附近发放军饷，或遣散部队，由中央政府派一高等军官会同该核计员，将三联领饷清单查核签押，并予该军官核计员统以监查应需之便利。垫款处银行团方面的核计员是德人蓝朴（Lamp），他曾于庚子八国联军入京时，在天津都统衙门充任财政处长，对北中国财务情况很熟悉。中国方面的核计员是徐恩元，曾在欧洲留学，自担任这个工作，常和洋人呕气，不久且吐血。代理徐的是李方，曾在前邮传部和大理院做过事，英语比普通英国人还讲得好，中文则甚差。
黄兴和熊希龄都是湖南老乡，两人本来感情很好。黄担任南京留守，熊任财政总长，黄这个职务处处需要钱，要钱当然是向财政部要 ，熊也尽力帮黄的忙，这是熊在主持借外债以前的事。待熊主持和银行团借款时，熊和唐绍仪已发生了许多不愉快，而黄也正式宣布反对借款。熊认为借款主要为了裁军，裁军工作大部分在黄手上，等于是为黄奔走，却得不到黄的支持与同情，相反地黄竟力加反对，于是二人便在电报上往复攻讦，恶言相向。黄与熊来往的几则重要电讯如下：
黄致唐、熊索款救急电：“此间经济已告罄……奇窘之状几于不敢告人，不但各军积欠饷项无从发给，即目前伙食已无术支持……似此情形，一两日内必有绝大险象……请立拨百万元以救眉急……”再电告急：“……此间军队伙食已数日不能发给，今日有数处竟日仅一粥，每日索饷者门为之塞，危险情形日逼一日，哗溃之势已渐发端，二日内倘再无款救宁，大乱立至，危在旦夕，用敢密陈，无任迫切待命之至。”
黄反对借款公开电：“蒋次长来宁，闻悉十七日银行团与熊总长所订垫款已经签字之合同，及监视开支暂时垫款章程，不胜骇异……此种章程匪独监督财政，并直接监督军队。军队为国防之命脉，今竟允外人干涉至此，无异束手待毙。二十年来海内各志士赴汤蹈火，粉身碎骨，所辛苦缔造之民国，竟一旦断送于区区四百万之垫款，吾辈一息尚存，心犹未死，誓不承认。熊希龄身负重任，竟敢违法专断，先行签约，悍然不顾，此而可忍，孰不可忍！闻章程已提交参议院核议，祈痛加驳斥，责令毁约……即本留守直辖各军队欠饷已久，危迫万状，均不甘受此亡国灭种之借款，为饮鸩止渴之图……此举关系存亡，即乞贵处速电抗拒，责令毁约，无任企祷。”
黄再电中央及各省：“……现在借款一事愈出愈奇，名为磋商，实甘愚弄，财政、军政均受监督，国权丧尽 ，生命随之，故睹此次垫款合同及监视开支章程而不痛心疾首者，非人也。……”
黄兴除了反对向外借款，主张立即毁约而外，同时发动筹募国民捐，并将军队欠饷酌换公债票，由各省自行集合人民资本，以组织国民银行，并由国民银行协力组成一个国民银行公司。此外云南都督蔡锷提议举办爱国公债，且在云南首先开办。南方各省则纷纷附和黄兴、蔡锷主张，风云景从，响应热烈。
黄致熊电：“公对银行团要求既甚愤懑，又云取消极易，应诸立即取消。总之此次约由公订，必由公毁，毁约非借约比，与参议院无关，公前电曾以此自任……所谓拨归南方一百五十万，只为财政部收回军用钞票，实无一钱及宁，继以空言搪塞，不知全国命脉握公一手，若再犹豫，祸且立至，兴交代在即，责任属公，能担负否？……”
黄再致熊电：“现在大局危迫，间不容发，吾辈均以国家为前提，于个人关系绝不稍存意气，而于国家生死关头 ，尤当审慎，岂得因一事办理骤难得手，遽萌退志。此次借款，公固然费苦心，但条件损失主权甚巨，又岂公所愿意？……倘因借款失败，国人反对，即绝对不谋及善后办法，仅欲以辞职卸责，千载而下，其谓公何？兴与公本系友好，责公劝公固皆为国，亦即所以为公，惟熟思而审处之。不胜盼祷。”
熊复黄电：“承责大义，敢不自勉，无如才智薄弱，实不能胜此重寄。当前在南京时，与公所筹办法，不料到京后全局皆变，外人见我愈急，要挟愈坚，我之窘状危险，均在此数日之中，绝无丝毫后援以壮胆力。各军索饷之电，一日数至，不应则哗溃之变，咎固在龄；应之则条约之损，咎亦在龄。近日反对风潮日烈一日，各省责备之言无虑数千，而接济之饷不见涓滴，湖南允助三十万金，然只供南北两方二日之用，山穷水尽，龄何能为？……至于借款函约，一经停借，即可取消，并无难处，龄亦可谢天下。公手造民国，南方贲备之重较龄万倍，近闻亦有去志，殆亦鉴于时局人心之难为也，敢乞以己度人，见谅微忱，无任感祷。”
熊致各省公开电：“借款事外人要求监督财政，人心激愤，各报所载，集矢于龄，内疚神明，外惭清议，不敢为个人名誉，稍有辩护，惟此中艰难曲折，有不得不详陈于左右者。希龄前以国民委托，深知财政困难，未敢担负，五辞不获，乃就斯职。接代后南京库储仅余三万，北京倍之，不及六万。东张西罗，寅食卵粮，危险之状不敢告人。到京时正值银行团与唐总理谈判激烈……当与银行团抗争时，屡欲决裁，而南北西方军饷甚迫，南方来电兵已食粥，北方各军衣尚着棉，黄留守告急之电一日数至……现在南北两京数日之内即须巨饷，乞公等速派专员来部，查看情形，切实担负，以救危局。希龄智力薄弱，值此财政极紊，饷需奇急之时，责备之加，固不敢辩，而大局所关，不敢不广征众议。诸公爱国热忱，世所钦仰，如有嘉谋良策，堪以救此眉急者，务望迅速电示，如龄力所能逮，无不切实奉行。临颖无任翘企盼望之至。除将各处催饷电文另密电呈览外，特此奉告。”
李书城自武昌起义一直跟随黄兴，黄在武汉指挥作战部队时，他担任参谋长，此后黄无论任何职务，他都是黄的参谋长 ，黄任南京留守，他亦是留守府总参谋。黄和熊希龄为了借款问题互相函电攻讦，最后恶言相向，李乃以黄的参谋长身份给熊一电，历数过去恩怨和今日是非。全电略云：
“熊总长鉴：闻蒸日致克公（指黄兴）电，不胜怪叹。克公因触电扇伤指，卧病未起，未便遽行转达，书城忝参机要，凡此间内情，知之甚详，敢代为一一答复。……又谓克公于政治少所经验，第一次主张建都南京而北方兵变；第二次主张国务员拥兵北上，而苏州又兵变，今责克公于政治少经验，是公俨然以大政治家自命矣。夫克公之政治经验如何，鄙人不能尽知，至公自命为政治上富有经验者，观公自任财政总长以来，未闻有所建白，第轰轰烈烈之事，当即为此次所订垫款合同七条，可以骄人耳。大政治家所订合同可即作为铁案，一字不能增减，何以经未有经验之克公反对，而公即允毁约？吾知此七条经改正后必较公所订原约损失国权处稍轻，当即公所承认，如此则公之自命为有政治经验者所订之约，反为少经验者之所反对，而得修改稍善。……又谓将来国家必亡于克公之手，譬之医生用刀割治病人而不为封口，听其腐烂致死，此语尤为狂谬……吾书至此，气已不能再忍，敢正告公曰：公订此合同，将来国家必亡于公之手，而国家或不至亡者，则克公反对之功也。盖克公此次反对，在垫款合同七条耳，并非反对借款也。如因反对之影响而使合同可以修改，不至如公所订损失国权之甚，则国家可以获借款之利，不受借款之祸，试问孰功孰罪，不待智者可以知之。公负亡国之罪，而责有功之人，非丧心病狂，亦何至此？……又谓目前辱，未始不可报复于将来，此真小人无赖之言，非堂堂总长应出口。政见虽各有不同，皆为国家大计起见，并非克公有私怨于公，何险狠一至于此？……且书城自武汉战争时，即相随克公至今，知克公与公之交谊亦最悉。当南京成立时，克公推荐公为财政次长，以各省代表反对而止。北京政府成立时，参议院激进派人多谓公为前清猾史，拟反对公为财政总长，赖克公多方劝慰，始得通过。可见克公事事皆呵护公，于公绝无私怨隐恨，凡此皆误认公为有才所致。公若尚有一息之天良，清夜自思，何以为人？……来电不敢转达克公，望公明白见示，以便于克公前代公解释，全公与克公之交谊。临电惶惑，立盼电复。”
直接成为唐内阁的催命符是“直隶都督”问题。早在唐南下接收政府时，顺直议会（包括顺天府在内的直隶议会）根据革命时期各省都督由咨议局推选的惯例，推举直隶人王芝祥为直隶都督，唐绍仪应允由政府加以任命。在唐回北京时，就向袁报告，袁也点头表示同意。岂知在袁内心则完全不同意，因为他有一个旧观念，认为直隶都督就是北洋大臣，而王芝祥是一个亲同盟会的军人，在南京留守府当军事顾问，把这样一个人放在心腹之地，袁是不放心的。同时袁认为任免军政大员是总统的职权，决不可再让给民意机构。在唐来说，不相信袁会出尔反尔，所以电召王来北京。就在这时，忽然有直隶五路军人通电反对王做直隶都督，袁遂以此为根据撤回他的同意，并且与唐商量，打算派王为南方军的宣慰使。唐大受刺激，认为这不仅是个人面子问题，也与内阁职权和政府威信有关，袁可以失信于唐，唐却不可失信于顺直议会和同盟会，因此唐表示无法接受袁的改变。6月15日袁把没有经唐内阁副署的“任命王芝祥为南方军宣慰使”的命令公布，这显示总统与内阁已经正面开火。根据《临时约法》，没有内阁副署的人事命令是不生效的。唐绍仪对于袁不经内阁总理副署而发表人事命令感到非常痛苦，同时又使他失信于顺直议会，人无信不立，何况他是内阁总理。这天他乘坐马车由办公室回家，忽然迎面来了两个开道的士兵，手中挥舞着鞭子，唐总理的御者几乎挨了他们一鞭。唐急忙吩咐把马车让到路旁，注意一看，一辆漂亮的马车里，坐的不是别人，正是总统府拱卫军统领段芝贵。待到这辆车子过去了，总理的马车才缓缓前驶，他事后对人说：“好大的威风，只有前清摄政王才够得上这样威风呢。”由于双重的刺激，使他顿萌退意。6月15日他悄悄留下一张假单，“国务总理唐绍仪为呈请事：绍仪现因感受风热，牵动旧疾，恳请给假五日，赴津调治。惟总理职务关系重要，不容一日旷废，并乞大总统于国务员中简派一员暂行代理。”然后乘了一辆人力车至火车站，搭头等火车赴天津。
唐走后，北洋系的人们拊掌称快，认为去了眼中之钉。袁世凯接到唐的请假条，对于唐的不辞而别，心中亦颇不舒服 ，但究竟袁、唐两人共事交友数十年，不能太贸然决裂，所以仍派秘书长梁士诒专程前往天津慰留。唐绍仪和梁士诒两人私交本笃，而且意气相投，梁来津晤唐后，除传递袁意外，复谈及袁、唐两人的交谊。唐、梁抵足通宵，唐把自朝鲜和袁订交经过，两人在北洋共事凡20余年种种，娓娓向梁详述，至于为何演变到如此地步，唐曾感慨地说：“我和项城的交谊，君最深知，公谊私情我本不该挂冠，甚至不辞而别。可是观察今天国家局势，欲求统一中国，非项城不可，欲求治理中国，则非项城诚心和革命党合作不可。三个月来，我首当冲要，处理这个问题，仔细深入来看，觉得项城和革命党的合作，中间阻碍甚多，此点君必有同感。既然我的理想无法达到，则不如早作退路，免得将来焦头烂额。因此，我与项城今日的分手，是公义。”唐言下不胜唏嘘。
第二天一早，梁士诒返北京复命。接着唐的辞呈亦送达。袁知唐意已不可挽回，遂由总统发布准许唐辞职的命令。唐于民国元年3月13日由袁世凯任为国务总理，至6月28日辞职获准，前后不过一百零几天。这是中华民国的第一届内阁，竟如此短命。显示出民国初年的中国政治特色是多难的。
唐绍仪在天津小住数日，即乘轮赴上海，以远离北方是非之地。他上船后遇见了一个神气十足的汉子，大声地斥骂他不该弃职逃走，越说越生气，后来竟拿出盒子炮来，像是要施放的样子。唐弄得丈二金刚摸不着头脑，以为是袁的特务来追踪他，因唐早知袁有特务组织会杀人，于是便陪着笑脸解释自己不能不辞职的苦衷。这汉子才回嗔作喜，和他拉手，并且说出自己的来历。原来他不是袁的特务，而是一个相当出名，自称“游侠”，可是举动冒失的荒唐鬼——黄桢祥。
唐绍仪的辞职，显露了《临时约法》已被破坏，因为总统不经内阁总理副署而发布人事命令，是违反《约法》的。可是当时大家都不在《约法》上争论，而在�