指挥，认定孙军主力在攻占龙潭，乃飞调第一、第七两军主力由东西两面会攻龙潭，并急电在芜湖的陈调元军，在采石矶的贺耀祖军，在慈湖镇的叶开鑫军，在青阳的王普军，在大通的夏斗寅军分别担任长江上游的防御部署。并令海军司令陈绍宽派舰游弋于八卦洲、划子口、大河口、乌江镇等处以截阻偷渡的孙军。
白崇禧在镇江坐镇，28日下午第二师师长刘峙由上海赶回镇江，白即命刘乘原火车向龙潭增援，所有前线部队概归刘峙统一指挥，刘于当晚8时到达下蜀与龙潭之间的山口村东端，其所乘火车与由龙潭车站撤出之火车相撞，同时出轨，刘峙撞伤头部，官兵死伤200余人。刘峙带伤以电话询问在龙潭坚守的卫立煌，则电话已告不通，询诸相撞火车上之官兵，始悉龙潭已被孙军攻占，大部分守军向龙潭西南方沿南京大道撤退，刘峙一方面向白崇禧报告，同时即在山口村附近布防。
孙传芳军自8月26日起渡江南侵，昼夜偷渡，迄29日夜，孙军渡江部队均聚集龙潭，有第二、第四、第七、第八、第九、第十、第十一、第十三、第十四等十个师及第十五、第廿七、第廿九、补充第一各混成旅约达5万余人，据守龙潭以西之黄龙山，及南面之青龙山、虎头山，东面之大石山、雷鼓山各险要。孙传芳本人亦亲自坐镇龙潭水泥公司督战，拟以一部分向东南两面发展，以主力进迫南京。
8月29日夜，白崇禧以电话告诉刘峙，谓已电请南京方面的第一军部队和第七军部队于8月30日拂晓反攻龙潭。刘峙奉命后立即部署。而南京方面第七军副军长夏威率领第七军和第十九军自栖霞山展开攻击。何应钦则在东流镇准备反攻，以卫立煌为前敌总指挥，右纵队由徐庭瑶指挥，左纵队由陈诚指挥，预备队由楼景城负责。
8月30日凌晨革命军第一军第二师部队正拟转移攻势，孙传芳军突然发动全线总攻，来势甚猛，刘峙亲赴前线指挥。正危急间，适值独立第五十八团由团长桂永清率领赶来支援，稳住阵脚。南京方面的北伐军于30日午前7时发动攻势，孙军虽在各面反攻甚烈，但革命军之全线部队已能互相联系，渐成自东、南、西三方面包围。不过孙军据黄龙山、青龙山、虎头山、七星观一带山险，深得瞰制之利，坡急势峻，革命军仰攻甚难。孙军寸土必争，孙传芳及其所部高级将领均在龙潭督战，北伐军浴血奋进，逐一攻克青龙山、虎头山、七星观。一部分革命军突入龙潭镇街市，孙军乃仓皇向江岸溃退，当日午后5时完全克复龙潭。
31日午前5时，革命军正部署追击，孙军忽发动猛烈反攻，尤以对水泥公司及龙潭车站攻击最烈。这时何应钦及白崇禧已会合于龙潭，身临敌前，督率指挥，以第一军急行迎击，以第七军的一部自龙潭沿铁道向侵入水泥公司的孙军侧面压迫，至上午8时前，孙军遂向方家坝、袁家巷、花家荡、常天寺、小洲田、西老圩、舟子桥一带溃退，革命军分左右两翼追击，并以第三师师长顾祝同为总预备队。
31日午后2时，渡江之孙军除一部分逃回北岸外全部就歼。
这就是辉煌的龙潭之役。孙传芳军渡江进攻的不下六七万人，被俘孙军官兵3万余人，师旅长以上高级军官数十员，枪支4万余，伤亡无数。北伐军伤亡亦达8000余人。革命军押运俘虏者每千名俘虏仅配枪兵数名，既无火车运送，又无给养，因此孙军俘虏乘机逃逸者极多。
在龙潭会战时，北伐军即拟渡过江北，袭击孙军，并截击其退路，但江岸孙军广布，渡河材料亦形缺乏。龙潭大捷后孙军狼狈逃窜，国民革命军军事委员会遂于9月2日电令第一、第三两路军之一部渡江作战略上的追击。孙传芳军自龙潭败阵后仓皇北退，除一部分向津浦路乌衣、滁州溃退外，其主力均由六合，天长一带经扬州沿运河退却。孙传芳本人则化装为士兵，乘小轮到扬州，一面令其十四师师长刘士林在沿江收容溃军，一面以第四师、第七师、第八师及第十五师混成旅等部驻守扬州、高邮一带，然后即匆匆率第十师师长郑俊彦等共约五六千人，经淮阴、泗阳、宿迁，向徐州退却。兵败如山倒，孙传芳军亦不例外，北伐军渡江追击时，浦口孙军已闻风而遁。
9月上旬北伐军追奔逐北，追击部队区分为三部分，右翼军以第十八军军长杨杰为指挥官，中央军以第四十军军长贺耀祖为指挥官，左翼军以第卅三军军长柏文蔚为指挥官。
右翼军在杨杰指挥下，以第卅一军九十二师为右纵队，以第十四军为中央纵队，以第十八军为左纵队，自镇江附近渡江，向运河沿岸追击前进；自江阴附近渡江，分向泰兴、兴化、涟水及东台、盐阜一带追击。因各军曾奉杨杰通知，均须携带20日之给养，购军需时，渡江材料又不充分，延至9月6日以后始得渡江前进。其左纵队之第十八军进展最速，自渡江后，9月7日首将占据泰州、扬州、仙女庙一带之孙军击破而占领之，继即乘胜长驱，连克高邮、宝应各城，并于9月11、12两日，紧蹑孙军梁鸿恩、陆殿臣两部之后，先后大破之于淮安、淮阴一带，俘获3000余人，克复淮阴。右、中两纵队，亦进展至阜宁、涟水等处，即于阜宁、涟水、众兴、泗阳之线停止。
中央军之新编第十军，先于9月6日拂晓，由采石附近渡江，北岸孙军竭力顽抗，该军奋勇强渡，抢登彼岸，乘势向和州进攻，即占领之，同时第四十军之先头部队，亦渡至浦口，即以新编第十军向全椒进展，于10日攻克之，遂与第四十军协同进占滁州，嗣因左翼军进展迟缓，即于张八岭附近与明光之敌对峙。
左翼军各部队自合肥剧战后，前有孙军之顽抗，后有武汉上游之压迫，且其中之第十军、第十一军，均新易统帅，给养尤感困难，行动不免迟滞，致未能如期进展，故此次之追击，实际作战者仅中央军及右翼军而已。
二五四、蒋中正的下野与复职
16年6月下旬，北伐军扫荡鲁南。张宗昌、孙传芳重新整顿，于济南会议决定乘革命军兵力不能兼顾之际，反攻徐州。张宗昌之白俄军乘铁甲车猛攻，北伐军虽英勇抗御，终难扭转形势，7月24日退出徐州。
蒋中正为了实践徐州会议时的诺言，遂于民国16年8月12日宣布下野。
随同蒋中正离开南京的，有胡汉民、吴敬恒、蔡元培、李石曾、张静江等。蒋中正离京后先至上海，再转返原籍奉化。
蒋中正于9月28日自上海动身赴日本，曾在东京发表告日本军民书：
“不佞来游，虽为日尚浅，而观于贵国国民对中华民族之观念，无彼我之别，充满平等之精神，已得极亲爱之印象。贵我两国之关系，孙先总理常以兄弟之国相许，相信贵国国民希望中华民族之自由与独立，必较他国为更切也。然则贵国朝野如彻底谅解我国民革命运动，对之与以道德上精神上之援助，不利用举国民所痛愤之军阀，以阻挠国民革命之进行，斯即对我国民革命运动为莫大之助，同时且为两国根本亲善之要谛也。如是国民革命之完成，得使两国益加睦辑，俾贵国在东亚之地位益形安泰。同时或得以贡献于世界之和平乎！三民主义之国民革命，于民族历史上革命精神上抑于世界思想趋势上，必可完成。无论如何之强权，必不得永久抑压阻挠之也。”
1月10日下午1时3刻蒋中正由日本返抵上海，国民党第二届中央执监委员乃齐集上海，于12月10日召开第四次全会预备会议，通过复任蒋中正为国民革命军总司令，阎锡山、冯玉祥等亦推代表至上海促驾，国民党更吁请汪兆铭发表宣言出国考察，并解散特别委员会。
元月4日，蒋中正由上海返南京，5日宣告复职，重组国民革命军总司令部于南京三元巷。通电昭告全国，继续行使国民革命军总司令职务，除政治、党务追随中央诸委员共同负责外，同时秉承中央指导，专司军令，俟北伐完成，即当向中央正式解职以谢去年弃职引退之罪。
元月8日国民政府特任蒋中正为北伐全军总司令，以国民革命军之作战军、国民军联军之作战军、北方革命军之作战军、航空军之全部组织北伐军，由总司令统辖指挥之。
北伐军总司令蒋中正
参谋总长何应钦
第一集团军总司令蒋中正（兼），总参谋长杨杰
（辖第一军团刘峙，第二军团陈调元，第三军团贺耀祖，第四军团方振武，总预备队朱培德，炮兵集团陈诚，后方警备部队钱大钧，航空队张静愚，铁甲车队屠金声。）
第二集团军总司令冯玉祥，总参谋长刘骥
（辖第一方面军孙良诚，第二方面军孙连仲，第八方面军刘镇华，第九方面军鹿钟麟，骑兵第一军郑大章，铁甲车集团刘自珍。）
第三集团军总司令阎锡山，总参谋长朱绶光
（辖右路军徐永昌，左路军商震，中路军商震，预备队丰玉玺，炮兵集团周玳。）
海军总司令杨树庄，参谋长李景
（辖第一舰队陈季良，第二舰队陈绍宽，练习舰队陈训咏，鱼雷游击队曾以鼎。）
同时军委会另颁密令三则，分电蒋中正、冯玉祥、阎锡山、杨树庄等遵照，其文如次：
“某总司令勋鉴：甚密，兹颁发密令如下：（一）北伐全军以国民革命军总司令蒋中正统辖之。（二）北伐军之兵力，以国民革命军之作战军，国民联军之作战军，北方革命军之作战军，海军之作战舰队，及航空军之全部任之。（三）各作战军之经理卫生及野战器具材料之补充，除照原有顺序办理外，由军事委员会统筹补助之。”
蒋中正复职后，一面征调第四军缪培南部由粤入赣，方振武部自信阳开归德，方鼎英部自粤经赣、浙转苏，钱大钧部自粤经闽、浙入沪；一面令散住皖、赣、苏、浙军队，准备出发。随复于2月9日亲赴徐州，召集各军官长训话，改编徐、海各军为三个军团，调何参谋总长应钦，留守南京。复指示第一二两集团军在曹、丰间确取连络，实行战略展开。2月16日转抵开封，召集冯玉祥及第二集团军总参谋长刘骥、山西阎锡山代表邵某，第一集团军总参议何成浚，总司令部参谋处长葛敬恩等，商讨北伐大计。与会人士均主早日大举，尤以第三集团军方面主张尤为激切。当晚，蒋、冯两总司令，复密商大举北伐日期，及军队调动，战线调整，军费筹措，军实给养诸大端，决定总攻步骤。
北京方面张作霖在17年2月初旬召开干部会议，图谋反攻，作全面之进犯，到了2月中旬，第二次召集干部会议，决议对京汉及山西方面取攻势，对津浦路方面取守势。最后则改为对京汉及津浦路均取守势，惟对山西则取急剧之攻势。以张学良的三、四方面军主力及张作相军攻晋，以三、四方面军的一部配置于京、汉路对豫北取守势，其他褚玉璞、孙传芳、张宗昌三部，则配置于大名、济宁、临沂一带，对南取攻势防御。打算先下山西，然后向南进展。
民国17年4月1日，蒋中正在徐州行辕除通令第二、第三集团军期以4月7日开始总攻击外，并于4月3日召集所属参谋长至徐面授作战命令。蒋中正并于4月7日誓师。
蒋所亲自指挥之第一集团军战略目标，集中优势兵力，以两翼包围击破鲁南及济宁地区北洋军进占济南为主，全军在徐海、砀山、陇海路以北地区集中，其所属各军团按以下位置部署：
第一军团在徐州东方八义集、大许家、贾旺、利国驿及徐州附近集中。
第二军团在海州、新安镇、运河北站附近集中。
第三军团在丰县、沛县各附近集中。
第四军团在单县、城武各附近集中。
第二集团军第一方面军（孙良诚部）在曹县、菏泽各附近。（ ｜。。）
4月10日张静愚的航空队侦察发现北洋军之铁甲车扼守韩庄、运河铁桥北端，韩庄东运河北岸工事坚固。革命军乃展开攻击，经激战后，攻克禹王山、胜阳山、王母山、车辐山，当晚攻克台儿庄，北洋军向峄县退却。革命军第一军之第一师进占红庙、阎庄等处，第三师占领单庄、沟上之线；第二师进至利国驿，第十军进占庄家场、吴闸子、三叉河。11日占领王庄及郯城。13日占领韩庄、沙沟。
4月14日北洋军作殊死斗，孙传芳在苏、鲁边界丰沛一带反攻，为张宗昌声援。而张宗昌亦亲临前线督部猛攻，革命军奋不顾身，反复冲杀，击溃敌军攻势，占领临城。18日攻入滕县。19日占领邹县及曲阜。20日攻入兖州，围歼北洋军于峄县。
张宗昌所部军队，在安国军七个方面军团中为数最多，但流品复杂，漫无系统，其番号连张的幕僚亦欠明了。迄大战前始将军队裁并改编，除人枪较多者仍保留师番号外，其余编为中将、少将、上校三种支队，名目番号始稍整齐，但实际各军改编者仍不过四分之一，�