告转报安全局，于是毛人凤奉命专机南下，事败案发。
孙的“同谋”事发先后，分别被捕，仅刘凯英脱逃，且获孙资助。但国民党当局仍不动声色。六日，蒋先生在高雄设宴，为泰勒洗尘时，陪客中尚有孙立人在座。此后，六月十五日的黄埔军官学校成立校庆，和为蔡斯返国举行的联合欢宴席上（俞大维主持）再看不到将军的身影，孙实际上，受到看管侦讯之中。
外电率先报导孙被捕消息，当局却闷声不响。到八月三日，也就是说封锁了两个月，始公布孙辞职的消息。
辞职书虽吞吞吐吐，已呼之欲出。孙说：
“……近者陆军部队发生不肖事件，奉副总统谕示郭廷亮案情，日前黄、傅两局长奉命交阅江云锦等供词资料，职涉有重大之罪嫌，钧座未即付之法司，仰见格外爱护之恩德，天高地厚，感激涕零。伏念弱冠之年，即追随钧座，今已两鬓均斑，无日不在培植之中，感激知遇，应有以上报，乃今日竟发生此种不肖事件，抚衷自省，实深咎愧！拟请赐予免职，听候查处，倘蒙高厚，始终保全，俾闭门思过，痛悔自新，则不胜感激待命之至！”＇23＇
那末，究竟是什么事，是陆军部队发生的“不肖事件”，使孙“抚衷自省，实深咎愧”呢？当局讳莫如深，贯彻其“民可使由之，不可使知之”的原则，或持“犹抱琵琶半遮面”的无奈心理，以致谣言四起，众说纷纭，甚至距今二十八年，迄无是耶非耶的公断。
亲台湾的《新闻天地》，在《孙立人将军被黜》一文中，即对案情公布的方式，坦言指责，认为“步骤仓卒”，“事前未有整个计划”，“予人以突兀含混印象。”（24）
八月二十日，蒋先生下令成立调查委员会，委员包括陈诚、王宠惠、许世英、张群、何应钦、吴忠信、王云五、黄少谷、俞大维，并指定陈诚为主任委员，案情有密锣紧鼓的趋势，调委会成员，除陈诚、何应钦（在日，根本未参与）是军人，其余七位，和孙都谈不上任何恩怨纠葛，如吴忠信、许世英，德未必昭，年事甚高，王云五、俞大维两位，非国民党员，理论上，“不致受到党组织的影响”，王宠惠，司法权威，“一定会坚持公正立场”，＇25＇可以看得出，蒋先生立意要制造出一个客观、公正的形象。
由于国民党政府的信誉欠佳，持独立言论立场的海外刊物，对当局处理孙案的公平性，颇“忧心如焚”，
试举《祖国》的社论为例，该文说：
“这一事件，实为蒋经国氏与孙立人氏冲突斗争的结果……就政府处理龚德柏与马乘风案件经过看来，也使我们忧虑政府当局，是否能做适当的处理。”
社论特别提到吴国祯和任显群涉嫌匪谍案，“尽管舆论沸腾，人心激愤，”其中几项政治案件，如今依然在“不审不判”之中。“这次如果对孙立人以及郭廷亮的案件，也照以往的办法拖成‘无声无臭’，或不顾舆论而专行到底，那不但对内要失尽人心，同时将再次降低国际声望，而使反共复国的大业更加重的蒙上一层愁云惨雾。”＇26＇
因此，《祖国》建议，善处此案的三原则，要求政府“认识事态的严重，幡然醒悟，改变作风”，“洗雪前衍，以正视听。”
“（1）解除对孙立人的软禁状态，使他获有足以向典论界公开的自由的发表意见的机会。否则使人只能听到当权者一面之词，无从判断事实真相。从法律观点和既有的资料来看，郭廷亮是否共谋，尚无充分证据，纵然是共谋，绝不能因为他是孙立人的部属，竟把孙立人也当‘准共谍’来看待，尤其在未能证明孙立人与郭案有犯罪关连之前，不能先以对待罪犯的方式软禁起来（设非软禁，则何以不予孙立人以公开发言的机会？）。
（2）对郭廷亮等的审判，应该公开，如果碍于实际困难不能公开，也应组织由公正人士所组成的陪审团来参加审判。绝不能在秘密拘禁之后，是否经过合法审判尚不知道，即以共谋罪名将之夕上决。
（3）公开事买真相，是政府公正处理此事而能取信于国内外的首要原则。政府应即出面向舆论界，详细说明此案发生的原委，发表逮捕三百名军官的事实真相，并应说明到目前为止，获有哪些具体证据。单就传闻的资料来说，除了三月（六月之误）间那次军事演习时，配发实弹阴谋叛乱一事以外，反对政工制度及硬性规定师长级军官两年辞职两事，显然并不能证明郭廷亮等即是共谍。”＇27＇
不可否认，海外的舆论，的确使台湾对孙案的处理，既不敢造次，更不敢拖延，九人委员会，历时五十天，完成调查报告。孙将军接受侦讯时，地点在草山第一宾馆，“方式颇似座谈”。孙“坦白诚恳，在座诸人，有感极泣下者。”＇28＇
调查报告，长达一万六千余言，十月三十一日，正式公布。但其结果，和一九三七年的张学良案，有异曲同工之妙。总统命令，“以孙立人久历戎行，曾在对日抗战期间作战立功，且于案发之后，即能一再肫切陈述，自认咎责，深切痛悔，既经令准免去总统府参军长职务，特准予自新，毋庸另行议处，由国防部随时察考，以观后效。”＇29＇
张学良交军事委员会管教，孙立人由“国防部随时察考”，“管教”也好，“察考”也好，词义有别，结果相同，孙立人送台中软禁迄今。
孙如真的图谋不轨，罪证累累，交军法议处，大公无私，任何人，服与不服，亦将向法律低头。但蒋先生故意师法前人，交叉运用恩威并施的游戏，即西方所谓棍子萝卜的技巧，先予打击，再故示宽容，让受害人感恩不已。蒋“明令”“毋庸议处”的理由，是因为（1）孙抗战期间，作战有功。（2）坦白陈述。（3）深切痛悔。等于说，孙固有罪，其罪可诛，朕宅心仁厚，不咎既往。
然而，演戏和作假，究难天衣无缝。香港的《祖国》杂志．即以《孙立人案件献疑》为社论，提出下列疑问：
（1）孙立人身为陆军总司令，“部下军官何止千百”，没有人可以担保，其中“一个共谍都没有？”以此责孙失察，“实在不合情理”。
（2）孙立人的去职，既不能以“失察”为理由，真正的理由，是说他在“军中作小组织活动”，但《祖国》
作者提出一个疑问“何以黄埔同学可以联系，孙立人所训练的学生不可以联系？何以别的将领可以进行军官联谊组织，孙立人则不可以进行？”
（3）有联系活动，并不表示准备进行“兵谏”，报告书仅根据几个下级军官的供证，引人入罪，是无法服人的。
（4）关于郭廷亮案件部的，无确凿证据，仅郭本人的供词，该刊认为有下列疑点：
“①既无证人，又无证物，是怎样破获他的间谍活动的？
②既无证人证物，郭廷亮怎么会供认是共谋，自寻死路？
③假如郭廷亮是共谍，一定在台湾还有同伙，给他下命令或接受他的命令；对中共方面，也应有通讯联络方式；何以他长期孤零零地无联系地进行工作？
④郭廷亮的证供，是否可能‘苦打成招’，经过别人歪曲？
⑤调查报告书，字里行间，‘用了很多假定的语气’，这种调查．和‘法治的精神’背道而驰。”＇30＇
不明就里的读者，可能会反问：“为什么台湾的报纸，对孙案的公正性，未置一词？”了然舆论工具控制在官方手里的特性，那就没有什么好惊奇的了。
只拍苍蝇不打老虎的监察院，煞有其事，成立以曹德宣、陶百川为首的五人小组，进行调查，可惜该项报告，始终未获面世，列为监院密件“加锁加封”，甚至，事隔多年，当事人陶百川，要求借阅，均遭挡驾，＇31＇个中蹊跷，应是本案的关键之一。
陶百川坦言，其“结果与其它机关提出的报告，颇有出入。”这“颇有出入”四个字虽含蓄，却具画龙点睛之妙。五人委员，天良出现，给这位民国时的的赵构，写一长函，为孙将军和郭廷亮等“剖明事实”，郭乃由死刑减为无期徒刑。
郭廷亮判定“匪谍”罪，而幸免一死，台湾无此先例。假释后，获准离台赴港，又是例外之例。自然，不是五人小组“剖明事实”的功劳，仅能说，经国有好生之德。郭不幸为夹缝中人物，不死已属大幸矣！
用常情判断，孙有一肚子委屈，现实环境使他无法展布，愤世嫉俗，以至铤而走险，那是可能的。然而，孙军人出身，难道他一点机警都没有，对台湾的严密特务监视，茫无所知，敢轻举妄动，