克兰民族主义共同思想的弟兄们，即班杰拉分子、梅利尼克分子和其他匪徒组织起了更大的作用。乌克兰自主正教会成了主要是反对本国人民的作恶多端的乌克兰分离主义分子的思想鼓舞者。在沃伦，在乌克兰民族主义组织的帮助下，自主教派对遵守教规的乌克兰正教大搞恐怖活动。许多不愿皈依乌克兰自主正教会的教士和俗家人成为恐怖行为的牺牲品。弗拉基米尔—沃伦主教马努伊尔（塔尔纳夫斯基）被班杰拉分子绞死，几十名拒绝同分裂教派合作的正教神甫受到了兽行的折磨。
乌克兰民族主义者和乌克兰自主正教会领导之间的联盟十分巩固，结果又影响到德国当局对乌克兰自主正教会的态度。这之后，到了1943年，班杰拉分子终于明白，希特勒分子实际上根本不想建立什么“独立的”乌克兰国，于是分离主义者开始对德国占领军展开行动。在这种条件下，乌克兰的德国当局只好停止以前向分裂自主教派提供的全力支持。
1943—1944年间红军向乌克兰顺利进军，将乌克兰从希特勒手中解放出来，使自主教会的分裂运动在罗斯正教会合乎教规的领地上彻底覆没。乌克兰自主正教会几名“主教”逃往国外，乌克兰领土上所有的分裂运动教区无一能继续存在，全部归入罗斯正教会的管辖之下。
二战以后，乌克兰西部领土上建立起一些主教辖区：利沃夫—捷尔诺波尔辖区、伊万诺—弗兰科夫斯克—科洛梅亚辖区和乌日哥罗德—穆卡切沃辖区。这些辖区的宗教生活十分活跃。赫鲁晓夫的迫害虽触及乌克兰西部某些主教辖区，但程度并没有其他辖区那么严重。甚至赫鲁晓夫在全苏掀起关闭教堂的浪潮之后，1960—1980年期间，仅利沃夫—捷尔诺波尔一个主教辖区（莫斯科大牧首辖区内最大的主教辖区）仍然还有两千左右个祈祷所，超过了俄罗斯教会社团总数的1／4。
这些祈祷所大部分集中在乌克兰西部，上面已经谈到，这个地区几乎没有被宗教镇压活动所触及。这首先与下述事实有关，即乌克兰西部各州于1939年才归入苏联，很快便发生了伟大卫国战争。所以苏联只能在战后才开始在加里西亚进行改革，这是很自然的事。战后反宗教宣传曾一度偃旗息鼓，关闭教堂的运动也停止了。因此，当地的宗教生活并未遭遇到战前俄罗斯和乌克兰东部那种毁灭性的破坏。合并派教会于1946年在利沃夫大教堂的自行解散，对这种局面的出现也起了很大促进作用。
自主教会派第三代的出现，也同乌克兰西部民族主义情绪的爆发有关。在时间上则与教会合并运动的复兴相吻合。据搞起这一新的分裂运动的人当年解释，他们必须为希腊天主教派设立屏障。据他们讲，自主教派的思想剥夺了对教会合并派有利的最有分量的论据，即乌克兰教会的“民族”性质。不过很快便弄明白了，合并派也好，自主教会派也好，都是同一现象，即乌克兰分离主义的产物。不错，他们针对的是居民中的不同阶层。不管是那些世代承认在乌克兰西部已有300年历史的合并教派、主张把它作为民族宗教的人也好，还是那些认为正教是父辈信仰的人也好，他们归根结底都是上了民族主义的当，而决不是什么在教义方面、神学方面、信仰方面乃至仪式方面出现争论和分歧的问题。
因此，有一点很重要，即乌克兰“人民鲁赫运动”的纲领中，有一章专谈宗教问题，其中有一句话，叫做必须为“斯大林势力所破坏的乌克兰天主教会（即1989—1990年间被称为乌克兰希腊天主教会的）和乌克兰自主正教会的法律地位正常化而斗争”。而且，加里西亚的许多政治家都认为，乌克兰自主正教会复兴的前景，比教会合并运动复苏的前景更为诱人：自主分裂运动对乌克兰东部具有潜在的输出能力，现象的发生指日可待，因为那里居民传统上都是正教徒，合并教派的主张得不到明显的响应。
加里西亚教会分离运动与右派政治家联系密切，正是这一运动使乌克兰正教自主教会1921年的思想得以复活。新的分裂运动从一开始就提出了两个独特的口号：“罗马不是我们的父亲，莫斯科也不是我们的母亲”，“独立的国家须有独立的教会”。
1989年2月份，在“鲁赫”的积极支持下，恢复乌克兰自主正教会创始委员会开始在基辅活动，该委员会确认同1921年的乌克兰自主正教会有继承关系，并号召乌克兰教区脱离莫斯科大牧首管辖。1989年8月，利沃夫彼得保罗教堂主持、大祭司弗拉基米尔？亚列马宣布他的教区脱离罗斯正教会管辖，嗣后分裂活动开始壮大。活动决定在两个方向上展开：在俄罗斯教会主教中寻找一位“反水”的高级僧正，同时跟侨民圈子和境外保留的“教会”建立接触。
但是，“圣弗拉基米尔教会两大分支”（乌克兰民族主义者经常这样来称呼乌克兰自主正教会和乌克兰希腊天主教会）的特殊合作关系并没有能够出现。乌克兰希腊天主教会起初对自主教会的分裂运动十分反感，觉得它在垄断民族主义思想方面是自己的竞争对手。
为了提高威信，分裂派教会非常需要一名高级僧正。没有高级僧正，即使连合乎教会法规的假象也难以造成，更不可能扩大队伍。结果这个反水的高级僧正找到了，他就是前日托米尔和奥夫鲁奇主教约安（博德纳尔丘克），他曾受到莫斯科大牧首辖区很大的委屈。这使他同意附和分裂运动。
11月份，博德纳尔丘克通电声明自己脱离俄罗斯教会主教团。有人对他进行过说服工作，但未能收效。1989年11月罗斯正教会神圣正教院邀请约安出席会议，但他两次通电拒绝前往莫斯科出席自己的案件审理。这之后，约安因分裂活动，被罗斯正教会神圣正教院剥夺其高级僧正教职和僧侣资格。
尽管如此，博德纳尔丘克对此置若罔闻，继续参加分裂运动。自主教会分子同教会合并派分子一样，由于得到民族主义思想狂热分子的广泛支持，在加里西亚人中逐渐赢得声望。这使分裂运动分子很快便开始强行侵占罗斯正教会的庙堂，希腊天主教派早就是这样干的。
1990年1月30—31日莫斯科召开罗斯正教会高级僧正大会，对乌克兰西部教会间对抗问题给予严重关切。会议向苏联最高苏维埃主席戈尔巴乔夫致电，呼吁“立即制止”教会合并派和分裂运动极端派的“强暴和非法行为”。会议对分裂运动和教会合并运动给予同样的评价，认为它们并非宗教现象，而是政治现象。
还有一点很重要，即乌克兰西部各主教辖区除了公开拥护乌克兰民族主义之外，还有不少教士一方面是真诚的正教徒，一方面又认为，授予罗斯正教会乌克兰督主教辖区以合乎教规的自主教会地位，可防止乌克兰教会合并派和分裂派的进攻。
乌克兰西部各主教区的教士纷纷致函神圣大牧首皮缅和当时的基辅都主教、乌克兰督主教菲拉列特（杰尼先科），呼吁授予督主教辖区以自主教会权。1990年 1月 30—31日罗斯正教会高级僧正大会对此的回答是：授予乌克兰督主教辖区和白俄罗斯督主教辖区以更大的自主权。
督主教辖区的新状况，要求在罗斯正教会允许的范围内，向该辖区提供相当大的自主权，但它们仍然是俄罗斯正教教会的组成部分。督主教辖区除新名称之外，还获得自主建立正教院的权利，该正教院拥有最高司法权、立法权和教会执行权。督主教辖区还拥有巨大的独立财权，在分裂派分子总是断言说似乎乌克兰教区的经费全被莫斯科掏空的情况下，这是个十分重要之举。就实质而言，各督主教辖区成为大牧首辖区范围内的自治教会。
与此同时，加里西亚的宗教战争却越演越烈。到1990年年中，捷尔诺波尔没有一座庙堂还留在罗斯正教会管辖之下：庙堂全部落入教会合并派手中，其中包括建于布列斯特教会合并派出现以前——1540年的一座教堂。
1990年5月3日，莫斯科和全俄罗斯神圣大牧首皮缅（伊兹韦科夫）辞世。这位至圣于80高龄辞世。自主教会人士大概害怕俄罗斯教会的新教首会是一个精力充沛的年轻人，将同分裂运动的扩散开展有效对抗，于是决定趁莫斯科大牧首位子空缺之机，立即展开活动。
1990年6月份，分裂运动分子集聚在基辅，举行所谓“全乌克兰自主正教大会”。他们在会上表现出十足的目无教规，竟然决定不仅要宣布成立自主教会，而且还要选举“基辅大牧首”。美洲自主教会首脑、年迈的姆斯季斯拉夫？斯克里普尼克当上了这名大牧首。分裂派分子当时把他树为分裂运动的一面旗帜。由于他当时身在美国，未能亲临会议，所以是缺席当选。约安（博德纳尔丘克）成为“大牧首宝座护法”。
苏维埃乌克兰当局对分裂派分子的活动没有起任何劝阻作用，有这样一个事实可资证明，即他们首开先例，向分裂派“大会”的参加者提供罗斯正教会的圣地——基辅圣索菲亚大教堂，以作举行亵渎神明的“祈祷仪式”之用。须知，圣索菲亚大教堂至今仍是文物保护单位，是一座博物馆。
乌克兰发生的教会骚乱，是促使罗斯正教会不得不在牧首皮缅逝世未过40天之际便紧急进行新教首选举的原因之一。
各教区主教联席会在其决定中谈到了乌克兰十分复杂的宗教局势。会议指出，教会合并问题使罗斯正教会同梵蒂冈的相互关系紧张到极点，破坏了正教和天主教继续顺利对话的希望。
会议还谴责了破坏乌克兰西部教会和平的乌克兰分裂自主教派的行动，指出，乌克兰正教会“实行自我治理的公正意图，未能在保留教会统一教规的框架下实现，而是走上了一条错误道路，必须承担由此产生的一切极其有害的后果”。各教区主教会议强调指出，乌克兰正教会在获得广泛独立的同时，不仅仍然处于莫斯科大牧首辖区之内，而且同各教区所有正教教会的关系也必须合乎教规的规定。
选举莫斯科和全俄罗斯新牧首，对自主教会分裂运动以后的命运也有间接关系。大牧首皮缅逝世后，基辅和加里西亚都主教、具有牧首地位的乌克兰督主教菲拉列特于1990年5月3日就成为遴选大牧首期间牧首宝座的临时监护人。就地位而言，基辅督主教是罗斯正教会大牧首以下的第二位高级僧正，是神圣正教院常任成员中最有影响力的人物。根据传统，都认为临时监护人最有可能当上未来的大牧首。
然而报刊上却越来越经常地不断出现一些消息，说菲拉列特督主教的道德面貌远非无可指责。许多人，特别是乌克兰的神职人员，都不喜欢这位主教对督主教辖区的管理作风；说他好发号施令，很粗鲁，具有目光短浅的世俗长官身上的官气，缺少一位高级僧正所应有的修养。许多倾向于分裂派的人士也证实，他们之所以倾向于分裂教派，就是因为要脱离菲拉列特都主教在乌克兰教会中所造成的那种令人窒闷的气氛。
然而菲拉列特都主教想当莫斯科和全罗斯大牧首的意图却很明显。在1990年各教区主教会议上，这位乌克兰督主教在选票上占第一名。选举大牧首时，投他票的有66人。然而罗斯正教会的新任大牧首不是菲拉列特，而是列宁格勒和诺夫哥罗德都主教阿列克西（里迪格尔）。可想而知，这一情况也影响到菲拉列特都主教的下一步活动。
在乌克兰正教会生活中，莫斯科和全罗斯神圣大牧首阿列克西二世1990年8月6日对乌克兰的访问具有巨大意义。这次访问给予乌克兰正教民众以巨大的道德支持，因为这时乌克兰正教民众正遭受来自教会合并派和自主教会派的侵犯。这位至圣登位不久便访问乌克兰，证明消弭乌克兰宗教冲突乃是莫斯科大牧首面临的最重要的任务之一。纪念罗斯洗礼日当天，在基辅大教堂为等同于使徒的圣弗拉基米尔公爵举行祈祷仪式后，大牧首阿列克西说：“所谓的自主教会的传播，实质是教会分裂运动的扩散，使吾等不能不感到担忧。本牧首此次访问乌克兰，足可证明我们同乌克兰正教会的主教团，同全体教士和教众欢乐和悲伤与共。”
尽管罗斯正教会采取了一切措施，教会冲突的政治化却日益严重。
1990年7月9日，乌克兰督主教辖区主教团在基辅召开会议，通过“乌克兰正教会独立和管理自主呼吁书”，还一致推选菲拉列特（杰尼先科）都主教为乌克兰教会教首。
罗斯正教会神圣正教院于 1990年 7月 20日开会审议了乌克兰教会正教院要求扩大自治的决议。鉴于乌克兰宗教政治