1927年，马寅初担任浙江省政府委员，财政委员会主席等职务。他强烈要求要禁鸦片。他写了《鸦片问题》、《关于禁烟问题之几个要点》等十多篇文章，在报刊上呼吁。他说：“今日之禁烟问题，实吾浙江之生死问题。”还说，“我在职一天，必须反对到底，毫不妥协，因为我是省政府委员，是要为浙江人民谋利益的。”马寅初还收集和编写了《戒烟歌》、《戒赌歌》。命人张贴、传唱。如戒烟歌一：“劝我民，莫吸烟；五脏六腑都熬煎。甘之如饴真鸩毒，想一想，速死由己不在天。”
近代以来调停或干预中国内政的外国人中，马歇尔是地位和声望最显赫的一位。马寅初曾说：“举国人民的目光都注视到他，寄以无穷的希望，好像中国之命运已经握在他的手中。最高领袖的地位，好像已转移给他。”
作为经济学家，马寅初自然心系民生。他认为“统筹兼顾，综合平衡”是中国社会主义经济的基本规律，也是社会主义经济建设必须遵守的一条定律，指出应该提倡计划生育，控制人口。他说：“我们的社会主义是计划经济，如果不把人口列入计划之内，不能控制人口，不能实行计划生育，那就不成其为计划经济。”而且认为人口问题“若不早为之图，难免把一切恩德变为失望和不满”。
1957年7月15日，75岁高龄的马寅初在《人民日报》发表了《新人口论》，这篇论文是经过调查研究后写成的，马寅初在文章中指出人口多、资源少是我国一个很严重的矛盾。建国以来，我国人口增长率为20％，以此推算，如不控制人口，50年后我国人口将达到16亿。他说：“人口固然是一个极大的资源，但也是一个极大的负担。”要保住这个大资源，去掉这个大负担，办法是提高人口质量，控制人口数量。他提出了控制人口生育的建议和措施。《新人口论》发表后，引起全国强烈的反响。
马寅初认为，发展中国经济最关键的是两个问题，首先是人口问题，其次是农业问题。他曾经多次说过这样的话：“除了人口问题外，农业问题应及时研究，要早为之图，要花大力气，下苦工夫！”之后不久，马寅初就着手搜集农业方面的材料，准备组织一个班子，编写一部《农书》。
【君臣】
1945年8月28日，毛泽东赴重庆谈判。9月1日下午，毛泽东由张治中、邵力子陪同前往中苏文化协会，参加庆祝《中苏友好同盟条约》签订的鸡尾酒会并参观苏联图片展览。马寅初以重庆大学商学院院长的身份应邀出席了这一酒会。这是毛泽东与马寅初初次见面。在会上，他们互致问候。会后，毛泽东邀请马寅初去他住处恳谈了2小时。
当毛泽东于1949年3月进北平的那天，马寅初也去西苑机场欢迎，并参加了毛泽东当晚特设的宴会。随后，马寅初参加了新政协会议的筹备工作，并与毛泽东同时当选为新政协常务委员会委员。10月1日，马寅初在天安门城楼上参加了开国大典，亲眼看着毛泽东把第一面五星红旗升上祖国的蓝天。
1951年6月，马寅初出任北京大学校长。是年秋，马寅初在中南海开会，遇见了毛泽东，便对他说：“要兄弟把北大办成第一流的学府，主席您就得支持我的工作。”“马老，您要我怎样的支持？”毛泽东笑容可掬地问。“不要别的，只希望主席能够批准兄弟点名邀请谁到北大讲演，就请不要拒绝！”“这个好办。”马寅初的话音刚落，毛泽东紧接着风趣地说：“我批准了！马老校长，我给你这个‘尚方宝剑’！”马寅初得到这把“尚方宝剑”后，点名邀请了不少党政领导干部到北京大学讲演，如中共中央组织部副部长安子文、中央财经委员会副主任薄一波、中国人民银行行长南汉宸，以至周恩来总理。
1951年国庆前夜，马寅初对即将参加游行的学生说：“明天游行，你们走过天安门时，我一定亲自指给毛主席看，告诉他，这就是北京大学的队伍！”马寅初说到做到。当北京大学学生游行队伍举着红楼模型通过时，他便指着队伍对毛泽东说：“主席，这就是北大的游行队伍。”毛泽东立刻点了点头，不停地向北大游行队伍挥手致意，并回头问：“马老，红楼还是原来的样子吗？”“一切还是原样，丝毫未损！”马寅初回答说，“主席与李大钊同志的工作室也对外开放了。”正谈着，突然下起了大雨。毛泽东看着游行队伍，关切地说：“马老，您的学生淋雨了，我给您派人打电话，通知学校，让食堂给大家准备姜汤！”马寅初感动不已，动情地说道：“谢谢主席关怀！”游行结束后，马寅初坐车返回学校，看见学生正在食堂里喝着姜汤，便兴奋地把天安门城楼上与毛泽东的谈话告诉大家，并鼓励学生说：“同学们今后要更加努力奋进，不要辜负毛主席的关怀。”
1957年3月2日，在毛泽东亲自到会的最高国务会议上，马寅初再次阐述了人口问题。毛泽东笑着说：“人口是不是可以搞成有计划的生产，完全可以进行研究试验。马老今天讲得很好！从前他的意见，百花齐放没有放出来。准备放，就是人家反对，就是不要他讲，今天算是畅所欲言了。”毛泽东的话使马寅初倍受鼓舞。于是在4月27日特地向全校师生作了一个“新人口论”的报告。随后又在这个报告基础上加工整理成《新人口论》一文，发表在7月5日的《人民日报》上。
此后，主席一声令下，所有的矛头全部指向马寅初。马寅初被迫辞去北大校长之职。尽管这样，马寅初对毛泽东的崇敬，仍是真挚的、纯洁的。当他看到学习毛泽东著作的形式主义和庸俗化倾向以及搞毛泽东的个人崇拜时，深感忧虑。在一次会上，有人说《毛泽东选集》四卷一千年两千年后仍可适用。马寅初听了，不禁“毛骨悚然”。他说：“对毛主席的这种恭维，是在搞个人崇拜。这种个人崇拜是毁坏毛主席的‘糖衣炮弹’。”他多次表示，毛泽东是历史上的伟大人物，要吸取斯大林生前被神化身后被指责的教训，不要搞个人迷信。他忧心忡忡地说，搞个人崇拜“是害了毛先生”，“我们要爱护毛主席”！
【论争】
建国后，马寅初就以警醒的态度审视着和平发展时期的人口问题。他将人口问题列入自己科研计划的重点项目，矢志不渝地展开攻关，并身体力行进行深入细致的调查研究，从而掌握了大量的第一手材料。他建议中央人民政府开展人口普查。根据他的建议，1953年，我国进行了第一次全国人口普查。普查结果为，截止1953年6月1日午夜，我国人口为6亿。仅仅4年时间，全国就增加了1亿多人口。这个数字让马寅初感到震惊和不安。
不久，已经年过七旬的马寅初，带领一批助手和学生，到全国各地进行人口调查。此时，中央也十分关注全国的人口问题。刘少奇召集有关人士开会，作了《提倡节育》的重要讲话。马寅初参加了这次会议，在会上疾呼：人口问题，千万千万大意不得！现在不努力，将来后悔莫及。然而，毛泽东的观点与马寅初完全相悖，表现出不以为然的态度，说，中国人口就是增加十亿又何妨？既然最高领袖的意见是多生，全国各级政府也就鼓励生育，个别地方还对生育多的妇女给予奖励。
1954年，马寅初以人大代表的身分第三次回浙江农村调查，走访了10个县的20余个农业生产合作社，围绕人口问题进行全方位的比较分析，写出了调查报告。这次调查中，他一连喊出三个不得了：“人口出生率高得不得了！人口增长速度快得不得了！这样发展下去简直不得了！”为乐唤起更多人的重视和支持，他找到老朋友邵力子、李德全、柳亚子、马叙伦、李达等商谈，言词恳切地说：“如果不采取措施，我们会犯极大的错误，会给国民经济带来极大的困难，新中国将会背上一个极其沉重不易摆脱的包袱。”后来，他又写成《控制人口与科学研究》的长篇论文，提交给1955年7月召开的第一届全国人民代表大会第二次会议。
马寅初的提案，遭到康生、陈伯达等人的围攻和批判：“人不但有一张嘴，还有一双手，可以创造世界。没有人还搞什么革命？还搞什么共产主义？”他们认为：“社会主义国家不存在人口问题。”马寅初毫不妥协地说：“我既然发现和认识了这个问题的极端重要性，就一定要坚持到底。否则作为一个经济学家和人民代表，我就没有尽到自己对国家和人民应尽的责任。”
1957年春，在最高国务会议上，马寅初当着毛泽东的面，再一次提出了人口问题。他直言不讳地说：“人口太多是我们的致命伤。1953年普查已经超过了6亿，如果按净增率千分之二十计算，15年后将达到8亿，50年后将达到15亿。这绝不是危言耸听……”他并大声呼唤，“不控制人口，不实行计划生育，后果不堪设想。”毛泽东说：“人口是不是可以搞成有计划的生产，可以进行研究和试验嘛。言人之未言，试人之未试嘛！”
1957年4月27日，马寅初在北京大学大饭厅发表人口问题的演讲。在讲演中，马寅初讲述了几年来调查研究的结果。这个演讲稿经过加工整理，成为后来的《新人口论》发言稿。
起初毛泽东对马寅初“控制人口”的主张表示赞赏。他说：“我们这个国家有这么多的人，这是世界上各国都没有的。要提倡节育，要有计划地生育。”1957年6月，马寅初将《新人口论》作为一项提案，提交一届人大四次会议，《人民日报》用整版篇幅全文刊载了《新人口论》，在国内外引起巨大反响。10月，毛泽东在党的八届三中全会上说：“抓人口问题恐怕也是三年试点，三年推广，四年普遍实行。十年不搞，将来又增加到8亿。”
随着“大跃进”的发动，毛泽东在《介绍一个合作社》一文中说：“除了党的领导之外，六亿人口是一个决定的因素，人多议论多，热气高，干劲大。”观点发生了变化。
1957年，“反右派”风暴刮起，康生等人想利用运动将马寅初打成“右派”。中央统战部许涤新为此事请示周恩来，周恩来明确指出：马寅初这个人有骨气，有正义感，是爱国的，他是我国有名的经济学家，国内外都有影响，不能划为“右派”。马寅初才得以幸免于难。但据许涤新在一篇序文中揭露，马寅初仍被打入了“内定右派”的花名册。
1958年7月，为了迎合“人多是好事”的观点，康生公开点名批判马寅初，向《新人口论》发难。1959年10月24日，他召集理论界和有关报刊负责人开会，布置批判马寅初，并指示说：“批判他的文章不一定多，分量要重，可以和他过去的理论联系起来批判。”还指示有关部门批判完了将马寅初调出北京大学。接到康生指示后，《光明日报》从1959年11月至1960年1月，共发表了10篇批判文章，《新建设》发表了4篇批判文章，批判马寅初的“资产阶级学术思想”。
于是，一个批判“马寅初反动思想”的运动在全国范围内开展起来。据现在档案资料统计，仅1958年下半年，《人民日报》等全国重要报刊发表的批判文章就达200多篇。马寅初感到个人遭批判、受委屈事小，国家的前途命运事大。要求会见毛泽东、刘少奇、周恩来三位领导人中的任何一位。然而，他的这一恳请未被批准，没有一个与他面谈。只有毛泽东派人放出话来：“马寅初先生不服输，不投降，可以继续写文章，向我们作战嘛！他是个很好的反面教员嘛！”马寅初公开表露，“为了国家和真理，我不怕孤立，不怕批斗，不怕冷水浇，不怕油锅炸，不怕撤职坐牢，更不怕死……无论在什么情况下，我都要坚持我的人口理论。”
1960年1月，马寅初在《新建设》上发表了《重申我的请求》。文中说：“《光明日报》和《新建设》所发表的批判我的文章很多。不过，过去两百多位先生所发表的意见都大同小异，新鲜的东西太少，不够我学习。11月30日《光明日报》一篇文章说过去批判我的人已经把我驳得体无完肤了，既然是体无完肤，目的已经达到，现在何必再驳呢？但在我看来，不但没有驳得‘体无完肤’，反而驳得‘心宽体胖’了。”“我个人被批判是小事，没什么，不过我想的是国家和民族的大事，我相信几十年以后，事实会说明我是对的。”
康生看到这篇文章的小样后，说：“这是猖狂进攻！他的问题已不是学术问题了，而是借学术为名，搞右派进攻。要对他进行彻�