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据《史记》记载，秦始皇自幼有疾，所以体质较弱。他为人又刚愎自用，事无巨细都要亲自裁决；每日批阅文书一百二十斤，工作极度劳累；加以巡游中七月高温，以上诸因素并发，促使他在途中病发身亡。至于他死于何病，有人认为他死于癫痫。癫痫发作一般分四个时期：起初头晕、胃部不适，继尔突然意识丧失，隔肌痉挛，面色青紫、瞳孔散大、呼吸暂停，然后全身肌肉抽动、口吐白沫，最后数十分钟才能清醒。郭沫若根据《史记？秦始皇本纪》记载“秦王为人蜂准，长目，鸷鸟膺，豺声，少恩而虎狼心……”推测秦始皇幼时患有软骨症，时常患着支气管炎，所以他长大后胸部和鸷鸟一样，声音似豺狼，后来由于政务繁重，引发脑膜炎和癫痫等病症。后来秦始皇渡黄河，癫痈病发作，后脑壳撞在青铜冰鉴上，加重了脑膜炎的病情，人处于昏迷状态；当车赶到沙丘后第二天，赵高、李斯发觉秦始皇已死去多时。
持第二种观点的人从几篇有关秦始皇死亡情况的史书推敲，发现了可疑之处。赵高是一名宦官。他的父母都是秦国的罪人，他的父亲受秦宫刑，母亲是一名官奴婢。赵母在秦宫中生下赵高兄弟几人，都是生而为奴。后来秦始皇听说赵高身强力壮，懂点“狱法”，提拔他为中车府令。赵高在秦始皇病重和死后的种种表现，使人不得不怀疑秦始皇的死与赵高有关。这次出游随从人员主要有赵高、李斯、胡亥等人，上卿蒙毅也在随行之列。蒙毅是蒙恬的亲弟弟，扶苏的亲信，可是当秦始皇在途中病重时，蒙毅被遣返回边关。从突然的人事变动来看，这似乎是赵高等人的计谋。因为蒙恬领兵30万随公子扶苏驻防上郡，从秦始皇的身边遣走蒙毅，也就是去掉了扶苏的耳目；加之赵高曾被蒙毅治罪而判死刑，后后因秦始皇赦免，赵高才恢复官爵，赵高从此对蒙毅恨之入骨，发誓要灭掉蒙氏一族。赵高在秦始皇遣病重时遣走蒙毅，也为自己后来计谋的实施清掉了一块绊脚石。
秦始皇死后，赵高采取了说服胡亥威胁李斯的手法，三人经过一番密谋，假造秦始皇发布诏书，由胡亥继承皇位。同时，还以秦始皇的名义指责扶苏为子不孝、蒙恬为臣不忠，让他们自杀，不得违抗。在得到扶苏自杀的确切消息后，胡亥、赵高、李斯这才命令车队日夜兼程，迅速返回咸阳。为了继续欺骗臣民，车队不敢捷径回咸阳，而是摆出继续出巡的架势，绕道回咸阳。由于暑天高温，秦始皇的尸体已经腐烂发臭。为遮人耳目，胡亥一行命人买了许多鱼装在车上，迷惑大家。到了咸阳后，胡亥继位，是为秦二世，赵高任郎中令，李斯依旧做丞相，但是朝廷的大权实际上落到了赵高手中。赵高阴谋得逞以后，开始对身边的人下毒手。他布下陷阱，把李斯逐步逼上死路，李斯发觉赵高阴谋后，就上书告发赵高。秦二世胡亥不仅偏袒赵高，并且将李斯治罪，最后将李斯腰斩于咸阳。赵高升任丞相，由于他是宦者，可以出入宫禁，特称“中丞相”。
赵高的最终目的是要做皇帝，而他不能支配活的秦始皇，秦始皇第五次出巡途中病重，对他来说是天赐良机，只有在秦始皇死后，他才能假传遗诏，一步一步实施他的计谋。秦始皇是病死还是被害，目前尚无定论，如果是被害，赵高又是如何使秦始皇致死的？
郭沫若曾写过一篇历史小说《秦始皇之死》，曾这样描述秦始皇死时的症状：右耳流关黑血，右耳孔内有一根寸长的铁钉。郭沫若认为这是胡亥害怕夜长梦多，担心赵高、李斯发生动摇而下的毒手，这事李斯和赵高事先也不知道。实际上赵高进行谋害的可能性比胡亥大，因为诏书、玉玺都在赵高手中，继承王位的决定权也掌握在他与李斯手中。而胡亥即使弑父，如果得不到赵高、李斯的配合，不仅得不到王位，反而有杀身之祸。而赵高常随侍在皇帝左右，趁机行事不露痕迹，所以比胡亥方便得多。
然而赵高为什么要谋害秦始皇？主要原因就是赵高唯恐扶苏继承王位。赵高曾对李斯讲：“长子（即扶苏）刚毅而武勇，信人而奋士，即全必用蒙恬为丞相。”如前所述，由于赵高跟蒙恬的关系，赵高对蒙恬、蒙毅恨之入骨，所以他不希望蒙氏尊宠，所以必须阻止扶苏即帝位。但是秦始皇宠爱长子扶苏，只有伺机杀掉秦始皇，才可拥诏立十八子胡亥。秦始皇平时居于深宫，戒备森严，赵高根本无法下手，现在他在旅途中病倒，这真是天赐良机，正如赵高劝胡亥时所说：“狐疑犹豫，后必有悔，断而敢行，鬼神避之，后有成功。”所以他果敢地对重病中的秦始皇下毒手，提前结束其生命，这完全有可能。
那么，赵高是否敢冒着弑君的罪名，去做这风险极大的勾当呢？事实上，赵高的言行已作出了最好的解释。他对胡亥说“臣闻汤武杀其主，在下称义焉，不为不忠。卫君杀其父，而卫国载其往，孔子著之，不为不孝。”赵高不仅有以上弑君议论，而且后来还有弑君的公开行动，当秦二世拜赵高为中丞相后不久，大泽乡陈胜、吴广揭竿而起，燃起农民斗争之火，这时，赵高认为天下已乱，准备篡位称帝。可朝中大臣有多少人能听他摆布，有多少人反对他，他心中没底。于是导演出一出“指鹿为马”的闹剧，准备试一试自己的威信，同时也可以摸清敢于反对他的人。
有一天上朝时，赵高让人牵来一只鹿进入咸阳皇宫，把它献给秦二世，对秦二世说：“陛下，我献给您一匹好马。”秦二世一看，心想：这哪里是马，这分明是一只鹿嘛！便笑着对赵高说：“丞相搞错了，怎么把鹿说成是马呢？”赵高面不改色心不跳地说：“请陛下看清楚，这的确是一匹千里马。”秦二世又看了看那只鹿，将信将疑地说：“马的头上怎么会长角？”赵高一转身，用手指着众大臣，大声说：“陛下如果不信我的话，可以问问众位大臣。”大臣们都被赵高的一派胡言搞得不知所措，当看到赵高脸上露出阴险的笑容，大臣们忽然明白了他的用意。他们当中，有的怕得罪赵高，不敢说实话，只好默默不语；有的讨好赵高，跟着说假话，硬说是马；有的尊重事实，直言为鹿。事后，赵高认为直言为鹿的都是反对他的人，便将他们一一暗害。而对那些在事实面前表示沉默的人，特别是对那些存心说假话而巧于阿谀奉承的小丑，则成了赵高网罗的对象。赵高摸清了底细，不久使派他的女婿咸阳令阎乐率士兵千余人，乔装谎称为盗，闯入望夷宫，逼胡亥自杀，胡亥苦苦求免，阎乐骄横地说：“臣受命于丞相，为天下沫足下。”胡亥无奈，只好自杀身亡。事后，赵高把玉玺佩在自己的身上，欲自立为帝，可是群臣一致反对，他无可奈何，只好立胡亥的侄子子婴为王。从这般逼宫的行径就可以看出，赵高这种心狠手辣的人，他弑君并不为怪。
这种观点认为秦始皇之死，实质上是一场宫廷政变，而这场政变的导演是赵高，而扶苏、蒙恬、蒙毅、李斯、胡亥等就是被他支配的牺牲品。至于赵高怎样使秦始皇致死，这正是历史上的缺页。
是病故还是被害？这两种观点至今尚无定论。不过，人们对解开此谜充满信心。据考察，秦始皇陵没受破坏，秦始皇可能遗体尚在，而且墓中大量的水银形成的水银蒸气对遗体有冷凝防腐作用。待秦始皇陵发掘之时，秦始皇死亡之谜自然而然就可以解开了。
秦始皇“坑儒”之迷
秦始皇统一六国以后，采取了一系列措施加强中央集权。在完成政治上许多举措之后，秦始皇开始了精神上的控制。公元前213年，秦始皇在咸阳宫为儒生大排酒宴。在宴会上，众多儒生围绕着是否实行分封制，发生了激烈的争论。王绾、博士生淳于越等人主张实行分封，而丞相李斯等赞同实行郡县制，并指责淳于越等“不师今而学古”、“道古以害今”。最后秦始皇支持李斯的观点，并采用李斯的“焚书”建议，下令除秦纪（秦国史书）、医药、卜筮、农书以及国家博士所藏《诗》、《书》、百家语之外，凡列国史籍、私人所藏的儒家作品、诸子百家著作和其他典籍，统统焚毁。同时，禁止谈及《诗》、《书》和“以古非今”，违者定当严惩乃至判死罪。
秦始皇称帝以后，力求长生不老，先后派徐福、侯生、卢生等人寻求仙药。侯生与卢生当初是秦始皇身边的方士，长期为秦始皇求仙人和仙药，却始终没有找到。依照秦朝法律，求不到仙药就会被处死。于是，侯生、卢生悄悄地远走他乡。这使秦始皇十分恼怒，于是下令对所有在咸阳的方士进行审查讯问，欲查出侯生、卢生两人。秦始皇最后把圈定的460余人，都在咸阳挖坑活埋。
这就是秦始皇的“焚书坑儒”，这是一段非常残酷的历史。史籍对此多有记载，历史学家也多有论述。但是各类书籍只对焚书作了详细记载，对坑儒一事则显得十分笼统。并且在坑儒的问题上，还出现了歧议：对于坑儒的次数，有的说只有一次，有的说有过两次坑儒；对于坑儒的数量，一说坑了460余个，一说坑了1600余人。更有甚者，说秦始皇只焚书，没有坑儒。在秦朝的历史上到底是否有过坑儒事件？如果有这一事件，那么究竟几次？秦始皇到底坑过多少个儒生？这一系列问题，至今仍众说纷纭，莫衷一是。
争议之一，秦始皇是否坑过儒？“焚书坑儒”一直被人们引为秦始皇“尊法反儒”的重要证据。然而，有的学者认为，所谓秦始皇“坑儒”实是“坑方士”之讹。持论者主要从以下两个方面进行了论证。
第一，史籍中对此事件所提及的的具体人物为侯、卢二生，以及韩众、徐市等四人，《史记》载明他们的活动仅限于访仙和求仙药，四人皆为神仙学派的方士。他们为秦始皇求仙，求不死药也纯粹是方士活动，后来没有成功，秦始皇感到上当受骗，发怒杀了这些人。这与后世君主肆意杀人的性质一致，只不过这次株连面过宽，冤假错案太多，所以才引起了人们的注意。侯、卢二生指责秦始皇无道，与儒家观点类似，但是这与儒家的政治主张或学派观点无关。司马迁记录“焚书坑儒”事件，用的是“方士”或“方术士”，明确指出是神仙学派之士。汉初大儒如贾谊、董仲舒等对秦政多有评论，屡屡谴责焚书事，但也从未论及“坑儒”之事。汉朝离秦朝时间之近，以贾、董之博学，“焚书坑儒”的事情应当知晓，假如秦始皇所坑确实是儒，尊儒的贾谊、董仲舒等绝无不议之理。据此可以判断，“坑方士”之说，才是更接近历史的真实情况。只是到了东汉以后，时间距秦已远，“剧秦”之社会舆论、儒家独尊之地位、加以“今文学派”虚指浮夸甚至作伪之学风日盛，提供了炮制秦始皇“坑儒”这一情节的土壤。班固用“术士”一词，其词义就更加广泛，他在《汉书？儒林传》中写道：“及至秦始皇兼天下，燔《诗》、《书》，杀术士，六学从此缺矣。”从这段话可以看出，他所谓的“术士”已有隐指“儒生”之意，于是就被后人附会为成“焚书坑儒”。
第二，对被杀者所定罪名是“诽谤”皇帝，而并非因信仰或传播儒家学说。也就是说，引起秦始皇愤怒的并不是某一派的政治主张或某一学派的议论，而是方士们从他那里骗得“费以巨万计”的赏赐，可是“终不得有药”。反而却作诽谤之言，最后一个个逃跑了。皇帝上当受骗，于是惩处他们，这就是“坑儒”为“坑方士”的直接原因。所谓“坑儒”，实际是皇帝个人报复的恣意行为，并不是秦王朝的政策。秦始皇一怒之下，共杀所聘之“文学、方术士”460余人。因此，即便460 余人中确有儒生之流，但秦始并非因信仰或传播儒家学说而定罪杀人，所以不能称为“坑儒”。而且，据《史记？秦始皇本纪》所记始皇三十四年焚书，所焚者为民间私藏之“百家语”，而非针对儒家。
根据以上两点，不能说被杀的460余人中没有儒生而全是方士，但由其代表人物为侯、卢二生可推知，被杀者的主体应是方士，其被杀的原因更与儒家的政治主张或学派观点无关。因此�