。中宗感念韦氏患难情意，言听计从，当然不肯听从桓彦范的劝谏。桓彦范后被武三思害死。
武则天死后，形势急转直下，武三思失势。但他极有心计，通过上官婉儿搭上了韦后。韦后为了自己利益，竭力向中宗建议重用武三思。于是，中宗下诏，拜武三思为司空，同中书门下三品，成为名副其实的宰相。这对张柬之等拥立中宗的定鼎功臣不啻是个重大打击。张柬之等人秘密求见中宗，劝中宗不要养虎为患，应时时想到恢复李氏江山来之不易。这话不但没有说动中宗，反而惹动中宗的怒意，认为张柬之自恃拥戴有功，有要挟之意。张柬之从此失宠。事实上，中宗也不可能听从张柬之的劝谏，违背韦后的意思。在长期的幽禁生活中，他与韦氏患难与共，相濡以沫，感情相当深厚，甚至许下“幸复见天日，当惟卿所欲”的诺言。现在他重新坐上天子龙椅，拥有了天子的权威，怎么能不对妻子施报呢？
『注：上官婉儿是上官仪的孙女，上官仪因反对武则天持政被杀，累及家族，儿子被斩，儿媳郑氏抱着上官家唯一的后代——年仅1岁的上官婉儿没入掖庭为奴。上官婉儿长大后，她的才华很快在宫人中显露出来。她精通经书史籍，诗词文章也很出色，甚至书法、数术、奕棋等无所不精。上官婉儿的才名传到武则天耳中，武则天召见了她，她的才识见解，以及用一手遒劲的蝇小楷当场一挥而就的诗作，无一不使武则天赞赏，感叹说：“此女才智非凡，赛过须眉！”立即命上官婉儿到身边来当秘书。上官婉儿接到杀父仇人的诏令，憎恨、感激、紧张、恐惧，各种滋味交织心头，真有说不出的烦恼。但是一两年之后，上官婉儿就成了武则天最信任的贴身女官，武则天命她起草并掌管诏令文书，有时还代替武则天裁决朝臣们的奏章。中宗即位后，也十分重视并信任上官婉儿处理政事的才干，仍委任她为自己的秘书。不久，又进封上官婉儿为婕妤，纳作嫔妃。』
神龙二年（706年）十月，洛阳流言四起，说“当今皇后与武三思有通奸行为”，中宗因谣言不息，觉得有失颜面，决定迁回西京长安。这一年秋，中宗立第三子李重俊为太子。韦氏因李重俊不是自己亲生，劝阻过中宗，但中宗在这件事上没有听从韦氏的意见。
武三思的儿媳、中宗和韦后最宠爱的女儿安乐公主李裹儿骄横，而且她有着同母亲一样的性格——争强好胜，野心勃勃。她竟然异想天开地想做“皇太女”，这样将来就能继承皇位做女皇帝。她常常说：“连侍妾出身的阿武尚能做皇帝，我是公主，为什么不能当皇太女？”然而，中宗虽历来对女儿百依百顺，却唯独不肯答应她这个离奇的要求，还是坚持立李重俊为太子。中宗是好丈夫，好父亲，但他却有他最后的尺度，他再溺爱妻子和女儿，却不敢在违背礼法和祖制的路上走得太远。
不过，形势却因安乐公主而起了意想不到的变化。安乐公主对庶出的哥哥李重俊很看不起，她和丈夫武崇训经常辱骂太子，背后都称其为“奴”。李重俊听说安乐公主与武崇训背后骂他小子或是“奴儿”时，怒火中烧，决心也像当年他的祖宗李世民发动玄武门之变一样，诛灭武三思，逼中宗退位。他经过仔细分析，觉得满朝文武中唯有辽阳郡王李多祚（即斩杀武则天内宠张昌宗、张易之的那位）忠诚爽直，值得信赖，便去向李多祚寻求帮助。李多祚为皇室宗族，对武三思的擅权也很愤慨，此时见太子流泪向他倾心诉说，很受感动，决定帮助太子起事。李多祚还联络了部将李思冲、李承况、独狐之等人协助太子。
神龙三年（707年）七月某一天的半夜，太子李重俊和李多祚、李思冲等人假称奉皇帝紧急诏令，率羽林宫300多人袭击武三思的府第。武三思此时正拥着侍妾饮酒作乐，儿子武崇训也陪坐一旁，安乐公主进宫去还没有回来。羽林军一拥而入，见一个杀一个，把武三思父子牵到太子李重俊马前。太子李重俊骂了几声，拔出佩剑刺死二人，又下令杀尽武三思全家。随即命左金吾大将军成王李千里及其儿子天水王李禧分兵把守各处宫门，自己同李多祚一起杀入肃章门，直奔中宗、韦后的寝殿。
中宗与韦后、上官婉儿以及安乐公主等人夜宴方罢，忽见右羽林大将军刘景仁飞奔前来报告，说太子李重俊谋反，已带兵杀入肃章宫。中宗吓得浑身发抖，韦后大骂：“我早说过你这儿子不是个东西，不听我的话，死路一条！”还是上官婉儿镇静，她说：“玄武门坚固可守，请皇上皇后立即登上玄武门楼，一来可暂避杀身之祸，二来可宣布紧急诏命，征调兵马讨逆。”
中宗、韦后便跟着上官婉儿慌慌张张来到玄武门，上了门楼。中宗和韦后都没了主意，上官婉儿老谋深算，便以中宗的名义令刘景仁立即率领在玄武门值夜的一队飞骑百余人，严密守在门楼下，抵御叛兵。这时，李多祚已经领兵来到玄武门，见中宗在门楼上，又有飞骑守卫，不敢贸然行动。
此次事变中，李多祚为人耿直，不敢轻易对中宗无礼，导致目的不坚定明确，当断不断，已经注定了将要失败的结局。
中宗在门楼上斥责李多祚说：“朕待你不薄，为何助太子谋反？”李多祚回答说：“武三思淫乱宫闱，臣等奉太子令，已将武三思父子正法，太子与臣等并无谋反之意，只是请求陛下准许肃清宫闱之乱，臣立即退兵，再向陛下请罪。”一听武三思父子已被杀，韦后、上官婉儿以及安乐公主都大哭起来（野史记载说韦后、上官婉儿都与武三思长期有染）。李多祚又高呼：“上官婕妤勾引武三思入宫，是第一等罪犯，请陛下速速将她交出来！”中宗还没有答话，上官婉儿已是泪水满面，跪在中宗脚下，说道：“臣妾并无这等事，请陛下明察。臣妾死不足惜，只恐叛贼们先是索要臣妾，再索要皇后，最后索要陛下。”中宗一时没有了主意。上官婉儿上前指点了几句，中宗这才向城下大声宣道：“叛军们听着，你们原是朕的亲信宿卫，为何跟从李多祚谋反？若能立时反正，杀死多祚，朕不但不计前罪，还另加封赏，保证你们的荣华富贵！”
羽林军本来以为太子和李多祚是奉诏令起事的，现听到中宗的亲口宣告，方知自己跟着李多祚成了叛逆。各人都有老小家口，未免动心，大家一时沉默。当时，宦官宫闱令杨思勖主动请求出战，先斩杀了李多祚女婿羽林中郎将野呼利，羽林军随即一齐拥向李多祚，将他乱刀砍死。李思冲、李承况等将领也被杀死在乱军中。杨思勖从此以宦官身份为将，以嗜杀善战出名。
太子李重俊带领几十名侍从突围而出，逃向终南山。兵部尚书宗楚客调动兵马，迅速平息了这场叛乱。太子李重俊在终南山树林中休息时，被手下士兵刺死，割下首级献给了朝廷。中宗闻报后，毫不痛惜，反将儿子的首级献入太庙，并奠祭武三思和武崇训的灵柩，甚至还把儿子的首级挂在朝堂示众。对于中宗的这种做法，大臣们既气愤又寒心，但谁也不敢多说什么。李隆基后来的崛起，在很大程度上是受益于堂兄李重俊的失败。
官职卑微的永和县丞宁嘉勖路过长安，见到被悬挂示众的太子李重俊首级，立即脱下自己的衣服，包住首级，伤心得号啕大哭。他哭的不是素昧平生的太子，而是痛心大唐骨肉相残的血腥，伤感动荡不安的局势。此事被宗楚客知道后，立即要求中宗把宁嘉勖流放到岭南。宁嘉勖后在岭南病死。睿宗即位后，追念他“忠义而重名节”。
太子李重俊死后，安乐公主想当皇太女的愿望越发强烈了。她恃宠骄恣，开府置官，“皆出屠贩，纳赀售官”，“侯王柄臣多出其门”。甚至伪造诏敕，掩住文字，让中宗“署可”。
中宗的4个儿子中，长子重润、三子重俊已死，次子重福获罪流放去均州，剩下的幼子重茂，年仅10岁。中宗很想立重茂为皇太子，遭到韦后的反对，她想让安乐公主当上皇太女，对不是自己亲生儿子的李重茂根本不放心。
这时，武三思的门人宗楚客因平叛有功已进位宰相，他有很大的野心，主动讨好韦后与安乐公主，为安乐公主当上女皇帝担任参谋，这样，一旦安乐公主真的当上女皇帝，他便“佐命”有功，可以控制朝廷大权。在宗楚客的指使下，安乐公主与韦后向中宗进谗，说相王李旦和太平公主串通李重俊谋反，想一举铲除相王李旦和太平公主。中宗起初有些相信，命御史中丞萧至忠审查此案。萧至忠先是大哭道：“陛下富有四海，不能容一弟一妹，而使人罗织害之乎？”然后大谈相王当初如何主动地让出帝位，现在决不可能参与夺取帝位的谋逆。中宗深为感动，疑虑这才一扫而光。萧至忠后来因为归附太平公主而被玄宗捕杀。
后来又发生了一些事，使一向对韦后信任的中宗也开始产生了怀疑。先是定州（今河北定县）人郎岌冒死上书，揭发韦后与宗楚客勾结，企图谋反。中宗阅书后还没有任何回应，韦后便走了过来。看见郎岌的上书后，韦后大怒，一定要中宗下令杀死郎岌。中宗只革去了郎岌的官职，命郎岌在家里反省。但韦后却不肯罢休，派人将郎岌活活杖死。
接着，又有许州参军燕钦融上奏：说皇后淫乱，干预国政；安乐公主、武延秀以及宗楚客等人交相勾结，朋比为奸，危害社稷国家，应予以严惩。中宗既感到震惊，不愿意相信，却又心有疑虑，心情之复杂难以言喻。之后，中宗瞒过韦后，将燕钦融悄悄召入宫中，当面质问。燕钦融毫无惧色，揭发了皇后及其他人的丑行，有凭有据。中宗一直沉默不言，过了好半天，才神色惨淡地说了一句：“朕日后再召你进来。”燕钦融退下，从内殿直出，到宫院外时，两厢忽然拥出一帮武士。为首的宰相宗楚客手持敕书，说奉有皇上诏命，立将燕钦融杀死。
事发后，中宗没有责罚宗楚客伪诏一事，但燕钦融所言显然已经影响了他对韦后的信任。中宗总是闷闷不乐，不像平时那样亲近韦后，甚至常常有意无意地躲开她。中宗这样子，不仅使韦后恐慌，连安乐公主也不安起来。母女二人担心地位会发生动摇，商量的结果，竟然定出了一条恶毒的计谋——杀死中宗，由韦后登位做皇帝，立安乐公主为“皇太女”。
历史总是会有一些惊人的相似之处。当年，中宗的父亲高宗，在皇后武则天的挟制下度过了大半生。而中宗也始终受到妻子韦氏软硬兼施的钳制。不同的是，高宗总算是有寿终正寝的结果，中宗就没有那么幸运了。
中宗很喜欢吃饼。一天，他坐在神龙殿批阅奏章，韦后亲手为他做了一笼饼，命宫女送去。中宗取来便吃，越吃越香，竟一连吃了七八个。谁知过了一会儿，他忽然发出一声惨叫，两只手猛抓胸部，倒在榻上翻来滚去。内侍们慌忙入报韦后。等到韦后慢慢走来时，中宗已是两眼翻白，说不出话来了。他瞪着韦后，思维还在回忆。此刻，内心的痛苦远远超过了肉体的痛苦。
他的一生，好日子并不多，他好像也没有什么对不起的人吧？母后那样对他，他也从来没有怨恨过。后来得势，他对武姓也没有大加屠杀，力排众议说：“杀别人可以，武氏之族，系我中表之亲，不可滥杀！”在这个血腥的宫廷中，他是少数几个还念着骨肉亲情的人。然而，对不起他的人却很多，只是最不该的就是眼前这个女人。他又一次地想起了与韦后共患难的日子，他那时候真是一刻也离不开她呀。他是如此感激她的患难真情，所以才会对妻子发誓说：“见天日，当惟卿所欲，不相禁制。”（《资治通鉴·卷二百零八》）这是他发自内心的承诺。他当了皇帝后，确实也是这样做的。他的一生，虽然碌碌无为，但在“信诺”二字上却做得非常好。可惜他如此待她，视他为自己至亲的人，最后竟然是她杀了自己。真是太可悲了。
中宗痛苦地挣扎了一会儿，便咽气了，享年55岁。这个糊涂了一世的皇帝，到死又作了一个尸横灯影的糊涂鬼。
韦后显得非常冷静，她一面指挥宫女们料理中宗的尸身，一面严令左右，任何人不得走漏皇帝暴崩的消息。然后，她假传中宗命令，让韦氏子弟掌握的禁军，分兵把守长安各城门，另派一支军队前往均州，阻止被贬的中宗次子李重福入长安。一切布置停当后，她才发出丧报，在中宗的梓宫前，立中宗幼子李重茂为皇帝，尊韦后为太后，临朝称制。于是，韦后变成了另一个武则天。
这时，武则天的第四子相王李旦和女儿太平公主已经成为韦后称帝专权的最大障碍。�