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起诉书前言最后一段是这样写的：
“因此，上述各国，根据1945年11月26日波茨坦宣言，1945年9月2日日本投降书和1946年1月19日盟国最高统帅部所颁布并于1945年4月26日修正过的本法庭宪章，经由下面签名的赋有代表其各自政府参加对首要战犯们进行侦查和起诉的全权代表，兹对上开全体被告人犯，就下列所指范围，即破坏和平罪、战争犯罪、违反人道罪，并就法庭宪章中曾加以定义的各种罪行的共同计划或阴谋，提起控诉。据此，上述各国提出下列各罪状中所指名的各犯作为本案的被告。”
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对被告们控诉的五十五项罪状（1）
继“前言”之后，起诉书便提出了对被告们控诉的罪状共五十五项，其中有些是对全体被告提出的，有些是对一部分被告提出的。这是起诉书的主要部分。这五十五项罪状又分为三大类：第一类是“破坏和平罪”（亦即侵略罪）；第二类是“杀人罪”；第三类是“其他普通战争犯罪及违反人道罪”。兹分述如下：
第一类破坏和平罪（自罪状第一至罪状第三十六）
罪状一全体被告，在1928年1月1日起至1945年9月2日期间内，曾以领导者、组织者、教唆者或同谋者之资格参加制定或执行一个共同计划或阴谋，因而他们对于任何人在执行这个计划中的一切行为均应负责。这个计划或阴谋的目的系在取得日本对东亚太平洋、印度洋以及两洋附近各国和洋内各岛之海陆军及政治经济的控制地位。为达此目的，他们阴谋单独地或联合其他国家进行侵略战争及违反国际法、条约、协定及保证之战争，以对付任何反对此项目的国家。
罪状二全体被告，在罪状一所述的期间内，曾以罪状一中所述的资格参加制定或执行一个共同计划或阴谋。其目的系在用直接攫夺或设立傀儡政权的方法，取得对中国辽宁、吉林、黑龙江及热河各省之陆海军及政治经济的控制地位。为达此目的，他们阴谋进行侵略战争及……之战争，以对付中国（注：加“……”处系重复罪状一中之词句，因而从略。以下同此）。
罪状三全体被告在……期内，曾以……资格参加制定或执行一个共同计划或阴谋。其目的系在……取得对中国全部之陆海军及政治经济的控制地位。为达此目的，他们阴谋进行侵略战争及……之战争，以对付中国。
罪状四全体被告，在……期间内，曾以……资格，参加制定或执行一个共同计划或阴谋。其目的系在取得东亚太平洋、印度洋及其附近各国之海陆军及政治经济的控制地位。为达此目的，他们阴谋进行侵略战争及……之战争，以对付美国、英联邦（包括大不列颠及北爱尔兰联合王国、澳大利亚、加拿大、新西兰、南非、印度、缅甸、马来西亚以及英帝国在国际联盟中没有代表出席的其他部分领土）、法国、荷兰、中国、葡萄牙、泰国（暹罗）、菲律宾、苏联和任何反对他们的国家。
罪状五全体被告在……期间内，曾以……资格，参加或执行一个共同计划或阴谋。其目的系在使德、意、日三国取得全世界之陆海军及政治经济的控制地位，三国并将各在其自己范围内拥有特殊的控制地位，日本的范围将包括东亚太平洋、印度洋以及两洋附近各国及其中各岛屿。为达此目的，他们阴谋伙同德意两国互相支援，进行侵略战争及……之战争，以对付妨碍他们达此目的的国家，特别是美国、英国、法国、荷兰、中国、葡萄牙、泰国（暹罗）、菲律宾及苏联。
——以上五项（1—5）系对全体被告共同阴谋进行侵略战争的控诉。
罪状六全体被告，在……期间内，曾计划及准备对中国进行侵略战争及……之战争。
罪状七全体被告，在……期间内，曾计划及准备对美国进行侵略战争及……之战争。
罪状八全体被告，在……期间内，曾计划及准备对大不列颠及北爱尔兰联合王国以及在本起诉书各罪中未单独列举之英联邦的其他部分进行侵略战争及……之战争。
罪状九全体被告，在……期间内，曾计划及准备对澳大利亚进行侵略战争及……之战争。
罪状十全体被告，在……期间内，曾计划及准备对新西兰进行侵略战争及……之战争。
罪状十一全体被告，在……期间内，曾计划及准备对加拿大进行侵略战争及……之战争。
罪状十二全体被告，在……期间内，曾计划及准备对印度进行侵略战争及……之战争。
罪状十三全体被告，在……期间内，曾计划及准备对菲律宾进行侵略战争及……之战争。
罪状十四全体被告，在……期间内，曾计划及准备对荷兰进行侵略战争及……之战争。
罪状十五全体被告，在……期间内，曾计划及准备对法国进行侵略战争及……之战争。
罪状十六全体被告，在……期间内，曾计划及准备对泰国（暹罗）进行侵略战争。
罪状十七全体被告，在……期间内，曾计划及准备对苏联进行侵略战争及……之战争。
——以上十二项（6—17）系对全体被告计划及准备侵略战争的控诉。
罪状十八被告荒木、土肥原、桥本、平沼、板垣、小矶、南、大川、重光、东条、梅津，在1931年9月18日或其前后，曾对中国（按，指东北四省）发动侵略战争及违反国际法、条约、协定和保证之战争。
罪状十九被告荒木、土肥原、桥本、、平沼、广田、星野、板垣、贺屋、木户、松井、武藤、铃木、东条、梅津，在1937年7月7日或其前后，曾对中国（按，指中国全部）发动侵略战争及……之战争（注：加“……”处系重复罪状十八中之词句，因而从略。以下同此）。
罪状二十被告土肥原、平沼、广田、星野、贺屋、木户、木村、武藤、永野、冈、大岛、佐藤、岛田、铃木、东条、东乡，在1941年12月7日或其前后，曾对美国发动侵略战争及……之战争。
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对被告们控诉的五十五项罪状（2）
罪状二十一罪状二十中列名之各被告，在1941年12月7日或其前后，曾对菲律宾发动侵略战争及……之战争。
罪状二十二罪状二十中列名之各被告，在1941年12月7日或其前后，曾对英联邦发动侵略战争及……之战争。
罪状二十三被告荒木、土肥原、平沼、广田、星野、板垣、木户、松冈、武藤、永野、重光、东条，在1940年9月22日或其前后，曾对法国发动侵略战争及……之战争。
罪状二十四罪状二十中列名之各被告，在1941年12月7日或其前后，曾对泰国发动侵略战争及……之战争。
罪状二十五被告荒木、土肥原、、平沼、广田、星野、板垣、木户、松冈、松井、重光、铃木、东乡，在1938年7月及8月中，曾进攻苏联哈桑湖地区，发动对苏联之侵略战争及……之战争。
罪状二十六被告荒木、土肥原、、平沼、板垣、木户、小矶、松冈、松井、武藤、铃木、东乡、东条、梅津，在1939年夏季曾进攻蒙古人民共和国之喀金戈尔地带，发动对蒙古之侵略战争及……之战争。
——以上八项（18—26）为对部分被告发动侵略战争的控诉。
罪状二十七全体被告，在1·9·3·1·年9·月1·8·日至1945年9月2日期间内，曾对中国实行侵略战争及违反国际法、条约、协定及保证之战争。自本项（罪状二十七）起至罪状三十六止，控告的是被告们对各盟国实行（实际进行）了（waged）侵略战争。在此以前的各项罪状（罪状第一项至第二十六项）系控告他们共同计划或阴谋实行侵略战争，以及他们对各盟国策划和准备了（planned and prepared）侵略战争和发动了（initiated）侵略战争。起诉书中把侵略战争的步骤分得如此琐细是否明智，在本章第五节（起诉书的特点和缺点）中将有详细的讨论，此处不赘。
罪状二十八全体被告，在1·9·3·7·年7·月7·日至1945年9月2日期间内，曾对中国实行侵略战争及……之战争（注：加“……”处系重复罪状二十七中的词句，因而从略。以下同此）。本项罪状的措词几乎与前项（罪状第二十七项）完全相同，所不同的只是犯罪开始的日期。前项的犯罪日期系从1931年9月18日（即“沈阳事变”）算起，至1945年9月2日（日本投降）为止。而本项的犯罪日期系从1937年7月7日（即“卢沟桥事变”）算起，至1945年9月2日为止。按照逻辑或普通常识讲，从1931年9月18日开始的对中国的侵略必然包括从1937年7月7日开始的对中国的侵略在内。因此，本项罪状作为一项独立的罪状提出，非但是不必要的，而且是重复的，容易造成混乱。起诉书内容之重床叠架，画蛇添足，以及缺乏逻辑上的严谨性，于此可见一斑。
罪状二十九全体被告，在1941年12月7日至1945年9月2日期间内，曾对美国实行侵略战争及……之战争。
罪状三十全体被告，在1941年12月7日至1945年9月2日期间内，曾对菲律宾实行侵略战争及……之战争。
罪状三十一全体被告，在1941年12月7日至1945年9月2日期间内，曾对英联邦实行侵略战争及……之战争。
罪状三十二全体被告，在1941年12月7日至1945年9月2日期间内，曾对荷兰实行侵略战争及……之战争。
罪状三十三被告荒木、土肥原、平沼、广田、星野、板垣、木户、松冈、武藤、永野、重光、东条，在1940年9月22日及以后，曾对法国实行侵略战争及……之战争。
罪状三十四全体被告，在1941年12月7日至1945年9月2日期间内，曾对泰国实行侵略战争及……之战争。
罪状三十五罪状二十五中所列名之各被告，在1938年夏季，曾对苏联实行侵略战争及……之战争。
罪状三十六罪状二十六中列名之各被告，在1939年夏季，曾对蒙古人民共和国及苏联实行侵略战争及……之战争。起诉书缺乏逻辑上的严谨性在本项控诉中亦有所表现。所谓“蒙古人民共和国”原系中国领土的一部分。1924年6月它虽在苏联的扶植下片面地宣布了“独立”，但中国正式承认其独立却是1946年在当地举行了“公民投票”之后。因此，从严格的法理上说，1939年对外蒙古的侵略不能称为对“蒙古人民共和国”的侵略。据说，关于这一点，中国陪席检察官当时曾提醒检察长注意，但检察长认为名义问题无关宏旨，无理地拒绝修改。
——以上十一项（27—36）系对全体被告或部分被告实行侵略战争的控诉。连同前面对被告们共同阴谋（五项）、计划准备（十二项）和发动（八项）侵略战争的控诉，共计三十六项，构成起诉书内第一类“破坏和平罪”的全部内容。
第二类杀人罪
杀人罪原为普通战争犯罪之一种，但在本起诉书内却特别把它剔出，列为独立的一类，其用意可能是要引起法庭及人们的非常注意和重视。被告们被控的此类罪行共为十六项（罪状三十七至五十二），兹分述如下：
罪状三十七被告土肥原、平沼、广田、星野、贺屋、木户、木村、武藤、永野、冈、大岛、佐藤、岛田、铃木、东乡、东条，在1940年6月1日至1941年12月8日期间内，曾以领导者、组织者、发动者或同谋者之资格，参加制定或执行一个共同计划或阴谋，其目的在以对美国、菲律宾、英联邦、荷兰及泰国发动非法的武装冲突并非法地命令或纵容攻击这些国家的领土、船只及飞机的方法，去杀害和谋杀这些国家武装部队的成员和被攻击地点的平民，而这些国家与日本原系处于和平状态的。
对被告们控诉的五十五项罪状（3）
这种攻击之所以非法是由于它违反了1907年10月18日签订的海牙第三公约第一条关于战争开始的规定。本罪状中列名的每一被告对于违反或藐视该约的行为和后果都负有责任。
罪状三十八被告土肥原、平沼、广田、星野、贺屋、木户、木村、松冈、武藤、永野、冈、大岛、佐藤、岛田、铃木、东乡、东条，在……期间内，曾以……之资格，参加制定一个共同计划或阴谋，其目的在以……的方法，去杀害和谋杀……（注：加“……”处系重复罪状三十七中之词句，因而从略。以下同此）。
这种攻击之所以非法，是由于它违反了1908年11月30日美日两国关于远东政策的换文（第二条及第三条），1921年12月13日英、法、日、美签订的“关于太平洋区岛屿属地及领地的条约”（第一条），以及1928年8月27日英、美、日、德、法、比、波、捷等十五国所签订并为世界大多数国家（四十八国）所加入的“巴黎非战公约”，