国2年二次革命后，袁以汤芗铭督湘，令曹锟以长江上游总司令名义率第三师驻岳州为之声援。吴以团长左迁为师部副官长。副官长一席虽然重要，可是吴是个有大志的人，对于副官长一职颇为鄙弃，认为这是一个马弁头，任职者以巧言令色为必要条件，呼之为牛不敢为马，吴既不屑为，而他的长官也觉得他颇不称职。
有一天，长沙有一个团体开会，汤督军率各军将领出席，吴代表第三师师长致词，汤督大为动容，对吴非常赏识。后来曹锟到长沙拜会汤芗铭，汤向曹说：“三哥，你手下有一个了不起的人才，请你借给我好不好？”曹问：“是谁？”汤说：“就是你的副官长吴子玉。”曹唯唯而退，他平日佩服汤会识拔人才，见汤赏识吴，回到岳州就把吴提升为第六旅旅长。曹锟为人不求甚解，但他能接受别人的好意见，其妩媚可爱处在此，他破格提升吴为旅长后，事无巨细都加以咨询，吴由此得意于第三师。
吴佩孚驻军岳州时期，颇能谦和容士，常和湖南士绅过从，他能作诗，又能文，又是秀才出身，治军又严，部下军风纪甚好，这许多条件使他受到地方人士的爱戴，有一位饱学乡绅王某对他尤好，因此有一天王某曾向他进言说：“外人常说湘人排外，其实这是不知湘人的皮毛之见，湘人重气节而轻死生，北军如果以征服者姿态高压湘人，则楚虽三户，亡秦必楚；倘以合作手段厚结三湘豪杰，约束士兵不许妄取民间一草一木，则湘人必翕然心服。”吴佩孚听了颇为动容，日后他在湖南便以此为政治信条。
民国4年袁世凯称帝，蔡锷唐继尧举义云南，袁调曹锟率部援川，暗中派他监视陈宦。迨帝制失败后，5年7月第三师班师保定 ，曹锟调升直隶督军，吴亦随军北归。6年解散国会及张勋复辟，曹与段芝贵、李长泰等随段祺瑞平乱，不久段对湖南用兵，曹遂与张怀芝分任两路军司令，吴遂代理第三师长，兼任直军的统帅。
吴虽文弱，但会用兵，且不怕死，早年临阵往往头裹青布，骑一骏马，身先士卒。湖南之战他即表现出勇猛本领，马不停蹄地冲入岳州，再下长沙，直趋衡阳，前后为期不过三月，一路势如破竹。
第三师第五旅长张学颜在师部中资格颇老，当吴升任第六旅长时，张学颜颇为不悦，对人云：“子玉区区马弁头耳！今竟和我分庭抗礼，将来难保不爬在我的头上。”他说这话不到一年半，吴果然代理第三师长，成为张学颜的顶头上司，张更为不满。第五旅入驻湘潭时，张学颜以旅长名义出示安民，吴闻张擅发布告，大为光火，乃召张听训，张推说抱病，吴遂自往第五旅旅部访张，责张不应以旅长名义出示安民，张学颜忿然说：“你是代理师长，你不出面，我是正式旅长为什么不能出示安民呢？”吴一怒而去。回到师部即打电报给曹锟说张学颜不听调遣。曹锟接到吴佩孚的电报后，知道两人不能相处，在此用兵期间，唯有舍张而留吴，于是乃下令调张学颜赴汉口另有任用，遗缺以团长董政国升任第五旅旅长，吴的爱将张福来为第六旅长，第三师所辖三个混成旅，第一旅旅长王承斌，第二旅旅长阎相文，第三旅旅长萧耀南。吴佩孚则由代理师长改为署理师长。
如果论功行赏，湖南督军应该给予吴佩孚，怎知段祺瑞却把这一席畀予未建寸功的皖人张敬尧，这一着之差，与当年把湘督给傅良佐 ，把川督内定吴光新一样，时人论段祺瑞缺乏政治手腕，从这些地方都可以证明。对吴佩孚个人来说，这时候不做湖南督军并不是损失。
北京政府发表吴佩孚为援粤军副司令，担任了张怀芝的副帅，事先未曾征求吴的同意，段祺瑞认为曹锟态度已转变积极，吴没有理由会变的，所以不必一定先要征求吴的同意。怎知命令发表后，吴却置之不理，既不表示接受，也不表示拒绝，吴只是在衡阳饮酒赋诗。衡阳是彭玉麟的故居，吴颇慕彭的高风，仿彭画梅，对彭的后人爱护有加。端午节前夕，段祺瑞自北京急电，饬吴部进攻两广，且以广东督军为酬，吴在段的电报上批一个“阅”字。第二天端节，吴邀全军团长以上的军官和湘军将领派至衡阳的代表一块饮酒。这表示吴已正式和南军通款曲了。
一四○、徐树铮杀陆建章
7年6月14日，徐树铮忽然在天津枪毙了陆建章。
陆建章于6月13日由上海到了天津，他是个主和派的幕后活动者，和各省北洋军阀都有一些直接间接关系，冯玉祥的主和，就和他有关，皖系早已把他当作一个危险人物。这次督军团又在天津开会，这个会议有不利于主战派的一种趋势，因此冯国璋暗中授意陆建章的长子陆承武把他的父亲叫到天津来，其目的是要利用陆建章说服曹锟重新回到直系来，与李纯合作，把督军团会议转变为有利于冯而不利于段的一种局面。
陆建章到天津后，徐树铮写信请他到驻津奉军司令部一谈。陆建章自恃为现任将军又是北洋派的老前辈，绝不怀疑会有人下他的毒手。他如约而往，徐树铮殷勤地请他到花园密室中谈话，当他走进花园的时候，就有卫士从后面开了一枪把他打死了。
关于杀陆的原因，据徐树铮向政府报告说：
“迭据本军各将领先后面陈：屡有自称陆将军名建章者，诡秘勾结，出言煽惑等情。历经树铮剀切指示，勿为所动。昨前两日，该员又复面访本军驻津司令部各处人员，肆意簧鼓，摇惑军心。经各员即向树铮陈明一切，树铮独以为或系不肖党徒，蓄意勾煽之所为，陆将军未必谬妄至此。讵该员又函致树铮，谓树铮曾有电话约到彼寓握谈。查其函中所指时限，树铮尚未出京，深堪诧异。今午姑复函请其来晤。坐甫定，满口大骂，皆破坏大局之言。树铮婉转劝告，并晓以国家危难，务敦同袍气谊，不可自操同室之戈。彼则云我已抱定宗旨，国家存亡，在所不顾，非联合军队，推倒现在内阁，不足消胸中之气。树铮即又厉声正告，以彼在军资格，正应为国出力，何故倒行逆施如此？从不为国家计，宁不为自身子孙计乎？彼见树铮变颜相戒，又言：‘若然，即请台端听信鄙计，联合军队，拥段推冯，鄙人当为力效奔走。鄙人不敏，现在鲁皖陕豫境内，尚有部众两万余人，即令受公节制如何？’云云。树铮窃念该员勾煽军队，联结土匪，扰害鲁皖陕豫诸省秩序，久有所闻，今竟公然大言，颠倒播弄，宁倾覆国家而不悟，殊属军中蟊贼，不早清除，必贻后戚。当令就地枪决，冀为国家去一害群之马，免滋隐患。除将该员尸身验明棺殓，妥予掩埋，听候该家属领葬外，谨此陈报，请予褫夺该员军职，用昭法典。伏候鉴核施行”。
杀陆之后，徐树铮从长途电话中，嘱咐院秘书长方枢拟就一道命令，请冯国璋盖印发表命令全文如下：
“前据张怀芝、倪嗣冲、陈树藩、卢永祥等，先后报称陆建章迭在安徽陕西等处，勾结土匪，煽惑军队，希图倡乱，近复在沪勾结乱党，当由国务院电饬拿办。兹据国务总理转呈，据奉军副司令徐树铮电称：陆建章由沪到津，复来营煽惑，当经拿获枪决等语。陆建章身为军官，竟敢到处煽惑军队，勾结土匪，按照惩治盗匪条例，均应立即正法。现既拿获枪决，着即褫夺军职勋位勋章，以昭法典。”
冯国璋吓得心惊胆战，当天还拒绝盖印，却又感觉到自身也有危险，16日终于盖印发表。
一个自封为副司令的退职军官，“先斩后奏”地杀了一个现任将军，这在当时是一件骇人听闻的凶杀案。显而易见，陆建章断然不会以奉军为煽惑的对象，尤其不会以徐树铮为煽惑对象。事件发生后，李纯、陈光远都有电报质问北京政府：陆建章未经审判而被杀，死后又夺去官勋，此后军官人人自危，从何取得保障？
段赠给陆建章家属5000元，以表示北洋袍泽之旧情。徐树铮补发了一个通电，捏造陆建章在谈话中破口大骂总统和曹督军，表示陆死有应得，并非主战主和两派的斗争。皖系还顾虑到冯玉祥是陆的外甥，因此以冯旅于14日攻占常德为理由，任为湘西镇守使，17日开复他的原官，22日又授以勋四位，以安其心。冯玉祥不仅绝口不提这件事，并且自告奋勇，愿意调往福建以打广东。
从19日起，冯国璋托病不见客，他怀着一种心病，害怕皖系还要进一步追究责任，因为陆承武发出一个电报，埋怨他对这个凶杀案完全采取了不负责任的态度。
皖系对曹锟也不能无所顾虑。事实上曹锟也感觉到徐树铮的手段过于毒辣，而且自己也不能不怀有戒心。但是皖系很快地治好了他这个心病，徐树铮信誓旦旦地保证副总统问题一定照原约办理，决无变更。徐树铮又说：今后并不要求他再到汉口主持军事，只要不反对第五期作战计划，让别人去打，副总统就可稳稳到手。曹锟吃了这道“迷魂汤”，又摇摆不定了。
陆建章字朗斋，安徽蒙城县人，武备学堂毕业生，参加小站练兵，民国2年，任军政执法处处长，杀人如麻，因此有“陆屠夫”之称。又常请人吃饭，送客时把人从背后开枪打死，人们称他的请客红柬为“阎王票子”。3年3月任第七师师长，3年6月任陕西都督，5年5月被陈树藩驱走。当陆建章被扣的消息传到北京时，段祺瑞生怕他被杀害，立刻叫曾毓隽坐汽车赶到天津来阻止，可是等他到达已经执行。曾第二天回到北京，带了一包文件给段看，段看过以后连说：“该死，该死！”
陆建章被杀，使两个人同时给人可怕的印象，第一个当然是徐树铮。他这年才39岁，且和陆建章的儿子陆承武是士官的同学，而陆承武的太太和徐树铮的太太也是同学，两家有密切的关系，徐树铮竟出此毒手，令人心寒。另一个是冯玉祥，他在他舅父陆建章被杀后，被任命为湘西镇守使和复职的旅长，又被授以勋四位，因此他绝口不提陆案，装得就像没有这件事一样。
这一个时期，冯国璋已无力和段祺瑞明争或暗斗。但段祺瑞的日子也不好过，一方面是全国性的反日，反对向日本借款；一方面是皖系军阀的各存私心。段深深感到旧的北洋派已经四分五裂，不能成为一个局面，因此决定加速建立自己的直接武力，命徐树铮在小站先成立参战军三个混成旅，希望借此达到重编新军的目的。
7月28日张作霖到了天津。30日张怀芝也到了天津。31日督军团又在天津举行会议。这次天津会议有一个特色，是张作霖亲自参加了督军团会议，其他参加的是：曹锟、张怀芝、徐树铮、倪嗣冲、田中玉、龙济光等。长江三督仍未派代表出席。倪嗣冲是接到徐树铮密电于当天赶到的。
这次天津会议仍是讨论总统问题和南征问题。张作霖赞成推举徐世昌为下届总统，并且建议推段祺瑞为副总统。张作霖这时已不愿甘居人下，自己也有问鼎副总统的野心。倪嗣冲怕会议造成僵局，所以建议副总统人选暂时不作决定，留待给对南作战有殊功的人。这个建议是徐树铮借倪嗣冲口提出来的，因为徐树铮原已答应过曹锟，自不便食言，可是如今张作霖亲身入关，又想把这位子笼络张作霖，借以鼓励张作霖把奉军全部调赴南方作战，另一方面却又以副总统为饵，引诱曹锟和他的直军继续对南作战。以挽回南方的僵局。
曹锟本以为自己是唯一的副总统候选人，而且当时徐树铮的表示是只要他不反对对南作战就够了，并不需要他积极南征，怎知湖南前线发生了变化，自己的大将吴佩孚却拒绝作战，且和南军成立了停战协定，而这次的天津会议却把副总统留给征南有功者，张作霖在旁虎视耽耽。天津会议一致决议劝告曹锟南下立功。曹锟一方面舍不得放弃副总统位子，另一方面又接到吴佩孚密电，阻止他南下，使他真是进退两难。
这个布贩出身的老实人也有他一手，他在进退两难中想出了应付的办法，他一方面答应南下，一方面又提出三个条件：（一）中央预筹军费；（二）规定四省经略使职权；（三）军火暂由奉天借拨，并须取得德州、上海、汉阳三个兵工厂的管理权。曹锟料到北京政府对这三个条件难于接受，这样他便可借词推延南下的日期。他深深觉得自己是被骗了，因为他如果真的南下，则张作霖一定乘机深入北京政权，张作霖是他最大的威胁，有取副总统的野心，同时也是除他以外唯一的人选。
段祺瑞派花车接曹锟赴京详谈，曹竟予以拒绝。
在这次天津会议中讨论对南作战时，谁在先谁在后也各有歧见，张作霖既然以“打手”姿态出现，各省军阀就主张以奉军为前方主力，以代替在前线按兵不动的直军。但是张作霖当然不肯这么做，他建议把奉军当