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李应试也深表赞同，并献离间之计道：“可遣冯仲缨别使加藤清正，使他与行长两虎争斗，此为上策。”但李如松此时方恨袁黄，只准议和，不予采纳。当下派人将箭书送达宋应昌处，并道：“倭贼有退兵之意，意欲归还二王子及陪臣。如若及时送还王子，则我师可以全师渡江。”
宋应昌见说，自度明军兵势既微，形势又不利。如果能假此退贼，也可算是不战而屈人之兵。于是上疏朝廷，禀明此事。
这边倭军自射去箭书后，如石沉海，多日不见回音。而明军又时时添兵进饷于开城，不断运来虎蹲等炮及战车列于江上，声势日张。驻师龙山的小西行长见倭军渐陷入进退两难的困境，开始又想起了老朋友沈惟敬，便给他写信，恳求封贡东归。
在明军主战派激情高涨时遭到冷落的沈惟敬，接到小西行长密书，暗想这下又轮到他来出头了，于是兴冲冲地赍书信向宋应昌汇报。
恰好此时宋应昌得到朝廷回复，同意议款，现得沈惟敬来报，自然满心喜欢。兵部尚书石星又特地指定沈惟敬专主款事。
三月十五日，宋应昌派遣游击周弘谟偕同沈惟敬前往龙山议款。临行，交待道：“此间和议，你既专主，我不当欺朝鲜，也不敢诬朝廷。你必须率策士五人，领倭众归日本，受关白降书以来。我得降书，然后转奏，请旨封关白为王，使之进贡，勿令误事。”沈惟敬唯唯领命而去。
明倭议和，自然遭到了以倭人为不共戴天之仇的朝鲜君臣的极力反对。沈惟敬兴冲冲地自平壤驰来，金命元对他道：“倭贼忿平壤之败，必有不善之意，何可更入？”沈惟敬答道：“倭贼自不速退，故而惨败，与我何关？”当下不听劝告，与周弘谟等自江华坐船往龙山。
到了龙山，小西行长等将众人迎到船上。沈惟敬寒暄一阵，随即递上宋应昌谕帖。
小西行长接过展开一看，但见内云：“汝等果能涤志湔非，尽还朝鲜故土，并还两王嗣及陪臣等，归报关白，上章谢罪，本部即当奏题，封尔关白为日本国王。”
小西行长读罢，惩于平壤被诈之前车之鉴，一时半信半疑。正沉吟不决间，沈惟敬对他密语道：“天朝以你们逾期而不退兵，故而发兵攻破平壤，以示天威。你们如果依遵前约，诚心归顺，天朝岂必穷兵剪灭？今二赞画统兵四十万，一抵鸟岭断你归路，一拒汉江阻你粮道；宋经略、李提督又亲统三十万之众，今将抵达，届时即欲撤兵也不可得了。我在平壤和你情熟，不忍不言而已。你们如果归还王子、陪臣，敛兵南还，则封事可成，而且两国无战争之祸，岂不俱便？”
小西行长闻言胆怯，便和宇喜多秀家商议对策。其时军监增田、石田等久滞异地，思归心切，故而喜闻沈惟敬所言。
行长素为倭军主和派，但鉴于平壤之被诈，还想固守王京，拘留王子，待封贡停当，然后再退。但宇喜多秀家及石田三成、增田长盛、小早川隆景等均以为不可，即与诸营将三十七人来谢，初步约定：以四月八日为期，倭军撤出王京，送还二王子及陪臣，明军也撤出朝鲜，并遣使去名护屋会见丰臣秀吉。
沈惟敬满口答应，并对行长道：“还朝鲜二王子，倭兵撤离王城归朝，然后李如松也各班师。”然后告辞回平壤向宋应昌、李如松汇报。
宋应昌得报，随即以参将谢用梓、游击徐一贯等伪称明朝使节，给旗牌带百余随从，偕同沈惟敬至王京，监督倭军南撤。李如松也应倭军要求，约束明、朝军乘机尾袭，于四月初八日重新进驻开城。
倭兵于是在汉江搭造浮桥，将京城龙山遗米二万石付于明将沈思贤，开始准备撤退之事。
（四）明、朝争议
在朝鲜抗倭的日子里，李如松与柳成龙、李德馨等结下了深厚的情谊。当朝鲜王李昖及柳成龙、李德馨等人闻听自己所倚重的明朝大将李如松竟同意议和时，十分震惊。
李如松回开城后，柳成龙、金命元向他呈文，极言和好非计，不如进击。李如松批示道：“此先得我心之所同然者。”然而已是无意听用。李昖也累次差人请求进兵。李如松干脆推说自己受经略节制，不能任意行动，仍旧按兵不动。
朝鲜君臣无可奈何，只能是通过多方渠道争取。
一日，李如松接见接伴使李德馨，出示赤壁图。
李德馨览罢，随即作诗一首进上。诗云：
“胜负分明一局棋，兵家最忌是迟疑。
须知赤壁无前绩，只在将军斫案时。”
李如松读后，知道他有规讽之意，默然良久。
李如松又派游击周弘谟前往倭营。过坡州，柳成龙、金命元恰好在权栗阵中。周弘谟驰入阵中，命柳成龙以下入参旗牌。柳成龙道：“此是入倭营旗牌，我辈何为参拜？且有宋侍郞禁杀贼兵牌文，更是不可承受。”周弘谟强之三四，二人不答，顾自骑马回东坡。
周弘谟派人向李如松报告此事。李如松勃然大怒道：“旗牌乃是皇命。即使如鞑子之狞顽，见之也辄参拜，他们何故不拜啊？我先行军法，然后回军！”接伴使李德馨得讯，急忙报于柳成龙道：“明日不可不来谢罪。”
次日，柳成龙、金命元急急赶往开城府，诣门通名，意欲谢罪。李如松怒而不见。金命元想要退下，柳成龙忙止住他道：“提督应该是要试探我们，姑且待之。”其时小雨霏霏，二人拱手立于门外。
一会儿，李如松派人进进出出，暗中观察。见两人衣服尽湿，不由得心软了，即予召入。
二人领命，立于庭中。李如松立于堂上。二人就前行礼，谢罪道：“小的等虽然甚为愚劣，岂不知旗牌为可敬？只因旗牌傍有牌文，不许我国人杀贼。私心窃痛，不敢参拜，罪无所逃。”
李如松这才知道二人不拜旗牌的缘由，不由起惺惺相惜之意，转嗔作笑道：“此言甚是。牌文乃宋侍郞令，不关我事。”转而又道：“此间流言很多。侍郞如果听说陪臣不参旗牌，我容忍而不问，则必并责我。必须作呈文，略辨事情以求解脱。侍郞若有问起，我以此辨解；不问则置之。”二人拜辞而退，依所言作呈文，此事遂不了了之。
自此李如松遣人往来倭营，相续不绝。
又一日柳成龙、金命元前往拜见李如松，回归东坡。到天寿亭前，遇见査大受家丁李庆自东坡入开城，马上相揖而过。谁知到了招贤里，却有明军三骑自后驰来，当先一人喝问：“体察使安在？”柳成龙应声道：“我是也。”那人随即叱柳成龙回马。另一人手持铁锁，以长鞭乱捶柳成龙坐骑道：“走走。”柳成龙不知何故，只得跟着回马向开城而去。那人从马后挥鞭不已。随从都跟丢了，只有军官金霁、从事官辛庆晋极力追随。
过了靑郊驿，将到土城隅，又有一骑自城内驰出，对着三骑说了几句。三骑于是朝柳成龙拱拱手道：“可以去了。”柳成龙如坠云里雾里，不知所由而回。
次日，李德馨赶来相告，这才知道其间曲折。
原来，李如松所信任的家丁自外入内，向他禀报道：“柳体察使不欲讲和。全部撤去临津船只，勿令通使于倭营。”李如松闻报大怒，传令军士前往锁拿柳成龙，准备将他捆打四十。
军卒领命而去，柳如龙尚未拿到，李如松怒火未息，愤目圆睁，奋臂而举，时坐时起，左右尽皆股栗。
不一会，查大受家丁李庆来到。李如松急急问临津有船否。李庆答道：“船只往来无阻。”李如松大惊，急忙派人止住追捕柳成龙的军卒。又以家丁妄言，将他痛打数百，直至气绝拖出。同时又悔其错怪柳成龙，对人道：“假若体察使来到，我当何以处之呵。”
原来李如松常说柳成龙不肯和议，素有不平之心，故而才闻人言，也不详加省察，即暴怒如此。明倭最终还是谈成了和议，而倭军也因此退出了王京。
（五）南、北人之争
这段日子，对于李如松来说倒是颇为难过的了。除了明朝与朝鲜在对日和议一事上的分歧，明军内部还出现了南、北兵之争，让李如松颇有些焦头烂额。
原来，明军有南兵与北兵之分。南兵主要来自江浙一带，北兵则主要来自蓟辽。北兵多骑兵，善骑射；南兵多步兵，善火器。南兵素有抗倭传统，得戚继光阵法，然而必以马兵为声援。北兵在御虏方面功劳卓著，但抗倭经验不如南兵。因此，明军南兵北兵本来是相辅相成。
造成南北兵之争的，首先的责任在于主帅李如松。
李如松虽然智勇双全，有古大将之风，但用军打仗，评议功勋，多偏袒北兵而压制南兵。平壤大捷明明是浙兵先登，李如松却以老乡张世爵为首功，且多表北兵之功。于是，南兵不服，暗地里都骂李如松为“松鞑子”。吴惟忠、骆尚志、王必迪等功高劳苦，十分不平。事闻朝内，一度有人建议以南兵受节制于北将，准备于南兵别出元帅以领其军。
明朝历来是以文臣出掌军务，武将地位在文臣之下。但是，李如松家族世代镇守辽东，手握重兵，素不把经略宋应昌放在眼里。临战则与在宁夏时相似，每每自有主见，不愿听经略调度。两人因此渐生不和。经略宋应昌、赞画袁黄皆为浙江人，而提督李如松则是辽东人。军中之事，则多由南兵密通于宋应昌。
因此，南北兵之争又转为南北人之争，或称经略提督之争。
南兵军内同时传播流言：平壤之役北兵多斩首级，是因为南兵奉军令不割级，辽兵则于事先杀死无辜朝鲜人，将其剃发斩头冒充倭寇首级藏匿，事后出示报功。
关于明兵割朝鲜人充级之事，数万大军，难免莨莠这齐，或许有少数败类行其事，但肯定也有夸大之处。如倭军中就有大量朝鲜胁从者，难免在战争中被杀。李如松就曾对朝鲜陪臣道：“京城之贼不过八九千，而其余万余皆是你国之投倭者。拒战之时，射伤我之家丁及马匹，都是你国之箭。临阵斩级，大半有头发。”以朝鲜人充级的谣言或许就是这么一回事。
在这方面，袁黄是站在南人一边的。他听到流言，信以为真，便指责李如松道：“老爷何故做出如此之事呢？”李如松攘臂大叱，怒道：“可恶老和尚，何处得闻此话？”袁黄道：“这是公论。”二人不欢而散。
事后，袁黄下人对朝鲜陪臣道：“主事同年二百余人分布在台阁，此言必闻之，闻之则大事必生。”
果然，不久后风声传到朝廷。山东都御史周维韩、吏科给事中杨廷兰等随即上疏，以为平壤之捷，斩级千余，半为朝鲜之人；焚溺万余，尽朝鲜之民。李如松上疏自辨道：“臣率诸将歃血誓众，奉令惟勤。朝鲜国王焚香祸天，而移咨谢臣。朝鲜人臣焚香满道而叩首谢臣。假使臣杀其子弟，戮其父兄，彼将以仇关白者仇之矣，尚肯感臣而谢耶？昔乐羊伐中山，谤书盈箧；马援平交趾，谗者接踵。古之名将且然，何独顽钝稚鲁如臣耶？”
万历帝于是派布政使韩取善、巡抚周维翰等前往平壤查勘真伪，且令朝鲜据实以闻。
朝鲜王急忙尽一切所能为李如松辩诬，并派陪臣到北京呈送咨文道：即使如混乱扰攘的战时，李提督也命令必须先把我国男女老少挑拣出来，共活千余人。小邦屡请督进，李提督则因怜悯小邦生灵，挂起免死白旗，招降胁从。他又常告诫部卒，不许擅自砍杀。小邦虽然如此不堪，如何忍心自陷于欺骗皇帝之罪名呢？
如此一来，袁黄倒是满身是口也辨解不清了，只得承认所闻之误，向北将叩头谢罪。李如松犹不解恨，上疏参劾袁黄十大罪。终致他中察典，革职回乡。
这便是南、北人之争及经略、提督之争背景下的结果。
袁黄被罢后，南、北人之争并未就此结束。因论功不均，李如松遂为南兵所恶。尽管此时李如松作出诸多努力意欲缝补，然而已是无济于事了。
（六）倭军弃王京
倭兵据王京二年。锋陷所被，千里萧然。百姓不得耕种，饿死殆尽。倭酋愤于平壤之败，又怀疑京中人或有内应者，尽数搜出京中民众。自钟楼至汉江，列坐数万人。拔长刀，无论男女，以次斩杀。既屠鲜民，又焚烧公私闾舍殆尽。城中余民，闻柳成龙在东坡，扶老携幼，担负来投者不计其数。
然而倭军前有明朝大军，后有蜂起的朝鲜义兵，所守空有其地，人民逃者十之八九，粮草被焚，兵士多病，其处境已是岌岌可危，撤兵不过是其较为体面的一着而已。
四月十九日，宇喜多秀家终于被迫率三十七营撤离王京，