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21日又发布如下的命令：
“湖口、徐州等处暴徒倡乱，政府为整肃纪纲，维持国本起见，不得不以兵力戡定，迭经先后布告。本大总统躬承国民付托之重，值此变出非常，荡平内乱，责无旁贷，耿耿此心，当为我国民所共谅，各友邦所悉知。惟恐传闻之异词，或以方针之未定，国民以姑息养奸所责备，外商以身命财产为隐忧，若不明白宣告，使我全国人民咸知顺逆从违之所在，各外商共悉镇乱靖暴之有方，其何以靖人心而昭大信？为此通令，条举三端：一、该暴徒勾煽叛兵，僭窃土地，擅行宣布独立，破坏民国之统一，扰害地方之治安，此等行为，实为乱党，政府不得不依照国家法律以兵警戒。是用兵定乱，为行使约法上之统治权，民国政府当然有此责任。二、各国商民之通商传教，载在条约。凡有乱警地方，该地司令官均应照约实力保护，务使各外国人之身命财产，不致因乱事稍受危险。嗣后各该地方之外国人所有身命财产，如因镇压变乱而直接受有损失者，民国政府必完全负其责任。三、乱党到处勾结，如有本国人与之订立一切契约，而影响可以及于国家或一地方者，无论用何种方法，及何种名义，民国政府绝不承认。以上三端，自本令发布以后，应由各该地司令官通行布告。仍着外交总长行文驻京各国公使查照，以副友邦热诚赞助之雅怀，而示本大总统除暴安良之至意。此令。”
当袁大举向南方用兵时，虽然已对国民党撕破了脸，满口乱党叛徒，可是独对孙中山先生还很客气。不过孙中山却不能不表示严正的态度，乃发电致袁 ，原电云：
“北京袁大总统鉴：文于去年北上，与公握手言欢，闻公谆谆以人民国家为念，以一日在职为苦。文谓国民属望于公，不仅在临时政府而已，十年以内，大总统非公莫属。此言非仅对公言之，且对国民言之。自是以来，虽激昂之士，于公时有责言，文之初衷未尝少易。何图宋案发生以来，证据宣布，愕然出诸意外，不料公言与行违至于如此，既愤且懑；而公更违法借款，以作战费，无故调兵，以速战祸，异己既去，兵衅仍挑，以致东南民军，荷戈而起，众口一辞，集于公之一身。意公此时，必以平乱为言，故无论东南军民，未叛国家，未扰秩序，不得云乱；即使曰乱，而酿乱者谁？公于天下后世亦无以自解。公之左右陷公于不义，致有今日，此时必且劝公乘此一逞，树威雪愤。此但自为计，固未为国民计，为公计也。清帝辞位，公举其谋，清帝不忍人民涂炭，公宁忍之？公果欲一战成事，宜用于效忠清帝之时，不宜用于此时也。说者谓公虽欲引退，而部下牵掣，终不能决，然人各有所难，文当日辞职，推荐公于国民，固有人责言，谓文知徇北军之意，而不知顾十七省人民之付托，文于彼时，屹不为动。人之进退，绰有余裕，若谓为人牵掣，不能自由，苟非托辞，即为自表无能，公必不尔也。为公仆者，受国民反对，犹当引退，况于国民以死相拚！杀一无辜以得天下，犹不可为，况流天下之血以从一己之欲！公今日舍辞职外，决无他策；昔日为任天下之重而来，今日为息天下之祸而去，出处光明，于公何憾！公能行此，文必力劝东南军民，易恶感为善意，不使公怀骑虎之虑；若公必欲残民以逞，善言不入，文不忍东南人民久困兵革，必以前此反对君主专制之决心，反对公之一人，义无反顾。谨为最后之忠告，惟裁鉴之！”
孙中山同时发出通电一道，略云：
“北京参议院、众议院、国务院、各省都督、民政长、各军、师、旅长鉴：江西事起，南京各处以次响应，一致以讨袁为标帜……大势至此，全国流血之祸系于袁氏之一身，闻袁氏决以兵力对待 ，是无论胜败，而生民涂炭，必不可免。……使袁氏果而出此，非惟贻民国之祸，亦且腾各国之笑。……袁不宜借口部下之拥戴，而拒东南人民之要求，可断言矣。诸公维持民国，为人民所攸赖，当此人民绝续之际，望以民命为重，以国危为急，同向袁氏劝以早日辞职，以息战祸！倘袁氏执拗不听，必欲牺牲国家人民，以成一己之业，想诸公亦必不容此祸魁！文于此时，亦惟有从国民之后，义不返顾。”
二次革命是由江西肇始，赣军虽然在开始时打了一场漂亮的胜仗，可是北洋军增援后，大举猛进，相持十余日，湖口要塞司令陈廷训被袁收买，暗与北军相通，于7月24日晚令炮兵反击赣军。赣军不及防备，前后受敌，不得已遂放弃湖口。25日北军遂入据湖口县，李烈钧虽戮力抵抗，但要塞已失，门户大开，江西已无险可守，8月18日南昌失陷。袁世凯以李纯为江西护军使，李廷玉襄办江西军务，旅长马继增升第六师师长。
袁军攻入南昌后，军纪之坏，和洗劫南京大同小异，南昌富室均被指为国民党，劫掠其财物，奸淫其子女，尤以第六师十一旅旅长兼南昌卫戍司令张敬尧所部，一如辫子军张勋所部一样，入南昌的第一天就横尸1000余具，其惨状可以想象。南昌危急时，江西都督欧阳武自称罪人，到吉安青源山为僧，号止戈和尚。9月中旬北洋军已完全占领江西后，江西水巡局长倪占魁，把他从山上解到南昌来，李纯命予以优待，发交军法处收押。他写信给南昌商会，有：“祖母九旬，老父七十，为武不肖，朝夕聚哭，求死不得，言之心酸。”商会乃代为求情。9月27日解北京，判处二等有期徒刑八年，10月30日获特赦。
安徽宣告独立时，民元做过皖军总指挥、临阵失踪的胡万泰，又爬上了都督座位，把署理都督孙多森请到原来的民政长椅子上。不久讨袁军两路失败，胡乃取消独立 ，于7月22日偕孙多森逃走，剩下都督的空位子，给宪兵营长祁耿寰坐了几天，又让给刘国栋。7月27日柏文蔚回到安庆来，刘乃退回原职小小参谋椅子上。8月6日，逃走的胡万泰突又出现，通电数柏五大罪状，可是这时柏亦已离皖，胡再任都督，宣告独立，可是这把椅子已轮不到他了。8月28日倪嗣冲来到安庆，倪早在7月27日就由袁世凯任命为安徽都督，从此，安徽变成了北洋军阀一个主要的巢穴了。
北洋军既然节节胜利，袁系的升官图便在南方出现，段芝贵仍兼第一军军长，升上将，实授江西宣抚使；张勋亦升上将，段芝贵的右司令王占元兼湖南护军使。
上海方面因南京革命军失败，亦功败垂成，袁命第四师师长杨善德为松江镇守使，郑汝成为上海镇守使，海军总长刘冠雄为福建都督。
广东和四川两地解决得最快而不吃力，7月27日袁派龙济光、觐光兄弟为广东正副镇守使，8月3日龙济光升上将继任粤督，8月5日陈炯明出走。四川方面熊克武虽于8月9日宣告独立，但为时只一月就解职下野。
湖南独立的局面，主要受湖北的压迫，以及广东独立失败的影响，遂使湘督谭延辏Ш拖婢Τふ院闾韫饕惑瘛�8月12日湖南为环境所迫取消独立，9月17日袁令汤芗铭率楚有等四艘浅水舰驶入岳州，派第三师曹锟部进驻岳州，又以袁系的卅九混成旅旅长伍祥祯为岳州镇守使。这样一来，湖南便完全落入袁的掌握中。袁仍然施借刀杀人计，命黎元洪兼领湘督，黎当然不会中计，敬辞大命；袁乃请黎荐人自代。黎自然不会推荐与袁无关的人，他觉得汤芗铭是袁的死党，又是湖北人，黎和汤的长兄汤化龙又是老朋友，因此顺水推舟保荐了汤为湘督。10月7日汤芗铭赴长沙晤谭延辏В�10月24日袁发表人事命令，免谭，以汤继任都督，王瑚继任民政长，王未到任前以汤兼署。并命谭即日入京，同时令将师长赵恒惕解往北京听候处分。袁的军队于11月15日入驻长沙。
黎在湖南人中，以对谭和赵最好，谭下野后，黎打电报给袁说：“谭的独立非出自愿，乃系被迫，曾仰药以求解脱，元洪敢力保其无他。”谭是个书生，见到黎为他解脱的电报，立即加以否认，他发出一则通电，大意是说：黎副总统心存爱护，力为解免，难道我不知感激，可是我并未仰药，亦未受迫，我为都督，发号施令俱自己为主，要治罪，一身甘当云云。二次革命后，各省取消独立，浮起一片骂孙、黄声，但谭却始终不骂；各都督多诿称独立时系被迫，或被冒名，谭则独任其咎。
北京陆军部判谭四等有期徒刑，黎再出头说项，乃于12月12日下令特赦，仅褫陆军上将衔“以示薄惩”。黎同时又代赵说情。赵亦因之免难，议处三等有期徒刑四年，褫夺少将衔。这是民国3年4月22日的事了。后赵获蔡锷力保，3年9月13日亦获特赦。
黎对谭、赵是特别的，可是对其他一般湖南人并不好，这可以从谭人凤致黎函看出：
“闻公近日专以仇杀湖南人为事，而其被杀之人，不审罪状，不问姓名，概以乱党二字加之，立予枪毙。……试问武昌旅馆禁湖南人居住，旅鄂在公人役，多数命令撤差，岂玉石不分，可一网打尽耶？……公傀儡昏庸，听人播弄，时而曰二次革命，曰三次革命，曰四、五、六、七次革命，自吓吓人，正所谓天下无事，庸人自扰之也。公作威作福，肆虐于我湖南人，试问湖南人何负于湖北？更何负于公？阳夏之役，救湖北者非湖南乎？”
袁世凯于7月23日发表命令撤销孙中山筹办全国铁路全权。孙是于民国元年9月9日受任筹办全国铁路，提倡修筑铁路20万里，可惜当时人们没有远见，以为修筑20万里铁路简直是神话，于是大家以“孙大炮”嘲笑孙中山。其实当时美国已有100多万里铁路，中国比美国大，即使修筑了20万里根本算不得一回事，而国人竟大惊小怪如此，实在太浅见了。孙中山慨然统一筹划全国铁路大计，第一步预定修筑三大路线：第一条是由广州经广西、云南接缅甸铁路；第二条是由广州经湖南、四川达西藏；第三条由扬子江口经江苏、安徽、河南、陕西、甘肃、新疆以迄伊犁。筹款方法主张借款，如京奉、京汉、沪宁诸路办法，其条件以不碍中国主权为范围，资本订60亿元，里程20万里，期限10年。计划才告拟定，由于二次革命以及袁撤销孙中山铁路筹办全权，此一伟大计划，乃随孙之去而告流产。
7月23日同时发布命令，称黄兴、陈其美、柏文蔚为
“叛徒”，责成冯国璋、张勋捉拿黄兴到案，还发出捉拿赏格，捉到黄兴的赏洋10万，捉到陈其美的赏洋5万。
上海、南京两地的讨袁军相继失败后，8月2日孙中山乃乘德轮约克号离沪，本意拟去广东，不料次日经马尾，日本驻福州领事馆武官多贺京之来告，驻粤将领张义权、苏慎初已与龙济光勾结，接受袁世凯乱命，恐不安全，孙中山乃决定改赴台湾。行前召见随行同志梅光培、李朗如，令梅、李两人先至香港，自己则偕胡汉民去台湾，并把随身所带全部款项600元交梅、李备用。梅、李拒不肯受，胡汉民劝他们接受，大家黯然话别，分道而行。
孙中山偕胡汉民抵台后，张继、马君武亦随后赶至。�