朱元璋军队乘胜之下，吓得陈友谅太平守军也无斗志，慌忙遁去。朱元璋收复了太平城。
汲取上次太平城西南临姑溪水道的经验教训，常遇春派人改筑城墙，往后移二十余步重筑，以免敌方巨舰可以直泊城头。
胡大海方面进展也不错，攻取信州。
有了这次大胜，朱元璋声名赫赫，被小明王封为吴国公。老朱并未见好就收，很快占据了长江上流要地安庆。安庆本来是陈友谅手下勇将赵普胜坚守，由于此人被老陈诱杀，将领皆有怨心，赵普胜手下将张志雄向朱元璋投降，尽告安庆城守详情，带着朱元璋军队一举攻克安庆。但不久，陈友谅手下大将张定边率军突袭，又把安庆夺回。
1361年，朱元璋觉得火候差不多，决定亲征陈友谅。
他亲乘巨舰，自率水师进攻安庆。安庆城坚，数攻不下。刘基进言，要朱元璋舍安庆不取，直接进攻陈友谅的老窝江州。朱元璋从之，立刻率兵西上。
经小孤山时，陈友谅大将傅友德、丁普郎主动率部投降。朱元璋早闻傅友德的勇名，大喜过望，立刻把他擢为大将，派他去江西招谕诸郡归附。
由于朱元璋行动迅速，陈友谅根本不知道对方径来江州施行攻击。
忽然之间，陈友谅发现朱元璋大型水师舰队在江州城外江面上密麻麻一大片，真如神兵天降。老陈仓猝间不能成军，只得携妻子率亲随逃奔武昌。苦心经营几年的老根据地，一朝为朱元璋所据。
大军乘胜，攻克蕲州、黄州、兴国、黄梅、广济等地。不仅如此，形势逼人之下，为陈友谅守南昌的胡廷瑞见风使舵，派人向朱元璋约降。不废吹灰之力，南昌又入版图。虽然后来小有反复，南昌仍为朱元璋牢牢掌握。
此时此刻，陈友谅与朱元璋掉了位置。朱元璋一方咄咄逼人，陈友谅频频招架，疆域日蹙。
愤恨之下，陈友谅大整水军，命人制作上千艘巨舰，皆高数丈，丹漆涂饰，上下三屋，每层可以驰马，又置马栅于其间。楼船巨大，骇人心目，可称是古代版航空母舰。更惊人的是，陈友谅巨船皆以铁皮包裹，极其坚实。他纠结六十万兵（不一定有这么多，但怎么也有四十万），尽载其家属官员，空国而来，直冲南昌，准备先拿下这一重城。
可见，陈友谅毕竟一鲁莽汉，净爱干孤注一掷的事情。
鄱阳湖大战，即将开始。
陈友谅轻躁，大军甫出，却径自去南昌，想攻陷此城。
当时的南昌守将，乃朱元璋亲侄朱文正和心腹大将邓愈。朱文正派出各将校分守南昌各门后，自提两千精兵，往来指挥、策应。
陈友谅相中了看似容易进攻的抚州门，亲自指挥兵士进攻，并立于船上督战。守抚州门的正是猛将邓愈。汉兵准备很充分，各人手举箕状竹盾牌，矢石不能伤，加上威胁巨大的撞墙机，一下子撞毁城墙二十余丈，汉兵呐喊涌上。
关键时刻，邓愈守军一排人从墙后忽然站起，个个手持火铳，枪声响处，冲在前排的汉兵全被打倒。如果是箭弩，威力即使比火铳大，也吓不住汉兵。眼见敌人手持喷火冒烟的怪家伙，声音震耳欲聋，汉兵很少有人见过这东西，登时胆落，屁滚尿流而去。其实，火器早在南宋对完颜之水军作战时就第一次使用。宋元更迭之际，忽必烈把这些东西发扬光大。火铳之物，发明制作于元朝中后期，战争中使用得并不多。江南多巧匠，朱元璋属下大将邓愈脑子活，先人一步，把这些“玩物”用在战争之中，效果惊人。倘无此物，南昌城当时就会陷落。
一顿狂轰后，陈友谅督战队斩杀汉兵数人，剩下的活人咬咬牙，又重新冲向城边。守城兵士在城门处和城墙倒塌处一直争竖木栅，汉兵争先恐后攻击，朱文正督诸将死战，且战且筑，连夜把被撞毁的城墙又重新修整完毕。
酷战之中，南昌城内李继先、牛海龙等数名将领皆战死。
见抚州门难以遽破，陈友谅督军转攻新城门。守城猛将薛显更出人意料，率领锐卒突然先发制人，守城部队大开城门，首先向汉军发动进攻。陈友谅猝不及防，手下平章刘震昭被斩杀，死伤数千人，乃退。
情急之下，陈友谅增修攻具，想破栅后从南昌水关攻入城内。他下达死命令，退后者皆斩，于是汉兵冒死撞冲。
朱文正派兵士手持长槊，隔栅刺杀汉兵。汉兵此次有准备，几个人抱住长槊尖头，死命往回拉，夺槊后，汉兵又发动新一轮猛攻，使得近战中南昌守兵被杀不少。
幸亏朱文正的临时兵工厂就设在栅后，他命令士兵把长槊槊尖放入锻铁的火岸中烧红，再伸出栅外刺敌。汉兵夺槊，一时间皮焦肉烂，哀嚎遍地，终不得进。
陈友谅用尽攻击之术，但城中备御万方，汉军被杀伤严重。
见南昌攻不下，陈友谅分兵陷吉安、临江，把俘虏的几个守将殉于南昌城下，朱文正等人丝毫不为所动。陈友谅恼急，又挥兵猛攻官步、士步二门，朱元璋手下勇将赵德胜中伏弩身亡。
南昌被围攻，内外隔绝，音信不通，朱文正在派遣千户张子明赴建康告急的同时，又派出一名外号“舍命王”的士兵出城诈降，诉称稍缓几日，城内主帅要降。
陈友谅无谋，信以为真，马上缓其攻势。到了约定“投降”日，南昌城上旗帜一新，杀声动天。
陈友谅恨极，命人把诈降的“舍命王”捆在城前碎剐，本来这位爷出来就没想活着回去，不然就不叫“舍命王”了。
当时的朱元璋，正亲自率兵去解救安丰被张士诚攻击的小明王和刘福通。张士诚并非有意和陈友谅相互响应牵诱朱元璋，纯粹的临时性军事行动而已。激战中，刘福通战死，朱元璋赶到，打败了张士诚大将吕珍，“救”了小明王。至此，“皇帝”韩林儿变成老朱手中之物。
张子明报告陈友谅猛攻南昌，朱元璋真吓了一大跳，问：“陈友谅兵势如何？”
张子明答：“陈友谅兵势很盛，但攻城中战死不少。现今江水转涸，很快就不利于巨舟泊行。其师出已久，兵粮马上也会成问题。如果有援兵至，里外夹攻，必可破敌！”
朱元璋沉吟片刻，对张子明说：“你回去告诉文正，让他再坚守一个月，我将亲自率兵前往破敌！”
张子明得命而还。行至湖口，被陈友谅巡逻兵抓住。
陈友谅亲自审问，说：“如能为我诱降，不仅不杀你，高官厚爵任你选。”
张子明假装答应。
转天，汉军押张子明至南昌城下，守城将士皆凭城往下观望。
张子明站定，仰头高呼道：“主上令诸公坚守，大军马上就来！”
朱文正等人闻言，守志益坚。狂怒之下，陈友谅又在阵前剐杀张子明。
朱元璋调兵遣将，他立命正围攻庐州的徐达、常遇春还兵，共集水陆兵二十万，与自己一起共征南昌。
进至湖口后，朱元璋先遣一万军屯于泾江口，又派一军屯于南湖嘴，准备一战全歼这个宿敌。
至此，陈友谅整整包围南昌八十五天，虽杀掉朱元璋十四员大将，仍未能克坚城。
听闻朱元璋亲自来战，他马上解围，掉头杀出鄱阳湖，前来迎战。
朱元璋胸有成算，他率水军自松门入鄱阳湖，扬帆而来，与陈友谅军在康郎山附近相遇。
当时，乍从水军的阵容看上去，汉军占有明显优势，其巨舰高大威猛，铁皮闪烁黑光，虎虎逼人。
朱元璋仔细观察后，对诸将说：“彼巨舟首尾相联，不利进退，可破也！”于是，老朱命已方舟师列为二十队，其间以小船遍载火器弓弩，告诫诸将说：“接近敌船后，先发火器，再发弓弩，舟船相接后，则以短兵击之！”
由此，鄱阳湖大战拉开序幕。
徐达、常遇春、廖永忠等人先发，驱船直逼敌人巨舰薄战。徐达表现最出色，他身先士卒，击败汉军前锋，杀敌一千五百人，并俘获汉军巨舰一艘，使得军声大震。
首战告捷，对于朱元璋一方军士的心理来讲起了真正的鼓舞作用。大将俞通海乘风发射火炮，又一举焚毁汉军巨舰二十艘，汉兵被杀被溺一万多，不少人身上着火在水中扑腾。
当然，汉军并不示弱，以巨舟逼近，箭弩齐发，朱元璋手下两位元帅即当即战死。而且，汉兵船高，先施火攻，居高临下扔火把，连徐达的指挥船也被烧着。徐达临危不惧，边扑火边指挥，奋战得免。
陈友谅手下骁将张定边有勇有谋，他看见朱元璋的指挥舰居中，立刻率几只巨舰直扑而来。
朱元璋心慌，掉头避逃时慌不择路，在近岸处搁浅。汉军一围而上，数艘巨舰及几千兵士包拢过来。
朱元璋手下猛将程国胜和陈兆先冒死抵抗，四跃奋击。情急之下，牙将韩成跪告朱元璋说：“古人言杀身成仁，臣不敢爱其死”，言毕，他穿上朱元璋本人的冠服，面对密麻麻进攻的汉军大叫一声，投水而死。
汉军见“朱元璋”投水自杀，喜跃高呼。消息传出，围攻之势稍缓，不少兵将开始把注意力放在打捞“朱元璋”的尸体方面，准备捞上后剁成数块向陈友谅请功。
混战之间，朱元璋指挥舰上大将陈兆先和宋贵皆战死。
危急时刻，常遇春指挥船队逼近敌将张定边巨舰，一箭射中正站在前甲板指挥的张定边，使得他本人的指挥舰不得不后撤。
俞通海闻朱元璋被围，也红了眼，他从水战中抽出数艘船，一直冲向朱元璋的指挥舰，连挤带撞，终于把大船从沙中撞动，重新返入深水之中，老朱躲过一大劫。
俞通海小船，复为敌人巨舰所压，士兵们以头抵舰，兜鍪尽裂，才逃过一劫。
俞通海救了朱元璋后，与廖永忠一起乘轻舸小船追击败走的张定边，边追边放箭，致使张定边身上中箭百余，完全成了一个刺猬，倒在甲板之上。
见天色已晚，朱元璋定定心神，鸣金收兵，召集诸将议事，总结首战一日的经验。为防止张士诚乘虚入寇，朱元璋命令徐达率一支部队回防建康。
转日，朱元璋亲自布阵，与陈友谅重新交手。
陈友谅急红眼，下令把所有巨舟接连锁串在一起为水中巨阵，旌旗楼橹，望之如山。壮观是壮观，老陈忘了“火烧赤壁”的故事。三国故事在元末成型，四处开讲，比现在《百家讲坛》还热闹，陈友谅以前应该在哪个场子中听哪位说书的白话过。
战事紧急，老陈很可能早忘了那些评话。他忘了，朱元璋没忘。
也甭说，面对如此水中浮荡的巨舰城，朱元璋船队短小简陋，仰攻多却，似乎面对铜墙铁壁。
朱元璋怒恼，立刻下令斩杀退却的队长十多名，但仍然止不住退势。
正当朱元璋声嘶力竭下令杀人的当口儿，大将郭兴进言：“不是我方将士不用命，敌人舟船太高大，我认为一定要火攻才行。”
这句话提醒了听过《三国》的朱元璋，他马上命常遇春等人分别调集七艘渔船，载满芦苇秆柴，以火药填充其间，等待时机投入战场。
待东北风起，时机成熟，朱元璋命士兵捆扎稻草人在七艘渔船上直立，衣以甲胄战盔，持矛在手，伪装成兵士的样子。然后，他分募敢死士卒伏于船中划船。这样，陈友谅军士以为来船是普通战船，没有太多防备。
时值黄昏，七艘渔船竟然趁乱驶入汉军巨舰近前。敢死士卒乘风纵火，风急火烈，须臾之间已经冲撞到汉军舰队内，猛烈燃烧。火势迅急，数百艘船一齐着火。燔焰涨天，湖水尽赤，汉军死者大半，多数是被烧死。
这一把大火，烧死陈友谅两个弟弟陈友仁、陈友贵及大将陈普略。特别是陈友仁，号称“五王”，此人眇一目，多智数，骁勇善战。他的死亡，对陈友谅军产生了极大的心理打击。当然，朱元璋军损失也不少，丁普郎等数员大将也战死。
第三天，双方又各集众大战。
汉军虽然损失惨重，战斗力仍旧不弱于朱元璋军，双方在湖上进行殊死搏斗。
文士刘基在朱元璋船上东走西望，一直不闲着，他忽然大叫“难星过，马上换船！”拉起老朱就跳上另外一艘船，甫坐未定，老朱原来所乘大船立刻被炮石击毁。
刘基也是装神弄鬼，大白天哪里能见到“难星”，无非是观察到有敌船的大炮在向帅舰瞄准而已。虽如此，精神暗示作用很大，朱元璋及其手下均觉得有“诸葛亮”大仙在船上，勇气百倍。
陈友谅乘高，见朱元璋指挥舰被击碎，高兴得大叫。俄顷，见帅旗高悬，朱元璋又出现在船头指挥，汉军将领皆相顾失色。
廖永忠、俞通海等人率六只战船深入，汉军联大舰拒战，波浪翻滚下，小船一下子看不到踪影。有顷，六舟旋绕汉军而出，势如游龙。朱元璋诸将见之，勇气百倍，呼声动天地。
打仗打的就是精气神，精神原子弹一爆发，想不胜也难。就这样，朱元璋军队以小打大，