湘军方面，当赵恒惕在衡山居丧守制时，由于北军大举南侵，其旧部第一师官兵请赵火速回部，赵乃墨绖从戎，先至衡阳与刘建藩、林修梅商讨军事，从容布署，在衡山西南50里之萱洲河与刘建藩部夹湘水设防。王汝贤、范国璋率部进攻，双方剧战历时40余日，刘建藩部区司令黄钺以严冬即至，弹药将竭，恐难支持，乃率敢死队百余人抄袭北军之后，竟以身殉，北军为之丧胆，湘军把握时机反攻，北军不支，乃告溃散，湘军掳获大批军械弹药，军力士气同告大增，追奔逐北，北军已无战意，仅在长衡公路的茶园铺接战一次，北军遂溃退长沙。
段等待湖南方面有更多的捷报和更好的消息，怎知一个月过去了，却什么消息也没有。就在前线战况沉寂的时候，忽然晴天霹雳，传来北军王汝贤、范国璋的联名通电，主张停战撤兵，电云：
“天祸中国，同室操戈，政府利用军人，各执己见，互走极端，不惜以百万生灵，为孤注一掷，挑南北之恶感，竞权利之私图，借口为民，何有于民？侈言为国，适以误国。果系爱国有心，为民造福，则牺牲个人主张，俯顺舆论，尚不背共和本旨。汝贤等一介军人，鲜识政治，天良尚在，煮豆同心。自零陵发生事变，力主和平解决，为息事宁人计，此次湖南自主，以护法为名，否认内阁，但现内阁虽非依法成立，实为事实上临时不得已之办法，即有不合，亦未始无磋商之余地。在西南举事诸公，既称爱国，何忍甘为戎首，涂炭生灵？自应双方停战。恳请大总统下令，征求南北各省意见，持平协议，组织立法机关，议决根本大法，以垂永久而免纷争，是所至盼！特此电闻。”
王、范寒电吁请停战撤兵的当晚，傅良佐在长沙下了特别戒严令，断绝市内交通。在夜色迷朦中，傅偕同代理省长周肇祥偷偷爬上军舰，逃往长沙下游60里的靖港去了。
王汝贤、范国璋的停战通电，是直系对皖系的致命打击。因为这两师都和直系渊源较深。第八师是段讨逆时的主力，这一师助段削平复辟之乱，结果鸟尽弓藏，师长李长泰被解除了兵权，段把旅长王汝贤升任师长，段以为王会感恩图报，怎知这一着之差而栽了跟斗。
王、范寒电到京后，冯连声说：“快快送院，快快送院。”这期间冯口头上常挂着责任内阁四字。别人问他：“湖南问题闹大了怎么办？”他答：“我有什么办法？有责任内阁。”又有人问：“王、范擅自通电停战，此风殊不可长，总统以为如何：”他也是一句话：“问责任内阁。”这些话传到段耳里，段气呼呼地说：“问我，我只有一个办法，辞职！”
王、范通电发出后，立刻退兵到长沙，到长沙后即不再退，且发出布告：“不愿从事内争，主张和平解决南北纠纷。”长沙各界迅速组成了“湖南暂时维持军民两政办公处。”由王、范任正副主任，这两位师长的私心是要继傅良佐和周肇祥做督军和省长。
可是到了17日，长沙城内忽来了破衣烂衫的湘军，王、范两人也做了逃将军。18日长沙城内已无北兵，各界人士打电报欢迎南军迅速开来，并推讲武堂总办彭廷衡维持秩序。
北京方面还不知局势变化得这么快，所以在18日这天还发布了两道命令——
其一是：“湖南督军傅良佐，代理省长周肇祥擅离职守，着先行免职，听候查办！此令。”
其二是：“据王汝贤等电称：傅督于十四日夜携印乘轮不知去向，省长亦去，省城震动，人心惶恐。汝贤等为保护地方安全起见，会同在城文武极力维持，现在秩序幸保安宁等语，并据自请处分前来。傅良佐、周肇祥擅离职守，本日另有明令免职查办。长沙地方重要，不可主持无人，即派王汝贤以总司令代行督军职务。所有长沙地方治安均由王汝贤督同范国璋完全负责。查王汝贤等身任司令重寄，统驭无方，以致前敌败退，并擅发通电，妄言议和，本属咎有应得，姑念悔悟尚早，自请处分，心迹不无可原。此次维持长沙省城，尚能顾全大局，暂免置议。王汝贤等当深体中央弃瑕录用之意，严申约束，激厉将士，驱除在湘逆军，以赎前愆。倘再退缩畏葸，贻误戎机，军法具在，懔之慎之。”
这两道命令颁布时，王、范已不知去向。
原来在湖南的北兵是杂凑成军，指挥既不统一，兵士厌战情绪很高。如山西混成旅由旅长商震率领开湘，可是开拔时所奉的命令却是到湖北增防，怎知到湖北又开岳州，到了岳州又开长沙，所以湘军一进攻，他们就一哄而散；还有安武军本身就有新旧之分，新安武军是张勋溃败后投降倪嗣冲的，其内部矛盾很多。更重要的是北兵在湘军纪不好，湘人早已恨入骨髓，所以这场湖南战争开始后，根本没有经过激烈战斗，北军就失败了。
一二五、桂系自救反皖
护法军政府在广州并不得意，因为桂系不予合作，桂系有桂系的打算，他们视两广为桂系的势力范围，陆荣延希望让湖南作为北洋派和桂系中间的缓冲地区。当傅良佐入湘后桂军便在湘桂边境黄沙河增兵布防。陆荣廷希望北方的直系能牵制皖系，使段祺瑞在湖南用兵的计划流产。冯国璋曾派密使到南宁访问陆荣廷，陆对冯的密使表示，对于国会问题并无成见，不过必须是一个国会，不能北边一个，南边又一个。至于湖南问题则应该恢复原状，划湖南为南北军事缓冲地区，允许湖南自治，大家保证互不侵犯。冯虽然同意陆的主张，可是段用兵冯无法阻止，因此冯和陆虽然声气相通，可是却不能阻止段的军事行动。
桂系鉴于湖南局势严重，直系无能为力，湘军无力单独抵抗北军，而北军如果占领全湘，第二步目标自然是两广，因此陆荣廷乃在南宁召集军事会议，桂系的广东督军陈炳焜奉命邀请护法军政府的海军总长程璧光到南宁和陆荣廷会商出兵援湘问题。
10月2日南宁军事会议开幕，陆荣廷慷慨发言，痛斥段祺瑞投降日本发动内战，号召出席全体人员签名宣誓，表示抵抗皖系军阀的决心。会议决定由两广当局陈炳焜、谭浩明、程璧光、李耀汉联合通电，痛斥段祺瑞，列举段的罪行如：主使公民团包围国会、主使督军团毁法叛国、任意发动内战等。同时提出：（一）迎黎大总统复职，（二）恢复国会，（三）罢免段祺瑞，（四）撤回湘督傅良佐的任命。最后并推定广西督军谭浩明为两广护国军总司令，广西出兵45营，广东出兵35营，共组成五个军，陆裕光为第一军司令，林俊廷为第二军司令，韦荣昌为第三军司令，马济为第四军司令，林虎为第五军司令。军事会议结束后，陆荣廷仍返原籍武鸣养病，暗中继续和北方直系通消息。
10月20日谭浩明通电就两广护国军总司令职，誓师援湘。于是湖南问题便演变为南北战争，这次南北战争又称为“护法战争”。本来段祺瑞的统一南方军事行动中，想用蚕食政策，一步一步地来 ，不想一开始就碰到桂系，现在桂系却对他大张旗鼓讨伐，怎不使他大为震怒，于是他便对桂系大张挞伐。
段内阁下令讨伐桂系，罢免两广巡阅使陆荣廷、广东督军陈炳焜和广西督军谭浩明。这时他刚办好两批日本借款，有了钱胆子更壮，因此便有恃无恐地决定征湘、平粤、伐桂、讨滇，四大任务同时并举，拟派卢永祥为湘粤方面总司令，以驻防山东的第五师长张树元继任淞沪护军使；抽调倪嗣冲的安武军20营及张敬尧部第七师开到湖南；另方面唆使琼州的龙济光反攻广东，收买潮汕镇守使莫乘宇、惠州督办张六骥作内应；并令福建督军李厚基派兵经海道在广东沿海登陆。调奉军、陕军入川协助吴光新、刘存厚攻击滇军。
10月20日两广护国军总司令谭浩明援湘时，直系的长江三督江苏督军李纯、湖北督军王占元、江西督军陈光远联名提出解决南北问题的四项意见：（一）停止湖南战争；（二）撤回傅良佐；（三）改组内阁；（四）整理倪嗣冲部。这是直系正面向皖系开炮的行动，也是和南方桂系相呼应。因为这四项主张中，第一、第二两项是反对段的武力统一政策，是打击段的威信；第三项主张是重申李纯以前的要求，要清除段内阁中的亲日派，也就是打击段的从日本方面取得军费和军火支援。直系这些主张，和桂系的差不多，而直系尤其重要的，是要把江苏北部徐州、海州一带的张勋旧部，从倪嗣冲手中夺过来，以削弱皖系主战分子的力量。
直系既然和桂系相呼应，皖系也拉拢了奉系，“新奉天王”张作霖于10月21日发出马电，敦促北京政府立即讨伐两广。
由于长江三督的强烈态度，段感到事态趋于严重，不得不把皖系大将卢永祥留在上海，以应付长江的意外事变，并且把进攻西南的计划展延。在皖系中一部分急进派酝酿再来一次政变，以对付冯国璋。从10月下旬到11月上旬，北京谣言炽烈，传说北京军人要发动政变软禁总统，使冯国璋一夕数惊。
段罢免陆荣廷、陈炳焜、谭浩明的命令需要总统盖印，冯却拒绝盖印，他委婉地说他希望大事化小，可是他又不敢坚持，怕段真的翻脸，10月27日他勉强地下令，罢免广东督军陈炳焜，派李耀汉兼署广东督军，莫擎字会办广东军务，李福林接任广惠镇守使。10月30日又加授李耀汉为陆军上将衔，莫擎宇进级为陆军中将。李耀汉、莫擎宇和李福林都是广东地方派军人。原任广惠镇守使莫荣新也是桂系大将，这是段利用广东地方派驱逐桂系的釜底抽薪之计。冯国璋把罢免陆荣廷的命令留中不发，使段祺瑞深为不满，再度拟好了三道命令送给冯，一是调陆荣廷为宁威上将军，着即迅速来京；二是特派龙济光接任两广巡阅使；三是责成新任广东督军李耀汉严饰桂军开回广西。一方面催促冯盖印，一方面加紧散播要政变和驱逐总统的谣言。
11月6日，冯在漫天谣言中，无可奈何把这三道命令交印铸局盖印后发表，可是他内心十分苦恼，懊悔轻易入京来当这个空头总统的失策，他气得晚饭也没有吃，到了半夜，又派人到印铸局把三道命令追回来。段第二天未见到总统命令发表，一问印铸局，才知被总统追回，大为光火，乃于这天（7日）上午亲入公府晋见总统，他见到冯后，一点不客气，声色俱厉地责问冯，为什么讲好发表的三道命令又要变卦，总统岂能出尔反尔？冯面对着这位气势迫人的总理，哑口无言，只好答应第二天发表，待段走后，冯又把命令交到印铸局去。
桂系本倚直系为奥援，所以不把孙中山和国民党放在眼中，到了冯被迫发布陆荣廷等命令后，才知道直系这个同盟者在北方是制止不了皖系的。既然直系并不能成为桂系的奥援，桂系这才伸出友谊之手来和国民党握手。
11月10日，陆荣廷到梧州主持军事会议，这次会议，除了桂系军事领袖外，还邀请了孙大元帅的代表胡汉民、护法军政府代表外交次长王正廷、海军总长程璧光、广东省长李耀汉参加。这次梧州军事会议比南宁军事会议扩大了，这是一次包括国民党、桂系、广东地方军人的联席会议。这次会议的主题是要精诚合作，共抗北军，同时消除内部的隔阂。桂系自己担任援湘的正面行动，同时要求国民党出兵福建，开辟第二战场以牵制北军。
国民党这时才有机会表示决定性意见，因此提出桂系的广东督军陈炳焜不得人心和攫夺省长亲军等问题，陆荣廷立刻接受，建议调陈为讨龙济光军总司令，推程璧光为广东督军，陈炳焜所接收的省长亲军20营亦拨交陈炯明指挥，用以进攻福建，但须受程璧光的节制。
程璧光在国民党中是一个著名的温和派，他一向主张要联桂系以抗北军，桂系推他担任广东督军和节制陈炯明，是对他比较信赖，这时国民党不愿在广东督军这一职位上让桂系难过，因此极力敦促陆荣廷自己到广州来主持军事。最后会议中推陆荣廷以两广巡阅使兼任广东督军，程璧光以海军总长兼任讨闽军陆海联军总司令，下辖海军总司令林藻怿，滇军总司令方声涛共同攻闽。陆荣廷表示本人年老多病，在养病时期派广惠镇守使莫荣新代理广东督军。
桂系不敢倚赖直系而谋自救之道，一点没有错，因为冯国璋在北京真是处境艰难。原来这时北军在湖南和四川都传来捷讯，段认为武力平南很容易，要紧的是除肘腋之患，于是皖系中便有“政变倒冯”和“合法驱冯”两种不同的意见。政变倒冯是由倪嗣冲和张作霖宣布独立，在天津设立临时政府，推徐世昌为大元帅代行总统职权，然后进兵北京，迫冯下台。合法驱冯是迅速成立临时参议院为代立法机关，修改《国会组织法》与两院议员选举