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冯、段两人的暗斗，就是北洋派直系和皖系的斗争。这两系在军事上各有力量，各有地盘，可是他们也各有弱点。直系占有长江三省地盘，然而湖北、江西和江苏不相联结，并且因为地形分散而力量不集中，尤其是江苏更是处于皖系势力的三面包围中。至于冯国璋自己身居北京，也是在皖系势力范围内。不过，皖系军人纸上谈兵的多，肯打硬仗的少，而且在用兵西南时，必须越过长江，要经过直系的地盘，直系地区虽然分散，却是皖系用兵西南必经的孔道，所以段在征南军事上必须要取得冯的支持。
冯并不是凡事坚持到底的，对湖南问题便是一个例子，当段的压力加强后，冯就软化，10月22日，冯终于同意褫夺了刘建藩和林修梅两人的官职和勋章，并且予以通缉。冯的直系和陆荣廷的桂系较为接近，具有秘密同盟关系，因此对湖南和两广问题较为关心，和滇系的唐继尧较少联系，所以对四川问题不太关心，段便在四川问题上不受冯的牵制。
段的武力统一，军事征南都是要花大钱的，钱从何处来呢？只有借款一途，当时因为欧战激烈，英法无力借款，日本遂乘机而入，段祺瑞这时亦想借日本的支持达到他征南和统一的迷梦，因此他重用曹汝霖，请他兼摄财政总长，曹是著名的亲日派，段后来为国人攻击卖国就是这一期间铸成的。日本为了对中国贷款，乃以朝鲜、台湾、兴业三银行合组一特殊银行团，由日人西原龟三经手，后来就是有名的“西原借款”。
综合民国六七年间，中国向日本的贷款为数极钜，现在把这些贷款项目分述于次：
（1）善后续借款第一次垫款日金一千万元。民国六年八月二十八日财政总长梁启超，与横滨正金银行代表缔结，借款期限一年，年利七厘，以盐余担保。
（2）交通银行借款日金二千万元。民国六年九月二十八日曹汝霖、陆宗舆与日本特殊银行团代表缔结，借款期限三年，年利七厘五，以交通银行所有国库券二千五百万元为担保。
（3）吉长铁路借款日金六百五十万元。民国六年十月十二日曹汝霖、梁启超与南满铁路代表缔结，借款期限三十年，年息五厘，以吉长铁路之财产及收入为担保。
（4）第一次军械借款日金一千八百万元。民国六年十二月三十日北京陆军部与日本泰平公司缔结，双方皆严守秘密，不将契约发表。由日方交付军械，以作现款。
（5）善后续借款第二次垫款日金一千万元。民国七年一月六日财政总长王克敏与横滨正金银行代表缔结，借款期限一年，年息五厘，以盐余作担保。
（6）无线电台借款五十三万六千余英镑。民国七年二月二十一日海军部刘传绶与三井物产株式会社代表缔结，借款期限三十年，年息八厘，以无线电信局之收入为担保。
（7）有线电信借款日金二千万元。民国七年四月三十日曹汝霖与中华汇业银行代表缔结，借款期限五年，年息八厘，以全国有线电讯之一切财产并其收入为担保。
（8）吉会铁路垫款日金一千万元。民国七年六月十八日曹汝霖与日本兴业银行代表缔结，借款期限四十年，年息七厘半，以吉会铁路财产及收入担保。
（9）第二次军械借款二千三百六十余万元。民国七年七月三十一日由陆军总长段芝贵与日本泰平公司代表缔结。由日方付军械，以作现款。
（10）金矿森林借款日金三千万元。民国七年八月二日农商总长田文烈及曹汝霖与中华汇业银行代表缔结，借款期限十年，年息七厘五，以吉黑两省金矿及国有森林与其收入作担保。
（11）满蒙四路垫款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与日本兴业银行代表缔结满蒙四路（开原海龙至吉林，长春至洮南，洮南至热河，洮南热河间一地点至海港）预备借款契约，借款期限四十年，年息八厘，以四路现在将来之一切财产及其收入作担保。
（12）济顺高徐二铁路垫款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与日本兴业银行代表缔结，借款期限四十年，年息八厘，以二路之财产及收入作担保。
（13）参战借款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与朝鲜银行代表缔结，借款期限一年，年息七厘，以中国将来整理新税中收入，作为偿还财源。
上述借款总额高达2．2亿日元。段祺瑞为求财政上的充裕，贯彻其武力统一的迷梦，不惜饮鸩止渴，断送国权，让日本假借款以夺取中国之利益，而中国因西原借款所损失的有：
一、吉长铁路、吉会铁路及满蒙四路均被抵押。
二、无线电台、有线电信事业管理权的让与。
三、吉林、黑龙江两省金矿及森林的让与。
四、山东济顺、高徐二铁路的让与。
五、山东问题换文的损失。
六、中国参战军必用日本军官训练。
同时，日本政府建议中日合办凤凰山铁矿，中日各投资2500万元，中国资本可以由日本代垫，并提出在浦口建立钢铁厂，聘用日本技师，以陆宗舆为督办。这个消息首先由北京的英文《京报》登出来，段派军警逮捕了《京报》主笔陈友仁，接着把《京报》查封。这一来，便成了一件中外轩然大波的事件，各方遍传：“中国军械将由日本管理，所有各省兵工厂、煤铁矿亦由日本控制。”于是全国人民和各种团体，一致反对军械借款和凤凰山采矿合同，要求段内阁宣布真相。同时美国公使抗议中日军械借款，亦要求公布凤凰山采矿合同，英国公使则认为长江流域是英国势力范围，不能容许日本染指。
段相信这个秘密条约是总统府方面故意泄漏的，同时相信冯国璋有意推波助澜，纵恿反对。因为江苏督军李纯在南京召集了秘密军事会议，会议结果，不但提出了取消军械借款的要求，还提出了改组内阁的要求，因为他们认为内阁中有亲日分子，所以需要改组。不止是江苏督军李纯在反对，直系的其他督军如：江西督军陈光远、湖北督军王占元都电请政府明白表示。10月28日，段内阁和日本方面拟订了凤凰山开矿草约。李纯又来一电，指出凤凰山是江苏辖境，事关地方问题，应先征求地方当局意见才能签约。语气中含有即使内阁签订开矿条约，他也不会允许日本人前来开采铁矿。
段决定一意孤行，不理睬反对声浪，当这个合同签定前送到农商总长张国淦桌上，照理要由农商总长批准和签字。可是张国淦竟拒绝签字。11月1日，日本驻华公使林权助亲自到农商部威胁张签字。张问林权助是代表日本商人，还是代表日本政府？张说：“如果是代表贵国商人，则当按照我们中国的矿业条例办理。如果是代表贵国政府，这里是农商部，我和阁下没有谈话的地位，请阁下到我国外交部接洽。”林权助被张说得哑口无言，又不好意思翻脸，只好退出。隔不久又来访张，换了一副和善的面孔，建议依照日本钢铁业由军部管理的成例，将此案移陆军部办理。张答复说：“这是我国内政，不劳阁下操心。”段祺瑞看这事闹僵了，乃派孙润字以120万元向张行贿，贿款增至200万元，均被拒绝。国务院秘书涂凤书也奉派前来，劝张以考察各省农会为名离开北京，由代理部务的次长代签铁矿合同，张也拒绝。段又采取以前对付内务总长孙洪伊的办法，劝张外调省长，以免身当其冲，张也不肯。张平日为人随和，可是这次却非常坚决。段最后派亲信曾毓隽访张，说了许多好话，请张帮忙，张说：“不签字就是帮总理的忙！”
一二八、段辞职和天津会议
段祺瑞讨伐南方，武力统一的政策行不通，又受直系的反对，湖南情势又突变，他只能出之辞职一途了。当他辞呈尚未提出时，江苏督军李纯又来电建议总理不兼陆军总长、解散临时参议院、派唐绍仪为北方议和总代表、迅速召开南北和议。
11月16日段被迫提出辞呈，同时发出“正密”铣电痛论北洋派团结的必要，以及自己不得不辞职的苦衷，电云：
“祺瑞自五月罢职以后，久已厌绝人事，闭门谢客，国变再出，大违初衷。就任以来，赖诸君子群策群力，共济艰难，私冀发挥我北洋同袍之实力，统一国家，奠宁宇内，庶几人民得以安堵，法治乃能设施。此次西南之役，……迭经阁议，询谋无间，既非私心自用，又非黩武佳兵，耿耿此心，可对同志。（指北洋同志）……乃奸人煽惑，军无斗志，删日王汝贤、范国璋等通电传来，阅之痛惜。不意我同袍中，竞有此不顾大局之人，干纪祸国，至于此极也。……今日中国，盗贼盈途，奸人恣肆，纲纪日夷，习俗日敝，所谓护法护国，有名无实，徒供欺诈者诪张为幻之具。……环顾国内，惟有我北方军人实力，可以护法护国。果能一心同德，何国不成，何力不就。辛亥癸丑之间，我北方军人，人数不及今日三之一，地利不及今日三之一，所以能统一国家者，心志一而是非明也。近来南方党徒，亦知我北方军人，宗旨正大，根底盘深，非彼西南势力所能兼并，乃别出阴谋，一曰利用，二曰离间，三曰诱饵，昌言反对者，固为彼所深仇，即与之周旋，亦是佯为结好；无非启我阋墙之争，收彼渔人之利，始以北方攻北方，继以南方攻北方，终至于灭国亡种而后快。王汝贤为虎作伥，饮鸩而甘，抚今追昔，能无愤慨，湘省之事，非无收拾之法，我不忍使北方攻北方，以自抉藩篱，落彼陷井也。王汝贤等不明大义，原不足惜，我不忍以王汝贤之故，致今同室操戈，嫌怨日积，实力一破，团结无方，影响及于国家也。我北方军人分裂，即中国分裂之先声，我北方实力消亡，即中国消亡之朕兆。祺瑞爱国家，不计权力，久荷诸君子深知，为国家计，当先为北方实力计，舍祺瑞辞职之外，别无可以保全之法，决计远引，已于昨日呈中乞休，既非负气而去，又非畏难苟安，大势所趋，宜观久远，倘能达我愚诚，北方实力得以巩固，艰难时局，得以挽回，则祺瑞今日之辞职，实为万不可缓之举。……自北以往，伏愿诸君子……时时以北方实力，即国家实力为念，团结坚固，勿堕彼辈阴谋之中，以维持国家于不敝，此祺瑞鳃鳃愚衷所祷祈以求者也。临别之赠，幸审存之。段祺瑞。铣印。”
段认为北洋军阀是中国正统的势力，因此没有北洋军阀便无中国。他说“北方军人，宗旨正大，”忘记了他自己教唆督军团造反以谋恢复自己的势力，便是极不正大的行为；他的责备直系军人不应该“启阅墙之争” ，使西南“收渔人之利”，忘记了他自己的假对外以制内，便是“阅墙”，日本便是“渔人”；他说西南“始以北方攻北方，继以南方攻北方，终至于灭国亡种而后快”。忘记了他自己始以西南攻西南，继以北方攻西南。他诋毁西南用离间计来破坏北洋团体，其实北洋自己利害斗争，自行分裂何待离间。他一面责备王汝贤，一面仍想把北洋军阀团结成一个势力，作撑持中国的台柱。可是这根台柱，已经成了破朽的废料，难以修补了。
段的密电发出后，徐树铮另发一密电，要求皖系各军阀复电拥护段。冯国璋于是也发出一通密电，原文如下：
“国事濒危，人心浮动，一隅生隙，全国动摇。兹将数日经历情形，暨失机可惜之点，通告于后：自复辟打消，共和再造，军人实为功首，此后军人团体，即为全国之中心点，生死存亡，有莫大之关系，此不但本国人所共和，亦外交团所共认。此次政府成立，所行政策，以改良民国根本大法为宗旨，故不急召集新国会，而为先设参议院之举，在法律上虽微有不同，而用心实无私意存于其内。西南二三省，起而反对，无理要求，中央屡为迁就，愈就愈远，不得已而用兵，只为达到宗旨而已，初非有武力压迫之野心也。兵事既起，胜负虽未大分，而川事则中央颇为得手，黔、滇在川之兵，不日可期退出川界。广东方面，陆、陈、谭虽有援湘之兵，因龙、李、莫倾向中央，暗中牵制，以是不能大举。是时也，湖南战事，我北军将士，稍为振奋，保持固有之势力，中央即可达完善之结果。不意我北军九死一生，最有名誉之健儿，误听人言，壮志消沮，虽系一部分之自弃，而掣动新胜，暨相持未败之众，于是合谋罢战，要求长官，通电乞和，不顾羞耻，虽曰其中有不得已之苦衷，而中央完全将成之计划，尽行打消矣。诸君闻之，能不惜哉！能不痛哉！特是通电求和，主持人道，欲达宗旨，亦必能战而后能和。假如占住势力，战胜一步，宣布调停，再进一程，征求同意，为中央留余地，保政府之威严，吾辈军人之名