之后，钱穆先去岭南大学访陈寅恪，邀请他赴港任教，遭到拒绝。又去乡间访熊十力，十力亦无意离开大陆。又给在重庆的梁漱溟去信邀请赴港，梁没有回复。再到中山大学见杨树达，但是杨决定离粤返湘。无奈之下，钱穆于当年秋随侨大迁回香港，同行者仅侨大同事赵冰夫妇。
避居香江的钱穆未能因此避开政治纷扰，毛泽东在《丢掉幻想、准备斗争》一文中，点名批判钱穆、胡适和傅斯年为“帝国主义及其走狗所能控制的极少数人”。
钱穆作为一名将中国传统文化奉为圭臬的儒者，对于发源苏俄的马列主义理论极为排斥，因此远走他乡。但同时，他对国家仍抱有深沉的爱，他所热爱的，是那个具有千年文明的故国，而非此一新国。
【苦痛】
1949年，钱穆离开大陆，避难港岛，虽然避免了被“思想改造”的劫难，但同时也付出了远离故土、抛妻弃子的代价。
据余英时回忆，钱穆初到香港时，曾经与余英时一家观看一场有关亲子之情的电影，向来能够“以理驭情”的钱穆，禁不住想起在大陆的儿女，悄然泪下。中国传统文化甚重父子之情，而此时已中年并且毕生信仰中国传统文化的钱穆，其落寞可想而知。
余英时回忆：有一年的暑假，香港奇热，他（钱穆）又犯了严重的胃溃疡，一个人孤零零地躺在一间空教室的地上养病。我去看他，心里真感到为他难受。我问他，有什么事要我帮你做吗？他说：我想读王阳明的文集。我便去商务印书馆给他买了一部来。我回来的时候，他仍然是一个人躺在教室的地上，似乎新亚书院全是空的。
钱穆高呼“对历史的温情与敬意”，近乎偏激地为传统文化辩护，为各种激进势力所不容。故当时的共产主义者与自由主义者都视之为封建余孽，不约而同的攻击与封杀他。于是，就有了建国后钱穆著作被禁直到改革开放，就有了向来标榜“宽容”的自由主义者胡适生前封杀钱穆进入“中研院”的举动。另外，即使是钱穆的拥趸，大多也并非他理想中的读者，因为钱穆毕生辛勤著述，是为故国招魂，是培养对中华传统文化抱有信仰的读者，但现实中大多数读者，离信仰中国文化还很遥远。故而作为保守主义者，钱穆注定要落寞。所以钱穆的余英时也不无叹息的说“钱先生无疑是带着很深的失望离开这个世界的”。
1978年，钱穆因黄斑变性症眼疾剧烈发作，无法正常视物看书，前后开了三次刀，静养半年后，并无显着成效。后在妻子胡美琦的帮助下，钱穆先生开始用口述录音的方法写作。视力受损后，在胡美琦协助下，钱穆仍先后出版《历史与文化论丛》、《从中国历史来看中国民族性及中国文化》、《中国通史参考资料》、《八十忆双亲》、《师友杂忆》、《宋代理学三书随札》等著作。
钱穆晚年数度轻微中风，加上年事已高，不适宜出国旅行，因此殷切期盼在清华大学教书的大女儿钱易能去台探望。1987年底梁实秋去世，长女梁文茜不能去送别父亲的遗憾激起民愤，台湾于1988年11月公布探亲奔丧办法。办法公布时，人在荷兰阿姆斯特丹进行学术访问的钱易，当月即申请赴台，成为两岸分隔四十年来第一位赴台探亲的大陆人士。能和女儿在外双溪共聚天伦，让钱穆激动而欣慰。只是当年迈的钱穆听到女儿细数家乡景色的变迁，不由得黯然地说：“此生恐怕是回不去了。”
钱穆曾说希望女儿赴台是趟单纯安静的旅程，然而民进党却揭发钱易赴台申请时掩饰了其具有共产党员等官方身份，要求国民党政府立刻处理；还以钱易在国立大学教书为由，检举她参加台湾方面定义的“叛乱组织”。陈水扁更具状控告钱易曾是共青团员，引发轩然大波。虽然钱穆父女都说以平常心看待这些不实在的说法，但树欲静而风不止，素书楼风波连连，还有人要告钱穆“知匪不报”，连串风波让钱家不得安宁。虽然台湾“高检署”在1988年底即对各相关控告处以不起诉决定，但钱易只能黯然离开台湾，希望争议到此为止。垂垂老矣的钱穆哀伤地说：“这些人已经完全抛弃了中国文化传统，不承认父女间的亲情，更不能理解他的女儿为何会从这么远的地方来看望父亲。”
后因陈水扁等人指责钱穆居住的素书楼产权一事，钱穆愤然搬离素书楼。眼疾缠身的钱穆，搬家时已不太能出门，也不太肯多讲话进食，记忆力明显减退，仅希望子女能在他生前去台一聚。但天不从人愿，在度过九十六岁的寿诞后，也就是迁出素书楼才三个多月，1990年8月30日，一代国学大师钱穆逝世于杭州南路新寓所。
【素书】
1967年钱穆偕夫人迁居台北，之后他们选择在山清水秀的外双溪自建屋舍，胡美琦女士亲自设计绘制了屋舍图样。蒋经国先生听闻此事，就要去图纸交阳明山管理局办理施工。第二年，钱穆夫妇搬入新居，自那时起，钱先生在此居住了20多年。
之所以选择落脚外双溪，钱穆表示，住在外双溪台北“故宫博物院”附近，可以就近利用故宫图书馆，看到世界上最丰富、珍贵的善本书。
“素书楼”之名源于钱穆无锡七房桥五世同堂故居中第二大厅的名称。先人取名来源已不可考，钱穆尝自解，或脱衍自《中庸》所记：“素贫贱，行乎贫贱；素夷狄，行乎夷狄；素患难，行乎患难；君子无入而不自得焉。”胡美琦指出，钱穆年幼患伤寒，又服错药，性命怠危，全赖母亲日夜陪他在故居素书堂养病而得痊愈，钱穆为纪念母亲生养之恩，因此命名。
素书楼不大，兴建时周边是一片荒凉的墓地，杂草丛生，产权为阳明山管理局所有。为表达对大师的敬重，台湾当局将素书楼无偿全权交给钱穆夫妇打理。房舍由胡美琦亲自设计，楼内一砖一石、一草一木都是主人多年心血照顾而来；步道两旁的枫树、房舍后方的竹子、四棵苍劲的古松，更是素书楼知名的景观。向来崇尚朱熹理学的钱穆，在素书楼藏有一座朱熹的木刻像，又将朱熹所言“静神养气”、“立修齐志，读圣贤书”写成对联，张贴楼中。后来客厅又增添了1974年钱穆八十寿诞时蒋介石题赠的红“寿”字轴等（注：贺寿过“九”不过“十”，实为79岁生日）。
从搬入素书楼开始，有18年的时间，钱穆先生在家授课，客厅成了教室。钱先生的门生中，有人坚持18年连续听课，从学生听成教授，又带着学生来听课，学生按辈分或与先生同桌，或坐在厅内一隅。钱穆一口无锡官话，神采飞扬，从不带课本。正式修课的研究生依惯例坐在钱穆身旁的圆桌边，旁听者自行觅座。讲课固定每周一下午4时至6时，但总是提前半小时开讲，延后结束，座无虚席，成为台北重要的文史沙龙。
1986年钱穆生辰那天，他在素书楼里为弟子们上了“最后一课”，并留下最后的赠言：你是中国人，不要忘记了中国！从此告别杏坛。当年大师向围坐身边的弟子作最后赠言的感人一幕，如今已经成为黑白影像，永远定格在客厅的墙上。
1990年6月1日，95岁高龄的钱穆先生不愿时任“立法委员”的陈水扁指控他霸占公产，毅然搬离了素书楼。当时中央日报刊文指钱穆搬出“素书楼”，是“国家和社会不尊重知识分子”（裴普贤语）。后素书楼改为钱穆纪念馆，钱夫人曾感叹：“宁为死人办纪念馆，也不给活人住。”1998年5月22日，想要竞选连任台北市长的陈水扁跑到素书楼参观，并声称要向钱穆夫人说抱歉。对此，台湾舆论认为，陈水扁有心要说抱歉早该说了，何必等这么多年，何况大师已乘黄鹤去，再说抱歉又有何用？
【魂归】
1949年，钱穆随华侨大学迁至香港，从此，钱穆就开始了孤悬海外、与家人音讯阻隔的后半生。
钱穆的素书楼庭院里，特意种植了家乡的植物：苏州紫竹。
1949年钱穆选择离开大陆，但他对于故土一直怀着深深的眷恋。钱穆80岁时，在夫人陪同下南游，写成《八十忆双亲》，缅怀父母养育、教诲之恩及兄长扶掖、帮带之情，透露出对大陆亲人的眷怀与思念。后又写《师友杂忆》一书，对他的师友交往、著作旨趣、生活道路作了全面、平实的回顾。
钱穆晚年在《八十忆双亲·师友杂忆》中还对家乡的山水记忆犹新。1914年到1915年的一年间，钱穆每周都坐船往返于无锡梅村、荡口两镇。水乡泽国的美丽景色不仅让年轻的钱穆心情激荡，还让他读书日益精进：“余坐船头上，读《史记·李斯列传》，上下千古，恍如目前。余之读书，又获深入新境，当自读此篇始。”所以，钱穆在以后的读书写作时，必选清净自然处。
40年间，钱穆与子女也只有四次相聚，分别是1980年、1981年、1984年、1988年，每次长则月余，短则一周。地点则在香港。其情景颇让人联想到监牢探视。
1980年夏，钱穆在夫人陪同下到香港与阔别三十二年之久的在大陆的三子（拙、行、逊）一女（辉）相见，欢聚一周。钱穆相当自责对子女没尽到责任，对于幼女因他的缘故受委屈，格外感到愧疚。
未料这次团圆后一年半，长子钱拙即因淋巴癌去世，钱穆回台后又面临外界质疑他是否已返回大陆探亲。
1984年，钱穆90岁，在港门人举行寿庆活动，先生得以与二子、二女及孙（松）孙女（婉约）团聚了一个月，享受天伦之乐。
1990年6月1日，钱穆先生不满当时身为立法委员的陈水扁与台北市议员周伯伦指控他霸占政府建筑物，以九十六岁高龄之身毅然搬离素书楼，却因此心情不畅，在生命最后的3个月，素书楼庭园内的树木始终萦绕在他的脑际，清晨，他总是望着窗外问夫人：“树呢？大树怎么不见了？”
眼疾缠身的钱穆，搬家时已不太能出门，也不太肯多讲话进食，记忆力明显减退，仅希望子女能在他生前来台一聚。但天不从人愿，终于在度过九十六岁的寿诞后，也就是迁出素书楼才3个月的钱穆，魂归道山。
1990年8月30日晨，台北大风雨。9时许，钱穆在台北杭州南路寓所平静地走完了生命的最后一刻，享年96岁。他没有去西方基督教所幻想的天国，也没有到佛教所希望的涅槃的彼岸，而是魂归于祖国母亲温暖的沃土中。
9月2日，远在北京的冯友兰向台北钱穆家中发唁电一封。
钱穆故去，李登辉以台湾领导人身分亲往致哀，家属订于9月26日在台北举行公祭，没想到子女亲属奔丧却又引发风波。钱穆生有三子二女，但皆在大陆。1990年9月2日，得知父亲去世的消息，次子钱行、三子钱逊，长女钱易、幼女钱辉遂申请赴台奔丧（长子钱拙于20世纪80年代患癌症去世），参加9月26日在台北举行的公祭。但由于两岸关系的原因，遭到拒绝。台湾当局甚至以“公开宣布脱离共产党”为条件要挟钱穆的胞侄钱伟长（全国人大副委员长）。无奈之下，钱氏子侄只好赶赴香港，参加9月30日在香港新亚书院举行的公祭。
钱穆死前曾有遗嘱：如果人不能回去（指回到大陆故乡），也要葬回去。为了完成钱穆魂归故里的遗愿，钱夫人胡美琦将丈夫的灵骨一直安放在台北永明寺，等待着归葬大陆。
钱穆为江苏无锡人，他逝后，骨灰被送回家乡安葬，实现了他回归故土的遗愿。
1991年两岸关系终于开始松动。1992年1月6日，胡美琦在素书楼弟子辛意云先生和邵世光小姐（曾任钱穆的秘书）的陪同下，护送灵骨由台北经香港飞上海，于傍晚到达苏州。
1月8日，在灵岩山寺做了一天安魂法会。当晚，灵骨被运到西山入室。天气时晴时雨。
1月9日，是既定的安葬日期。天从人愿，终于放晴了。葬礼于上午11时正式开始。墓中的随葬品是一包书。钱穆一生著述54部，计1700多万字，这包书是从这些著作中选出的14种。葬仪以传统家祭礼仪举行。
参加葬礼的孙辈，除了孙女婉约外，都没有见过祖父（外祖父）。胡美琦特意安排辛意云给钱氏子孙讲述钱穆的为人与学术。
至此，钱穆先生归葬于太湖西山之俞家渡石皮山。
钱穆去世后，钱夫人及二三门人搜集、整理的一千七百万言之《钱宾四先生全集》三编（甲编：思想学术，乙编：文史学术，丙编：文化论述）五十四巨册，1994年～1997年由台北联经出版公司出版。
【评说】
中国学术界�
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