宋教仁遗体由国民党同志卜葬于江湾，出殡时由吴铁城等乘马前导，极尽哀荣，国民党上海交通部并订于4月13日在张园举行盛大的追悼大会，由陈其美主祭，居正赞礼，汪洋读祭文，黄兴因病未参加。大会首由陈其美报告开会追悼宋教仁之深长意义，继由居正、徐天复、吴永珊、于右任、沈缦云等发表悼词，极尽哀思。
孙中山有一副极沉痛的挽联：
作民权保障，谁非后死者？
为宪政流血，公真第一人！
黄兴的挽联非常迫真：
前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁；
你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯。
龙阳才子易实甫的挽联，另饶意境：
卿不死，孤不得安，自来造物忌才，比庸众忌才更甚。
壮之时，戒之在斗，岂但先生可痛，恐世人可痛尤多。
宋的墓地在上海闸北，因为纪念他，所以就叫作宋园，墓前塑造了宋一座铜像，作支坐侧思状，下为石座，石座上有章太炎的阳篆“渔父”二字，于右任撰书刻铭：
“先生之死，天下惜之。先生之行，天下知之，吾又何纪，为直笔乎？直笔人戮。为曲笔乎？曲笔天诛。嗟嗟九泉之泪，天下之血，老友之笔，贼人之铁。勒之空山，期之良史，铭诸心肝，质诸天地。呜呼！”
四十八、宋案水落石出
袁世凯做梦也想不到这件刺宋案只是三四天就被破获。
宋死后的当天，黄兴和陈其美就联名致电上海的闸北警局和上海租界总巡捕，请其加紧侦探，缉捕凶手。当时上海电报局局长吴佩璜，是奉陈的命令担任情报工作的同志，陈令吴详查各方来往电报，发现了不少线索。同时有一个买卖古董字画的河南人王阿发前往四马路中央捕房报案，遂使这一骇人的政治谋杀案水落石出，真相大白。王在捕房说：
“十天前我在文元坊应桂馨的家里兜卖古董，因为应是我的老主顾，平素很熟，应这天拿了一张照片叫我在某时某地把这个人暗杀掉，许以事成之后给我一千元作报酬，我因为只懂得作买卖，从没杀过人，因此不肯承担这件事。当时我并不知道照片上的人是谁？今天我在报上看见宋先生的照片，正是应桂馨叫我去暗杀的人，我相信如果找到了应，便可找到凶手。”
上海捕房根据王阿发提供的线索，于3月1日派侦探到湖北路迎春坊228号妓女胡翡云（原名李桂红）的家中捉到了应桂馨。第二天继续搜查文元坊的应宅，又在宅内捉到了正凶武士英，就是他在车站开枪狙击宋的，同时又搜出应桂馨和内务部秘书洪述祖往来的密电本及函电多起 ，五响手枪一支，还有其他证据多件。从这些证件中证明：
杀人的主使者是大总统袁世凯，同谋犯是国务总理赵秉钧，担任联络的是内务部秘书洪述祖，布置行凶的是上海大流氓应桂馨，直接行凶的是失业军痞武士英。
根据江苏都督程德全、民政长应德闳后来制版公布的刺宋凶手铁证，有以下各种，足以证明上面几个人与宋案有关：
一、民国二年一月十四日赵秉钧致应函：密码送请检收，以后有电，直寄国务院可也（外附密码一本，上面注明国务院应密，民国二年一月十四日）。
二、应寄赵的“应密冬电”内有：民党主宋任总理。已由日本购孙、黄、宋劣史，印十万册，拟从横滨发行。
三、民国元年二月一日，洪述祖致应桂馨函：大题目总以做一篇激烈文章方有价值也。二月二日洪致应函：弟须于事前迳电老赵索一数目。
四、洪称应为弟，应称洪为荫之老伯。
五、二月四日洪致应函：冬电到赵处，即交兄（洪自称）手，面呈总统，阅后颇喜，说弟颇有本事，既有把握，即望进行。
六、二月廿二日洪致应函：来函已面呈总统、总理阅过。以后勿通电国务院，因智（称赵秉钧）已将密本交来，统归兄一人经理。
七、三月十三日洪致应电：毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理。
八、三月十四日应致洪“应密”寒电：梁山匪魁四出扰乱（按此系指宋在各大城市演说指责袁世凯），危险实甚，已发紧急命令设法剿捕之。
九、三月廿一日应致洪“川密”个电：匪魁已灭，我军无一伤亡。
刺宋案破获得如此迅速，绝非袁世凯所想得到，主要原因由于案子发生在上海，不是在袁势力下。袁在此以前也使用过好多次政治暗杀，都得心应手，死无对证，除了辛亥年吴禄贞被刺一案前面已经提过而外，泄露在外的还有这么两则：
一是在南北和议成立后，革命志士罗明典、吴定安联名发表告国人书，揭破袁的政治阴谋，不久有人到旅馆去拜访他们，表示敬意，以后便经常请他们吃酒看戏，一连有一星期之久。有一天那人又约了另一个人来，请他们在齐化门外二闸观水，他们四人分别乘两部马车前往，走到城外荒僻地点，那两个人抽出刀子把罗、吴二人杀害后抛尸而去。吴定安的朋友帅根坤找到了两人的尸体，即向法院控告，法院置之不理。
另一则是清末年，河南人曾广福兄弟四人，因为上书摄政王载沣被递解回籍，民国成立后又因反袁再被递解回籍，途中遭人暗杀，尸体没有下落。
上述这类暗杀，因为被杀的人没有背景和社会地位，所以死了不为人所关心。宋教仁不同了，他是赫赫有名的革命领袖，又是国民党的领导人，他遭暗杀当然被全国甚至国际上所注意的。
依照前述的刺宋证据看来，袁刺宋不仅事先知道，且与赵秉钧共同制定了暗杀计划，通过洪述祖物色到应桂馨。应是个流氓头子，洪于1月14日发给应一本密码电本“应密”，令应直接和国务院通电联系，后来因为赵太忙，乃派洪述祖到上海和应接头。洪赴上海接洽毕回到北京，把经过报告袁和赵，袁答应“毁宋酬勋位”，洪电应以后电报由洪转，不要直接向国务院联系，怕国务院人多嘴杂，容易把机密文件泄漏。洪给应电报中要他作一篇“激烈文章”，就是催应提前动手的隐语。
应桂馨和武士英被捕后，在捕房中口供是：
应桂馨又名应夔丞，是“中国共进会的会长”，据应自称共进会有会员一万万人。
武士英山西人，年22岁，曾在云南当过营长，被裁后流浪来上海。他的供词中说：“宋案是我一人下手，与应夔丞无关。”
应夔丞在辛亥革命前是青红帮头目，武昌起义时，帮会颇有贡献，其组织改名共进会，自以有功，骄恣跋扈，为害地方，浙督朱瑞要拿办他，黎元洪为之缓颊。应到湖北后又勾结军队，所行不法，黎亦通缉他，他乃投奔苏督程德全，又曾赴北京商榷改组共进会，遂与洪述祖互相勾结。
洪述祖早年在台湾胡作非为，台湾巡抚刘铭传拟将其正法，辛亥革命时在上海和应夔丞一块，据说他小有文才，唐绍仪组阁时本有意任命他为内阁秘书长，后来发觉他不正派，才改派魏宸组，洪于是被赵秉钧延揽为内务部秘书。
由于宋案急转直下，不仅凶手被捕，而且铁证如山，足以证明袁世凯、赵秉钧都是主谋杀宋的人，使得袁、赵非常难堪，不得不做一篇遮盖文章。这篇文章表面上看起来是一篇倒乱千秋的手笔，据说由“智多星”赵秉钧想出“移尸嫁祸”的妙计。这篇文章是于3月26日以国务院名义通电各省，内称：“据应夔丞23日函称，上海发现一种监督政府裁判机关，其宣告文内列有宋教仁、梁启超、袁世凯、赵秉钧、汪荣宝等罪状，特先判处宋以死刑，即时执行”云云。赵想以此转移国人视线，把梁启超、汪荣宝等风马牛不相及的人物列为陪客，并且把杀人主使犯也摆在一起，以为这样就能混淆事实，就能使人相信上海真有这样一个暗杀组织，这个组织不但要暗杀国民党领袖，也要暗杀其他政党领袖，甚至还要暗杀北京政府的首脑。
袁为了表示“坏我栋梁”，乃命工商总长刘揆一以吊丧为名，到上海来疏通黄兴。他杀了一个湖南人，却请出一个湖南人到上海来疏通另一位湖南人。刘揆一也是国民党，竟为了一个总长地位，不惜替袁作说客，黄兴对刘毫不客气，他弄得很没趣，回到北京后便向袁称病辞职。
上海地方检察厅公然宣布要票传赵秉钧出庭，这一来可把袁和赵搞得很头痛，他们也妙，只好横了心黑了脸，宣布在北京破了一个暗杀组织，名叫“血光团”，黄兴是团长，北京法院也要票传黄兴。袁的嫡系报纸《北京国报》公然用大字标题“伟人造反”，说湖北季雨霖谋反，是黄兴主使。而国民党的报纸则大字标题“总统杀人”以做报复。
应、武两犯是于4月16日由上海租界的会审公堂移交给上海地方检查厅看管的。江苏都督程德全、民政长应德闳亲自从南京到上海来，会同上海地方检查厅长陈英，在上海交涉员署内执行检查手续。
4月26日江苏都督程德全、民政长应德闳发表通电把有关宋案的证件全部发表。袁命令北京的司法部通电否认地方长官有宣布宋案证据之权，认为这样是干涉了司法独立。
宋案发生牵连到赵秉钧后，赵很没趣，袁也很光火，于是赵乃避嫌辞职，袁在赵辞呈上批为准予请假暂时休息。4月3日赵在北京《新纪元报》发表了一段谈话，把他自己说成是宋教仁的最好朋友，他说：“我和钝初一任内务一任农林，以同僚而为至友，他住西直门外农事试验场，离城十里，有时天晚来不及出城，他总住到我家中，我们感情甚洽，无话不谈。他离北京南下时，欠了五千余元的债，都是我替他偿还的。”
当孙中山把中华民国大总统让位给袁世凯时，革命党对袁修筑了三道围墙：一是临时政府设于南京，二是袁必须到南京就职，三是袁发誓必须遵守《临时约法》。
可是袁在宣布要南下时，在北京制造了兵变事件，于是临时政府设在南京的计划为之粉碎，袁也不需南下就职。其后唐绍仪辞职和军警威胁临时参议院，把遵守《约法》的规定也粉碎了。孙中山和黄兴到北京参加巨头会议，本想用至诚感人的方法，使袁改邪归正，为了委曲求全，在“四巨头宣言”中，连迁都南京和贯彻责任内阁主张都没有提出来。在袁看来，不是革命领袖宽宏忍让，而是认为他可以用花拳绣腿的手段来对付革命党，因之鼓励了袁的予智自雄的野心。自唐绍仪被迫辞职后，责任内阁的路袁是绝对不走的，即使宋教仁组阁，袁也不会放松。张振武案不了了之，使袁胆子大了，认为可以用血案来解决政治问题，宋案就在这时发生。
3月25日，孙中山自日返抵上海，距离他2月11日赴日考察，前后不过一个半月。孙登岸后即邀集在上海的国民党领袖在上海同孚路廿一号黄兴寓邸会商宋案应付办法，安徽都督柏文蔚也托词到上海省亲，参加了这个会议。这时袁向五国银行团进行大借款的消息也传到上海，国民党认为这是袁恃以发动内战的军费来源，更加愤慨。孙和戴传贤主张用兵。孙中山有“联日速战”的讨袁方略，主张国民党应该先发制人，通电各国阻止大借款，并由国民党控制下各省区组成讨袁军。黄兴对这个计划不赞成，他认为在国际方面中华民国还没有被任何一个国家承认，边疆形势日益险恶，如果国内再发生战事，中国岂不成为朝鲜第二；至于在国内的形势对比，国民党不敌北洋派，因为革命阵营中许多意志薄弱只想做官的人，都已经投向北洋派了，国民党控制的地区仅只有江西、湖南、安徽、广东四省，而这四省的内部也并不统一，国民党必需量力而行，知彼知己。
由于国民党多数领袖主张避免使用武力而采循法律途径，因此经由江苏都督程德全建议袁成立一个特别法庭，推黄郛为主裁，王宠惠、伍廷芳为承审官，以避免来自任何方面的压力，全权处理宋案。袁表面上接受，却由司法总长许世英以“不合编制”为借口而反对成立这个法庭。
黄兴主张不用兵可于他致袁的秘书长梁士诒一电中看出。3月27日黄电梁：“宋案连日经英廨审讯，闻发现证据颇多，外间疑团实非无关。兴以钝初已死，不可复救，而民国要基未固，美国又将承认，甚不愿此事传播扩大，使外交横生障碍。日来正为钝初谋置身后事宜，亟思一面维持，而措词匪易，其苦更甚于死者，公有何法以解之？乞密示。”梁对黄这通电报未予答复。
上海租界捕房在4月16日把刺宋案凶手应桂馨和武士英移交给上海地方检察厅，4月24日武士英忽然在狱中暴毙，死得不明不白。
刺宋案的另一凶手应桂馨在狱中过着非常舒适的生活，他有阿芙蓉的嗜好，开始时还用手帕涂上吗啡浆过瘾，随后竟公然要求抽鸦片烟，而法院方面怕他又来一个“死无对证”，也只好特准他在狱中公开抽烟。
至于洪述祖呢？宋案破获后，