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5月6日和7日，莫斯科召开神圣正教院扩大会议，但作为正教院常任成员的菲拉列特都主教却未出席会议。正教院断然谴责都主教的声明。鉴于乌克兰正教会出现的非常情况，在乌克兰正教会高级僧正大会召开之前，禁止菲拉列特都主教履行教首的职责，即：“召开正教院会议、为高级僧正举行按手礼、发布涉及乌克兰正教会的教令和呼吁书。但可以召开接受他退休和选举乌克兰正教会新教首的乌克兰正教会高级僧正大会……如果对罗斯正教会高级僧正大会决议和本决议拒不执行，着即将菲拉列特都主教交罗斯正教会高级僧正大会审判”。
但神圣正教院的这一决议亦未被非拉列特都主教理睬。5月21日，正教院讨论乌克兰的教会形势，但危机的过失一方仍未出席，他根本不想与会。正教院委托乌克兰教会中接受按手仪式时间最早的大牧师、哈尔科夫都主教尼科季姆（鲁斯纳克）在圣三一节之前召开高级憎正大会，接受非拉列特都主教退休，选举乌克兰教会新教首。临时履行第一主教职责的任务，落在尼科季姆都主教肩上。接到神圣正教院决议的通知后，菲拉列特都主教声称，他认为正教院的决定“毫无道理而且……无效”。
5月26日，神圣大牧首阿列克西二世致电菲拉列特都主教，呼吁他拿出大牧师和基督徒的良心来，恳求他为了教会的福祉，服从教规所规定的上下级制度。
同一天，菲拉列特都主教召集自己的拥护者在基辅开会，出席会议的有几名高级神职人员和俗家人，但没有一名高级僧正。会议拒绝罗斯正教会神圣正教院的决议：“莫斯科正教院关于乌克兰正教会的所有决定均无效，因为这些决定违反了有关乌克兰正教会的独立和管理自主的现行规章制度。”“我们承认莫斯科和全罗斯大牧首阿列克西二世是目前由教规所规定的教首的同时，”会议决议接着说，“声明有意通过合乎教规的途径，获得乌克兰正教会的完全独立。在这方面。我们一致支持我们的合乎教规的基辅和全乌克兰都主教菲拉列特。”
5月27日，尼科季姆都主教在哈尔科夫召开高级僧正大会，与会者有17名大牧师，但菲拉列特都主教缺席，他不想参加这次会议，因为这次高级僧正大会对菲拉列特都主教表示不信任，要解除他的基辅主教职务。这之后，用无记名投票方式选举乌克兰教会的新教首。第二轮投票前，哈尔科夫的尼科季姆自动放弃候选资格。弗拉基米尔都主教当选乌克兰教会首脑。
罗斯正教会神圣正教院在5月28日召开的会议上，批准了乌克兰教会高级憎正大会的决定，指定6月11日召开罗斯正教会高级僧正大会，审理前都主教菲拉列特一案。神圣大牧首阿列克西二世根据1990年10月高级僧正大会通过的“关于乌克兰正教会”的决定，祝福新当选的基辅都主教作为乌克兰教会首脑履职。菲拉列特都主教三次接到神圣大牧首发出的参加高级僧正大会的邀请，但他拒不出席。这之后，根据教规，会议可在被告人缺席的情况下审理案件。
1992年6月11日，在圣丹尼洛夫修道院召开高级僧正大会，由大牧首阿列克西二世主持。召开此次会议是专门为了审理指控前菲拉列特都主教反教会活动一案。有14位高级僧正因为各种理由缺席会议，5名是乌克兰的，而其中的两名就是菲拉列特都主教和波恰耶夫主教亚科夫。当时他们还发表了个声明，说他们不服从这次大会。一开始先听取了乌克兰教会16位主教的声明，对菲拉列特都主教的分裂活动给以详尽无遗的说明，并多处引用教规，加以有力的诠释，指出由于这些分裂活动，他应被剥夺教职。一系列发言均证实，乌克兰众主教对他提出的指控是公正的。但是菲拉列特都主教的私生活却几乎完全未予触及。当时，这个话题正为莫斯科和基辅的报纸所广泛讨论。
前基辅都主教和波恰耶夫主教亚科夫二人被控犯有严重违犯教规的罪行，最高僧正大会详细审理该案全部内容后作出决定：“因菲拉列特（杰尼先科）都主教对下属神职人员态度冷峻傲慢，作风强横，敲诈勒索，行为不端，私生活不检点，致使信徒亦受到恶劣影响，他还背叛誓言，公开对高级僧正大会诽谤辱骂，在遭到禁止的情况下犹举行宗教仪式，包括行按手礼，制造教会分裂。着将菲拉列特（杰尼先科）革去都主教之职，剥夺其各级圣衔以及教士的一切权利。”
罗斯正教会高级僧正大会的这一决定，要传达到各地区正教会首脑，以备周知。
高级僧正大会致乌克兰正教会牧师和教民的公开信对法庭的这一判决作了说明，它指出：“菲拉列特和亚科夫被解除教职不是因为信仰，而是因为对教会犯下的罪行，其表现为有意粗暴破坏神圣教规。至于授予乌克兰正教会以合乎教规的完全独立问题，我们坚定相信：这个问题应通过召开各教区主教大会以合法的合乎教规的途径予以解决，并将大会决定同各兄弟教区的意愿协调一致。否则我们面临的只能是给教会生活带来毁灭的新的分裂运动”。
菲拉列特前都主教和亚科夫前主教不服从高级僧正大会的各项决定，同以安东尼（马先季奇）为首的乌克兰自主正教会的伪主教们进行谈判。谈判在乌克兰总统和政府庇护下在基辅举行，并于1992年6月25日以决定召开一次被禁止的神职人员和主张分裂的俗家人的会议，并把这次会议宣布为全乌克兰正教代表大会。这次非法的大会决定把脱离正统乌克兰正教会的菲拉列特都主教及其拥护者同乌克兰自主正教会联合起来，认为“乌克兰正教会和基辅大牧首辖区是乌克兰正教会和乌克兰自主正教会的合法继承人……会议声明，大牧首姆斯基斯拉夫是乌克兰正教会和基辅大牧首辖区的首脑。鉴于必须立即加强乌克兰正教会和基辅大牧首辖区的领导，考虑到姆斯季斯拉夫大牧首身在乌克兰境外，更考虑到他的94岁高龄——所有这些都使得教会领导工作出现一定的困难，特设立副牧首一职。批准基辅和全乌克兰都主教圣菲拉列特为副牧首。”
此时，1995年6月14日，恰逢乌克兰正教会轮值首脑、伪大牧首弗拉基米尔（罗马纽克）去世。乌克兰民族主义组织成员同一些好斗的民族主义分子一道，其中也有穿袈裟戴十字架的神甫，利用他的葬礼搞了一次政治示威，最后造成了同警察的流血冲突。肢体冲突是由一名自主教会的“神甫”挑起的，他用十字架撞击一个警察的脸部。示威者意图违反政府的禁令，要把弗拉基米尔葬在索菲亚大教堂。他们想把伪牧首的遗体抬入大教堂，但未能得逞，便把遗体埋到了大教堂前面的沥青马路底下。11月份，乌克兰正教会（基辅大牧首辖区）又选出一个新的“大牧首”，这已经是第三位了。这次菲拉列特终于当上了。
1996年12月15日，在基辅比切尔斯基修道院召开乌克兰正教会高级僧正大会，37名主教中有1名因病未能参加。开会之前，乌克兰教会中就自主教会问题爆发了激烈的争论。高级僧正大会一致（只有一票反对）通过声明，出于对教会福祉的关心，须明智地拒绝请求即将召开的罗斯正教会各教区主教大会赐予乌克兰正教会以自主教会的地位。
1997年2月18日，高级僧正大会在莫斯科丹尼洛夫修道院宾馆召开。参加会议的有133名大牧师，其中114名为各主教辖区主教，17名为助理主教，1名为退休人员，12名高级僧正未能到会。
会议进程中，哈尔科夫都主教尼科季姆、利沃夫主教奥古斯丁、敖德萨都主教阿加凡格尔提出，要把被剥夺教职并亵读神明地自封“大牧首”的菲拉列特修士革出教门。
圣高级僧正大会将修士菲拉列特（杰尼先科）革出了教门，并警告修士亚科夫（潘丘克）和修士安德烈（戈拉克），如不知忏悔，亦将被革出。
2000年 8月举行的罗斯正教会高级僧正纪念大会对讨论乌克兰问题相当重视，乌克兰的几乎所有注册高级僧正都参加了这次大会。不仅如此，会议还通过专门决定，对世界各地正教会承认基辅都主教圣弗拉基米尔所领导的乌克兰正教会为乌克兰唯一合法正教会一事给予确认，并认为它具有管理的独立性和自主性。这样就为把乌克兰正教全面团结在它周围创造了有利的条件。
目前，莫斯科大牧首辖区下的乌克兰正教会共拥有3500万教徒。
分裂派的菲拉列特的基辅大牧首辖区乌克兰正教会基本上只是在乌克兰西部教徒中有影响，即在历史上划归波兰立陶宛王国、奥匈帝国、波兰版图的加里西亚和沃伦有影响。到2002年初，基辅大牧首辖区乌克兰正教会仅有近2000个祈祷所，80％位于乌克兰西部各州。
乌克兰自主教会正教会：目前，基辅和全乌克兰“都主教”梅福季（库德里亚科夫）是乌克兰自主正教会首脑。据乌克兰自主正教会资料（2001），它拥有11个主教区，5661个祈祷所和 404个高级神职人员。80％以上的教民集中在乌克兰西部三个州（利沃夫州、伊万诺弗兰科夫斯克州和捷尔诺波尔州）。
2004年尤先科总统选举获胜后，莫斯科和全俄大牧首阿列克西二世在会见乌克兰哥萨克时，对莫斯科大牧首辖区乌克兰正教会的命运表示担心。大牧首声称：“在那些积极支持由总统指定的反对派候选人的人士中，有分裂派教徒和教会合并派教徒，因此，正统的乌克兰正教会在新条件下将经受一定的困难，它的存在不能不遇到麻烦，这种情况令人忧心忡忡。”罗斯正教会首脑对哥萨克代表表示感谢，因为他们保护了基辅比切尔斯基修道院和波恰耶夫修道院，这些都是乌克兰正教的圣地。“我想，现在这一点特别重要，特别迫切。鉴于最近时期乌克兰形成的复杂政治局势，有人可能会针对正统的正教会组织挑衅和进攻。”阿列克西二世提出了这样的警告。
当然，民族主义势力以后也可能利用俗家人达到自己的政治目的。乌克兰有一个统一而又强大的正教会对他们不利。他们的行动早晚会被大部分乌克兰人民所唾弃。
橙色噩梦
乌克兰政治精英之间的对抗，早在库奇马总统下台之前很久便形成了。
1999年在他竞选连任总统期间，“橙色革命”未来的“带头人”和“领袖”尤先科和季莫申科在库奇马同共产党人西蒙年科展开竞争的情况下，无保留地支持库奇马。
根据选前达成的协议，库奇马连任乌克兰总统后，把尤先科提起来当了总理，由季莫申科任副总理，主管燃料动力部门，实际上把整个经济工作的管理抓到了手中。这样一来，未来“橙色革命”的两个领导人便开始积极落实库奇马的竞选纲领，后来又为反对这个纲领建立了反对派。
分裂的原因是什么？首先是因为对乌克兰原总理拉扎连科提出刑事指控。拉扎连科是季莫申科“乌克兰统一动力系统”这家巨型公司的商业伙伴，是国内天然气市场的垄断者。这场官司不可能不涉及她这位公司首脑。2001年4月季莫申科被迫离职，遭到逮捕。出狱后成为“没有库奇马的乌克兰”这一政治运动的积极组织者和参加者。
这时传出记者贡加杰遇害的消息，加之总统以前的卫士梅利尼琴科少校偷录库奇马的谈话被揭露出来，这些事弄得群情激昂。在最高拉达会议上所放的录音证明，库奇马总统与记者的消失有关，其效果就像一枚引爆的炸弹。这些录音成为指控库奇马篡夺权力的根据。后来又公布了库奇马家族贪赃的大量事实，他们参与非法占有国家财产，遂为公众所知。
社会党人首领莫罗兹是“要没有库奇马的乌克兰”和“乌克兰站起来！”这些行动的积极组织者之一，他声称，运动的想法不仅是要剥夺某个具体人的权力，而且还要改变造成乌克兰所有不幸的根子——权力制度。运动在乌克兰大多数地区展开，这样一来，在2004年年末为总统权力而斗争期间，这些活动便成为“橙色”群众集会的序曲。
尤先科、库奇马和最高拉达主席普柳希在轰动一时的“三巨头公开信”中谴责这些活动违法，称其参加者为法西斯主义的引路人，但这种做法却使反对派更加紧密地团结起来，以对抗总统一伙。
2001年4月，尤先科被迫辞职，从那时起，便开始了他同季莫申科以重新掌权为目的的政治合作。
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