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开化党既发动政变，洪英植等入宫胁王移居别宫，并请日兵入宫护卫。国王、闵妃等被禁闭于景祜宫，老臣闵台镐、赵宁夏、闵詠穆等悉遭杀害，亲日派大权在握。这时袁世凯主张勒兵勤王，吴兆有主张先请示北洋大臣，袁认为缓不济急，乃分兵进援。袁为中路，吴张分左右翼，从王宫敦化门入，日兵曾据王宫狙击，终被袁兵攻入。这时洪、朴等劫韩王逃北门关帝庙，袁遣茅延年迎王入清营。洪英植等再三阻止，吴张二将亦赶至，韩王遂被清军迎入下都监清国兵营。袁往谒，王泣诉洪、朴等逼其更衣赴日本，恰遇清军攻入王宫始获免，但仍为洪、朴等劫掠，若非清兵来救，真不知下落何方。一边说一边流泪，情辞哀切。日使知事已败露，乃自焚使馆，率兵出小西门前往仁川。亲日派断发变服，逃往日本。
由于韩王在清营中，袁世凯遂代主持内政、外交、军事，后来韩王回宫，亦邀请袁入宫护卫，居住偏殿 ，和国王仅隔一墙，朝夕晤对。这时袁只是一个26岁的青年。韩大臣每日必会袁议事，听其指挥。不久传说日军大集仁川，袁乃和吴兆有、张光前商议，分兵扼守汉江和护卫王宫。
在这个回合中，清朝和日本在朝鲜的竞争，由于袁世凯的果决，而占了上风。
日本对朝鲜是处心积虑已久，而清朝对朝鲜的政策则是摇摆不定，所以袁世凯虽在甲申事变中占了上风，但并不能彻底解决问题。国际问题要讲力量，当日本在朝鲜屈居下风以后，它便积极布置，陆续增兵，同时向清朝政府提出抗议，指责袁世凯妄启衅端，应负甲申事件的责任。在这时候，清廷因中法争端尚未解决，不拟和日本再生麻烦，且以袁世凯官卑职小，此次在朝鲜闹出的事情，事先并未禀报朝廷，所以对袁并不太谅解，日本政府向清廷提出抗议后，清廷乃派吴大澂、续昌为特使到朝鲜来调查。吴大澂认为袁轻启衅端，所以还没有启程就打算把责任完全诿诸袁世凯，并向日本谢罪。
光绪十年（1884年）十一月三日吴、续两大臣抵朝鲜。十七日晋谒朝鲜王，转达清廷意旨，由于中法失和，清廷不拟和日本紧张，所以劝朝鲜忍耐。同时吴、续两大臣并命令袁世凯把驻守王宫的军队悉数调回本营。日本见清廷软化 ，态度更趋强硬，得寸进尺。日本公使井上馨率日兵千余进驻西门外京畿道，另带卫队200人入宫，日韩洽商议和，日方提出五条苛刻条件，但朝鲜对外事务属于清朝政府，所以日韩的谈判转变成中日谈判，谈判地点亦转至中国天津。
中日谈判朝鲜事件于光绪十一年（1885年）正月十八日举行，清朝首席代表是李鸿章，代表是吴大澂和续昌，日本全权代表是宫内大臣伊藤博文、农商大臣西御从道。谈判从二月十七日开始，至三月四日结束，议定条款三项：（一）四个月内中日尽撤驻韩军队；（二）中日两国均无庸派员教练韩兵；（三）遇有重大事件，中日两国派兵赴韩，应先互相照会。
从这次条约中可以看出日本已取得和清朝在朝鲜的同等地位。
《江华条约》使朝鲜自认非中国属国；《天津条约》则使清廷自认朝鲜不是中国的属国，同时日本因此取得和中国同等地位，当时官吏的愚蠢，真是痛心之至。
袁世凯变成了这次事件的罪魁，大家都把责任推到他的身上，他看到朝鲜局势的任人宰割，非常痛心。原来他在朝鲜期间，曾多次上书给北洋大臣（朝鲜事务属清北洋大臣管辖），他认为朝鲜终必有大乱，韩王庸懦无能，所以建议朝廷选派一个监国代朝鲜王执掌政柄。这时的北洋大臣是李鸿章，他虽然同意袁的意见，可是他正苦恼于中法和议未定，怕在朝鲜出乱子，所以把袁的建议搁置。袁世凯继续上书痛切陈言，但仍未见采纳。
这时刚巧遇到袁的嗣母牛氏生病，袁乃要求请假回籍，所以他便和来韩查案的吴、续两大臣一同返国。这是光绪十年（1884年）十二月的事。他在天津谒见李鸿章，再把他的建议上达，李仍不接受，他只好要求请假两个月，返回陈州府了。
清廷既然把自己对朝鲜的宗主国地位分了一半给日本，这与袁世凯企图更深一步控制朝鲜的计划完全背道而驰，其实朝鲜仍然把中国当作宗主国。当时朝鲜想增兵三营，要求北洋大臣仍派袁世凯前往练兵，可是清廷既已与日本签了条约，所以自然不会同意，而袁世凯这时则已回家乡休假了。
最可笑的，是清廷对朝鲜的统驭既没有原则，又没有目标。举例来说，在朝鲜壬午年以前，亲华派是大院君李昰应，而亲日派是闵妃和她的家族，可是吴长庆率兵到朝鲜来时，竟助闵妃平乱，诱缚大院君至保定拘押。甲申年中日在朝鲜互争雄长，这时闵氏一家都是亲华派了，照理清廷就该全力支持闵氏，可是清廷的军机大臣和总理各国事务衙门却又主张释放大院君回韩。大院君被清廷押禁了许多年，内心当然仇恨清室，闵妃和大院君是仇人，这时见清廷又要送大院君回韩，自然也对清廷失望。
光绪十一年（1885年）夏天，清军由朝鲜撤退回国后驻戍旅顺，这时北洋大臣正计划护送大院君回韩的方法，因怕闵妃一系的韩人抗拒，当时定计遣水军提督丁汝昌和总兵黄金志、王永胜、张绍华、黄建埂嚷柿焖搅骄核汀５峭饧淞餮陨醵啵衔寰湎喾岛毡疽惨源酥恃逋ⅰ＠詈枵律罡薪棺疲司鲂恼僭揽两颍急噶钤涸鹧核汀Ｔ撂旖颍詈枵驴谑诜铰裕概晌に妥ㄊ埂０嗽率涨逭叫际头糯笤壕顣g应，并遣送回国。十九日袁世凯和大院君由大沽上船，分乘兵船两艘，鼓轮东驶，过烟台、旅顺，廿五日抵达朝鲜的仁川。
在朝鲜方面，闵妃这一派对于清廷送大院君返韩一事极为不满，闵妃竟逼使韩王拒派官吏前往迎接。袁世凯上岸后下榻中国行馆，同时分别照会各国兵船和领事，往复酬应，一面指责朝鲜政府无礼，竟不前来欢迎。第二天，朝鲜才派官吏和内侍来侍候。廿七日，袁世凯和大院君抵达韩京，韩王设幕南门，亲自迎接，于是大院君回韩的任务袁世凯总算完成了。
这时，在朝鲜又有新的酝酿，那不是日本而是俄国。俄驻韩公使威巴在袁世凯抵韩的先一日前往韩京，商谈条约要求陆路通商，同时以俄人来训练韩兵，保护韩国。替俄韩牵线的是总税务司穆麟德。穆麟德是德国人，但系清朝北洋大臣派遣来韩的，因其善弄权术，所以李鸿章撤去其职务，改以美国人墨贤理继任。穆挟恨投效闵妃，自称有拒大院君之策，并拉拢帝俄介入韩事。闵妃派穆在典圜局工作，月薪300元，可以自由出入宫廷。袁抵韩后洞悉其情，立即压迫韩王遣走穆麟德，俄韩的勾结遂告中断。袁世凯后来回天津复命时，李鸿章对于袁的应变之才大为赏识，袁之获李特别提拔，便是由此开始的。袁无形中也变成李对朝鲜问题的王牌了。这时北洋大臣奉到上谕：“庆军驻韩四载，前年乱党滋事，镇抚一切，因应机宜，尚称妥善，着择优保奖”。恰清廷驻韩商务委员陈树棠，称病请假，李鸿章乃奏请袁世凯以道员升用，赏加三品衔，由总理各国事务衙门加委袁世凯为驻朝鲜交涉通商事宜。袁奉委后，乃于光绪十一年（1885年）十月初七启程再度赴韩就任新职。
袁世凯这次来韩，是第三次，又是这一年中的第二次，可是他这次所扮演的角色却是与以前相反，他前两次都是一手拿着剑，一手拿着强权，现在则是纯粹外交人员，虽然也需用武力作后盾，但是主要是杯俎折冲。
在这时候，清朝在朝鲜遭遇到的对手，不只是日本，还有俄国，而美国、英国、法国、德国也想插手，因此袁世凯便展开一幕激烈的外交斗争。朝鲜内部的亲俄派以金嘉镇、郑秦夏为主，韩王也被说动。金、郑等私通俄国，愿受俄国保护，愿签约使俄国在朝鲜和中国地位一样。清廷获悉，令北洋大臣饬袁调查。袁已知韩国有秘密文件送至俄国，求俄保护，乃召韩国诸大臣至袁办公处询问。韩臣驰告韩王及王妃，王及王妃甚恐惧，乃派议政大臣沈舜泽、金宏集等先后诣袁谢罪，解释投俄事王廷俱不知，乃小人伪造，于是捕金嘉镇、赵存斗、金鹤羽等治罪，而俄国公使亦不承认有密约事。
光绪十三年（1887年）四月，美国人福久和韩臣洪英植、金玉均、金良默、郑秉夏等勾结，酝酿使朝鲜自主。袁世凯获悉，乃托病赴仁川，表示沉默抗议。韩王对袁的抗议深感不安，派近臣驰往慰问，并由朝鲜外务部照会美国公使，饬福久回美。这时福久和美籍总税务司墨贤理共商促使朝鲜借款开矿，而闵妃族兄闵詠翊，则向韩王建议认为中国最怕欧西各国，倘朝鲜能直接与欧西各国通往来，则中国必不敢强迫朝鲜。于是决定派朴定阳为赴美全权大使，派赵廷熙为赴英德俄意法各国特使。袁世凯获知闵詠翊的阴谋，即拟拘捕押赴天津，同时以朝鲜外交无自主权，不应直接派使出国事诘责朝鲜，朝鲜则以“使者已启程”来应付。袁这时乃要求朝鲜尽速召回特使，并派大员至中国谢罪，朝鲜政府公然不理。清廷退而求其次，要求朝鲜的特使到达出使国时，先赴中国公使馆报到，由中国公使絜同访谒，朝鲜方面依然置之不理，而对袁世凯则虚与委蛇。
这段期间可说是袁世凯办理对韩外交最艰苦的一个时期。
四、列强逐鹿朝鲜
朝鲜受中国文化薰陶最久。举例来说，清王朝统治中国二百多年，在中国全部采用清历，但在朝鲜，除了官书用清历外，普遍的民间记载却以崇祯甲申后第若干年为纪，由此可见中国文化对朝鲜的影响。不幸的是，清朝政府饱受列强的欺侮，已是焦头烂额，所以在对朝鲜问题的处理上，举棋不定，因此朝鲜内部便产生了很多主张脱离清朝自寻出路的主张。在这期间列强也在朝鲜勾心斗角，袁世凯担任对朝鲜外交和商务的重责，实在是很艰苦的。
这时他再度上书给北洋大臣李鸿章，献议对朝鲜问题处理的策略，上策是：“乘朝鲜内敝，而日本尚不敢鲸吞朝鲜，列强亦尚未深入，我政府应立即彻底收拾朝鲜，建为一个行省。”下策是：“门户开放，免得与日本或帝俄正面冲突，索性约同英美德法俄日意各国，共同保护朝鲜。”他的建议应该说是针对朝鲜的困难所作的良策，可惜那时清朝政府除了李鸿章外，大都是庸懦愚昧，对于他的建议便搁置不问。
从光绪十四年（1888年）起，朝鲜便开始蜕变，除了前述的派遣全权大使赴美国和欧洲外，还准备以关税作押向列强借款，朝鲜的外交和关税原来归中国管理，因此朝鲜这样作法，等于是对中国宗主权挑战。当时天主教势力深入朝鲜，守旧派对天主教反对得很历害，煽动人民说天主教徒烹食小儿，由此遂激起民变，攻击教堂，殴杀教徒。俄法美日各国均调兵自卫，袁世凯亦调水师入京城。韩王忽然宣布邀请俄法美日四国的军队入宫保护，这一举措简直是给清朝政府严重的打击。袁世凯一方面请北洋大臣郑重诘责韩王，一方面促请韩王左右的亲华派劝阻韩王，这时美俄两国驻韩公使都把袁世凯看作是一个严重的阻碍。第二年朝鲜派赴美国的全权大使朴定阳返韩，韩王拟派朴定阳外务大臣，这等于宣布外交的亲美路线，袁世凯倾全力反对，可是闵妃则一心一意要实现朴任外相的计划。袁世凯曾请韩臣郑秉夏去报告韩王说：朴定阳是清廷所绝不同意和容忍他出任外务大臣的，请韩王悬崖勒马，不可听小人之言，影响大局。袁知道闵妃在这件事情上最坚持，他无法劝她，乃找到一位闵妃的救命恩人洪在义，请洪去劝阻闵妃，总算达到了目的。至于朝鲜政府企图收回关税的打算，是受到列强的鼓励，以为可以用关税作抵去借外债，因此自行撤换总税务司。这种种迹象显示朝鲜在蜕变，而列强则利用这些情势得寸进尺。
光绪十六年（1890年）朝鲜的赵太妃去世。赵太妃是前王昭宗的皇妃，死时已8