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张敬尧的统治，对湖南人而言，比诸汤芗铭时代还要恐怖，湖南民性强悍，民风淳厚，想不到民国初年竟连遭浩劫。
北军在湖南大败时，张敬尧乃接二连三地向北京政府请援，这时，如果桂系肯出全力协助湘军反攻，从左右两翼采取钳形攻势向长沙进攻，收复长沙的可能性是很大的。这样一来，衡阳方面的北军吴佩孚部形成突出，也不得不迅速撤退。不过这一来南北两军便要在长沙地区进行主力决战，而桂系却不愿主力决战，因此他们对北军第二路军予以打击后，立即把支援湘军的部队撤回。
北军为了应援张敬尧，在汉口的徐树铮乃派奉军司令郭芬率领一旅一团迅速增援湘东，直军也从衡阳调兵回援湘东，所以湘军在反攻大胜之后又急速向南撤退，5月1日湘军刘建藩在株州渡河时失足落水溺死。
张怀芝很可笑，在湘东大败后，他便张皇失措地由萍乡退往樟树镇，又由樟树镇退到汉口。他宣称旧病复发，又称山东地方土匪猖獗，必需赶回去，他打电报给段，保举徐树铮率领奉军接防湘东，出任第二路司令。徐树铮志不在前线，所以坚决不就，他又保举张敬尧或是陈光远，甚至由曹锟一人身兼一二两路司令。他的求去有两个原因，第一是在前线打仗没有把握，第二是他怕他的老窠被别人抢去，因为他离开山东后，便由第五师师长张树元护理山东督军。北洋军阀都是先护理然后真除，张树元自然不愿意张怀芝再回任，张怀芝则身在前线心在山东，恨不得立刻插翅回鲁，这也是他坚决求去的原因。
段祺瑞觉得在这个时候前线易帅很没有面子，同时也找不出适当的人来接替第二路司令，因此以国务院名义向他提出了一个保证：“鲁督决不易人”。同时保证如果第二路兵力不敷时，可以继续派兵增援，希望他立即由汉口前往江西主持军事。
自从湘东一战之后，北军不敢深入，南军也不敢反攻，湖南战场上突然由热战冷静了下来。
当北军进攻湖南的同时，段内阁命令江西督军陈光远、福建督军李厚基开辟两个战场进攻广东。陈光远虽是主和派，可是大势所趋，也不得不追随主战派出兵。江苏督军李纯派第十九师师长杨春普率部开到江西，陈光远也派赣南镇守使吴鸿昌进攻南雄。守南雄的南军是滇军张开儒，他不战而退，桂系莫荣新乃派李根源为粤赣湘边防督办，以加强对北江的滇军的控制。从4月下旬起，南雄进行了好几度的拉锯战，但都不是激烈的战争。因为陈光远的目的只在应付主战派而并没有积极地进攻。
闽粤边境也没有重大的发展，段内阁派福建督军李厚基为援粤军总司令，并调浙军第一师师长童葆暄为副司令。4月26日李厚基到厦门设立司令部，浙军集中诏安与陈炯明的粤军相距只有十余里，诏安、云霄、平和等县都宣布了军事戒严令。这方面的北军和浙江原来是准备和广东境内的龙济光军配合作战，由于龙军一蹶不振，李厚基不敢单独作战，所以也成为僵持之局。
本来，在南军方面，桂系和滇军约定，共同消灭龙济光军，推李烈钧为讨龙军总指挥，西路高雷、钦廉一带归桂军负责，东路沿海地区归滇军负责，3月22日滇军攻克阳江，4月12日占领电白，25日进入化州，27日夺回龙军的根据地廉江，28日李烈钧由江门回到广州，29日督署举行讨龙祝捷大会，南军讨龙之战就算告一段落。
徐树铮在当时是一个忙人，既要一手包办新国会的选举，又要主持对南军事，因此经常往来于北京、汉口之间。由于主战派两个大将忽然变卦不听调度，他打算单独依靠奉军，停止援川计划，在汉口设立一个奉军前敌总指挥部，把张作霖承认调出来的六个混成旅全部摆在湖南战场上。5月9日他派奉军第二十七师师长孙烈臣、第二十八师师长汲金纯、第二十九师师长吴俊升到长沙，布置奉军入湘作战。5月24日，他又从北京赶回汉口来督促进行。但是这个计划引起了直（曹锟）、鲁（张怀芝）两军的极大反感，因此他们厌战的情绪更高。同时，这个计划又出人意料地引起了张作霖的反感。张作霖出兵是另有目的的，把入关奉军全部摆在战场上，显然与他的目的不相符合；他更不能容忍徐树铮公然视奉军为己有而任意加以调度，因此他召回了三个奉军师长，并且借口边防吃紧要调回已经开到湘东的奉军。
但是小徐并不因此而气馁。5月26日他由汉口到长沙，27日又到衡阳亲自与吴佩孚打交道。他认为吴佩孚是一个真正打手，曹锟不过坐享其成，如果把吴佩孚拉过来，曹锟就成为一个无足轻重的角色了。
6月1日，徐匆匆由前方赶回北京来，向段建议加紧笼络吴佩孚以拆曹锟的台。段深以为然，立刻与吴直接通电话以示优异——内阁总理从来是很少和一个师长直接通电话的。6月3日北京政府任命吴佩孚为“孚威将军”。将军虽是一个有名无实的头衔，但在官制上是“特任”级，与督军并行，一个手握实权的军人加上这个头衔，就是候补督军，与督军下台后被任为将军的作用完全不同。
但是这次安抚的工作并没有收到预期的效果，吴佩孚到了衡阳之后（4月25日），就再也不向前进兵。6月15日，他和湘军（谭延辏А⒄院闾瑁┏闪⒘送Ｕ叫ǎ�8月7日发表了致李纯的阳电，大肆攻击段内阁的亲日政策，8月21日，再发表致冯国璋的马电，竟公然喊出“息战御侮”的口号来了。
吴佩孚态度之转变有好几个原因：一、士兵久战疲惫，事实上，不能再向南深入。二、湖南战争本是他的首功，督军却被张敬尧抢去，未免使他怨恨。三、国内反对内战，反对亲日（西原借款，已有好几笔交易成功，中日陆军共同防敌军事协定，也于5月16日签字）的气氛，日益浓厚，主战派的内部也在自生矛盾。四、国际上则英美在欧战尾声中，逐渐恢复对东方的干涉，正在努力扶助反段的力量，以抵抗段系背后的日本。五、最后和最重要的是，在南方已由滇桂两系军阀捧出岑春煊为军政府主席总裁（5月20日），对北方求和的心理比以前更加迫切。而吴佩孚和桂系已经建立了秘密联盟，企图利用这个联盟，来提高他的地位。
徐树铮赴衡阳访吴佩孚时，吴请他吃饭，饭后在院子里一个大金鱼缸边密谈，谈得十分投机。徐树铮乃作了一首衡州谣赠吴：
“我来衡州城，我歌衡州谣。衡州湘江流滔滔，衡州之民乐敖敖。民尔乐何如，被颊泪如雨。吾将陈吾乐，请先忆吾苦。吾本乡老农，爇稻且灌圃。生计殊不恶，小康慰儿女。一朝烽火惊连天，东粤西粤兵器缠。湘中魁杰遍地起，缚籞举义声相牵。问其何所事？抗大府命梗且顽。察其何所行？大队勒输养兵钱，小队卤略及豚鲜。长男促去随贼官，小女走匿托亲缘。老妻泣涕垂涟涟，挟其幼子栖深山。自从去年来，日夕那得安。久闻群贼相戒语，吴公兵来势莫御。吴公何人吾不知，但盼将军自天下。群鸦暮噪啄人肉，吴公破贼何神速。痴虏膏血被原野，黠者弃城遁荒谷。斩首或迫奔降贷死，吴公之来为民福。马前瞻拜识公貌，恂恂乃作儒者服。闾巷无复夜叩门，军令如山静不纷。流亡略已远墟邑，安业犹能庇所亲。吾男被坏死郊外，陷身为贼亦何怪。妻女生归绕膝行，人间此乐得难再。吴公爱民如爱军，与爱赤子同殷勤。吴公治军如治民，情感信藉由天真。在军整暇不自逸，雍容雅度尤无匹。静坐好读易，天人忧患通消息。起居有常礼，戟门厮卒娴容止。笔千管，墨万锭，看公临池发逸兴。香一缕，酒盈扈，时复弹琴自咏诗。老民幼尝事书史，古今名将谁及兹。昔祝吴公来，今恐吴公去。愿以寇君借一年，悃悃此情为谁诉？为谁诉？留公住！吁嗟吴公尔来何暮。”
徐树铮虽然很会耍政治，可是这次却是徒劳无功，他在衡阳和吴谈得非常投机，答应补助吴若干军费，以及发表吴的孚威将军名义，以交换吴佩孚的完全听命。却不料衡阳密谈这一幕竟被曹锟知道了，大发光火，认为徐树铮竟收买他的部下，立刻提出严重的质问。而吴佩孚则以为是徐树铮故意泄漏以使曹锟不耻于吴，使自己无法做人，所以也一下子就翻了脸。
一三八、亦战亦和
张怀芝和曹锟本来都是激烈的主战派，忽然产生了厌战气氛，曹锟一再请求回直隶养病，5月29日没有等待段祺瑞同意，就离开汉口，还把第一路司令部全部带走。30日张怀芝也率领亲信径返山东。这两位大将在离开汉口之前，曾与王占元、赵倜、陈光远、李纯交换意见，打算发出一个电报，假口“民生凋敝，不堪再战”，命令前方“停战待命”。
段听说前线将帅公然主和，大为震动，赶紧活动疏通，花了很大气力才说服他们没有发出这个电报。虽然如此，段已深感他的阵营中，主战派全变了主和派了，这是新的主和派，其中三个是原来的主和派，三个是原来的主战派，现在他们结合起来了。最不幸的是这个新的主和派领袖竟是曹锟。
直军前线全体将士也联名发表通电，力言湘省水患滔天，瘟疫流行，兵疲将惫，不堪再战。同时前线直军的五位旅长也联名发表请假的电报，这五位旅长是王承斌、阎相文、萧耀南、张学颜、张福来。所谓的请假就是怠工示威，五位旅长联名请假就是集体怠工。
新主和派的出现，显示北洋派内部的矛盾已经错综复杂极了。过去段祺瑞的皖系主战，冯国璋的直系主和，曹锟以直系大将而参加主战派，促成了段在冯段之争中操到胜券的主要原因。现在 ，正当南北战争的有利形势落入北军手中时，忽然原来的主战派全部转到主和派，实在是一桩极大的转变。由于主和势力大增，厌战情绪就像一种流行病一样蔓延到整个主战阵营来，连极端主战的倪嗣冲也不愿让他的安武军独当其冲，因此也请求北京把他的军队调回休息。
为什么主战的将军们在紧要关头上竟会主和呢？这也有实际因素，由于张敬尧部队的军风纪太坏，使北军在湖南完全不受欢迎。湖南人民憎恶北军，使北军在湖南的处境完全不利。另一方面南军在抵抗北军的战争主力完全未受损害，尤其是桂军元气完全未受伤害，如果北军进一步打到粤桂边境，则西南内部自会团结抵抗，则北军能否胜利实不可知。
段祺瑞在这种情形下，认为再催促前线的北军进攻是不可能了，因此他决定对湖南改攻为抚，派赵春霆为湘南镇守使，兼湖南招抚清理局局长，派员分途招抚南军，凡愿受抚者，一律改编为“国军”，官兵仍供原职，凡不愿入伍者，准其给资遣散。这是一个很恶毒的分化南军，尤其是分化湘军的策略。
段本人始终无意于终止武力统一政策。
就在主和空气声势大振时，一位著名人物龙济光在广东兵败被逐出后，到了北京。龙济光不能在广东立足，想跑到北京来找机会，他有两个目的，一是自吹自擂，说他在广东还有很大的力量，如果得到有力的支持，打回广东是不成问题的；另一个是为了要钱，他说曾垫了笔军饷1000万元，要求北京政府发还给他。
段对龙济光极尽拉拢，且想利用他来作为示范，仍然称他为两广巡阅使，给他以热烈的欢迎。龙济光向段要求准许在北方招募新兵30营，加以短期的训练，然后由海道运赴广东，作为反攻广东的基本力量。段答应龙济光在天津设立振武新军办事处，发给他一笔军费和一批军火。同时大肆鼓吹，说广东内部有隙可乘，龙巡阅使在广东仍有潜势力。
龙济光在北京高唱征粤时，闽粤边境的形势颇于北军不利。原来李厚基在段祺瑞的督促下，曾联合浙军进攻潮梅，不料受到粤军陈炯明的阻截，陈军且乘势反攻，5月17日粤军占领武平和永定属之芦下坝，20日占领上杭属的峰市，30日占领永定，31日占领长汀。6月2日以前，粤军以破竹之势完全取得汀州各属。
段祺瑞在北京又拟定了第五期作战计划，是在湖南采取守势，但在广东采取攻势。
6月10日段祺瑞召见旧国会参议长王家襄，段曾询王究竟有多少国会议员到广东去？王说：最近又有不少议员到广东去，因此非常国会可能凑足法定人数改开正式会议。段说：我现在将派45000人打广东，两个星期开始攻击，请你告诉议员们，千万不要再去广东。凡是附和南方的，一概格杀不论。
段组阁后，一直没有到总统府去看过冯国璋，有人告诉段，冯目前仍然还是总统，总理应该