“如此次我大总统依法继任，政府对内对外，迭经声明，所依何法？非根据元年《约法》规定程序所衍生之大总统选举法耶？使三年《约法》而为法也，一法不容二存，则被该法所废止之《大总统选举法》，定当非法，云何能依？果尔，则何不于六月九日，开所谓石室金匮以别求元首？夫我总统正位，而国内外共仰为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成为法也。又如我公今所长之机关为国务院，国务院者，元年《约法》上之机关，三年《约法》所未尝有也。三年《约法》若为法，元年《约法》定非法，公所长之院何由成立？今发布院令而中外共许为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成法也。揆诸法理如彼，征诸事实如此，则三年《约法》之非法，确成铁案。”
北洋系方面既然不愿恢复旧《约法》，所以拟议仿照约法会议，来修订一个新约法，议会纷纭，莫衷一是。
6月25日，上海海军突宣布独立，驻沪海军总司令李鼎新、第一舰队司令林葆怿、练习舰队司令曾兆麟发表联合宣言，因拥护旧《约法》而宣告独立，电曰：
“自辛亥举义，海上将士，拥护共和，天下共见。癸丑之役，以民国初基，不堪动摇，遂决定拥护中央。然保守共和之至诚，仍后先一辙，想亦天下所共谅。洎乎帝制发生，滇南首义，筹安黑幕，一朝揭破，天下咸晓，然于所谓民意者，皆由伪造，所谓推戴者，皆由势迫。人心愤激，全国扰，南北相持，解决无日。战祸迫于眉睫，国家濒于危亡。海上诸将士，佥以丁此奇变，不宜拘守常法，徒博服从美名，无补于大局，当与护国军军务院联络一致行动，冀挽危局。正在进行，袁氏已殒。今黎大总统虽已就职，北京政府仍根据袁氏擅改之《约法》，以遗令宣布，又岂能取信天下，餍服人心？其为帝党从中挟持，不问可知，我大总统陷于孤立，不克自由发表意见，即此可以类推。是则大难未已，后患方殷。今率海军将士于六月二十五日加入护国军，以拥护今大总统，保障共和为目的，非俟恢复元年《约法》，国会开会，正式内阁成立后，北京海军部之命令，断不承受。誓为一劳永逸之图，勿贻姑息养奸之祸，庶几海内一家，相接以诚，相守以法，共循正轨而臻治安矣。”
上海海军的独立，使段感到事态严重和自身陷于孤立。当时中国海军共有三个舰队，第一舰队是海军的主力。这次公然独立，不仅严重地威胁北洋系势力下沿海各省区，同时还可以帮助护国军运兵北上。
段祺瑞这才了解问题严重，乃不再坚持要行新《约法》，同时由于林长民、张国淦的奔走，乃于6月29日由黎元洪正式申令，仍遵行民国元年公布之《临时约法》，申令如下：“共和国体，首重民意。民意所壹，厥惟宪法。宪法之成，专待国会。我中华民国国会自三年一月十日停止以后，时越两载，迄未召复，以致开国五年宪法未定，大本不立，庶政无由进行。亟应召集国会，速定宪法，以协民志而固国本。宪法未定以前，仍遵行中华民国元年三月十一日公布之《临时约法》，至宪法成立为止。其二年十月五日宣布之《大总统选举法》，系宪法之一部，应仍有效。”
又申令：“依据《临时约法》第五十三条，续行召集国会，定本年八月一日起，继续开会。所有关于袁氏时期之立法院、国民会议各法令，应即撤销，并裁撤参政院，特任段祺瑞为国务院总理及各部总长。”于是争议不决的法统问题，遂告一段落。
7月14日，黎元洪下令惩治帝制祸首杨度、孙毓筠、顾鳌、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可等八人，余悉从宽免。西南军务院以所提条件，大致均孚愿望，遂于同日由唐继尧、岑春煊、梁启超、刘显世、陆荣廷、陈炳焜、吕公望、蔡锷、李烈钧、戴戡、刘存厚、罗佩金、李鼎新等联合通电撤销，声明国家一切政务，静听元首、政府和国会主持。
洪宪垮台，袁世凯去世，梁启超和蔡锷这师生二人便成为当时人望。黎元洪做了光杆总统后，极望能拉拢护国方面的力量，倚为支援，于是有人向黎建议，礼聘梁启超为总统府秘书长，如梁北上，以梁当时的人望和西南护国军方面的实力，足以牵制段祺瑞。黎颇以为然，遂于7月1日致电梁启超，电云：
“屡承来训，虑远思深，谋国之心，家居弥笃。泰山北斗，景仰为劳。亦每知读礼之时，不敢以阁员相浼，然万端待理，棼如乱丝，辱以庸才，丁兹危局，设使旧鼎覆餗，沦胥以灭，既负人民望治之心，亦违先生救时之愿，窃不自揣，欲以本府秘书长相屈，既无嫌乎夺情，且可资乎论道。先生模楷人伦，万流仰镜，倘肯垂念邦国，当不忍金玉尔音。敢布寸心，拥彗俟命。”
梁启超是聪明人。何尝不知道这是吃力不讨好的工作，所以婉辞复谢。黎元洪随后复数次致书遣人邀梁入京，赞襄一切，并命公府收支处自7月份起月赠津贴2000元，其致梁函略云：
“自违尘教，裘葛载更。岭树江云，迢迢千里，虽鳞鸿多便，邮电常通，而仰企之怀，未足罄其万一也。徐君佛苏到京，询悉素履安和，旅祺清适，欣慰不可言喻。国家多故，祸变相寻，赖执事奔走提倡之功，与夫调护斡旋之力，幸得由剥而复，转危为安。元洪不才，亦获随诸君子后，共荷钜艰，凡百措施，均资指导，嘉猷伟略，薄海同钦，此固民国无疆之休，非仅私幸已也！现在国会将开，人心粗定，而茫茫前途，来日大难，一切建设问题，非得宏才卓识如执事者，从容坐论，随事谘商，长夜冥行，其何能淑？前曾奉上一电，敬迓高轩，适执事俨然在忧服之中，哀毁已甚，未便固请，然引伫足音，寸阴若岁，自夏徂秋，虚席以待者，亦既三阅月矣！屈指读礼之期，行满百日，为国夺情，万民所望，睹此危局，宁忍恝然。伏乞台从北来，克日命驾，慰我饥渴，示我周行，九顿以请，幸毋遐弃，鉴此微忱。”
民国5年双十节，黎元洪以共和重建，特发表大批授勋令，以为酬庸之典。首授孙中山大勋位；蔡锷、唐继尧、陆荣廷、梁启超、黄兴、岑春煊6人以勋一位；段祺瑞、王士珍、冯国璋3人以一等大绶宝光嘉禾章。这些勋章，颁赠得太多，如西南首义反帝制派之将领及北洋帝制派之拥有兵权者，甚至逊清皇室之世续、载涛、绍英等，亦均获得。遂使鱼龙混杂，有勋章如雨之势。
九十九、段祺瑞大权独揽
袁死黎继，北京政府的大权便在段祺瑞掌握中，一切大政均是段的决定。6月10日裁撤了陆海军大元帅统率办事处，这是袁以总统的身份抓军权的机构，袁在世之日和段闹得最不愉快的，就是这个机构，黎当总统，段自然不能再让这个机构存在，所以首先废除了它。13日令徐树铮为国务院秘书长，令王式通为国务院参议。徐树铮是段的智囊，倚为腹心，却又是袁所最憎恨的人。段出任国务总理时，就为了要派徐树铮为国务院秘书长而和袁闹得极不愉快，现在是段的天下了，徐树铮当然要先掌大权的。这正合了一朝天子一朝臣的古话。19日下令裁撤京畿军政执法处，这是袁的特务机构，也是被各方最痛恨的机构，段为了收揽人心，所以先裁撤了它。29日废国务卿名义，仍恢复国务总理，裁撤参政院和平政院所属的肃政厅。
30日政府人事大改组，外交总长、交通总长曹汝霖，内务总长王揖唐、海军总长刘冠雄、司法总长、农商总长章宗祥、教育总长张国淦辞职照准。以唐绍仪为外交总长、许世英为内务总长、陈锦涛为财政总长、程璧光为海军总长、张耀曾为司法总长、孙洪伊为教育总长、张国淦为农商总长、汪大燮为交通总长、段祺瑞自兼陆军总长。唐绍仪未到任以前陈锦涛暂兼外交总长，张耀曾未到任前，以张国淦兼司法总长。7月12日再局部改组，以孙洪伊为内务总长、范源濂为教育总长、许世英为交通总长。8月1日改派谷钟秀为农商总长，张国淦转任总统府秘书长。
7月6日对于各省军政首长的名称加以修改，在官制未定以前，各省督理军务长官改称督军，民政长官改称省长。令张作霖为奉天督军，孟恩远吉林督军，张怀芝山东督军，赵倜河南督军，阎锡山山西督军，冯国璋江苏督军，张勋安徽督军，李纯江西督军，李厚基福建督军，吕公望浙江督军，王占元湖北督军，陈宦湖南督军，陈树藩陕西督军，蔡锷四川督军，陆荣廷广东督军，陈炳焜广西督军，唐继尧云南督军，刘显世贵州督军。令朱家宝为直隶省长，郭宗熙吉林省长，毕桂芳黑龙江省长，田文烈河南省长，沈铭昌山西省长，齐耀琳江苏省长，倪嗣冲安徽省长，戚扬江西省长，范守佑湖北省长，张广建甘肃省长，杨增新新疆省长，朱庆澜广东省长，罗佩金广西省长，任可澄云南省长，戴戡贵州省长，胡瑞霖署福建省长，孙发绪署山东省长，张作霖兼署奉天省长，吕公望兼署浙江省长，陈宦兼署湖南省长，陈树藩兼署陕西省长，蔡锷兼署四川省长。令朱家宝兼署直隶督军，毕桂芳兼署黑龙江督军，张广建兼署甘肃督军，杨增新兼署新疆督军。令湖南督军陈宦迅速赴任，未到任前以陆荣廷暂署，广东督军陆荣廷未到任前以龙济光暂署。令授李烈钧勋二位，陆军中将加上将衔。
段祺瑞发表的各省军政首长名单，是煞费若心的，一方面要促进南北统一，一方面要巩固北洋势力，求全而不全 ，换汤没有换药。举例言之，袁颁布的将军名义和护国军方面的都督名义同时取消，代之为督军，只是在都督和将军两个衔头中各抽出一个字合创督军的新名词而已；其次是委曲求全方面，这次人事安排，无论帝制与反袁派，在台上或新被逐（如陈宦）者，都给予一定的位置安排，人人各得其所，在安排上总算尽了最大努力。段的本意想在各省达到军民分治，所以只有少数省份是以督军而兼署省长的，署是临时性质。以省长而兼署督军的，只有四个省。这些省都是以小军阀或者以文人而权充军事长官，这当然是临时性质。至于段在四川、湖南、广东、广西四省的权力分配，简直是播下了战争种子，制造了纷乱的根源。尤其是对湖南，湖南是南北用兵必争之地，较之四川还要重要，因为在北洋军来说，取湖南比取四川容易得多。
为什么段不维持汤芗铭的湖南督军而改派他为广东查办使呢？原来就在段发表各省督军名单的前两天，湖南出了事，汤芗铭逃之夭夭。湖南独立时，北洋军第六师在湘西，安武军倪毓棻部在岳州，汤直接指挥的，是北洋军一个混成旅，由旅长车震率领，驻扎在长沙附近。这时候，广西军已有一部分到达衡阳和宝庆。陆荣廷以护国军湘、粤、桂联军总司令身份，于6月初由广东开到湖南，进驻衡州。在湖南内部，赵恒惕等已组成了湘军两师，湘西一部分民军也开到长沙附近成立了一个师。这是个剑拔弩张的局面，袁军与护国军无法和平相处，随时可能发生冲突。汤芗铭的处境，和陈宦在成都有点相同，既不能指挥驻扎在湘西、湘北的袁军，又不能指挥湖南的民军和桂、粤的客军。最糟的是湖南人恨透了这个杀人如麻的汤屠户，因此各路民军围攻长沙，以及国民党人要用手枪和炸弹对付汤的风声传遍了长沙城。7月4日深夜汤芗铭在四面楚歌中离开了长沙。
汤芗铭走后，湘军已成立了三个师，师长是陈复初、赵恒惕、陈忠洵。曾继梧以湘军第一军长暂代湖南都督，龙璋暂代湖南民政长。随后程潜以湖南护国军总司令名义由云南到了湖南，他的部队也改为湘军第四师。汤芗铭的离去，并未减轻湖南的火药味，而7月6日北京政府又发表陈宦为湖南督军兼署省长，陈宦未到任前，派陆荣廷署理督军和省长。这个命令使湖南更加复杂了。
段祺瑞对陈宦印象恶劣极了，那么段又为什么派陈为湖南督军兼署省长呢？这是由于黎元洪坚决主张必须给陈一个督军职务。当汤芗铭逃离湖南后，段打算迅速派遣一支北洋军进驻湖南，又苦于无兵可调，恰好这时陈宦由四川撤出时 ，手上还有两旅兵力，派他就近入湘，既可敷衍黎，又给陈一个戴罪图功的机会。
这道命令立刻引起了湖南人民的激烈反对，湖南人赶走了一个北洋军阀，断不容又来一个北洋军阀，因此湖南各界推举年已七旬的刘人熙为湖南都督。为什么推刘呢？因为刘人熙以前做过广西藩台，与桂军陆荣廷颇有渊源，想通过刘的关系取得桂军协助以拒北洋军。
陆荣廷支持湖南人民这个行动，因为桂军也不希望北洋军大举进驻湖南。北军人湘问题引起了湖南人民和滇军、