照湖南人的办法，开始自己供养军队。不过，他所重用的将领，多数是湖南人。
湘军中著名的将领是请不到的，他所倚重的道员王德榜和段起，都是湘军非主力部队的将领，指挥小部队作战。后来经验累积，终于成为大将。再后来，江忠义与席宝田留守江西，成为劲旅，其中席宝田名声最大。
沈葆桢刚来江西上任时，率领一千人奔赴广信，检阅边防。曾国藩派飞马送信阻止，并嘱咐他处理好官员的任免和军饷的供应。沈葆桢已经出发，接到曾国藩的书信后，立刻返回南昌，颇为难堪。
于是，曾国藩依靠江西为军饷的来源，每月调拨五万两银子的农业税给徽州和宁国的驻防军，调拨关税三万两银子偿还拖欠的军饷，而每年一百多万两银子的商业税收，全部供给湘军东征。
左宗棠的东征在3月初又有进展。他下令从马金街进攻遂安，派王开来、刘典和刘璈分路攻打城西的杨村，令李耀南所部在北岗列队，迷惑太平军，又令张声恒率所部凫水到达太平军后方。当天夜晚，太平军弃城而走。
1862年，同治元年（6）
浙江西南部的民团攻克了遂昌。松阳的太平军南下云和与景宁。浙江东南部，太平军从黄岩南下袭击乐清，青田的太平军越过温州，攻占瑞州。清军在温州的防御岌岌可危。闽浙总督庆端移驻福建浦城。
浙江的湘军兵力深感不足，指望蒋益澧率领的八千人快一点到来。广西的另一名湘军将领刘坤一也接到新的任命，出任广东按察使，清廷催促他去广东上任。
3月1日，赵景贤选拔三千名死士，誓为湖州解围。他们从南门和北门分头出击，两队各扫除十座壁垒，夺得太平军的军粮，运进城内。从此太平军不敢把军粮靠近城边屯放。
赵景贤的部队仍然饿着肚子，因为城内城外仍有八千多名兵勇，百姓有男女十一万多人，眼看就要断粮。
过了两天，上峰下达密令，要赵景贤赴福建新任，并通知他，朝廷已赏加给他布政使官衔。消息传出，部队士气大振。
清廷要调走赵景贤，是因为顾惜他这个人才，寄上谕垂询曾国藩，密令他轻装上任，让他以保卫桑梓的这股劲头，去守卫福建的疆土。
赵景贤自然对清廷感恩不尽，发誓要死守湖州。他派人送帛书到上海，告诉叔叔赵炳麟，说湖州“众志成城，守死善道。”还说：“我家出一个良臣，不如出一个忠臣。”
广西的湘军宿将都被清廷调走了，只剩下刘长佑一个孤家寡人。他只好放下文治，亲自率领部队作战。他的部队已于2月份攻克了罗白和土县，现在派副将郑金华驻扎浔州，派右江道蒋泽春率水师跟随在后，派道员易元泰率部驻扎莲塘。
228
从上一年起，湘军陆续在川东集结兵力，对川东顺天军造成了威慑。3月5日，顺天军一部从新宁南逃，联合垫江的起义军，挺进东南，奔向丰都。
石达开的部队恰好也在向丰都运动。他们从湖北西南角上的利川，走偏僻的小路进入四川，向西南方斜插，攻占石柱。然后继续西进，在丰都的羊肚溪渡江。
对于来到四川东南部的两支起义军，湘军更重视石达开的部队，连忙出兵拦截。石达开便率部沿长江南岸西下，到达涪州的小河。
顺天军的另一支部队驻扎在涪州以南的鹤游坪，新宁与垫江的顺天军到达丰都之后，涪州一带便有了三支起义军。他们之间或者相隔几十里，或者相隔一百里。奇怪的是，他们都互不联络，有利于兵力不足的湘军各个击破。
刘岳昭率部来到了夔州，田兴恕也自请来四川作战，骆秉章又增添了生力军。清廷担心贵州的清军和四川的湘军对起义军发起夹攻，会把起义军逼进陕西，便命令陕西巡抚瑛棨防守兴安和定远，陕甘总督沈兆霖也派兵防守阶文。
左宗棠率部于3月9日进占浙江遂安，留下王文瑞和王开来的部队驻守。太平军从淳安开来，围攻遂安，王文瑞多次发起反击，将太平军击退。太平军分为两支，一支奔向严州，另一支奔向休宁。
李世贤率领金华和龙游的大部队围攻衢州，攻势猛烈。负责城防的李定太部深感吃力。左宗棠亲自带兵去救，到达常山的水南，侦察到太平军已占据招贤，阻塞湘军的粮食运道，便令刘典和黄少春等人率部分左右进击，张声恒和刘璈率部接应。
刘岳昭的前军二千五百人于3月12日从万县溯长江而上，约定与唐炯等人的部队在涪州会师。
石达开所部的游骑兵向西驰骋，到达涪州和巴州南岸，无法渡江。鹤游坪的顺天军隐藏不出，丰都顺天军又朝东北方向进兵，袭击忠州和###，奔向云阳。湘军在重庆集结兵力，专门防备石达开的部队。
美国人华尔率领洋枪队在上海攻克萧塘。与此同时，曾国荃率领在湖南新募的部队开到安庆，与曾国藩商讨进取谋略。清廷下诏，任命曾国荃为江苏布政使。
曾国荃率领新军从安庆东下，前锋到达巢湖与和州。湘军水师攻克裕溪口。
曾贞幹的营务官黄润昌决定亲自领兵打仗。他发现安徽南部的三山一带，有一些地方武装，多数投靠了太平军。他发挥策反的特长，诱降了四千人，编成自己的部队，叫做“坤字营”。然后，随同曾国荃的部队一路攻战。
左宗棠派出的增援部队，于3月25日黎明到达招贤，太平军来不及排列阵势，就弃械而逃，衢州的粮道就此打通。
1862年，同治元年（7）
李世贤的部队从大洲向江山推进，代理布政使李元度向左宗棠请援，左宗棠分派两支部队前往。
援军于3月30日开抵大陈，太平军已在前一天夜间撤走。
李永和的部队招架不住湘军的攻势，于3月31日从铁山向东南突围，奔赴富顺和宜宾，另派一支部队北援青神。
229
李元度于4月1日率领十营兵力从浙江西部边界城市江山出战，碗窑的太平军从小清湖渡河前来迎击，李元度发起反攻，将太平军击退。
李元度马上又面临新的威胁。一支太平军于4月3日攻破峡口福建清军的军营。左宗棠料定这支太平军会扑向江山，便决定增派部队西援。他接到探子报告，说李世贤占据了花园港，便派刘典率部与李元度的安越军一起攻打花园港，未能攻克太平军的防线。左宗棠亲自率军前进，于4月6日到达石笏。
李世贤率轻骑到达小清湖，左宗棠得到消息，急令玉山守军将领顾云彩联合刘典、黄少春和佘翠隆等人的部队拦截，想一举抓获太平天国的侍王，可是李世贤在激战中逃脱。
花园港和石门的太平军不等李元度发起攻击，抢了先手，扑向安越军的营垒。左宗棠令朱明亮率部前往河干堵截，刘典率各营大声呼喊，冲入阵中，太平军抵挡不住，四散奔逃。
4月16日，刘典、刘璈和杨昌濬等部分三路攻打石门，冲破太平军的几重关卡，进攻花园港。军士们拔掉花篱，攀垒登城，太平军凿穿墙壁，从墙孔发炮，湘军死伤三百多人，无法突破。
4月20日，杨昌濬和刘典等部又分三路逼近花园港，发射火箭，焚烧太平军的木棚，不料天降倾盆大雨，将火焰淋熄。太平军出垒，拼死抵抗，宁乡人黄少春三处受伤，便下令撤退。
杨昌濬的左路军攻破太平军主将翟天凤所部的七座壁垒，解除了衢州清军所受的威胁。杨昌濬就任衢州知府。
4月22日，太平天国对王洪春元听说花园危急，领兵从衢州杀到双桥，号称有几万兵力。左宗棠将部队分为两路，一路攻打花园，另一路抵抗洪春元的援军。
太平军不愿与湘军交战，于4月24日从上台毛村绕过衢州南侧，奔向龙游。左宗棠返回常山。李世贤率部撤回金华。
温州民团出兵攻击太平军，迫使各路太平军返回处州，在松阳和遂昌集结。林文察率部攻打遂安，太平军从江山赶来增援，林文察率部在石练将太平军击退。
石达开于4月初率部从小河取道朱家觜，在浅水区跋涉偷渡，包围涪州城，挖地道发起猛攻。恰好刘岳昭的前军和唐炯的部队都已到达涪州，唐友耕分兵守城，内外夹击，将仰天窝和堡子城的太平军壁垒全部攻破，斩杀和俘虏近万人。涪州解围，石达开率部奔向二十里外的蔺市。
刘岳昭率领的后队有两千兵力，道员张由庚扼守李渡溪，防止太平军渡向江北，并且监视鹤游坪的顺天军。刘岳昭和唐友耕率部渡到江北，奔赴重庆，赶在太平军前面。唐炯的部队驻防涪州，防止石达开杀个回马枪。
李永和派出的增援部队已从宜宾来到青神。萧庆高率部于4月5日将增援青神的顺天军击退。4月6日，青神城内的顺天军沿长江南岸，东奔宜宾，分为两部，一部驻扎天洋，另一部驻扎在八角寨。萧庆高率部攻克青神和丰都。顺天军向东北方向进军，袭击忠县和万县，奔向云阳。田兴恕已派出总兵熊焕章率领一千五百人增援四川。
湘军在贵州的兵力减弱以后，清廷在这个省的防务漏洞百出。在贵州的西南角上，回民起义军于4月份攻占了兴义。在贵州东部，石阡和铜仁的苗民起义军攻打镇道营垒，全部攻破。起义军南下，攻打邛水，将驻防军击溃。湘军接到警报，从湖南进驻铜仁。起义军北上松桃，南攻天柱。
湖南增兵防守天柱以北一百里处的晃州。镇筸总兵分部防守。江忠义已经病归故里，新宁人江忠朝和邓子垣接管了他的部队，奉命奔赴贵州增援。
清廷下诏，责备韩超一味依靠湖南的援军，辜负了朝廷托付疆土的重任。
230
上海派出的七艘英国商船在4月初驶抵安庆，迎接李鸿章的部队。
李鸿章的淮军先头部队在春节过后就陆续开到安庆集训，共有四个营，即张树声的树字营，刘铭传的铭字营、潘鼎新的鼎字营和吴长庆的庆字营。
1862年，同治元年（8）
四营淮军抵达安庆后，曾国藩召见各营将领，亲自考察，并为淮军订立营制营规。
曾国藩担心新建的淮军兵力过于单薄，还从湘军各部调兵借将，其中整营拨归淮军的有张遇春的春字营和李济元的济字营，太平军降将程学启的开字两营；麻阳人滕嗣林和滕嗣武的湖南新勇林字两营，以及后到的陈飞熊的熊字营和马先槐的垣字营。
曾国荃的部将郭松林也转入淮军，立刻升为副将。
此外，曾国藩还送给李鸿章两营亲兵，分别由韩正国和###才率领，作为“赠嫁之资”。
三十一岁的长沙人黄中元奉调从霆字营来到李鸿章的亲兵营担任营官，成为早期淮军的中坚人物之一。
在这些湘军部队中，以桐城人程学启的开字两营作战最为凶悍，士卒多系安徽人，其中包括丁汝昌。这样，李鸿章初建的淮军，就有了十四个营的建制，每营正勇五百零五人，长夫一百八十人，共计六百八十五人。
曾国藩于3月份由李鸿章陪同，检阅已在安庆集结的淮军各营，淮军宣告成立。随后，上海士绅雇用七艘英国商船，将淮军分批由水陆运往上海。
李鸿章留下李济元的济字营驻防池州，因此分批乘船前往上海的淮军共计十三营约九千人。
李鸿章率领第一批湘淮军开赴上海，总兵力为五千五百人。轮船于4月6日开航，于4月8日到达上海，在城南扎营。
淮军的后续部队是李鸿章的三弟李鹤章在合肥故乡招募的旧部团练，其中的将领包括内亲李胜和张绍棠，昔年好友德模和王学懋，以及父亲李文安的旧部吴毓兰和吴毓芬等。这些东乡团练，与西乡周盛波和周盛传兄弟的盛字营，都属于第二批成军的淮勇，后来从陆路陆续开赴上海。
李鸿章到达上海时，曾国荃正领兵从无为北上，进军巢县与和州。他命令刘连捷率部驻扎望城冈，自己率领六千人驻扎在巢县东北。黄翼升和李成谋等人的水师部队攻打铜城闸，陈湜等人率陆师会攻。两军攻占闸东和闸西的太平军壁垒之后，乘胜攻克了雍家镇。
4月18日，湘军包围巢县。太平军听说铜城闸已被攻破，紧张万分，打算撤退。曾国荃挥师跃登城墙，杀死几名守城的太平军。城内守军惊扰，夺门而出。湘军斩杀几千人，攻占巢县。
曾国荃挥师向北追杀，抵达含山，分两翼包抄，大破从巢县撤出的太平军。含山城内的太平军望见城外的兄弟部队失利，不战而逃。湘军在同一天攻克含山。
多隆阿的部队正在进攻庐州。陈玉成向天京求援，洪秀全派陈坤书和黄文金率大军增援庐州，从九洑洲渡到江北，三天三夜骆绎不绝。太平军顺便攻克了李世忠沿江修筑的三座壁垒。
在天京上游的上士湾，�