兵攻同安，敌弃城遁，斩其将林钦等。寻偕副都统吉勒塔布、提督杨捷等进攻海澄，败国轩於江东桥，又败之於潮沟。
十八年，国轩与淑、佑等踞郭塘、欧溪头，欲断江东桥以犯长泰。启圣偕赉塔、捷及巡抚吴兴祚等邀击，大败之，先后招降所置吏四百馀、兵一万四千有奇。国轩等复率万馀人谋夺榴山寨，启圣偕赉塔及副都统石调声击败之，至太平桥、潮沟，斩千馀级。十九年，会赉塔等攻海澄。时提督万正色先克海坛，启圣及总兵赵得寿、黄大来等分兵七路并进，破十九寨；别遣将渡海，拔金门、厦门，降锦将硃天贵等，锦退保澎湖，尽复所陷郡县：进兵部尚书、太子太保。
二十年，左都御史徐元文劾“启圣疏请借司库银十二万，经营取息，侵占民利；题报军前捐银十五万，皆剋军饷朘民膏而得。闽民极困，启圣不能存抚，拆毁民居，筑园亭水阁，日役千人，舞女歌兒充牣房闼；又强取长泰戴氏女为妾。海坛进师，力为阻挠，及克厦门，又言当直取台湾。始欲养寇，继欲穷兵。吴兴祚、万正色平海奏功，启圣惭妒，妄谓正色与锦将硃天贵有约，让海坛而去。险诈欺诬，乞敕部严议”。上令启圣覆奏，启圣言：“臣於康熙十七年十月进兵至凤凰山，因一时投诚者多，犒赏不继，与抚臣吴兴祚议外省贸易，颇有微利，前督臣李率泰、经略洪承畴尝借帑为之，遂冒昧上疏，未蒙俞允。臣自入仕，京师未有产业，而军前捐银十五万有奇者，香山罢官后，贸易七年，得积微赀，并臣浙江祖产变价，及亲朋借贷，经年累月而后有此。臣於十七年七月至省，见总督官廨为耿精忠屯兵毁伤倾圮，因捐赀修整，日役不过数十，栅外员役私舍，令其自行撤除。至臣妾皆有子女，年已老大，并无歌兒舞女，强取戴氏女，尤无其事。十八年十一月，臣密陈进剿机宜，请水陆五道进兵，并未阻挠。至得厦门即攻台湾，先於十八年九月预陈，亦非届时发议。抚臣、提臣拜疏出师，平贼首功已定，臣何所容其惭妒。硃天贵应抚投诚，天贵言之而臣始知之。臣任三闽三职，虽无妒功之心，实有溺职之咎。乞敕部严议，别简贤能。”疏入，报闻。二十一年，叙克海澄、金门、厦门功，授世职拜他喇布勒哈番兼拖沙喇哈番。
方郑锦屡入寇，徙滨海居民入内地，俾绝接济、避侵掠，下令越界者罪至死，民多荡析。及禁旅班师，驱系良民子女北行，启圣白王严禁。复捐赀赎归难民二万馀人，并请开海界、复民业，听降卒垦荒，民困渐苏。及锦死，子克塽仍其爵，称延平王，凡事皆决之国轩等。启圣令知府卞永誉、张仲举专理海疆，多以金帛间其党与。克塽乃遣使赍书，原称臣入贡，不薙发登岸，如琉球、高丽例。启圣以闻，上不许，趣水师提督施琅进征。
二十二年六月，琅进攻台湾，取澎湖。启圣驻厦门督馈运，以大舟载金、纟曾、货、米至军，大赉降卒，遣之归，台民果携贰。复设间使克塽与国轩互相猜，众莫为用。琅遂定台湾，克塽、国轩等皆降。语具琅传。启圣还福州，未几，疽发背，卒。明年，部议以启圣修缮船舶、军械，浮冒帑金四万七千有奇，应追缴，上念其劳，免之。
子仪，膂力绝人，雄伟与父埒。初以捐纳知县从征，累战有功。康亲王檄署游击。议叙，内擢郎中。上以仪有才略，且自陈原以武职自效，改都督佥事，以总兵用。历狼山、杭州、沅州、鹤庆诸镇总兵，镶红旗汉军副都统。卒，赐祭葬。
锺宝，少业屠，流为盗。启圣令香山，招之降。后启圣征福建，宝偕同降者二十人隶麾下，每战辄当前，所向有功。累进秩都督佥事。启圣卒，遂归。后数年，部议注官，授潼关参将，迁靖边协副将。卒。宝抚兵民有恩，称为锺佛子。
韩大任，降后入觐，圣祖以其为三桂将，留为内务府包衣参领。二十九年，从佟国纲征噶尔丹，次乌阑布通，伏发，国纲殁於阵。大任惊曰：“吾闻临阵失帅，兵家大罪。吾以叛逆之党，蒙恩不死。今岂可坐必死之律，复对狱吏乎？”因驰入贼阵，手刃数十人，死之。
吴兴祚，字伯成，汉军正红旗人，原籍浙江山阴。父执忠，客礼亲王代善幕，授头等护卫。兴祚自贡生授江西萍乡知县。金声桓叛，郡县多被寇，萍乡以有备独完。坐事罢。旋以守御功复官，授山西大宁知县，迁山东沂州知州。白莲教啸聚为患，兴祚开谕散遣之。复坐事降补江南无锡知县。县吏亏库帑，更数政未得偿，官罢不能去。兴祚至，为请豁除，其当偿者出私财代输。清丈通县田，编号绘图，因田徵赋。飞诡隐匿，皆不得行。县徭役未均，最烦苦者为图六。兴祚以入官田徵租雇役，民害乃除。岁饥，为粥食饿者。八旗兵驻防苏州，兴祚请於领兵固山，单骑弹压。兵或取民鸡，立笞之，皆奉约束。塘溢，兵不得渡，立竹於塘旁，悬灯以为识，骑行如坦途。
康熙十三年，迁行人，仍留知县事，用漕运总督帅颜保荐，超擢福建按察使。有硃统锠者，号明裔，耿精忠私署敉远将军，及精忠降，自称宜春王，据贵溪为乱，与福建错壤。兴祚轻骑至光泽，抚其将陈龙等，遣降将阳自归为内应，令龙导师入，其将冯珩等缚统锠，率兵三千以降。
十七年，擢巡抚。时郑锦踞台湾，遣其骁将刘国轩等陷漳、泉属县，复围泉州。兴祚率标兵自兴化赴援，至仙游，锦将黄球等率二千人结土寇万馀屯白鸽岭。兴祚分兵三道，自当中路，与战，自辰至酉，相持不即退。兴祚遣兵自间道夺白鸽岭关口，斩级六百，堕岸溺水死者甚众，寇乃溃走，追败之於岭头湾，复永春、德化二县。国轩自泉州走入海，以巨舰数百出没赤屿、黄崎诸处。兴祚遣总兵林贤等统水师出海，分三路夹攻，焚敌舰六十馀，俘斩六千有奇。疏报捷，并言：“海逆逼犯漳、泉，大军由陆路进发，跋涉疲难。臣前捐募水兵，一战破贼，但兵力稍薄，未易轻取厦门。若得水师二万，再添造战船，可直捣巢穴，扫荡鲸波。”诏允行。
十八年，国轩率兵二千至郭塘、欧溪头，欲断江东桥以犯长泰，兴祚与都统吉勒塔布、总督姚启圣会师击走之。兴祚遣驿传道王国泰等招降锦将蔡冲琱、林忠等三百八十五人，兵万二千五百，拔难民千二百，得舟六十七。叙前后功，进秩正一品。
十九年，疏言：“郑锦盘踞厦门，沿海生灵受其荼毒。臣去冬新造战船，水师提督万正色分配将士，自闽安出大洋操练。俟旧存船艘修葺完整，江南砲手齐集，即相机进取厦门。”二月，正色师进海坛，兴祚自泉州会宁海将军拉哈达、总兵王英等赴同安，攻克汭洲、浔尾诸隘。渡海，拉哈达出中路，英右，兴祚左，奋战，敌大溃，遂克厦门。时正色已取海坛，降锦将硃天贵等，复遣兵取金门，馀众悉窜台湾。捷闻，诏嘉奖，下部优叙。兴祚因请留澳民防守，蠲荒田租粮，减关课。正色亦请於海澄、厦门分兵驻守。上命侍郎温岱赴福建会议。温岱至，启圣与言正色复海坛，与天贵先有约乃进兵，无杀贼攻克事。温岱还京师，兵部据其言，议兴祚冒功，上命仍议叙，予世职拜他喇布勒哈番兼拖沙喇哈番。
二十年，擢两广总督。兴祚上官，疏言尚之信在广东横徵苛敛，民受其害数十年。因举盐埠、渡税、税总店、渔课诸害，悉奏罢之。自迁界令下，广东沿海居民多失业，兴祚疏请展界，恣民捕采耕种。上遣尚书杜臻、内阁学士石柱会兴祚巡历规画，兵民皆得所。又言潮州海汛辽阔，商民往来贸易，恐宵小潜踪，应令澄海协达濠营水汛官兵船只改归南澳水师镇统辖，与碣石镇互相联络，巡防外海岛屿，诏并允行。二十四年，疏请於广东、广西二省设炉鼓铸，给事中钱晋锡、御史王君诏疏劾兴祚鼓铸浮冒，下吏议，当镌秩，命以副都统用。
三十一年，授归化城右翼汉军副都统，复坐事镌秩。三十五年，上征噶尔丹，命自呼坦和硕至宁夏安十三塘，兴祚原效力坐沙克舒尔塘，未几，复原秩。三十六年，卒。
兴祚为政持大体，除烦苛，卒后远近戴之。历官之地，并籥祀名宦。
施琅，字琢公，福建晋江人。初为明总兵郑芝龙部下左冲锋。顺治三年，师定福建，琅从芝龙降。从征广东，戡定顺德、东莞、三水、新宁诸县。芝龙归京师，其子成功窜踞海岛，招琅，不从。成功执琅，并絷其家属。琅以计得脱，父大宣、弟显及子侄皆为成功所杀。十三年，从定远大将军世子济度击败成功於福州，授同安副将。十六年，成功据台湾，就擢琅同安总兵。
康熙元年，迁水师提督。时成功已死，其子锦率众欲犯海澄，琅遣守备汪明等率舟师御之海门，斩其将林维，获战船、军械。未几，靖南王耿继茂、总督李率泰等攻克厦门，敌惊溃，琅募荷兰国水兵，以夹板船要击，斩级千馀，乘胜取浯屿、金门二岛。叙功，加右都督。三年，加靖海将军。
七年，琅密陈锦负嵎海上，宜急攻之。召诣京师，上询方略，琅言：“贼兵不满数万，战船不过数百，锦智勇俱无。若先取澎湖以扼其吭，贼势立绌；倘复负固，则重师泊台湾港口，而别以奇兵分袭南路打狗港及北路文港海翁堀。贼分则力薄，合则势蹙，台湾计日可平。”事下部议，寝其奏。因裁水师提督，授琅内大臣，隶镶黄旗汉军。
二十年，锦死，子克塽幼，诸将刘国轩、冯锡范用事。内阁学士李光地奏台湾可取状，因荐琅习海上事，上复授琅福建水师提督，加太子少保，谕相机进取。琅至军，疏言：“贼船久泊澎湖，悉力固守。冬春之际，飓风时发，我舟骤难过洋。臣今练习水师，又遣间谍通臣旧时部曲，使为内应。俟风便，可获全胜。”二十一年，给事中孙蕙疏言宜缓征台湾。七月，彗星见，户部尚书梁清标复以为言，诏暂缓进剿。琅疏言：“臣已简水师精兵二万、战船三百，足破灭海贼。请趣督抚治粮饷，但遇风利，即可进行，并请调陆路官兵协剿。”诏从之。
二十二年六月，琅自桐山攻克花屿、猫屿、草屿，乘南风进泊八罩。国轩踞澎湖，缘岸筑短墙，置腰铳，环二十馀里为壁垒。琅遣游击蓝理以鸟船进攻，敌舟乘潮四合。琅乘楼船突入贼阵，流矢伤目，血溢於帕，督战不少卻，总兵吴英继之，斩级三千，克虎井、桶盘二屿。旋以百船分列东西，遣总兵陈蟒、魏明、董义、康玉率兵东指鸡笼峪、四角山，西指牛心湾，分贼势。琅自督五十六船分八队，以八十船继后，扬帆直进。敌悉众拒战，总兵林贤、硃天贵先入阵，天贵战死。将士奋勇衷击，自辰至申，焚敌舰百馀，溺死无算，遂取澎湖，国轩遁归台湾。克塽大惊，遣使诣军前乞降，琅疏陈，上许之。八月，琅统兵入鹿耳门，至台湾。克塽率属薙发，迎於水次，缴延平王金印。台湾平，自海道报捷。疏至，正中秋，上赋诗旌琅功，复授靖海将军，封靖海侯，世袭罔替，赐御用袍及诸服物。琅疏辞侯封，乞得如内大臣例赐花翎，部议谓非例，上命毋辞，并如其请赐花翎。
遣侍郎苏拜至福建，与督抚及琅议善后事。有言宜迁其人、弃其地者，琅疏言：“明季设澎水标於金门，出汛至澎湖而止。台湾原属化外，土番杂处，未入版图。然其时中国之民潜往生聚，已不下万人。郑芝龙为海寇，据为巢穴。及崇祯元年，芝龙就抚，借与红毛为互市之所。红毛联结土番，招纳内地民，渐作边患。至顺治十八年，郑成功盘踞其地，纠集亡命，荼毒海疆。传及其孙克塽，积数十年。一旦纳土归命，善后之计，尤宜周详。若弃其地、迁其人，以有限之船，渡无限之民，非阅数年，难以报竣。倘渡载不尽，窜匿山谷，所谓藉寇兵而赍盗粮也。且此地原为红毛所有，乘隙复踞，必窃窥内地，鼓惑人心。重以夹板船之精坚，海外无敌，沿海诸省，断难安然无虞。至时复勤师远征，恐未易见效。如仅守澎湖，则孤悬汪洋之中，土地单薄，远隔金门、厦门，岂不受制於彼，而能一朝居哉？臣思海氛既靖，汰内地溢设之官兵，分防两处：台湾设总兵一、水师副将一、陆营参将二、兵八千；澎湖设水师副将一、兵二千。初无添兵增饷之费，已足固守。其总兵、副将、参、游等官，定以二三年转升内地。其地正赋杂粮，暂行蠲豁。驻兵现给全饷，三年后开徵济用，即不尽资内地转输。盖筹天下形势，必期万全，台湾虽在外岛，关四省要害，断不可弃。并绘图以进。”疏入，下议政王大臣等议，仍未决。上召询廷臣，大学士李霨奏应如琅请。寻苏拜等疏亦用琅议，并设县三、府