“这还真是怀念啊，这是初号机的精神世界？应该说是亚当的精神世界？不对不对，亚当的灵魂不在初号机中，既然这样，这段记忆怎么会出现…？”亚当在解封的时候，被分成四个，其中一个变成胚胎，应该说那才是亚当的本体，拥有对方的记忆和灵魂，另外三个巨人分身，在之后被制造成初号机，六号机和八号机。
但这三个巨人都没有继承亚当的记忆和灵魂，只是有对方的力量，比如说初号机在暴走时出现的翅膀，六号机继承的‘天使光环’，初号机和六号机占据亚当二分之一的力量，而八号机单独继承了另一半力量，如果论力量，八号机在所有机型中是最强大的，它甚至已经被称为‘神’的存在。
但不管是初号机，六号机，八号机，都并不完整，只有当四个分身集合在一起后，才是原来雷哲熟悉的亚当，那个人类的始祖之一，当然对方到底是不是人类始祖，就连雷哲也不清楚，因为当他来到这刚诞生的世界时，亚当，莉莉丝就已经存在，甚至连撒旦也是如此。
雷哲不知道对方的来历，因为他也懒得去管，所以在创造‘伊甸园’后，他就让对方居住在这，至于他们怎样做，雷哲甩都不甩，结果才导致后面所发生的事情。
想到那些事情雷哲就觉得头痛，这次的亏吃的真心大，每次想到这里他都咬牙切齿，先不说亚当和莉莉丝，单单是撒旦就让他想抽人。
“唔，不知道碇唯是不是也在这里…”雷哲看看周围的环境，接着他发现远处一颗橡树下，坐着一个女人，这女人的怀中抱着一个婴儿，脸上带着平静的笑容，嘴中轻轻哼起一首简单的歌谣。
“原来是这样，原来这个世界是你创造出来的吗？碇唯…”雷哲笑笑，接着他迈步走向远处的女人，而那个一直低头的女人，在此时也抬起头看向他，脸上的笑容没有减少分毫。
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碇唯，碇真嗣的母亲，碇源堂的妻，也是对初号机，使徒等研究的主要成员。
1999年曾写过一份‘很有趣’的生物工程学报告，得到冬月赏识，这份报告内容不祥，有人新怀疑是a10神经元相关理论的雏形，但雷哲却翻查过相关资料得知，其实早在1999年之前，碇唯就已经开始研究‘a10神经元’，而她在1999年所写的生物工程报告，已经是相当成熟的理论。
在结识碇源堂前就已经是seele其辖下组织的成员，但当时她并非直属seele，而是另一个相关部门，名叫‘gehirn’既‘脑灵’，也就是nerv的前身，后来被改建成nerv，这是在初号机第一次同步率提升到400％，碇唯与之融合后的事情。
1999年秋天前后开始和碇源堂交往，随后2000年参加葛城调查队前往南极，但在第二次冲击前，一同研究被发现的亚当，进行解封研究，但随后没多久她就离开南极回到日本，其中有组织安排的其它任务，也有私人问题，在第二次冲击之前和碇源堂完婚，不久之后第二次冲击降临，二分之一的人类死在这场浩劫中，碇唯因为当时在秘密实验室，所以幸存下来。
第二次冲击过后，碇唯确认怀孕，但她依然坚持参与人工进化研究所的工作，以及e计划，而她所负责的依然跟a10神经元有关，但涉及的东西却变得更广泛。
2001年，第二次冲击过后的一年，碇真嗣诞生，可以说这就是一切的开始，不光是他，基本上所有在日后登场的驾驶员，都在同一年出生。
在接下来的三年中，碇唯因为解除的研究越来越多，导致她所知道的事情也越来越多，包括seele高层所要执行的‘人类补完计划’，而在这个过程中，碇源堂也靠自己的本事，做到研究所所长的位置，并且开始解除更多的秘密。
作为研究的主要参与人员，碇唯并不赞同seele的计划，碇唯是打算将人寄生于eva上，获得永久寿命。
与人类补完计划不同，这里没有因为人失去形体而相互融合的打算，为此与初号机的融合是必不可少的，因为在研究的过程中，碇唯发现一些突破性的问题，但他并没有将其告诉seele，也正是因为如此她参与了之后的试验，并且在高达400％的同步率中，不管是身体还是灵魂都与初号机融合。
而在这之后，碇源堂所努力的方向也发生变化，‘人类补完计划’将人类从原罪中解救出来的计划，即将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的at力场，使每个人回归lcl之海，而碇源堂的补完不同，他只是想通过补完自己，让自己见到碇唯，两者的冲突导致了最后nerv与seele的矛盾。
死海文书上预言的最终事件，也是seele试图实现的最高目标。
这一冲击是由亚当和莉莉斯的结合所触发，并最终创造一个继承地球上所有人类的神的存在。
nerv和seele的目标，是确保由人类而不是使徒来触发第三次冲击，即‘人类补完计划’。
为实现这一计划，人类必须击败守护‘生命之树’的使徒，也正是因为这个原因，才会有以初号机为代表的兵器，来击溃剩下的使徒。
不过说实话，seele的高层并没有将死海文书完全解读明白，应该说死海文书上记载的内容，和真正发生的事情并不一样，可以说死海文书的内容只是后来人类经过代代口述，然后经过对神的崇敬，美化出来的版本，如果用真实的事件去记录当时所发生的一切，肯定会有很多地方和神话传说不符，比如说神并不爱人类，神并非有节操，神只不过是个宅男，一个吃饱睡，睡醒了吃的年轻人而已，他甚至没有想过帮助任何生物以及人类，甚至没有创造过所谓的世界。
但死海文书有一些地方所记载的没错，那就是上面所记载的预言，按道理来说，因为雷哲的关系，2000年所发生的事情应该看作第三次，更早的一次是发生在世界之初，那会是正儿八经的神话时代，天使，神，魔鬼，以及人类共存的时代。
那个时代的人类所拥有的科技，甚至比现在还要发达数千年乃至上万年，传说中的亚特兰蒂斯就属于那个时代人类的产物，只不过在第一次冲击中，亚特兰蒂斯，以及所有的天使，魔鬼都消失殆尽，留下的只有残缺的古卷，这是比死海文书还要古老的卷轴，应该说死海文书就是翻译这古卷后的结果。
在古卷中，天使，魔鬼，神，亚特兰蒂斯的灭亡，被称为第一次冲击，但最终并没有被记载下来，古卷中还记载着接下来所会发生的事情，比如说后来所谓的第一次冲击的‘大洪水’，也有人说第一次冲击导致恐龙灭亡，各种说法并不统一。
第二次冲击就是2000年，亚当解除封印时产生的灾难，而第三次冲击，就是最后的补完计划，让人类重归神的怀抱，或者说让人类成为这个世界新的神灵。
不过应该怎么说，剧情的主角的确是碇真嗣，凌波丽，明日香，但在雷哲看来真正贯穿整个故事发展的人，却是只出现回忆中的女人，碇唯。
更详细地说，把碇唯说成是具有知性美的圣母也毫不为过，她生性淡薄于一切，平和于人生。
跟她在一起，能够让人心底宁静，碇源堂之所以爱她如此之深，就是因为碇源堂一生充满了利用与利用，只有在碇唯这里，他才可以获得心灵的宁静。
虽然不想去改变整个剧情，但雷哲却很想见见这个女人，虽然说碇源堂最终的愿望就是进入eva见到碇唯，但他最终也没实现这小小的愿望，因为这必须和亚当融合，或者说进行补完才可以做到，不过这种事对雷哲来说并不困难，因为不管是精神世界，灵魂世界，还是物质世界，他都能来去自如，当然只是稍微麻烦一点而已。
……
眼前的世界，的确是自己当初制造出来的天空城，只不过其它生物将这里称呼为‘伊甸园’，神所居住的地方，说实话当初雷哲并没说明自己的身份，但也许是因为力量最强大的关系，不知从什么时候起，智慧生物就称自己为‘神’。
其实抛开《反叛的鲁鲁修》那个变成自己掌中神国的世界，这里才是雷哲第一次掌握的世界，他就是这个世界的管理者，而也从这个时候开始，他才真正算一个‘真神’，只不过他的情况依然有些特殊，那就是这个世界是从阿礼所冒充的真神中以决斗的方式赢来的，也就是说这是他的私有财产，如果没有意外，这个世界也将成为继《反叛的鲁鲁修》外，雷哲所拥有的第二个掌中神国。
而他在这个世界也不再是平凡的管理者，他有权力去改变世界的进程，走向，发展，以及所有的一切，他可以把这个世界变成魔幻世界，变成仙侠世界，变成科幻世界，变成任何他想要的世界，原本这种世界养成是很不错的游戏，而雷哲最开始也的确想要把这里改编成自己所希望的样，可结果却让他很悲催，就连他自己都说，他是有史以来最倒霉的真神，有谁能想到他会被自己世界的生物联手给封印起来？
这周围的世界并非初号机的精神世界，而是碇唯所幻化出来的，就跟之前所说的，亚当的灵魂在那个胚胎的分裂体中，其他的三个分身中不存在任何精神与灵魂，当碇唯跟初号机的同步达到400％后，她的**就被初号机给吞噬，而灵魂也与对方融合，因为初号机是空白状态，这让在融合后，她的灵魂占据主导权，虽然她能影响初号机很小的一部分，但关键时候还是能发挥出不少的作用。
“话说，你怎么知道这场景的？初号机应该没有亚当的记忆才对，不是吗？”雷哲站在碇唯的面前这样问道，按道理来说初号机并没有任何记忆，就算碇唯真的与对方融合，也不会窥探到这些才对，所以雷哲表示有些好奇。
怀中抱着一个熟睡的婴儿，碇唯抬起头看向雷哲，接着她手中的婴儿消失，原来那只不过一个幻象，是碇唯自己幻化出来刚出生时的碇真嗣，看来她真的很爱自己的儿。
“这一切，我并非从亚当那里知道，而是从另外一个人，也许他你很熟悉，那个人叫撒旦。”碇唯这样说道，不过她的话刚说完，站在自己面前的雷哲气息瞬间改变，虽然还是带着笑容，但那淡淡的杀意却开始向外蔓延，甚至如同触手一样悬浮在碇唯的周围，甚至有点想要把对方缠住，撕碎一样。
在最近这段时间中，撒旦对雷哲来说是绝对的禁语，当初自己之所以这样倒霉，就是因为那个混蛋，他发誓要把撒旦给揪出来，然后狠狠给对方两巴掌，最后挂到城墙上去鞭尸，明明自己有机会将这个世界改造成所需要的那样，但正因为对方的关系，浪费自己如此多的时间不说，竟然还让这个世界马上就要走向灭亡。
“你很痛恨他？因为他之前对你所作所为？如果你见到他，你会怎么办，杀掉他吗？”碇唯这样问道，她看到许多东西，当然知道雷哲的身份是什么，虽然研究很长时间的e计划以及死海文书，但她怎么也没想到神是真的存在，第一次和神对话，她觉得挺有意思。
“告诉我，撒旦在什么地方，我找了他很久，可是却无法找到对方的踪迹，或者说换一种说法，撒旦还活这么？我不觉得在最后的最后，他能在我的攻击下存活下来，虽然我一直告诉自己他已经死了，但直觉却说他还活着。”
“他的确还活着，应该说或的还算不错吧，不过我并不想告诉你一切，全知全能的神啊，你不觉得如果说出来，凡事就会变得没有意义了吗？你真的想要找出撒旦来吗？撒旦的失踪可能并没有让你感到不快，相反乐在其中吧，你在搜索撒旦的下落，而且还是用最普通的方式，你没有使用自己的力量和权力，因为这会让整件事都变得普通起来，你想要的不是结果，而是这过程，不是吗？”
碇唯平静的说道，而雷哲身上涌现出来的气息也渐渐消失，最终他嘿嘿笑着，这个女人有点意思，不对，应该说真的太有意思了，平常人如果知道雷哲的身份，肯定会吓得说不出话来，就算是葛城父女在面对自己时也会变得相当拘束，但她并没有，她可以轻松的和自己交谈，甚至来试着主导话语权，有时候她所说的话的确让人不爽，但偏偏她的态度却让人无法生气。
“这有什么好笑的吗？”
“稍微有点觉得好笑啊，说实话我来见你也只是一时兴起，因为我很想看看你这位在日后的剧本中有决定性作用的人究竟是什么样，结果我发现你挺有趣的，怎么说呢，我认识不少女人，她们跟你都挺像的，你不怕我吗？”
“不，因为我从撒旦的记忆中看到，您跟想象中的神并不一样，而且如果我真的对你毕恭毕敬的，你还会觉得很不自在，不是吗？”
“不错不错，你貌似真看到不少东西，看来今天我并没有白跑一趟，你果然是有意思的女人，我的目地已经�
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