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段不愿意让黎复任总统，却也并不希望冯继任总统，他本想暗示北方军阀推举徐世昌为临时总统，可是他的计划还未开始，北方军人们不识段的心意，即纷纷电请代总统入京执行元首职权。倪嗣冲在电报中呼冯为“我大总统”，呼黎为“前大总统”。这样一来，段不好意思不让冯代下去，只好作顺水人情，他认为今后的总统只是一个高拱无为的元首，冯当了这个毫无实权的总统，反而比较在南京拥兵自重好得多，冯是在段这种心情下当了总统。
冯抵京时，清室派有代表到站欢迎。8月4日冯特派内务总长汤化龙为代表答谢逊清皇帝派代表欢迎他的盛意。汤见到溥仪时，恭行三个鞠躬礼，大声地说：“大中华民国大总统，谨派内务总长汤化龙，致谢大清皇帝，并敬问大清皇帝安好！”世续代表溥仪也大声地唱道：“大清皇帝谨谢大中华民国大总统答礼的盛意，并回问大总统安好！”
冯就职后，派张一麐为秘书长，师景云为侍从武官兼军事办公处长，熊炳琦为侍从武官兼参谋长，张宗昌为侍从武官兼副官处长，殷鸿寿为侍从武官兼执法处长，侍从武官长仍为荫昌，总统府指挥使仍为徐邦杰，这两人是袁时代就担任这项职务，历事袁、黎、冯三位总统，可称三朝元老。
冯很认真地唱出“将相和”，他要北洋三杰团结，以重振北洋声势，他认为今后府院是一家，上下是一致，内外是一心。他紧握着段的手，亲切地说：“以后咱们再也没有什么府、院之争了。”他又对王士珍和段祺瑞说：“咱们三人从此要一条心，通力合作，在咱们三个人中间，无所谓总统、总理、参谋总长，”他的三杰一体论煞有介事。其实三人各有矛盾。根本无法“一体”。
段祺瑞讨平张勋复辟时，总统问题曾使他面临两种抉择，一是让黎元洪复职，二是请冯国璋真除，在事情上段本来就瞧不起黎，这次两人闹得太伤感情，段认为黎免他总理职太伤他的自尊心，所以他完全不考虑让黎复职。张国淦曾劝他说，黎无兵无勇，经过这次颠沛，如果由段拥他复任，则黎一定很听话。冯有兵有勇，又同是北洋派的两大台柱，做了总统可不会像黎这么听话。段也同意这个意见，无奈他为人太刚愎，同时又中了一种毒素，认为冯虽然有兵有勇，在北洋派中有号召力，如果留在南京便会成气候，如果来到北京就任空头的大总统，就慢慢会消蚀。因此他在黎、冯二人中便支持冯。其实早在袁世凯小站练兵时起，冯、段两人便面和心不和；袁世凯死后，冯、段两人各有千秋，对于争夺北洋派领袖，向来不遗余力。
段本来打算在冯入京后，即派段芝贵为江苏督军，小段在袁世凯时代是一等红督，做过湖北督军和奉天督军，其后虽以帝制余孽而休息一个时期，这次讨逆他又东山再起，有功于“再造共和”，段想用他代替冯为江苏督军，应该是说得过去的，因为同是北洋派。那知冯国璋也有他的安排。他在离开南京以前，就提出调任江西督军李纯为江苏督军，升任驻南苑的第十二师长陈光远为江西督军。原来李纯、陈光远和湖北督军王占元在北洋派中都是亲冯的。早在辛亥革命时，冯国璋统率北军第一军南下与革命军作战，第一军是由第六镇统制（即师长）李纯，第二镇协统（即旅长）王占元，第四镇协统陈光远等混合编成，由此以后，他们便逐渐形成一个小集团，就是后来赫赫有名的“直系”。
直系名称是因为冯国璋是直隶人，这和段祺瑞的皖系是因为段祺瑞是安徽合肥人相同，不过参加这两系的军阀们，并不完全是这两省人，大都因为个人利害关系，并且在直、皖两系明争暗斗过程中，他们的成员互相变化，很难划分界限。
冯国璋不只是安排了江苏督军，同时又将一向由自己统率的禁卫军扩大为两个师，禁卫军是清朝末年成立的，辛亥年袁再起组阁，即以冯为禁卫军统领，民国成立后，冯仍继续统率这支军队，名称也不变。迨冯继任总统后，禁卫军改编为两个师，以王廷桢为第十六师师长，留在南京，与由江西调来的第六师长齐燮元共同守卫江苏地盘，另以刘询为第十五师长兼总统拱卫军司令移驻北京。这样的安排，他在北京当总统便有自己的军队，而在长江一带又有地盘。第六师师长齐燮元原任十二旅旅长，因前任师长周炳文患精神病，齐乃升任，这支军队一直驻防江西，它的前身是武卫右军，后改第六镇，再改第六师，段祺瑞、王士珍、吴禄贞、李纯都带过这支军队。
黎在冯就职后，就正式向冯提出离京赴津休养的要求，果然不出张国淦的判断，冯慨然应允，很高兴黎能离开北京城。由于冯的答允，段不便阻黎出京，但仍责成汤化龙担保黎出京后，不作政治活动、不南下。
8月28日黎黯然离开了北京城，他在北京虽然是先任副总统后任总统，但北京留给他的，全都是痛苦的纪录。他到天津后立即返回他的私邸，段密令曹锟就近派人监视他。
袁世凯死后的北方天下和北洋系从没有一天安定下来，而总统问题和内阁问题也是时局纷乱的中心，北洋实力人物互相排斥，互相倾轧，黎不是北洋系，赶走了黎，纷扰并没有解决，仍继续不断地发生新问题，增加新纠纷。
段内阁是7月14日由天津迁回北京的，迂回北京后，即面临了许多大问题，总统问题由于冯国璋来京，总算解决了，剩下还有国会问题和对德宣战问题。
段本人当然不喜欢国会，但是既为民主共和国，就不能没有国会。梁启超建议在旧国会已被解散，新国会还未成立时，召集临时参议院代行国会立法权。这是仿效民国成立时在首都南京召集临时参议院作为过渡性的立法机关。今天讨平复辟，情况相同于民国成立时，已解散的旧国会当然不该再召集，只好由临时参议院修改《国会组织法》与《参众两院议员选举法》，然后根据这些新法召集新国会。段祺瑞既然憎恨旧国会，所以只要不召集旧国会，对于任何其他形式的立法机关都没有意见。如果召集临时参议院，其参议员的产生是由地方当局指派，而不是由人民选举，这样便可产生清一色的参议员。
7月20日，国务院举行讨平复辟政变后的第一次国务会议，通过召集临时参议院，并推梁启超起草通电征求各省当局对于召集临时参议院的意见。
7月24日国务院致各省通电说：
“今日仍为适用《约法》时代，但国会解散之后，断无重行召集之理由。改选国会，程序繁重，非一时所能竣事。……一为改组之说，然必先修改《国会组织法》，尤必先有提议改组并制定法津之机关，其职权又为法律所许可者。……今日既为遵行《约法》时代，则所谓合法机关，无过于《约法》上之参议院者。国会之职权乃由《约法》上之参议院递嬗而来，有参议院行使《约法》职权，即无异于国会之存在；且人数无多，选派由地方自定，依据《约法》，可以迅速成立。……总之，宪法未定以前，《约法》为根本大法。依据《约法》以召集《约法》上之参议院，依据《约法》上参议院之职权以解决制宪、修正组织法各问题，则事事守法以行，于政治上能得平允，于法律上不生矛盾。……但立法为最高机关，其成立程序，政府应征集多数意见。即请发抒伟论，迅速详复。”
梁启超这篇文章做得并不高明，法理上也很勉强，好在段祺瑞的法律知识也不高明，且各有私心打算，只要能勉强地自圆其说，也就算数。这篇通电发出后，北洋派的封疆大吏纷纷复电随声附和，孙中山则表示了坚决的反对态度，孙说：只有恢复被非法解散的国会，才能真正符合《约法》精神，段祺瑞拒绝恢复国会而打算召集临时参议院，完全是破坏《约法》。西南军人都支持孙中山主张。段悍然置之不理，且由国务院正式下令：
“《国会组织法》，暨《两院议员选举法》，民国元年，系经参议院议决，咨由袁前大总统公布。历年以来，累经政变，多因立法未善所致，现在亟应修改，着各行省蒙藏青海各长官，仍依法选派参议员，于一个月内到京，组织参议院，将所有应改之组织选举各法，开会议决。此外职权，应俟正式国会成立后，按法执行，以示尊重立法机关之至意。”
黎、段之争和国会解散，肇因于段要对德宣战而黎反对所引起，如今段再掌政权，自然要贯彻这个主张。黎已下台，国会已被解散，段可以随心所欲去搞了，因此宣战案于8月4日提交国务会议通过，14日以总统命令正式公布，令云：
“我中华民国政府，前以德国施行潜水艇计划，违背国际公法，危害中立国人民生命财产，曾于本年二月九日向德政府提出抗议，并声明万一抗议无效，不得已将与德国断绝外交关系等语。不意抗议之后，其潜水艇计划，曾不少变，中立国之船只，交战国之商船，横被轰毁，日增其数，我国人民之被害，亦复甚众。我国政府不能不视抗议之无效，虽欲忍痛偷安。非惟无以对尚义知耻之国人，亦且无以谢当仁不让之与国。中外共愤，询谋佥同，遂于三月十四日，向德政府宣告断绝外交关系，并将经过情形，宣示中外。我中华民国政府，所希冀者和平，所尊重者公法，所保护者我本国人民之生命财产，初非有仇于德国。设令德政府有悔祸之心，怵于公愤，改变战略，实我政府之所祷企，不忍遽视为公敌者也。乃自绝交之后，已历五月，潜艇之攻击如故。非特德国而已，即与德国取同一政策之奥国，亦始终未改其态度。既背公法，复伤害吾人民，我政府责善之深心，至是实已绝望。爰自中华民国六年八月十四日上午十时起，对德国、奥国宣告立于战争地位，所有以前我国与德奥两国订立之条约、合同、协约，及其他国际条款、国际协议，属于中德、中奥之关系者，悉依据国际公法及惯例，一律废止……。当此国变初平，疮痍未复，遭逢不幸，有此衅端，本大总统眷念民生，能无心恻，非当万无苟免之机，决不为是一息争存之举。……所愿举国人民，奋发淬厉，同履艰贞，为我中华民国保此悠久无疆之国命而光大之，以立于国际团体之中，共享其乐利也。布告遐迩，咸使闻知！”
北京政府宣布对德、奥宣战后，美国立即表示好感。8月14日美国公使照会北京外交部：
“欣愿趁此机会，将友谊及联带责任并协助之处，特向中国政府确切声明，自必赞助中国在国际上享得大国当有之地位及其优待。”
同时中国驻美国公使顾维钧也向北京政府秘密报告，美国将以2亿银元借予中国，帮助中国出兵欧洲。可是段祺瑞早和日本有了密切的勾结，日本同样向北京政府提出愿意贷给同美国一样的借款，并且不要中国出兵欧洲。段需要钱，可是不打算用这笔钱去欧洲打战，而是用这笔钱完成他统一中国的美梦。这个美梦是北洋军阀所梦寐以求的，过去袁世凯未完成，段以袁继承人自居，当然希望能在自己手中完成。
不过中国向外国借款，根据民国2年英、法、德、日、俄五国银行团和中国政府的协定，不能单独向五国中的一国进行政治借款，更不能向五国银团以外的国家借款，现在德国既已除外，可是其他四国还在，因此段要和日本秘密借款，是需要费点周折的。
8月10日，日本藏相胜田迅速与中国亲日派的陆宗舆组成了中日合办的中华汇业银行，由陆为经理，这个银行以投资中国为基本业务。接着中国先向五国银行团提出申请，要借1亿银元的善后借款。这时欧战在紧急时期，英、法、俄三国都没有力量提供这笔借款，德国已成敌国自然除外，于是经协商后，就推由日本银行团先行如数拨借，待欧战结束，再由五国银行团拨还。8月28日，日本正金银行理事小田切万寿代表日本银行团垫付了1000万日元作为第一批善后借款的垫款，中国代表签约的是段内阁中财政总长梁启超，借款契约如下：
一、名目：垫款。二、金额：1000万元。三、利息：七厘。四、年限：一年。五、折扣：7％。六、担保：中国盐税余额。七、用途：行政费。八、用途稽核：依民国第一次善后借款项目办理。九、承借者：日本银行团。
此外，日本政府还以半公开或不公开的各种方式向北京政府大量投资，9月26日成立交通银行第二次业务借款2000万日元，由曹汝霖经手。10月12日成立吉长铁路借款650万日元，由满铁提供，以该路财产及收入为担保，