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林清华的日子不好过，郑森的日子就更难过了，因为快枪和子弹来源的断绝，他向南洋一带的进攻势头开始减弱，虽然他靠着几个投奔他的快枪场工匠的帮助建立了几座快枪场，但是，由于快枪所需子弹的生产工艺被林清华严格的保密着，所以，那些仿造出来的快枪只不过是摆摆样子而已，在无法得到足够弹药供应的情况下，这些仿造的快枪根本无法正常使用。而且，由于他的商人无法得到足够的茶叶、瓷器、丝绸，因此，他的贸易收入也下降了很多，这让他很是恼火。
更让郑森感到烦恼的是，林清华在江南一带不停的修建堡垒，虽然那花去了林清华大量的金钱，
但他仍乐此不疲，那些水泥砖石建筑的堡垒，就象是一个个卡在郑森嗓子里的刺一样，让他食不下咽，寝不安枕。虽然他也在江南一带建了一些堡垒，但是那些堡垒与林清华建的堡垒相比较起来就好比是那竹篱笆一样不堪一击，尤其是镇虏军所装备的大炮，更是那些堡垒致命的克星，见到镇虏军中的大炮越来越多，威力越来越大，郑森只能是望炮兴叹了，他除了甩出更多的金钱用来加固自己的堡垒之外，已经再也想不出别的办法了。
由于两人之间的隔阂，他们的分歧也越来越大，先是在朝廷政务的处理上无法取得一致，接着便又在南京城的治安管理问题上纠缠不清，到了最后，他们干脆分道扬镳，将南京城一分为二，林清华管东部，而郑森管西部，两人各把自己的巡逻队撤回，井水不犯河水，各自治理着自己地盘上的事情，而那些原本表面上还是一体的朝廷官员们也分成了两班，一班随着郑森常驻西帅府，而另一班则随着林清华常驻东帅府，这样一来，朝廷就真正分成了东西两派，隐隐形成对峙之势。更为重要的是，两个元帅府的保卫力量更是加强到了无以复加的程度，在这皇宫一带的小小地域里，竟然驻扎着近十五万军队，搞得风声鹤唳，气氛相当紧张，若是再加上双方在江南一带驻扎的军队，整个明朝差不多一半的军队集中在这里，这严重牵制了双方的力量，不仅林清华无法全力向北经营，而且郑森也放慢了进攻南洋的进度。
当然了，在这种对峙下，郑森是明显处于下风的，这是由于，不仅他的陆军少，而且大炮更是少的可怜，无法对镇虏军炮兵形成有效制约，所以，他是不敢住在南京城里的，他的居所位于南京下游十余里的船上，由他的舰队保护他的安全。
既然形势很紧张，那么林清华自然也不能大意，除了加强府邸一带的防守之外，他还特意在府里挖了坚固的底下室，地下室顶上那厚达六尺的水泥钢筋层足以保证他的安全。
林清华不愿意离开南京城的原因除了想向郑森表达自己的坚定立场之外，还有一个原因，那就是就近控制朝廷里的两个皇帝。
虽然林清华与郑森已经分道扬镳，但是对于皇宫里的那两位天子，他们都没有把其挪到外面去的意思，还是与以前一样，皇宫由两人的卫队负责保护，而伺候两位天子的太监也是两人共同招募，由于已经有一年多的时间两人没有再在皇宫里上过早朝，因此，
那两位天子倒显得有些自在了，他们两人除了每日领着太监和自己的妃子们在后花园里赏花看雪之外，就只剩下研究房中术的兴趣了。
在这过去的两年多的时间里，林清华不仅巩固了他的那些地盘，而且还成功的逼降了云南的土霸王沙定洲，大半个云南和整个广西已经落到了他的手里，除了一些还在负隅顽抗的云南小土司之外，云南已经成为了一块新的财源重地，不仅井盐源源不断的输出，而且气候炎热、人烟稀少的云南还成为了一块新的屯田之地，那些淮河水灾的难民被林清华分批送往云南，在那里定居下来，此举不仅解决了难民们的吃饭问题，而且由于他们都是按照军事编制组织起来的，并组建了民兵师，因此，云南将不再是一块山高皇帝远的地方。
南边的战事渐渐接近尾声，而北边的战事却仍然没有结束。
清军在与镇虏军争夺山西的过程中损失很大，不得已，他们只好放弃了山西，退守直隶，做困兽之斗。
当马满原率领的骑兵部队在鲁南平原再一次沉重打击了清军骑兵之后，山东也告光复。本来他的部下是想挟胜利之威一鼓做气拿下直隶的，但是林清华却另有打算，他命令部队停止继续攻击直隶一带的清军，转而经营蒙古草原。
在他的命令下，平定云南的部队被大量调到北方，山西镇虏军人数增加到了近十万人，他们按照林清华的安排，分成三支部队，轮换前往蒙古草原作战，由于合理的安排，因此，在漠南蒙古草原上，镇虏军始终保持着至少三万人的作战力量，与他们一同作战的还有由河西回回骑兵整编而成的一个骑兵师，同时还有从青藏高原征募而来的五千蒙古和硕特部骑兵，他们由固始汗的一个儿子统率，协助镇虏军征服漠南草原上的各蒙古部落，逼迫他们与满清断绝一切关系，并向林清华称臣纳贡。
由于双方不仅力量悬殊，而且由于镇虏军武器先进，力量集中，进攻目的明确，因此，当那些各怀鬼胎、一盘散沙的蒙古王爷们看见自己部下的那些骑兵被镇虏军打得象炸了圈的羊一样四处乱跑的时候，当他们看到那些前来支援他们但却也被镇虏军打得狼狈不堪的清军的时候，他们不得不冷静的衡量一下自己的实力，在与和硕特部的使者交谈之后，他们大多选择了改换门廷，向林清华臣服，与满清断绝来往，并将他们的儿子送到武昌，与和硕特部未来的首领一同在林清华派来的老师的教导下学习汉语与汉字。
对于那些不肯臣服的蒙古部落，林清华采取的是以夷制夷的策略，他向那些已经臣服自己的蒙古王爷许诺，谁打败了那些不肯臣服的漠南蒙古部落，那么那个部落的一切东西就归谁所有。在这种诱惑下，蒙古王爷们纷纷联合起来，主动进攻那些尚未臣服的部落，由于镇虏军骑兵部队的协助，战争在很短的时间里就结束了，当今年秋天到来的时候，漠南蒙古已经被林清华统一起来，而那些得到了好处的蒙古王爷们则将大量的马匹进献给林清华，并用更多的牛、羊、马匹换走他们所需要的食盐、茶叶、丝绸，这在一定程度上缓解了林清华的财政压力，并使农民得到了足够多的耕牛，促进了农业生产的恢复。
在技术上，林清华辖下工场出现了一些新的气象，在那些经验丰富的工匠们与那些刚刚从高等学堂技术学院毕业的理论知识扎实的技术人员们的合作下，蒸汽机研制工作取得重大进展，他们采用先铆再焊的方法，成功的制出了第一台耐压锅炉，为了防止其爆炸，他们还在外面又加了一层铆接起来的钢板，虽然看起来很笨重，但是以目前的工艺水平，能做到这一步就相当不错了。
在技术人员们的不懈努力下，在第一台耐压锅炉制造出来两个月后，林清华的第一台蒸汽机成功的连续运转了两天两夜，在利用这台蒸汽机带动一架新式铣床将一根粗钢管拉出十五条膛线以后，主管蒸汽机研制工作的宋应星宣布实验取得了成功。
对于这个进步，林清华是非常高兴的，虽然他曾在这其中点拨了一下，画了几张想象图，但是大部分工作都是那些技术学院的毕业生们完成的，这表明，他的高等教育体制开始结出硕果，中国的技术将逐步取得理论知识与实践经验的真正统一。
蒸汽机研制出来以后，林清华不敢怠慢，立刻命令宋应星全力投入到机械制造技术的改造上来，将那些水力机械卖给私人工场，而用卖得的钱发展蒸汽工业，当然了，这些事情不是一步到位的，必须慢慢来，一步一个脚印的走，因为林清华可不愿意耽误自己的军事工业，毕竟镇虏军的军火需求是相当大的。
与此同时，林清华还命令青衫社协助工场技术人员，秘密制造一种全身铁甲的内河战舰，他并不指望能够一口吃个胖子，他现在需要的是用这种方法开拓技术人员的眼界，并积累他们的经验，为下一步的打算做好准备。
想到这里，林清华马上又拿起一张空白公文，在那上面写下嘉奖令，宣布立即颁发给对研制蒸汽机有功的四名技术人员每人一枚“公输班勋章”，并奖励每人一万圆，而其他的一些辅助人员也每人奖励五百至一千圆。
此时，书房门外响起一个声音，“元帅，莫不计求见。”
林清华知道应该是莫不计送公文来了，因此便起身将书房门打开。
门一开，林清华却发现门外除了莫不计外，还站着另外两个人，一人为刚从湖广调到南京的黄宗羲，另一人则是青衫社首领洪熙官。
林清华放三人进来，命他们坐下。
莫不计将怀里抱着的一摞公文奏章放在书桌上，随后向林清华禀道：“元帅，这些奏章与公文属下已经处理完了，就等着元帅许可了。”
林清华点头示意莫不计坐下，随后他也坐回书桌边，一边看着那些新送来的公文，一边询问道：“黄先生怎么这么快就到我这里来了？不是说好了让你先休息十天吗？等安顿好了家人，再到我这里来报到。”
黄宗羲恭敬的答道：“回元帅，属下已经将家人安顿好了，拿着元帅的命令，所有的人都不敢怠慢，就连顺天府尹也来帮忙，昨日诸事已毕，所以今日属下便来了。”他顿了一顿，接着又说道：“元帅有什么事情让属下去做，这就快吩咐吧。看到别人都在做事，唯有属下还无所事事，属下心中实在是焦急的很。”
林清华转头看着黄宗羲，说道：“既然这样，那也好，反正这里现在正缺少人手，尤其是象黄先生这样治政经验丰富的人。我把黄先生、顾先生和王先生从湖广调来，为的就是让你们帮我整顿税法，顾先生与王先生先来一步，但湖广暂时还离不开你，所以直到现在才将你调来。黄先生在给我的奏章中说的好，历朝历代都没有将税法理清楚，以至于越来越乱，朝廷收入也越来越少，百姓的负担却越来越重，这才是各朝最最致命的地方。”
黄宗羲点了点头，说道：“遍观历朝历代，很多朝代都是亡在流民手中，而流民从何而来？还不是放下了田产与锄头的农夫？若有口饭吃，他们何以会挺而走险？一旦天下流民太多，那么这天下也就快乱了。黄某多年总是在想这个事情，到底是什么原因使得百姓离开土地？前些日子渐渐想明白了，这一个原因是土地兼并，大的乡绅地主多是一些有权有势的豪门，仗着权势，肆意倾轧升斗小民，小民百姓告官告不过，说理又无处去，只能眼睁睁看着祖辈传下的田产一点一点被人夺去，没了求生之途，软弱一点的去讨饭，最后饿死道边，强横一点的拉帮结伙，或入山林做匪，或进市井为盗，一旦天下大乱，则匪盗摇身一变就可成为流寇，数股大的流寇相互兼并，最终酿成亡国之祸。”
黄宗羲顿了一顿，接着说道：“另外一个原因则是这税法了，多数朝代征收农税并没有那么精细，不按照土地的好坏与否征收，而是定下一个统一的税率，指定征收，而且由于大户人家往往勾结贪官，隐瞒田产，甚至将税赋加在贫苦百姓身上，这样一来，小民百姓负担更重，寻常年景就很难温饱，一旦遇到荒年，就更活不下去了。虽然到了万历朝时，首辅张居正大人曾经试着施行了‘一条鞭法’，严厉的惩处了一批隐瞒田产的大户和官员，暂时使得朝廷税收增多，而且小民百姓的负担也减轻了些。但是，这种局面未能持久，而且由于此法将赋役一律折银征收，这样一来，农人必须先将粮食卖给商人，从商人那里得来银子，然后再用银子纳税，这样，农人就又受了一层商人的盘剥，收入更少。这就出现了个怪圈，虽然朝廷想减轻百姓负担，但是当一段时间过去，百姓身上的负担不仅未能减轻，反而更加沉重，天下不乱才怪。”
林清华略微沉思片刻，随即问道：“那依你之见，有何解决的办法？”
黄宗羲说道：“黄某才思很浅，前几日与顾大人、王大人商议，慢慢的理出个头绪来。依我等看来，百姓负担重，一则是因为官员太多，不仅科举上来的人有，恩荫的、赏功的、世袭的也多，这样一来，官员只会越来越多，而官员的俸禄都是从税银中得�