傅斯年担任台湾大学校长后，做的第一件事就是给每位教师发了一份通知，说本校长说不一定哪天就要听课，请不要见怪。教师们对听课不会见怪的，可是傅斯年听完课之后有的人就没了工作。当时台湾工作机会极少，失去教职就得饿肚子。傅斯年仅用此一招，就令台大的教风学风为之一变。
傅斯年在台大任校长两年间，因学术水准低或教学业务不合格而被解聘的教授、副教授很多。他对一般任课教师的选聘也持严肃认真态度，有次为了一名助教是否合乎选聘条件的问题，教员聘任资格审查委员会开了四次会，经过几度激烈的辩论，最后投票表决才决定下来。
傅斯年当台大校长后，对进行了一番大刀阔斧的改革。凡不合学术水准，滥竽充数的教授，全部驱逐出校门；校内职员，特别是原“帝大”时遗留的医务人员，凡无医疗常识，不知救死扶伤为何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。几个月时间，傅斯年就解聘了70余名不合格教授与职工。自此，台大面貌为之一新，形成了一个蓬勃向上的局面。
傅斯年的侄子傅乐成回忆说：“他（傅斯年）经常每日在校办公6小时以上，一进办公室，便无一分钟的休息，有时还须参加校外的集会……他那希望台大赶快办好的意念，竟使他坐卧不安。”
在台大时，傅斯年曾破格聘用殷海光。当时殷海光在《中央日报》被排挤，他直接找傅斯年表示想入台大。傅斯年考虑他是逻辑学泰斗金岳霖的得意弟子，台大又正好缺逻辑教师，所以接受殷海光来台大教书，但特别说明按规定只能从讲师做起，并要求殷以后不许参与任何实际政治，殷海光立即答应。此后在台大的殷海光虽论政却不参政，积极宣扬五四的传统，使得台大成为自由主义的堡垒。
台大讲师殷海光上课因为评分标准严格，期末大批学生逻辑课程不及格，家长跑到傅斯年这告状，傅斯年高声重复了殷海光的理由：这是西南联大的标准！
1950年新生入学考试，国文卷由傅斯年亲自命题，其最重要的一题摘自《孟子·滕文公下》中一段：居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道。得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。此题可视作傅斯年赴台后“虽千万人吾往矣”的心志独白，也是对台大学生在精神层面上的殷切寄望。
1950年1月，台大“校外校内传言斯年将去国，将辞职”。面对传言，傅斯年在23日的校刊上发表了《致台大同事同学》的公开信，信中说：“半年多来，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深以不能以台大为殖民地为憾。然彼等原不知大义为何物，故如遂其志，实陷本校于崩溃。鉴于一年来同事同学对斯年之好意，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，为学校之进步而奋斗！”
傅斯年就任台湾大学校长时说：“第一流的大学，不能徒然是一个教育机关，必须有它的重要学术贡献；但是，也没有一个第一流的大学，把它的教育忽略了的。”又说：“大学是一个教授集团，不是一个衙门，按大学法，校长虽然权力甚大，然我为学校前途记，决不能有极权主义的作风。”
傅斯年为了保持大学的独立性和学术的尊严，坚决拒绝三民主义入校，坚持不让台大在校园内升国民党党旗。
自傅斯年任台大校长来，无论是炎炎酷暑还是刺骨寒冬，台大校长办公室的灯总是最后熄灭。楼道锁门的大爷在每次不耐烦中逐渐习惯了校长的“生物钟”，而傅斯年的司机自从跟了他后，晚餐都包在福利社了，因为总是饿着肚皮等还不如吃点快餐。这样的日子自傅斯年任校长来已持续了一年多了，几乎每天晚上他都要熬到12点才能休息。金耀回忆道：“每次跑到傅先生家里，老是看到他孜孜不倦在定稿、看书，不是处理学校内事情，就是自己研究学问，傅先生所写的文章以及答复各方面的询问，都是他亲自动笔。”自来台湾，傅斯年几乎把全部的精力都花在校务上，唯一一次陪夫人娱乐就是一起看了场哈孟特电影，以后逢人谈到娱乐就说这部电影。他给李书华的信中说：“几次信都收到，我忙得要死，而写信则懒得要命！”他对李在法国专心做学问，连连说“真是幸福！不胜羡慕”！
有段时间傅斯年左眼血管破裂，读书写作都受到很大限制，他就捂住左眼写字。在读书写字已非常吃力之下，他不得不与秘书那廉君合作。由他来口述成句，那廉君记下话语大意。傅斯年有时为了加强语势，手就拿着烟斗作指挥，而那廉君则埋头伏案挥笔不停地记录。一个出口成章地滔滔不绝，一个不断地奋笔疾书，不知不觉几个小时过去了。后来为了工作方便，傅斯年干脆让那廉君搬到自己家里客房住下。那廉君时常半夜被傅斯年叫来写东西，因为一旦有创作欲望，傅斯年就坐卧不安。他们合作的最后一篇文章是傅斯年为台大大一学生国文课本写的序，这篇文章很特别，全是用菜肴作的比喻，红烧肉、炸丸子……好多让人垂涎的美味都写在文章里，乍一看犹如一个花样翻新的菜单。
傅斯年在台大时，罗家伦经常去看他，每次看老朋友都是一身疲惫地忙着干不完的活，就劝老朋友不要那么卖命。罗家伦反对他的坏脾气，便用傅斯年自己过去的话讽刺刺激他说：“不要和蟋蟀一样，被人一引就鼓起翅膀，摆出一副搏斗的架势，小心遭人反攻。”
早在主持北大工作期间，傅斯年对中国高等教育制度所存在的种种流弊有了深切的体验，从而产生了改革教育体制的一些想法，离开北大前他发表了一篇《漫谈办学》。后来他去台湾担任台大校长，又提笔写了《几个教育的理想》、《一个问题——中国的学校教育制度》、《中国学校制度之批评》等文，将自己在办教育中所经受的苦痛和盘托出，特别提到“改革教育制度，不可不有新风气，若风气不改？一切事无从改，不止教育而已。”
【铁腕】
傅斯年向来最痛恨不讲民族气节的儒生，对他的聊城先祖傅以渐当年不参加抗清复明运动，反而参加清朝入关后首次乡试，直到殿试得中顺治朝状元，一直耿耿于怀。300年后的今日，他对不顾气节和民族大义，甘愿为日本人驱使的知识分子更是深恶痛绝。当傅就任北大代理校长后，曾于重庆报刊发表声明：“为保持北京大学的纯洁，坚决不录用伪北京大学的教职员，但学生经过甄别和补习，可以接受。”
1945年11月中旬，傅斯年到达北平，陈雪屏等人到机场迎接。傅走下飞机的第一句话就问陈与伪北大的教员有无交往，陈回答说仅限一些必要的场合。傅闻听，大怒道：“汉贼不两立，连握手都不应该。”当场表示伪校教职员坚决不予录用，不但不请他们任教，还当场表示要请司法部门将罪大恶极的儒林败类捉拿归案，严加惩处。
北平的伪教员们一看傅斯年的姿态，既惊又怕又怒，他们私下联合起来以罢课相要挟，不承认“征调”，并向北平行营主任李宗仁请愿，强烈要求入主复员后的北大。为此，伪北大教授、古器物学家容庚还发表了致傅斯年的“万言书”，以示抗议和辩护。对此，傅斯年毫不妥协，以答记者问的形式再次声明，对纠缠与诡辩者予以坚决的回击。
傅斯年对伪北大的教员极为愤怒，但对青年学生甚是宽容。在答记者问时，当记者提到青年学生，傅说道：“青年何辜，现在二十岁的大学生，抗战爆发时还不过是十二岁的孩子，我是主张善为待之，予以就学便利。”并要“想习一切办法让北大保持一个干干净净的身子，正是非，辨忠奸”。最后，傅斯年特别强调“这个话就是打死我我也是要说的”。
就在傅斯年的声明于1945年12月2日在北平《世界日报》刊出之时，伪北大文学院院长周作人写了一篇《石板路》的散文小品。文中极具感情色彩地回忆了他的故乡绍兴石板路与石桥的优美。文章结尾的日期处写道：（民国）三十四年十二月二日记，时正闻驴鸣。文末所谓的“驴鸣”，是对傅斯年发表声明的回应。周作人在当天的日记中写道：“见报载傅斯年谈话，又闻巷中驴鸣，正是恰好，因记入文末。”周作人写罢此文的第四天，即1945年12月6日，就因汉奸罪被捕入狱。
与周作人的嘲讽与谩骂大不同的是，容庚见傅斯年一意孤行，毫无通融的余地，便以中央研究院通信研究员的身份，尾随傅斯年从北平重庆继续纠缠。当容庚来到中央研究院总办事处找到傅斯年欲当面理论时，傅拍案而起，指着容的鼻子大骂曰：“你这个民族败类，无耻汉奸，快滚，快滚，不用见我！”当场命人将容架了出去，扔到了泥泞遍布的马路上。第二天，《新民报》登载此事，标题曰《傅孟真拍案大骂文化汉奸，声震屋瓦》。后来，容再度拜访，表示要谢罪改过，重新做人，傅斯年才勉强作了接见，但仍不允其到北大任教。灰头土脸的容庚只好托李宗仁的关系准备到广西大学任教，后未成行，转聘于岭南大学，终其一生，再也没能迈进北京大学的门槛。
【爱国】
“九一八”事变后，日本帝国主义侵占东北。日本京都大学教授矢野仁一发表一篇《满蒙藏本来并非中国领土》的论文，为满洲国提供依据。傅斯年马上组织方壮猷、徐中舒、萧一山、蒋廷黻一起编写《东北史纲》，专门驳斥日本人“满蒙藏在历史上非中国领土”的谬论。该书第一卷于1932年10月在北平出版。陈槃曾评论此书：“这部用民族学，语言学的眼光和旧籍的史地知识，来证明东北原来是我们中国的郡县；我们的文化种族和这一块地方有着不可分离的关系。”此书曾经李济节译成英文送交国际联李顿调查团，后来李顿调查团的报告书中表示东北是中国的领土，显然接受了该书的观点。
1930年，西北科学考察团瑞典考古学家贝格曼（F。 Bergman）在额济纳河流域的黑城发现简牍1万余枚，即是“居延汉简”，次年运抵北平，藏于北平图书馆，由马衡等人整理释读。为了妥善保存这批历史文物，1933年经过胡适与傅斯年的协调，移到北大文科研究所，加速整理。北平沦陷后，傅斯年又将这批材料运往美国妥为保管，使之免于沦落日伪之手。
1932年，傅斯年与胡适、丁文江等在北平创办《独立评论》周刊，在该刊他发表《日寇与热河平津》、《“九一八”事变一年了》、《国联调查团报告书一瞥》等多篇时评，揭露日寇侵华野心，警醒国人不忘国耻。
1935年，傅斯年与俞大綵的爱子出生，当时日本侵略正在不断加深，傅斯年给刚出世的儿子取名为“傅仁轨”。傅解释，本应按“乐”字排行，之所以破例命名，是为纪念唐代朝鲜对日本打歼灭战的大将刘仁轨。
抗战前夕，傅斯年针对当局的退让政策，大声疾呼地号召学人“不南迁，不屈服，坚持到最后一分钟”。抗战初期他为故乡爱国民主人士聊城专员范筑先的殉国而写下“一死泰山重”的赞诗，以鼓舞民族斗志，并不断撰写《天朝——洋奴、万邦协和》、《我替倭奴占了一卦》、《第二战场的前瞻》等评论时局性的论文。
抗日战争爆发后，中央研究院南迁，决策既定，傅斯年立即指示中央研究院各所捆扎物资仪器，打点行装，准备起程。同时满怀豪情地写下了“莫谓书生空议论，头颅掷处血斑斑”的悲壮诗句，以此鞭策自己，激励同事。
抗日战争全面爆发22个月后，傅斯年再在《地利与胜利》一文中估计战争走势。他认定日本的总策略是用相应的代价换取最重要的交通枢纽，在一处呈胶着状态时，另从侧面进攻，或向另一很远的区域进攻，使中国感觉调动困难。傅斯年认为，日本人的这一战略同时决定了最终失败。“抗战的大业，决不能在最近期间结束，至少还有三年。三年以后，我们必偕英法美以全胜，倭国必随中欧的桀纣以灭亡。在我胜利而他灭亡之前，苦是要吃，人力是要尽的。”
傅斯年出任参政员时，积极阐述抗日救国的政见，还提笔为文，被称作有军事知识的文人。他在栗峰山庄的农舍里写成的《地利与胜利》《抗战两年之回顾》等篇文章，就颇具政治军事分析的深度与前瞻性。有人说傅斯年“对政治的兴趣，偏重于内政方面，尤其在澄清内政的空气”。
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