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到了6月6日，日军有近万人感染了各种疫病，已有两千多人死亡，而且疫情似乎并不受控制，仍然快速地在日军中漫延。白川义则也在得知疫情爆发的第一天派遣了大量的军医携带药品和医疗器材进入日军阵地，但仍然无法控制疫情，甚至无法减轻已感染的士兵症状。白川义则将这种情况向日本大本营作了详细汇报，并提出让未感染的日军立即撤出战场。但日军大本营一直未作任何答复。
中国军队的情形似乎要好一些，在洗浦作战的中国军队的感染人数一直在二百人左右徘徊，虽然已有十余人死亡，但感染人数没有继续上升，疫情似乎得到了有效控制。不过，在南大川下游驻守高山的中国军队则发生了严重的不幸。日军将来不及处理的尸体就地抛入南大川，无数高度腐败的人和各种动物的尸体顺着河流流向下游，将致命的病菌和毒物也带到了下游。
在6月3日以前，驻高山的中国军队均饮用南大川的河水，虽然在洗浦的中国军队发生疫情后，立即通知下游的中国军队停止饮用南大川河水，但已经来不及了。6月5日，驻高山的中国军队突然爆发了大规模的疫情，三百余人同时病倒，到了第二天，感染人数就上升到千人。于是，高山成为重点隔离区。但处于潜伏期的大量铁血军战士没有来得及得到及时治疗，于6月7日再次发生疫情大爆发，整个323机步师和近511山地师近一半的战士近两万人被感染，并迅速漫延到附近的512山地师。
日军的情况也更加恶化，到了6月8日，已有超过7万日军被感染，另有万余人死亡。自日军突袭中国军队以来，一直在死亡线上挣扎的日军士兵本就已经濒临崩溃的边缘，而此次的大规模瘟疫终于使日军发生了哗变。隔离区外的十几万日军纷纷骚动起来，并逐渐演变成暴力冲突。大量基层军官被杀，然后十几万日军一哄而散，向来时的方向夺路而逃。完全无法控制局面的横山勇明白自己只顾驱使士兵进攻，而忽略了对战场尸体的处理，导致的恶果逃脱不了军法的制裁，因此决定自杀谢罪。6月8日中午，兵变后不到一个小时，横山勇请阿南惟几担当介错，然后剖腹自杀。
第一百九十七章 … 苏军渡河
日军的哗变让白川义则惊恐失色，他没想到以服从命令、勇武狂热、忠心不二、淫虐（包括自虐）成性的“光荣”的大日本帝国士兵居然会出现哗变的情况。是什么可怕的东西能够让这些日军士兵完全抛弃了其他国家“不具备”的素质，而选择逃亡？在接到上马山勇自杀的消息后，他也再没有心思去寻找替罪羊以便向日本大本营交待，只好下令全军撤退，暂时在北汉江北岸的华川一带集结。
收到命令的部分日军看到不再需要自己面对可怕的瘟疫，也不需要面对中国军队的杀戮，便在军官们的带领下，陆续汇集到华川附近。但仍有超过一半的日军士兵不知所踪，他们或者藏进了深山老林，或者聚集成匪、打劫附近的乡村甚至城镇，或者悄悄地渡过汉江，回到朝鲜南部的日控区。那些回到朝鲜南部日控区的日军士兵，无法进入地下工事群，因为戒备深严的地下工事群，在没有接到命令前，是不允许收留从前线逃回来的士兵的。而这些回到日控区的士兵，只能在表面阵地指定的军营或集中营里等待大本营的处理。
这次大规模瘟疫给中日双方都带来了较大的损失。中国军队在完全隔离了高山附近的区域后，派遣大量的医务人员前往救护，并清理尸体。到了6月15日，才将商情控制下来。但此时，已有11000余名战士因病死亡，5千余人无法继续战斗，待病愈后被送回国内。而幸存下来，并保存了战斗力的战士则被单独地编成一个师，这就是第一特种防化师。该师发展到后来，逐渐演变成以研制并试验各种生化武器乃至基因武器，令全世界胆寒的秘密部队，并最终在八十年后成为全部由生化战士组成的部队。
而日本军队的损失则要惨重得多，截止6月20日，留在洗浦隔离区的7万被感染的日军士兵，就有超过6万人死亡。而在日军哗变后，因为缺乏足够的人手看守隔离区，导致有近万被感染的日军士兵逃出隔离区。而这又导致了整个马息岭以南至北汉江以北的广大区域成为感染区。少数潜伏期比较久的日军士兵侥幸逃到了日控区后，在集中营里就爆发了出来，又使几乎所有的集中营遭到感染，5万余人染病。当这些被感染的日军士兵开始冲击集中营时，终于被下令全部击毙。
逃亡的日军士兵也因为无法离开疫情区，而逐渐发病，到6月底，在华川集结的近十万日军已经建立了5个隔离区，近3万人被隔离在内。7月初，特大规模的疫情在马息岭以南、北汉江以北的区域爆发，接着以惊人的速度向日控区漫延。数十万朝鲜人感染，仅仅一周的时间，该区域几乎被完全灭绝。
为了避免疫情向北发展，越过马息岭而导致无法控制的灾难发生，中国东北战区空军和陆军航空兵派出了几乎能够出动的所有飞机，向隔离带投掷燃烧弹，以将病毒隔离在马息岭以南。经过长达5天的持续轰炸，上千架飞机投下了整整5万枚各型燃烧弹，终于在整个马息岭山脉至南大川入海处建立起不间断的火墙，数千平方公里的森林被烧毁，南大川的水位也因各支流断流而下降了一半，五十年后也没有恢复过来。
中国军队的这次行动，实际上是有意识地将瘟疫向朝鲜南部引发。虽然在制订这个计划的初衷是为了避免瘟疫向北扩散，但总参在讨论这个计划时，也抱有看能不能将瘟疫引向南方的想法。结果效果好得令人吃惊，从航空侦察拍摄的照片分析。从6月中旬到7月底，朝鲜南部的整个汉江流域，日军的表面阵地上天天都在焚烧大量的尸体。从火堆的大小、数量和燃烧时间上判断，有超过一百万具尸体被焚烧。当然这中间起码有90％的是朝鲜平民，但至少也有10万左右的日军死于瘟疫。
总参此时似乎也找到了能够以最小的代价来消灭日军的办法，那就是在地下工事群里让日军，哪怕是极少数的日军士兵感染瘟疫。在狭小密闭的地下工事里，只要有一个人感染，就足以使这个工事崩溃。在各个地下工事之间有通道联接，只要日军没有来得及发现感染者，并及时采取隔离措施，那就很有可能使整个地下工事群的日军被消灭。如此诱人的想法一经打提报，便引起了决策处的激烈争论。最终因无法有效控制其疫情发生范围，有可能导致整个朝鲜南部所有平民跟着日军殉葬而被否决。
不受控制的瘟疫仍然继续漫延着，日本在朝鲜的驻军本就因被完全切断了海上补给，而缺医少药，更何况去谈什么求助朝鲜平民了。总参的计划似乎正被日军有意无意地执行着，这让决策处部分人士忧心忡忡，认为中国应该采取相应措施来遏制疫情的进一步扩散。金阳、宋孝仁这一次令人万分讶异地站在了一起，他们强烈要求中国向朝鲜南部空投医疗用品，帮助日军控制疫情的范围。但包括李长山在内的军方高层则断然予以拒绝，他们认为，日军不可能把这些医疗用品用于帮助朝鲜平民，只有可能屯积起来，为地下工事群进行长期的抵抗作好物资储备。
于是决策处的某些人开始提议：让国际社会出面，让各中立国向朝鲜南部输入药品、医疗器材及生活必需品。这一幼稚的提议立即又被军方否决，他们指出：这样做，必然导致日军抢劫这些物资，而且中立国没有武装力量来保护这些物资，甚至连救援组织自身的安全也无法保障。最后才由郑耀邦提出，让飞机撒播传单，让朝鲜平民前往海滩，由中国海军运送至朝鲜北部的几个区域集中管理。当然，这也是没有办法的办法，日军肯定会用尽一切办法阻止朝鲜人的逃离。
这场瘟疫中止了日军的进攻，也阻断了中国军队即将进行的反击。中国军队将朝鲜半岛拦腰切断，制造了一个宽达十公里的隔离带。在隔离带南侧，每时每刻都有数千名铁血军战士身着防化服进行巡逻，一旦发现任何可以移动的生物，立即予以射杀。在隔离带北侧，数万名医务人员和防化兵在进行各种消毒防疫工作。同时，在整个隔离带，所有有可能穿越隔离带的地方，都有身着防化服的铁血军战士守卫。中国军队为此，投入了近十万名战士。
从战略上来说，日军的这次主动突击，确实成功地遏制了中国海空军对日本本土的打击。但从其它方面来讲，日军则受到了前所未有的损失。到了七月底，近70万日军官兵因各种原因死亡，使日军在朝鲜南部的有生力量被大幅度削弱，基本上不能遂行坚守朝鲜南部的作战任务。本来经过十几年的苦心经营，日军在朝鲜南部的地下工事群里屯积了大量的军用物资，足够支撑一年的作战消耗。但有生力量的歼灭，则使日军整个防线出现了兵力严重不足的情况。另外，中国军队强大的火力与战斗力，也摧毁了日军士兵的战斗意志。他们明白，没有什么能够阻挡中国军队的进攻，即便是那庞大的地下工事群和交通网络。
日军的这次可以称得上是狂妄的军事行动，所取得的效果远不如此。他们除了成功地中国军队对日作战的时间向后拖延了之外，更重要的是，他们成功地促成了苏联军队对中国的进攻。这样一来，迫使中国不得不面临两线作战的境地。当然最终，他们希望会成功地将时间延续到美国海军恢复元气，承担保卫日本的责任起来。后世的学者们对日本当初这种抛弃70万士兵的生命换得的战略态势的扭转，无不大加赞赏，虽然日本还是未能逃脱中国对它的征服，但仍不能阻止学者们对当时日本主要政要的高度评价。
朝鲜半岛上的局势现在已经彻底稳定下来，中国军队因为建立了隔离带，以及对瘟疫的忌惮，无法向已经受到大量伤亡的日军发动进攻。而日军则只能蜷缩在地下工事群里，静静地等待着末日的宣判。在地表，除少量日军在进行尸体清理及必要的警戒以外，只剩下惶恐不安的朝鲜平民，在瘟疫的威胁下苦苦求生。他们缺少粮食、药品和各种生活必需品，还不得不被日军奴役，干着最重最苦的工作。
当然朝鲜半岛局势的稳定还有更重要的一个原因，苏联已经向中国发动了进攻。面对比日本陆军更强大更现实的威胁，中国大部分注意力也被吸引到了西部边境。早在五月底，苏军就不断地派出许多侦察分队，对叶尼塞河对岸的中国阵地进行侦察。飞机也不断地买到中国阵地上空，进行航空侦察和拍摄。而中国军队并没有进行过多地打击，因为中国阵地主要核心是在地下。只要这些侦察兵和侦察机不深入到阵地后方的各个补给站、机场、车站等地，中国军队一般不会加以理会，以免暴露各个火力点或防空阵地。
6月4日，虽然突袭是达成战役目的最有效的手段之一，但苏军并没有完全采用这种办法。他们的指挥官坚持认为自己的准备足够充分，与其靠突袭这种不一定成功的进攻手段，还不如按部就班地用超强大的火力去摧毁中国军队的防御。于是整整一个白天的时间，苏军的西伯利亚方面军的一万五千门各种口径的大炮便进行了不间断地炮击。有超过四百万发炮弹落在了从叶尼塞斯克至萨亚诺戈尔斯克一线叶尼塞河对岸的中国阵地上。
如此数量的炮弹爆炸，足以将这一地域所有的物体从地表上抹去。负责策划此次进攻作战的是时任苏联总参谋部作战部长的华西列夫斯基少将，而直接指挥这场炮击作战的则是时任炮兵少将戈沃罗夫。这次超长时间和超大规模的炮击，用华西列夫斯基少将的话说，就是要让地面上见不到一个中国人的影子。同样，华西列夫斯和戈沃罗夫的作战计划特别对此次苏联东线战役集群司令官兼西伯利亚方面军司令员铁木辛哥大将的胃口。这位大将向来主张以强攻去打败敌人，不太喜欢耍小花样。他始终认为，实力决定一切，正面突破才是用兵正道。
其实，当苏联军队庞大的炮兵部队集结在叶尼塞河西岸的时候，中国空军侦察机和侦察兵已经早将这个情报送到了国内。担任中国西北战区司令员的许树铮上将也因此作了相应准备。在地表的阵地上除了留下必要的观察人员外，再没有任何作战人员。而在苏联炮兵射程之外的地表阵地则保留有强大的炮兵力量和装甲力量。而且东北战区空军的主要作战飞机是战斗机，所以从开战伊始，中国空军的战斗机群就立即升空，在整个中国工事群的上空进行巡逻。
不知为什