仍是“大清天下”。
江苏都督府的大柱和栋梁他都涂上一道朱红色，把旧两江总督时代的吹鼓手和炮手都找了回来，每天开吹三次，开炮三次。这一切都是清代的官制和排场。他不但恢复了厘捐总办、粮台总办、督销总办、道台、知府、知县等等，而且一切都是“扎委”。南京城内就有一个知府“江宁府杨”，和两个知县“江宁县左”、“上元县沈”。知县的衙门里恢复了刑名老夫子、差快等等。县太爷坐堂，恢复了藤条、小条等刑具。南京城内大小官员们都拖着辫子，打轿子上院，谒见时要先递手本，见了“大帅”要行跪拜礼，要自称卑职。所有这一切都是两江总督衙门的规矩。
辛亥起义，张勋被江浙联军赶出南京城时，城内警察曾经欢迎革命军人入城，张勋因此记恨在心，这次他收复了南京后，首先把所有的南京城内的警察一齐革职，用辫子兵代替警察站岗，然后从北方招了一批北洋警察来。辫子兵的各营都用龙头令箭，官长们则穿的是清代的蓝制服，军营中不许悬挂中华民国的军旗，而要悬挂红色白边的蜈蚣旗。民国的国旗也不许悬挂，江苏都督府门前大桅杆上挂的是一个斗大的“张”字红旗。所有这些怪现象，袁都装做不曾晓得，可是外国使节们对此非常惊讶，他们曾质问南京城不挂民国国旗的原因。袁待外国人抗议了，才打电报责备张勋不该禁止悬挂国旗。
9月17日，南京城内才有五色国旗出现。
当张勋在南京胡闹时，辫子兵乱烧、乱杀、乱抢，无所不为。有一天杀错了人，杀伤了三个日本人，日本全国为之震动，军人们竟向日本外相牧野请愿出兵中国。日本驻华公使山座向袁政府提出了严重抗议，要求中国政府向日本谢罪，同时黜免张勋。袁派张勋的同乡李盛铎到南京来调查，李劝张对日本人让步，以免引起两国关系恶化。张乃和日本驻南京领事船津直接谈判，谈判的结果是张勋亲自到日本领事馆道歉（9月28日），日本放弃了要求撤换张勋的要求。可是日本问题虽告解决，美国和英国也一而再提出了撤换张勋的要求。由于外国人有这样的要求，正好给袁撤换张勋的好借口，何况袁这时在外交上正亲美英，使他对美国和英国的建议愈加认真。10月上旬，他派张勋的老友阮忠枢前来南京，把外交团的意见委婉地告诉张勋，要他自动辞职，以免引起外交上的更大压力。
张勋正兴高采烈做他的“两江总督”，听了阮忠枢的话，直气得一佛出世，二佛升天，跺着脚说：“我的这个印把子，是拿自己的性命拼来的，袁宫保要怎办就怎办，用不着拿洋人来吓唬我，也用不着劳你的大驾来劝我。”阮败兴而归，把张的一切回报了袁。袁对这位张辫帅也有点伤脑筋，又派李盛铎、刘恩源、钱能训、段芝贵陆续前往南京劝张，接受新命——长江巡阅使。段芝贵最长辞令，他说：“总统确有苦衷，不愿意惹起外交上困难。”然后他传达袁的意旨，请张改任长江巡阅使，他描绘巡阅使在官职上是比都督大一级，都督只管一省的军事，而巡阅使却管好几省的军事。
张果然动心了，同时他也没有能力敢于抗命，于是提出了三个调职条件：一是他在江苏都督任内开支的65万元准予报销；二是调职后请再拨开拔费50万元；三是他奉调长江巡阅使必需有实际的权力，要节制湖南、湖北、江西、安徽、江苏五省的水上警察。
段芝贵把张勋的条件回报给袁，袁毫不考虑便全部接受。12月16日，袁发表了新的人事命令，调张勋为长江巡阅使，任命冯国璋为江苏都督。巡阅使这个官位，在袁最初的意思，也同于屯垦使、检查使之类，徒有空名的大头衔，怎知张勋手中有兵，又预约了条件就职，于是巡阅使这个官位后来竟成为凌驾都督之上，割据数省的大军阀。
在二次革命期间，浙江都督朱瑞是中立的。朱瑞，字介人，武昌起义后，他是清军协统，领导浙军，参加江浙联军攻打南京，负责进攻紫金山，因为没有大炮，所以攻打不下。沪军都督陈英士的参谋丁怀瑾率领沪军先锋队助攻，特自上海讨来炮兵一队，并使用江边炮台，发炮三枚入城，目标地是城内北极阁，恰遇两江总督张人俊、提督张勋及各司道在北极阁会议，闻炮声骇散，不二日，道员江某和英领事奉命悬白旗向革命军要求停战，南京遂告光复。丁怀瑾有诗纪事，中有句云：“两张（即张人俊和张勋）心胆应惊碎，一炮声威欲避难。”
民国成立，朱瑞任浙江都督，二次革命时，朱瑞和云南都督蔡锷都是宣告中立的。
朱瑞虽然保持中立，袁对中立的也要整肃，因此，他于9月25日电令朱瑞克日来京商洽要公。朱奉到电报，乃遄赴北京，换了一套军服，按照疆吏入觐大总统的仪式，在总统府承启处等候召唤。忽然有一个承启官悄悄走到朱身边说：“总统吩咐，朱都督是自己人，不要拘泥形迹，请换便衣来见。”朱听了就站起身要回去换装，又被承启官加以阻止，同时引领他走进一间更衣室，拿出一套现制的狐皮袍子和马褂给朱，朱穿上身，对着镜子一照，简直是“增之一分则长，减之一分则短”，完全好像量了身订做的。承启官恭而敬之地说：“总统知道朱都督初次来京，一定还没有订制，所以先给您准备的。”朱还来不及说谢字，承启官已把他领到了居仁堂，一个矮矮胖胖须胡皆白的老头子，和颜悦色地坐在大厅的中间，也穿着一套狐皮袍子和马褂，颜色、花样、质料都和朱身上的那套一式一样。朱还是初次谒见袁，他知道这位老头便是威名赫赫的袁大总统，紧张得连话也说不出，那料到这位大总统却像老熟人一样，请他就坐，然后东南西北，海阔天空地胡扯一通，谈到高兴时则哈哈大笑，使得朱慢慢地松弛了紧张情绪。朱正感轻松时，袁突然把话题转到南方讨袁运动，并出其不意地问朱：“介人（朱瑞字）你若是反对我，就应该宣布独立，若是反对敌党，就该明白表示，你宣告中立是何用意？”朱对这问题显现得很为难，一句话也答不出来。袁看出朱很窘，马上用别的话岔开，脸上也一直和善而亲切，好像对朱中立这问题毫不介意，谈到末了，站起身来说：“你应该早点回去，地方治安要紧。”
过了几天，朱瑞仍然穿了袁所赐狐皮袍子和马褂到总统府向总统辞行，到了总统府后，气象为之一变，三步一哨，五步一岗，戒备严密，像在进行大典一样。朱走进了居仁堂，那儿也站满了全身披挂的武装士兵，袁世凯穿了一套金边耀眼的大元帅服，巍然高坐，还没待朱开口，袁便声色俱厉地告诫了朱一场，什么“军人不可无纪律”，“军人应以服从为天职”。这一番话完全是长官训斥部下的口吻，朱在下面所了，吓得一个字也说不出，头也不敢抬起来，浑身淌着大汗，内衣内裤都湿透了。
朱这次在北京，就只见了袁两次，两次的见面彻底相反，弄得朱如同丈二金刚，摸不着头脑。
袁惯会做戏以玩弄他的部下，“怀之以德，然后临之以威”，使得他的部下很吃他这一套手法。
和朱瑞采取中立立场的，还有云南都督蔡锷。
袁于民国2年9月25日下了一道命令：“蔡锷准给病假三月，着来京调养。调唐继尧署理云南都督。派刘显世为贵州护军使。”
蔡锷于10月10日把都督印信交由军长谢汝翼代管，没有和任何人告别，悄悄地离开了美丽而四季如春的昆明。民政长罗佩金也随他离滇。本来袁对云南有鞭长莫及之苦，现在袁军事上已膨胀至长江以南，声势上已统一了全国，因此就不把云南放在眼中，所以他用给假三月来调蔡锷入京。
蔡锷到了北京，袁依样葫芦，用对付朱瑞那套戏法来对付蔡。可是蔡锷不是朱瑞，他有胆有识，头脑又冷静，意志又坚强，因此袁的戏法在蔡身上完全不发生作用，袁真的也好，假的也好，蔡根本完全置之不理。袁拿这个“宝古老”（湖南人称宝庆人为宝古老）没有办法，深感难于对付，因此不放他离京，并且派密探监视蔡的一举一动。
袁本来有一个计划下蔡的毒手，制造了一份假情报，诬蔑蔡在云南计划脱离中国版图，另建一国，自封为“大汉王”。袁在这个假情报上亲批“应查”两个字归档。这个举动是寓有深意的，因为他发觉蔡是个长于治军而严肃不苟的人，很想争取蔡为心腹干部，如果蔡在云南抗命不交出都督大印，或是不就范听话，他便随时可以抽出这件档案来加蔡一个叛国罪名，这就是所谓“不用则杀”的办法。
蔡在北京期间，袁派为陆军部编译处副总裁，总裁是段祺瑞。11月奉派与李经羲、梁敦彦、樊增祥、宝熙、马良、杨度、赵惟熙等组织政治会议，李经羲为会长，又和阎锡山、张绍曾、尹昌衡、蒋方震等11人组织军事研究会。
当国民党二次革命失败后，有一件政治秘密，除了极少数袁的亲信外，是很少有人知道的。原来袁在对南方用兵前，就决定要逐步进行“废省改道”的计划。这个计划是废除省一级，而以省以下的道（一省可以分为几个道）为地方行政的最高单位。道设道尹管理民政，又设镇守使管理军政。这个计划准备先在几个省区实行，然后全面推广，达到全国废省改道的目的。为什么他要决定这样一个缩小行政区域的计划呢？他是为了避免藩镇之祸。他在用兵初期，就不露声色地进行这个计划，他任命李纯为江西护军使、王占元为湖南护军使、张勋为江北镇抚使、倪嗣冲为皖北镇守使、龙济光为广东镇守使。这一连串的人事命令中没有一个都督名义，他初意在这些地区都不设立都督。此外黑龙江只有护军使朱庆澜，后来贵州都督唐继尧调任云南都督后，也只提升刘显世为贵州护军使而不给以都督名义，福建都督刘冠雄调任海军总长后，就派李厚基以镇守使名义统率该省军队，这三省不设都督，就是先废都督以达到第二步废省设道的目的。
可是，袁这个计划对北洋系军人来说，是遭受到彻底反对的。他们过去“只知有袁宫保，而不知有大清朝”，后来“只知有袁大总统，而不知有民国”，他们所以如此，是为了“水涨船高”，“大哥做皇帝，把弟是一字并肩王”，袁利用他们打天下，他们则利用袁作为个人取得功名富贵的桥梁。
在对南方用兵开始时，就有人劝袁对废省废督问题不应操之过急，因为可能影响到前方将领的士气。袁自然更懂得这个道理。待到南方军事胜利后，又有人劝他不能执行这个计划，因为统一的局面还不够稳定，如果使到北洋军将领情绪低落，岂不是给了国民党重振旗鼓的大好机会，因为这一个做法是降低北洋军人的地位和削减他们权力，在天下未彻底稳定以前，是需要从长计议的。于是这个计划便无限期地拖延下去了。
秘密逐渐泄漏了，慢慢地传到北洋系军人耳中，他们开始对他们的“老头子”不满了，于是大家都抓紧了自己的军队，并且在大圈圈中（北洋系）制造小圈圈（后来的安福系、奉系、直系、皖系等等）。凡是牵涉到有关利害权位问题时，他们对袁并不完全服从，同时采取强硬的态度，如张勋调离南京时提出条件就是一个例子。
袁在赣宁之役战胜国民党后，表面上他是统一了中国，军事力量由北方达到了南方，可是也就是从此开始，北洋军系已不是可以称心如意，由他摆布。他在外形上好像是威望提高了，其实他的控制力却相对地减弱了。
五十三、蹂躏民主
当民国2年正式国会尚未成立前，各政党对于宪法起草问题意见颇不一致，大别之有三派：第一派是国民党的主张，认为宪法的起草和制定，是国家主权攸关，当然是国会的职责。依《约法》的规定，国会成立后，应由国会选出起草委员编定，经参众两院议决。第二派是梁启超等所倡导，而为当时十八省都督及共和党、统一党、民主党所赞成，此派主张由政府组织宪法起草机关，以现在临时参议院、各省都督、各政党和总统府所派的委员编定宪法，提交国会议决；第三派为袁系的主张，认为现时政党意见不一，政府设法由大总统直颁宪法起草命令，布告全国，以免政争。正式国会成立后，由于国民党在参众两院都获得压倒的多数，因此，国民党主张便获得胜利，两院选出了宪法起草委员，成立宪法起草委员会。在这个委员会中，国民党的委员占了大多数。
当宪法起草在进行中，袁世凯对于行将制定的正式宪法最引为深虑的是两个问题：一是大总统任命国务员有没有必需获国会同意的必要；二是大总统有没有解散国会的权力。袁认为过去一年多的经验，内阁曾