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16年3月17日革命军江右军占领当涂后，先头部队续进至采石矶、马家村之线，与东路军协定，会攻南京；原来拨归东路军指挥之第二纵队，亦于3月19日，到达溧水，归还江右军序列。这时第四师在柘塘镇，第五师在曹村镇，第六师在洪蓝埤各附近集结。程潜原定于3月21日，开始向秼陵关、江宁镇之线攻击前进。
革命军既然已对南京合围，南京方面想作困兽斗的作为就有限了。
民国16年3月23日革命军江右军第二纵队鲁涤平部占领江宁县后，进迫中山门、光华门；第三纵队贺耀祖部占领将军山、牛首山、幕府山，向通济门、武定门进击；第一纵队程潜部击破大小山、马石山、西善桥一带北洋军，向雨花台猛追。北洋军狼狈向城内回窜，革命军衔尾跟踪，自中华门冲入南京城。其余各纵队于是日晚亦分别进入城内，北洋军未再抵抗，纷纷逃散，一部由下关抢渡，窜回浦口，革命军遂完全占领南京城。何应钦于同日到达上塘镇后，其先头部队，亦已抵栖霞街、东流镇之线，得悉南京已被攻下，即令第六纵队，在汤水镇附近待命。第五纵队在无锡、江阴待命；自率第四纵队，于3月25日进驻南京。
孙传芳曾夸口说革命军越过湖北和江西，战线拉长后兵力分散，他以逸待劳，可以予革命军迎头痛击，想不到一败于江西，再败于福建，三败于浙江，四败于安徽，五败于江苏，他的五省联军完全不是革命军的敌手，比起吴佩孚来更是不堪一击。吴佩孚的部队在武昌还打了一场硬战，孙传芳的军队则一败再败。
南京后来成为国民政府的首都。事实上南京是历史上的一个古城，三国时吴国建都于此，以后东晋和南朝的宋齐梁陈都建都于此，前后共六个朝代，五代时的南唐和明代太祖一朝也建都于此。民国元年曾以南京为临时政府所在地，后来因为袁世凯继任临时大总统，不愿离开他的北洋势力所在地，因此才勉强改北京为首都。国民革命军北伐克复南京后，即遵从孙中山遗志，定南京为中华民国首都。
16年4月18日国民政府为奠都南京告全体将士书：
“国民政府此次接受中央政治会议决议，定都南京，目的在恢复党权政权，于三民主义之下，自由施行职权，以实现总理之遗训。总理在世之日，所焦心苦虑者，为如何而可建设自由独立之中华民国，更进而实现世界各民族之平等自由，国内各阶级之平等自由。因军阀专恣于内，帝国主义凌逼于外，甚且勾结一气，以摧遏三民主义之进行，乃不得不先定扫除一切建设障碍之大计，毅然以出师北伐为建国之先着。不幸出师未捷，赉志以终，遗训昭昭，以此重大责任，付诸手造之中国国民党，付诸平生所依重之蒋中正同志。总理既逝，本党秉承遗志，出师北伐，……转战七省，遂定江汉，四十年来，本党军事成绩之伟大，盖无过于今日者。虽然，苟无认识主义，效命党国之全体将士，则蒋同志亦一手一足之力耳，深切言之，此种伟大之成绩，实由于全体武装同志之一心一德，更深切言之，实为主义的成功，军纪的成功。武昌之役，南昌之役，以及肃清东南诸役，吾武装同志之为党国牺牲者，不知凡几，天上英魂，地下碧血，所望为生者之奋斗，最后之成功，故吾侪未死之余生，实负党国之重托，昔程婴生而公孙杵臼死，死者为其易，而生者为其难，国民革命之孤儿，今实保抱于武装生存之同志，故吾人对于武装之同志，既备具尊敬，而又切勉于将来也。”
二四八、吴佩孚挥泪离郑州
吴佩孚自从15年9月6日失汉阳，先退孝感，再退广水，三退信阳，吴本意拟自信阳调援反攻，无奈军心涣散，已无可靠之部属。身边战将只有田维勤担任信阳州以南的防务，至于靳云鹗则自汉口返豫，即入鸡公山，其不满意吴，已达极点。吴在北方虽然尚有可调之兵，可是没有车辆调配，只好徒步南下，因此自郑州以南迄信阳武胜关，各站都有驻兵，派别复杂，不一定完全听吴的指挥。这时河南全境有枪的兵不下三四十万，名义上归吴指挥的，超过10余万，兵心厌战，而军粮饷秣亦艰困万分。
靳云鹗驻军鸡公山，俨然以河南最高军事首长自居，他曾下令，凡通过他的防区的杂牌军队，一律予以缴械，他的亲信黄殿臣奉命执行。9月16日黄部遇上吴佩孚的卫队经过，也不分清红皂白予以缴械，吴佩孚闻讯大怒，勒令捕黄枪决。当晚信阳附近发生兵变，吴仓皇自信阳搭乘三等火车奔郑州。
9月27日息隐保定的曹锟，乘专车赴郑州，曹锟自冯玉祥倒戈遭受幽禁后，直至奉直联合赶走西北国民军始恢复自由，虽然他的把兄弟吴佩孚已东山再起，他则表示不愿过问政治，径返保定闲居。曹为人宽厚，甚得人缘，不似吴佩孚之强项，容易树敌，因此在吴走投无路之际，直系要员纷纷敦请曹锟出马团结直系。
由于孙传芳在吴军危急时不肯赴援，因此使人想到一段往事，认为孙传芳在报旧仇，那是湘军援鄂之役，鄂督王占元求救于吴 ，吴派萧耀南率先头部队驰援，萧军进驻武汉并不开赴前线，坐待王占元的失败，乘机把湖北纳入吴的范围，直系认为吴这一手吃了自己人，太不够意思。孙传芳当时是王占元的部下，亲眼看到这一幕，他虽然因为这一次战役而受知于吴佩孚，但王占元失败的一幕却深印心中。现在他坐视吴苦战而不救援，有人说是历史的重演。因为有这些原因，直系的旧人就想抬曹锟出来团结直系。
曹锟是和夏寿田、张廷锷来郑州的，下榻郑州中州饭店，抵郑当天就染上感冒。而吴佩孚仆仆军事，也抽不出时间来看曹。过了两天，吴才抽出空由张廷锷陪同赴中州饭店谒曹，曹正和夏寿田谈得很高兴，吴入室鞠躬为礼，并请问：“总统感冒好了没有？”曹不理亦不答。房中空气为之寂静，吴再问，曹徐徐而言：“外面风好大哟！”吴说：“今天天气好，外面没有风。”曹说：“外面没有风怎么把吴大帅吹来了。”吴一听知道是曹多心，乃低下头聆训，曹说：“你是大帅，我也做过大帅，我做大帅时有功都是你们的，如果不把功劳分给你们，你怎么会做到大帅，可是你今天有功都是自己的，不能容物，不能开诚对下，自大狂妄，造成今天上下离心离德。”曹越说越气，声色俱厉，吴低头不敢作答。夏寿田和张廷锷用其他话盖过，才把空气缓和，吴遂告辞。曹虽斥吴，可是仍努力团结直系，把靳云鹗找来，靳对曹表示不满吴，曹好言安慰，劝靳顾全大局。
孙传芳在南京坐待吴佩孚战败，他自以为得计，其实却让革命军逐一击败。当革命军出湖南直指武汉之际，倘孙军剑到履及，不东推西拖，与吴军合作，则对革命军来说，是增加了很大的麻烦。孙军按兵不动，直接搞垮了吴佩孚，间接也搞垮了自己，使北伐军坐收各个击破的战果。
孙军初与革命军接触时，略有进展，那时吴在郑州接获孙的战报，自夸对战局有把握，言外之意似在讥诮吴的不中用 ，今后的重头戏只轮到他一人独唱了。怎知时间一久，北伐军在江西捷报频传，孙自夸革命军的前进像绳子一样寸寸剪断，结果是自己做了绳子，让革命军寸寸剪断了。
吴佩孚由汉口退到郑州后，其辖区是：北自保定，南至武胜关，靳云鹗在郾城设立司令部，日日言反攻而日日按兵不动。按兵不动是靳的一贯作风，吴佩孚这时的处境实在很恶劣，一面是明敌，一面是暗敌，用两面作战来形容吴的处境还不够，简直是背腹受敌。
张作霖天天打电报问吴，今后的动向？张意思是如果吴对付不了革命军，不如让出一条路给奉军，并且愿意把奉军交给吴指挥。然而吴对奉军已有不敢领教之苦，南口作战的记忆犹新，所以他一再答复张说自己的力量足以挡住革命军，现在还不需要奉军加入。
吴退郑州时，以“南”为敌，以“北”为友。事实上国民革命军是把吴佩孚当作头号敌人的，而奉张则满口吴二哥，叫得非常热络。可是形势比人还强 ，如今的吴二哥是个斗败的公鸡，奉军把他看做挡路的瘟神，叫他让路他不让，对于他阻挡北伐军的能力也失去了信心。
吴只提防革命军出武胜关继续北伐，却做梦也想不到奉军将渡河而南，告急文书不自南来，而自北飞到，保定方面奉军逼迫吴军让防，齐燮元一再急电请示迎拒奉军的办法。奉军表示孙传芳乞援于奉，所以奉军要肩起收复武汉的责任。
吴的地盘已变成张的障碍物了，大难临头各自奔，张、吴之间现在是各怀鬼胎。
当武昌城破之日，即奉军接防保定、大名之时，吴腹背受敌，内心之苦莫可言宣。
更令吴难堪的，是奉系和孙传芳密使往来不绝于途，盛传奉张和苏孙加强合作，奔走其间的，就是王占元，而靳云鹏希望调和张、孙，出山组阁，所以也热衷奔走。
奉直鲁军援吴问题使吴佩孚颇感困扰。吴知道得很清楚，他与张作霖之间的帐很难算，张作霖对他不会真心帮忙。张宗昌和他还有很好的关系，张宗昌的帮忙比张作霖要有真意。然而张宗昌军和他之间也存在一个症结，就是保、大问题。保、大是吴的后方，也是唯一的吴军饷来源地，可是保、大又是直督褚玉璞的辖区，褚玉璞天天嚷着要接收保、大，害得负责保、大的齐燮元寝寐难安。
奉、直、鲁认为控制北京，统一直隶，出兵援吴是奉、直、鲁的既定计划。当吴佩孚退至河南境内时，吴的秘书长张其锽迭电张宗昌请援，不过吴本人不赞成奉、直、鲁出兵援救，只希望接济饷弹。张作霖本无积极助吴之意，张宗昌倒是希望拯吴于危，可是直鲁军方下动员令，而吴佩孚挡驾特使已驰至。15年9月30日吴派符定一到济南转达吴意，拟请直鲁联军暂时不必开入河南等待后命。吴又恐怕符定一对于军事情况未能详述，所以又加派参谋长张国溶与刘绍曾及鲁方前派来郑州的代表童好古、常之英一同前赴济南谒见张宗昌，代表吴佩孚一方面向张表示谢意，一方面请张缓期出兵。张国溶携有吴佩孚的亲笔函，内述已经开往保大的援军，请勿前进，未开拔的一律停止出动。张宗昌对吴的各代表表示，鲁直联军南下应援义不容辞，既然吴玉帅认为目前还不需要，自当停止前进，直军既已开拔，骤然请其停止，恐褚督于内情尚不尽悉。于是鲁张乃电邀褚玉璞来济，褚接电立即动身，午夜抵济，即赴督府会议，第二天清早原车返天津。
吴佩孚满以为褚军接收保、大事已趋缓和，怎知10月2日褚玉璞又由天津专车赴丰台转京汉线赴保定，一方面准备援鄂军事，一方面办理和平接收保、大事宜。直隶保定副司令徐源泉亦由济南赶回助褚。褚表示对吴部一切补给援助均属可能，但保、大既属直省范围，事权必须统一，何况由直隶出军援吴，保、大是必经之地，怎可不先行接收。接济吴方饷械与接收保、大并不冲突。
吴佩孚的副帅齐燮元10月2日尚通电保、大两道道尹知事和各局所长，饬将应征之款督征催解，并饬勿离职守，可是褚玉璞抵保后，褚部谢玉田师也开入保定，事实上褚军已正式接防了。
北京城内也有变化。北京政府本为吴佩孚所拥立，代理内阁总理杜锡珪既无权又无力，吴在鄂战败，奉张声势增强，而奉张宁要北京卫戍总司令，不要内阁，所以靳云鹏虽奔走于奉张和苏孙之间，奉方意态非常冷淡。10月1日杜代阁辞职专任海长，财政总长顾维钧调外交总长代理阁揆，潘复任财政总长，汤尔和任内务总长，其实这时候的北京政府已更不被各方重视了。同日奉军第十军军长于珍就任北京卫戍总司令。
奉张入京后，奉系所注意者为河南。吴佩孚在河南不进、不退、不战、不和，其部下靳云鹗反吴于前，而田维勤、寇英杰又不合作，魏益三又与田部同驻，寇乃感势益孤单，河南纠纷迭起，奉军入豫更形迫不容缓。
16年1月15日张作霖令张学良、张宗昌以实力援吴，先以兵力肃清黄河北岸，然后渡河至郑州。正当奉军要开入豫境，京津各报盛传魏益三附靳反吴，田维勤则匆匆避往汝南寇英杰处。
1月初，奉军入豫，进驻彰德，2月8日奉张发出两电，宣告奉军入豫意旨，原电如下：
“（一）南京孙副司令、太原阎副司令、济南张副司令、褚司令、吉林张督办、卜奎吴督办、绥远商都统、承德汤都统、张家口高都统鉴：年余以来，赖诸君戮力同心，直鲁晋绥，幸告肃清，而武汉不守，祸延长江。迭据湘鄂