台抗清复明的初衷。在清军的打击下，郑经很快在东南沿海失去了立足之地，率部回到台湾。康熙二十年（公元1681年）郑经死后，他的长子即位，但不久就被侍卫冯锡范等人绞杀。冯锡范又拥立自己的女婿、郑经的幼子郑克王爽为王，篡夺了大权。此时，郑氏集团已经失去了人心，台湾政局动荡不安。
三藩基本平定后，康熙接受了福建总督姚启圣的建议，决定乘郑氏集团内乱的时机用武力收复台湾。康熙用武力收复台湾的决心已下，任用得力的军事将领便成了当务之急。姚启圣曾经多次保举郑成功旧部施琅任福建水师提督，后来施琅又得到别的大臣的大力推荐。但由于施琅为降将，遭到不少非议。康熙力排众议，于康熙二十年七月向议政大臣们郑重宣布：任命施琅为福建水师提督，加封太子少保。
施琅走马上任后，立即着手调整兵力，训练水师。为了等待适当的时机，出师时间一拖再拖，转眼到了康熙二十一年，一时群言四起。这期间，施琅与姚启圣又在进剿安排上意见相左，施琅三次上书要求授予他专征权，由他统领军队自行进剿。尽管康熙对一再推迟出兵也有不满，但他没有被舆论左右，考虑到海战须蹈不测风浪，事先很难猜度，他采取了十分慎重的态度。他用人不疑，为了确保战斗胜利，同意了施琅的请求，给予他专征大权。
康熙二十二年七月，施琅率领2万多名官兵，分乘230多艘战船，直捣澎湖。清军战舰云集海面。争先恐后进攻，反而影响了攻势，又赶上潮落风逆，施琅的指挥船顺流而下，陷入重围。提督衔署右营游击蓝理奋不颐身地冲入重围，与施琅合力攻打，4艘敌船被打沉。激战中，蓝理被炮火击中，肠子流出，但稍加包扎，又投入了战斗。施琅也不顾自己血流满面，仍然指挥着战船突围。初战失利后，施琅对水师进行了短期整顿，遂与郑军展开了决战。清军船队以5只船为一个作战单位，称为“五梅花”战术，相互配合默契，以5打1形成局部优势进击敌船。战斗从清晨一直持续到傍晚，矢石如密集的雨点，炮火遮住了天空。经此一战，郑军主力几乎全军覆没，台湾的门户被打开了。困守孤岛的郑克王爽见大势已去，不得不派人向清军送上降表。收到降表，康熙认为：如果不准许其投诚，郑军残部还可能流窜他处制造事端，不如招抚为善。他还决定对归降的郑氏大小官员加恩予以安置。康熙的谕旨打消了郑克王爽最后的疑虑。八月十三日，施琅率领的清军在鼓乐声中登上台湾岛，郑克王爽率属下列队恭迎。至此，台湾又回到了祖国的怀抱。
台湾回归后，围绕台湾的弃守朝廷中又出现分歧。有人以台湾孤悬海外为理由，主张把台湾人全部迁进内地，放弃台湾。有人竟然主张把台湾赐给荷兰人，令其世守输贡，以示圣朝天威。旋琅为此专门在台湾进行了实地考察，据实据理驳斥了弃台的论调。他上书康熙，力陈台湾为江、浙、闽、粤四省安全的要害，为东南之保障，弃之必酿成大祸，留之则永固边防。因此，台湾不仅不能放弃，还必须加强防务。康熙接受了施琅的建议，在台湾设立台湾府和台湾、风山、诸罗三县，并向台湾派遣了8000名驻兵，向澎湖派遣了2000名驻兵。这样就大大增强了东南海防，并且促进了台湾经济文化的发展。
三、激战雅克萨平定噶尔丹
东北地区一直被满族视为祖先的发祥地。十七世纪，沙俄将侵略魔爪伸向了这块肥沃的土地。沙俄的侵略，是康熙的心腹大患。亲政以后，他便密切注视着沙俄的侵略活动，多次派人了解东北地区的地形、交通及风土人情各方面的情况。但由于当时先是明末农民起义未平，后又有三藩之乱，康熙对沙俄侵略的反击还顾不上。康熙二十一年（公元1682年）春，三藩之乱刚被平定，康熙率文武大臣赴盛京告祭祖陵。大典之后，他立即巡视了乌喇地区（今吉林市），并率属下围猎习武；还泛舟检阅了水师。开始了武装抗俄的准备，同时他也没有放弃和平解决中俄边界争端的努力。
但沙俄政府无意进行和谈，反而趁清政府全力平定三藩收拾残局，收复台湾等用兵之际，扩大了对中国北方领土的侵略。在这种情况下，康熙决定进行武装反击，驱逐沙俄侵略者。康熙二十一年，康熙派郎谈、彭春以捕鹿的名义到前线实地勘察地形，调查沙俄的侵略活动。次年，康熙又决定派兵于第二年秋天到黑龙江流域永久驻守。开赴黑龙江地区的清军受到当地各族人民的欢迎和支持。军民共同打击沙俄侵略者，到康熙二十二年，黑龙江流域中下游地区的沙俄侵略者基本被肃清，只有雅克萨还被沙俄侵略者盘踞着。
在黑龙江地区各族人民的支持下，清军为收复稚克萨做了大量准备。在清军进攻雅克萨前，遵照康熙的谕旨，清政府向沙俄一再表示和平解决边界问题的愿望，但沙俄方面置之不理，仍然继续在雅克萨进行战争准备。康熙二十四年六月，清军兵临雅克萨城下。
六月二十四日，彭春率领的3000大军分水陆两路夹击雅克萨城。第二天清晨，清军派出林兴珠的藤牌兵阻击来自黑龙江上游的哥萨克援兵。藤牌兵头顶藤牌，裸身入水，手持大刀前进。由于有藤牌遮蔽，敌人的刀枪无法施展威风，清兵的大刀却所向无敌。敌人见状，又惊又怕，大喊着“大帽子鞑子来了”竞相逃命。大部分援敌就这样被藤牌兵击溃了。当晚，清军发动了猛烈的攻势。他们在城南佯攻，牵制敌人的兵力；又在城北架起红衣大炮进行主攻。经过一夜激战，雅克萨的塔楼、城墙全被摧毁，还击毙了100多名敌人。城内还聚集了一小撮顽敌，于是清军在城下三面堆积柴草，准备焚城。走投无路的侵略者被迫向清军投降，他们的头目托尔布津向清军统帅立誓，永远不再来雅克萨捣乱。遵循康熙的旨意，清军统帅彭春接受了敌人的投降，将他们免死放归。有45人自愿留在中国，也得到了准许。这些曾经在中国的土地上横行多年、杀人越货的“罗刹”，如今在中国军民的打击下，一个个赤身露体，光着脚狼狈逃离了雅克萨。降敌离去后，清朝将雅克萨城堡彻底摧毁，撤回了瑷珲。
但是战火刚刚平息，托尔布津等残匪便纠合了尼布楚方面的援军卷土重来，又窜回雅克萨。他们在原城堡的附近重新构筑了工事，妄图永久霸占这块中国的领土。消息传到北京，康熙立即命令清军速备战船再攻雅克萨。他又亲自召见郎谈，作了战斗的具体部署，要求清军全部彻底地消灭雅克萨守敌，然后在雅克萨驻兵把守。
康熙二十五年七月，第二次雅克萨之战开始了。清黑龙江将军萨布素率领2000大军，从水陆两路向雅克萨发起猛攻。与此同时，康熙皇帝继续向俄方提出举行谈判的建议。清军在雅克萨城外挖掘工事、建立堡垒围困敌人。城中出击的敌人多次被清军击溃。经过两个月的激烈战斗，敌人遭到了毁灭性的打击，城中只剩了100多个残兵败将，托尔布津也被击毙。清军在城的南北两面修筑炮台，准备炮轰雅克萨。此时，清军的胜利已是指日可待了。迫于清军的强大攻势，俄方不得不同意通过谈判和平解决边界问题。清军遂于这年的十二月十日解围，等待两国的谈判。
双方全权代表在经过多次谈判，中国做出了一些让步之后，康熙二十八年（公元1689年）九月七日，中俄双方达成了和平解决边界问题的协议，这就是历史上著名的《尼布楚条约》。《条约》明确规定，以外兴安岭至海、格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国的国界，确认了黑龙江和乌苏里江流域都是中国的领土。中国将尼布楚割让给俄国。条约的其他条款还就两国贸易、边民等事宜做了规定。条约的内容，曾用满、汉、蒙、俄、拉丁5种文字刻成界碑，高高竖立在中俄边界上。它带来了中俄东部边境100多年的和平，也成为康熙抵御沙皇侵略、维护国家主权的历史记录。
康熙收复雅克萨之后，立即着手平定噶尔丹分裂祖国的叛乱。噶尔丹是漠西厄鲁特蒙古准噶尔部的头领。康熙十年噶尔丹夺取了准噶尔部的统治权后，又用武力并吞了厄鲁特蒙古的其他各部，占领了青海和新疆天山以南的广大地区。当时，除了漠西厄鲁特蒙古外，还有漠南蒙古和漠北喀尔喀蒙古。漠南、漠北蒙古早就归顺了清朝。为了吞并喀尔喀蒙古，噶尔丹自康熙十三年起，便经常派人到沙俄进行秘密活动，寻找靠山。长期以来，沙俄就伺机将侵略魔爪伸进厄鲁特各部，但是他们的武装入侵和诈骗活动一直未能得逞。因此他们与噶尔丹一拍即合，相互勾结起来，准备攻打喀尔喀蒙古。
康熙二十七年，噶尔丹向喀尔喀蒙古发动了突然袭击。他配合沙俄侵略者，击溃了土谢尔汗的蒙军，将库伦城化作一片废墟。在追击喀尔喀蒙古的途中，噶尔丹叛军大肆烧杀抢掠，人们丢下帐篷器具、马驼牛羊，昼夜不停地向南逃命，一时死者相枕，道路为之堵塞。这时沙俄乘机胁迫喀尔喀蒙古的上层人物叛国投俄，遭到了宗教首领哲布尊丹巴等人的坚决抵制。在哲布尊巴丹的率领下，喀尔喀蒙古归附了清朝。康熙派人抚慰了来归的喀尔喀部，发给他们生活用品，将他们暂时安置在科尔沁草原。康熙二十九年，噶尔丹以追击喀尔喀蒙古为名，再次发动武装进攻。他带领的2万名叛军自呼伦池南下，杀进了内蒙古地区。叛军的前锋一直打到距离北京仅900里的乌珠穆沁，京师震动，许多店铺停止了营业。
对噶尔丹的叛乱，康熙曾经给予多次规劝，要求他罢兵息战，归还喀尔喀蒙古的故地。同时也加强了塞外的兵力，做了武装平叛的准备。面对不断恶化的局势，康熙决定亲征噶尔丹，捣毁叛军的巢穴。当时朝中多数大臣主张同噶尔丹妥协。他们认为噶尔丹地处僻壤，他的叛乱无碍大局，应当治以不治，任其自然，同时大军远征茫茫沙漠，胜负很难预料，因此反对康熙亲征。康熙则认为噶尔丹一日不除，边陲就一日不宁，只有平定叛乱，才是万年之计。他排除了各种干扰，为保天下大一统的局面，毅然率军亲征。
康熙二十九年六月，康熙亲临塞北，指挥大军迎战噶尔丹。八月，清军在乌兰布通与叛军交战。噶尔丹依山面水布下“驼城”，用来抵挡清军的攻势。“驼城”是将骆驼捆绑卧地，在驼背上堆放箱垛，再加盖湿布布置而成的。叛军满以为“驼城”坚不可摧，易守难攻。可是在清军猛烈的炮火攻击下，骆驼非死即伤，反而成了叛军逃跑的障碍。驼阵被攻破了，清军大队人马掩杀过来，直杀得叛军横尸遍野，大败而逃。噶尔丹带着残兵败将，好不容易才突出重围。以后康熙又经过二次亲征，终于平定了为时10年的噶尔丹叛乱，粉碎了沙俄分裂中国的阴谋，巩固了西北边疆。
四、整饬吏治广揽人才
康熙深知，贪官污吏的勒索和压榨是激起民变的直接原因。为了清王朝的长治久安，他十分重视整饬吏治。他采纳了“民生安危视吏治，吏治贪廉视督抚”的建议，特别注意处置腐败的高级官吏。
山西巡抚穆尔赛一贯贪酷不法，康熙对他的劣迹也时有所闻。一天，康熙向大学士勒满洪等人查询穆尔赛为官是否清正，他们竟徇私包庇，欺骗圣听，妄图掩盖穆尔赛的丑行。康熙对外官与京官相互勾结、贪赃枉法的现象早已深恶痛绝。所以在查明穆尔赛的罪行后，不仅将他革职收审，判处绞刑，还给勒满洪等人连降两级的处分。
湖广总督蔡毓荣在平定三藩时任绥远将军。接受攻打吴氏巢穴昆明的命令之后，他按兵不动；等他人攻破城池，他反而大肆抢掠本应充公的吴氏财物，然后对贵戚重臣广行重贿，将他人战功贪为己有，由此竟然升官进爵。蔡毓荣的罪行败露后，也受到了严惩。
在惩治贪官的同时，康熙多方扶持清官廉吏，大加褒扬，以起到移风易俗、扶正抑邪的作用。但在当时贪风盛行的官场上，为政清廉者实属凤毛麟角，因此康熙一朝大树廉吏的榜样。被康熙誉为“天下廉吏第一”的于成龙就是一个受百姓爱戴的清官。早在顺治朝任广西罗城知县时，于成龙便插棘为门，累土为几，他清贫的生活和卓著的政绩一时传为佳话。康熙十四年秋天，黄州发生了严重的自然灾害，于成龙发放的赈济粮救活了几万灾民的性命。后来他离开黄州赴福建按察使任所时，几万黄州百姓送行到九江，哭声与江涛声连成一片。于成龙的廉能勤政，深得康熙赞许。康熙二十年，他特地在懋勤殿召见于成龙，称他为“当今清官