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日本当时希望尽速就该条款有一结果，速谈速了，怕夜长梦多，国际干扰；中国方面则希望迁延时日，在会外寻求转机。因此，中国代表主张就日方五号条款逐条讨论，陆徵祥并提出第一号第一条修正案，坚持要加以讨论，可是日置益却坚请中国政府对日方全部要求先表示一个原则意见。
陆说：“关于第一条的讨论，贵公使如果同意，再逐次讨论下条；否则一条未了，又提一条，或因次条意见不合牵及前条，反于进行有碍。”
日使说：“本人主张按号按条先询贵国意见，然后再逐条讨论。”
陆答：“这一层要请贵公使原谅，本总长于一月廿八日到任，廿九日拜外交团，卅日始行视事，时间如此匆迫，对于贵国条款内容还未详加研究，最好再缓一个星期，待我全部研究后，再行奉告，可否延至下星期二再开会？”
日使说：“此件之内容贵总长早已研究过，本人奉政府训令，须每日开会，惟贵总长到任未久，亦是实在情形，仍盼阁下从速研究，俾能加速进行。”
接着，日使又说：“今天下午三点钟起到六点钟止，耗去了整整三个小时，毫未谈出什么结果，本案何时可了，殊难悬揣。贵总长倘要对文书内容详细加以研究，可否在迅速研究后，决定每日开会。至于开会时间，则由贵总长自定好了。”
陆答：“每日开会是可以的，但外交部每逢星期三是接见外宾期，本人难以分身；何况本人体力甚弱，事实上难以照办。”
第一次会议就此结束。
在交涉过程中，日本除以武力恫吓外，还采取了各式各样卑鄙无耻的手段，例如：收买各国记者，散布中德亲善、中国行将加入同盟国的假消息，借以离间中国和协约国之间的关系；收买汉奸窃取中国情报，财政部库藏司职员王长庚就因偷取中国财政预算案内容卖与日本而被发现，判处徒刑八年。其实这不过是小小的一个苍蝇，日本人窃取中国情报，不但可以利用中国内奸，而且还可以靠外交官和武官身份，在中国境内肆无忌惮地旅行，进行各项间谍活动。
由2月2日至4月17日，中日两国共开会议25次。2月
9日中国提修正案，第一、第二、第三号修正，第五号碍难商议，日方则强迫中国全部接受，不放松半步。
3月8日中日会谈仍无结果，日置益乃往晤曹汝霖，用恫吓的口吻说：“会议拖延，使日本国军民不能忍耐，倘在数日内对于各重要条款没有满意的承认，恐发生不测的麻烦。”袁这时正依赖派赴日本游说的有贺长雄，据说他正在日本元老重臣间奔走游说，且已收了效果。
4月26日日置益提出了日方最后修正案廿四条，压迫中国同意，同时在山东、奉天增兵，在渤海沿岸亦派军舰游弋，关东宣布戒严，日侨准备撤退，空气顿形紧张万分。中国方面在此紧要关头，于5月1日提出了一项最后修正案，静待日方答复。
5月7日下午3时，日本突然向袁政府提出了哀的美敦书，限袁政府于5月9日午后6时前，对日本所提的修正案，作满意的答复，这个著名的最后通牒最后部分全文如下：
“帝国政府因鉴于中国政府如此之态度，虽深惜几再无继续协商之余地，然终眷眷于维持极东和平之局面，务冀圆满结束此交涉，以避时局之纠纷。于忍无可忍之中，更酌量邻邦政府之情意，将帝国政府前次提出之修正案中之第五号各项，除关于福建省互换公文一事业经两国政府代表协定外，其他五项可承认与此次交涉脱离，日后另行协商。因此中国政府亦应谅帝国政府之谊，将其他各项，即第一号、第二号、第三号、第四号之各项，及至第五项关于福建省公文互换文件，照四月廿六日提出之修正案所记载者，不加以任何之更改，速行应诺。帝国政府兹再重行劝告，期望中国政府至五月九日午后六时为止，为满足之答复，如到期不受到满足之答复，则帝国政府将执认为必要之手段，合并声明……”
中国外交部接到日本最后通牒后，立即报告袁，袁于下午5时召集各政界领袖会议，除陆军总长段祺瑞外，其余均主张和平。8日上午10时袁在春藕斋，下午1时又在纯一斋召集会议，副总统黎元洪、国务卿徐世昌、左右丞、参谋总长、各部总长、各院院长、参政院议长、参政、外交次长等皆出席。中午英国驻华公使朱典尔匆匆忙忙地赶到外交部找陆徵祥，请陆转告袁，朱说：“中国已面临到生死存亡的严重关头。我到中国四十年，和袁大总统有卅年的交情，今天不能不赶来说几句真挚的话。日本这次的最后通牒，只能回答是或否，没有讨价还价的余地。现在欧洲各国正在忙于欧战，无暇东顾，中国除接受日本条件外，另无自全之道，请贵总长把我这意见转达于袁大总统。”同一天，美国驻华公使芮恩施也劝告袁政府：“应该避免和日本正式冲突。”
袁世凯这时的秘密是他正悄悄打算要做皇帝，同时一心一意对付国民党，所以根本没有抵抗日本的准备，既然美国和英国都劝他接受日本的条件，他便更无所恃了，因此他于5月8日下午8时在纯一斋举行的会议席上，发表了一篇泪随声下的演说，宣布接受了日本最后通牒；把日本另案讨论的第五号要求吹嘘为“誓死力争”的结果。并对英国公使朱尔典的劝说，表示诚挚的感谢。会议席上商议如何答复日本，本拟用长文答复，对日方各条逐条辩驳，后决议改为简短的复文。8日晚间，外交部连夜准备复文，有关第五号福建一条中“日后另行协商”一句，外交部和日参赞不幡酉吉在电话中争论甚久，日本方面更要求袁政府把中国的复文底稿，提早透露给日使阅看。外交部秘书施履本亲持复文底稿至日使馆，给不久前坠马受伤的日置益公使阅看，日置益看到回文中有：“第五号与此次交涉脱离”，并未注明“日后另行协商”。他就大发脾气说：“这项复文我不便接受！”施履本只好持稿匆匆赶回外交部，向曹汝霖请示，曹乃在复文底稿上加了“容日协商”字样，仍令施履本持往日使馆送请复阅，日置益复按照自己意图，在回文上作了某些修正，直至8日深夜1时才告完毕。
袁第二天知道曹汝霖又作了许多屈辱的让步，大为光火，痛骂他不该未经请示而擅作主张，同时把已准备颁给他勋三位的一道命令临时撤销。
5月9日下午1时，中国的复文由外交总长陆徵祥，次长曹汝霖亲自送到日本驻华公使馆，复文全文如下：
“日本公使于五月七日下午三时亲以日政府哀的美敦书送交中国政府，并附以说明书七条。该哀的美敦书之结语云：
日本政府盼望中国政府于五月九日下午六时交出满意之答复，倘届时不能得满意之答复，则日本政府将施用日本政府以为必要之方法。今中国政府为维持远东和平起见，除第五条中之福建问题议定互换公文外，系照四月廿六日日本提出之修正案，及附属哀的美敦书之说明七条，承认第二号、第三号、第四号中之各款，惟第五号中之五条，俟将来另议。中国政府今日即行承认者，无非盼望中日间之悬案从此解决，而两国国交可以巩固，中国政府请日本公使从速定期到外交部会拟条文，正式署约。”
日置益得到中国正式复文后，便电奏日本天皇，报告兵不血刃而在外交上获到辉煌的胜利，敬向天皇祝贺。
5月10日，日置益公使前来中国外交部，代表日本政府申明答谢。11日，日使馆照会中国外交部，送来公文四件，（一）日本政府所交之条款；（二）会议后中国回答原案；（三）第二次之修正案；（四）中国第二次回答原案。同时约定14日在迎宾馆正式会晤。
5月25日，袁政府与日本正式签订了这个亡国条约后，袁通电各省文武长官说：“日本既有让步，无损中国主权，故决定由外交部即日答复。此案已结，中外敦睦，希饬属晓谕通知。”同时袁却亲写了两道密谕，告诫各省文武长官，不要忘记5月9日这个奇耻大辱的日子。袁又授意丁佛言撰写《中日交涉失败史》一书，印了5万册，秘密寄存山东模范监狱中，他咬着牙说：“这一次我们吃了一个大亏，将来有一天我们翻了身，这部书就可以公开发行了。”
袁并有密谕给各省的文武长官，全文如下：
“立国今日，非自强无以图存，而强弱之分，悉由人事！日本前在闭关时代，其学术政治与中国无殊，自明治维新以来，上下一心，步武西法，乘时而动，发愤为雄，四十余年所惨淡经营者，无非求达其东亚大帝国之政略。当合并朝鲜之时，现在首相大隈重信已自命为中国将来之统监。盖其兼营并进之图，远交近攻之策，处心积虑，殊非一朝。究其致强之由，则以国民教育为根本，而明耻教战，即寓于教育之中。故人人以当兵为义务，以战死为殊荣。就其近年军事言之，征发陆军，可达百万，海军战舰，已逾六十万吨，席其方张之势，日思拓地殖民，彼为刀俎，我为鱼肉，实逼处此，岌岌可危，厝火积薪，早成险象。前清末造，政失其纲，泄杳成风，人无远虑，加以亲贵用事，贿赂公行，各私其家，何知卫国？迨至武昌事起，举朝失措，列强响应，瓦解土崩。日本浪人，利用此机，秘计阴谋，无所不至；我人民之生命财产，间接直接而受损失者，不可胜计。苍赤何辜，言之流涕！幸而天佑中国，祸乱削平，予得以衰病余生，底定全局，殊出强邻意料之外。回忆当日，万险环生，至今心悸。国事粗定，欧战发生，关系于均势得甚大。日本利欧洲列强之相持，乘中国新邦之初建，不顾公法，破坏我山东之中立，军队所至，四境骚然；官吏见侮之横，居民被祸之惨，笔不能罄，耳不忍闻，我国受兹痛苦，方以退兵为抗议，彼不之省，又提出酷烈要求之条款，其中最为难堪者，曰切实保全中国领土，曰各项要政聘用日人为有力顾问，曰必要地方合办警察，日军械定数向日本采买，并合办械厂，用其工料。此四者直以亡韩视我！如允其一，国即不国，牛马奴隶，万劫不复。予见此四条，曾向在京文武重要各员，誓以予一息尚存，决不承诺，即不幸交涉决裂，予但有一枪一弹，亦断无听从之理。具此决心，饬外交部人员坚持磋商，此外凡损失利权较重者，均须逐字斟酌，竭力挽回。乃日人利用我国乱党，各处滋扰，而又散布谣言，鼓惑各国，分遣大枝陆军，直趋奉天之沈阳，山东之济南，海军亦时在渤海出没游弋。因之举国惶恐，全球震动，不知其用意之所在。予以保全国家为责任，对外则力持定见，终始不移；对内则抚辑人民，勿令自扰，将及四月，持之益坚，彼逐以最后通牒迫我承认。然卒将最烈四端，或全行消灭，或脱离此案，其他较重之损失，亦因再三讨论，得以减免，而统计已经损失权利颇多！疾首痛心，愤惭交集。往者已矣，来日方长。日本既有极大政略，谋定已久，此后但本进行，断无中止。兼弱攻昧，古有明训，我岂可以弱昧自居，甘为亡韩之续？处此竞争世界，公理强权，势相对峙，人有强权之可逞，我无公理之可言，长此终古，何以为国？经此次交涉解决之后，凡百职司，痛定思痛，应如何刿鉥心神，力图振作？傥仍复悠忽，事过辄忘，恐大祸转瞬即至，天幸未可屡邀，神州陆沉，不知死所。予老矣！救国舍身，天哀其志，或者稍缓须臾，不至亲见灭亡，顾此林林之众，齿少于予者，决不能免，而子孙更无论矣！予为此奇痛之言者，万不愿予言之竟中，诚以存亡呼吸，断非予一手足之力，所可转旋，持危扶颠，端资群策。我国官吏，积习太深，不肖者竟敢假公济私，庸谨者亦多玩物丧志，敌国外患，漠不动心，文恬武嬉，几成风气，因循敷衍，病在不仁；发墨鍼肓，期有起色。所望凡百职司，日以亡国灭种四字悬诸心目，激发天良，屏除私见，各习职守，协力程功。同官为僚，交相勖勉，苟利于国，生死以之。其有亲民之责者，尤当随时设法劝导人民，使蚩蚩者氓，咸晓然于各国之大势，国民之义务。但能治人者事事以循名责实为归，受治者人人以视国如家为志。能由此道，则中国可强，我人民及身与子孙可免亡国之痛，此则予所独居深念，寝馈不忘者！但坚忍始可图成，虚憍足以害事。京外各官，当规劝僚属，申儆人民，忍辱负重，求其在己，切勿妄逞意气，空言谩骂，非徒无益，反自招损。务各善体此意，努力为之。今之言革命者，动称排满，试思满洲以一二百万人入主中国，国祚尚近三百年，我汉族以四万万人如不能久主其国，人必视我汉族为天生受