当参加起义的军官们接受法庭审判时，有一个名叫特奥瓦尔多·奎尔沃·卡斯蒂略的军官在法庭上理直气壮地说：“我们看到国家生活在痛苦中，我们感到需要恢复被3月10日政变破坏了的国家宪法和民主节奏。”
在卡斯特罗收阅雷内·拉莫斯·拉托尔的信和得知参加起义的人有300人被打死后，心情十分沉重，这实在是前所未有的惨剧。他认为这次起义充满了一种盲目的乐观，缺乏周密的协调，过分低估了巴蒂斯塔政府及其军队的力量，这是失败的主要因素。
根据起义的原计划，在拉斯维利亚斯省发动起义后，如果出现不利局面，起义队伍便向埃斯坎布赖山地区退却，然后在这里建立第三游击阵线，但这个计划未能实现。由于该省七·二六运动组织隐藏了几十支狙击步枪和8支其他型号的步枪，当卡斯特罗得知这件事后，立即要求将这批枪支送到马埃斯特腊山根据地，以充实部队的战斗。他还对大家强调说：“我宁愿要一个带武器来的间谍而不是手无寸铁的同情者。问题在于间谍们到达山区时，我们有能力赶走他们……所有步枪、所有子弹、所有物资都上山！”
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坚持灵活游击战（2）
这次起义失败的经验教训，使卡斯特罗的战略构想更加成熟了，另外对作战的部署也有了新的认识和调整。因此，他坚决反对分散游击队伍，确立了集中兵力打击敌军的原则，确立了坚持独立游击战的原则。至于在平原建立第二阵线的问题，他现在认为成功的可能性很小。除此之外，从西恩富戈斯此次起义失败中暴露的问题来看，“七·二六运动”对反政府战争的指导战略存在不同见解，有部分城市工作负责人仅仅将山区的游击战看作象征性的代表，根本不是支柱，过分强调推翻独裁统治的重要条件是全国性的总罢工。由此可见，这些人十分依赖总罢工的力量，而“七·二六运动”工人部领导人也急于建立全国工人阵线。对于组织出现的这种浮躁现象，他认为这完全是一种幼稚病，是一种不切实际的幻想。
为了加快推翻巴蒂斯塔独裁政府的进程，卡斯特罗并不反对与各党派建立联合阵线，但前提是不排斥山区的游击队，不分散游击队，必须支持山区的游击战争，而游击队又是独立的，不受任何组织支配，这是他一直坚持的原则。
9月17日，在这个金秋时节里，漫山遍野充满了一种迷人的秋色。但卡斯特罗没有闲情逸致来欣赏这种迷人的景色，而是率部发起了空前激烈的皮诺阿瓜战斗。在他周密的部署和指挥下，勇敢的游击队向被包围的敌军发起猛烈攻击，经过短短的3个余小时的激战，便结束了战斗，并取得了重大胜利。此战，游击队以伤亡9人的极小代价全歼皮诺阿瓜守敌，这一仗打得非常漂亮，使部队的士气更加高涨。
由此可见，皮诺阿瓜战斗充分展示了卡斯特罗高超的指挥艺术，这种指挥艺术建立在善于分析和判断的基础上。他往往能准确判断敌军的行动，每当游击队攻打一个地方后，敌机很快会来轰炸这里，于是他命令部队迅速撤离战场，这样使敌机每次都在气势汹汹之下扑空。除此之外，他还善于听取和采纳如医生、士兵马丁内斯、派斯的意见，然后再作出自己的决策。多年以后，派斯对此回忆时说，在没有军事行动的夜晚，卡斯特罗又无法入睡时，派斯便常常被叫去长谈，主要是了解对问题的看法。另外，派斯还记得他总是不停地评论着、策划着、决定着和写信，无休止地要武器，最好是全自动的，特别是伽兰德和M2。因此，这时的卡斯特罗已经在战争中成为一名智勇双全的将军了。
除此之外，塞利娅·桑切斯对卡斯特罗的影响也很大，凡是她的意见他都会认真听取，他的许多决策都是根据她的意见形成的。塞利娅这个聪明、贤淑的女人，已成为他的得力助手、秘书、恋人，甚至还充当他的贴身保镖。但是，他虽然与塞利娅的关系如此亲密，却始终没有结婚。
这时，卡斯特罗还在部队中建立了一支女兵队伍，塞利娅负责这支队伍的工作。女兵们除了配合部队打仗外，还分别担任通讯、照料伤员的任务。另外，还有些像特特·普埃夫拉这样的女兵负责缝纫、做饭、协助文盲通信。同时，她们均担任扫盲班的老师。除了上述工作外，有时当部队宿营超过一天时，女兵们便在河边溪畔为战士们洗惟一的衣服，因为战士们没有更换的衣服。由于有这样一支女兵的存在，使部队的生活条件得到了大大改善。另外，她们还充分利用大蒜、各种蔬菜、母骡和其他牲畜肉，为部队提供可口的饭菜，使战士们打仗时更有力气。
卡斯特罗是个爱兵如命的人，同时也十分珍惜人才。但是，他对部队的管理是非常严格的，并制定了严格的军纪，对违反军纪的官兵绝不留情，比如当他发现行军队伍中有摇摇晃晃的酒醉者时，坚决将其清除出革命队伍，绝不容忍这种人在队伍中存在。他曾对此说：“那是在‘七·二六运动’的人员中萌发的一粒匪帮主义的种子。一个例子：有一组人抢劫了一个仓库，犯了罪……卡来洛（西恩富戈斯）带人查实，逮捕了肇事者……审讯、判决、处以极刑……”
然而，卡斯特罗并不是对所有犯错误的官兵都采取驱除的办法，这要根据当时的事实和情况而定。比如他得知四中队的拉洛·萨迪尼亚斯上尉因训斥一名士兵时，手中的枪突然走火，不幸击中了这名士兵。这件事发生后，立即“在军中引起一次哗变”。在这种情况下，据他对此说：“我立即到达现场，把拉洛看管起来。战士们要求速决处理：游击队中禁止体罚战士……”卡斯特罗赶到现场，详细了解情况后，认为部队中已经损失了一名战士，如果再枪毙一名上尉，部队中将会又损失一名优秀指挥员，而眼下正是用人之际偏偏又是兵少马缺。因此，他经过认真思考后，建议采取投票表决的方式，来决定是否枪决或降级的处罚。大家同意他的建议，投票的结果是240余人中反对和赞成者各占一半，在这种情况下，他向大家发表讲话，用生动的言词为上尉进行一小时辩护，然后请求第二次表决，最后表决的结果是上尉获得宽恕。通过这起事件，他既教育了部队，又为部队保留了一名优秀指挥员。
10月22日，在这多事之秋的时节，卡斯特罗率部来到马达莱纳河畔地区，他命令部队就地宿营。在这里，他得知有一伙土匪打着游击队的旗号对群众进行骚扰，在光天化日之下奸淫掳掠。于是，他立即指挥部队将这伙土匪抓获。土匪头目叫齐诺·张，并同另外两名土匪被捆在树上。当决定枪决他们时，3名土匪拒绝蒙住眼睛，声称要亲眼看见子弹射中他们的胸膛，并高呼革命万岁。临死前，头目齐诺·张请求随军的神父吉列尔莫·萨迪尼亚斯为他作临终涂油礼，然而神父此时却在远离营地的地方。
坚持灵活游击战（3）
卡斯特罗见这3个土匪表现得极为勇敢，面对死亡不眨一下眼睛，这种勇气实在很难得。于是，他决定给他们一次活着的机会，对他们进行教育后，参加游击队。3个土匪答应痛改前非，争取当一名合格战士。
11月下半月，卡斯特罗在整顿军纪的同时，指挥第一、四中队协同或分散与巴蒂斯塔的军队进行了数次激烈的战斗，取得了一系列的胜利。在这期间，日益强大的游击队发起了莫雷翁、圣洛伦索、马乔、加维罗、莫塔、埃尔萨尔托、贝吉塔斯、查帕拉等战斗或战役，给巴蒂斯塔的军队以沉重打击，改变了以前孤军奋战的被动局面。另外，他下令处决滥杀无辜群众的政府军中的费尔明·科莱上校的同时，对未经他批准而擅自发动贝吉塔斯战役的排长们，进行了严肃的撤职处分，尽管他们取得了战役的胜利。
此外，卡斯特罗继续在部队中整顿军纪，对犯了严重错误的官兵绝不姑息。当他得知一个叫阿里斯蒂迪奥的游击队战士，因贪恋金钱将刚刚领到的手枪很快卖掉了这件事时，立即派人去调查。在情况属实的情况下，他下令处决这个毫无革命信念的战士。切·格瓦拉日后对此说：“阿里斯蒂迪奥时运不佳，他犯罪的时刻正是我们强大到有足够的力量对他那种行为进行断然惩处，也不值得对他费更多的事……”
经过卡斯特罗严肃整顿军纪后，部队的面貌由此焕然一新，成为一支与巴蒂斯塔军队完全不同的军队，是一支爱护群众、纪律严明的军队。卡斯特罗始终认为，一支没有纪律和信念的军队，是一群没有战斗力的乌合之众，是不可能战胜杀气腾腾的敌军的。因此，纪律是提高部队素质和战斗力的重要基础。
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一封很特别的信（1）
2004年12月23日，古巴哈瓦那，古巴国家银行主席Francisco Soberon在和卡斯特罗主席说话
当卡斯特罗率部在马埃斯特腊山区与巴蒂斯塔的军队进行作战，并坚持独立的游击战争时，国内国际形势正在发生急剧变化，尤其是美国正在加紧干涉古巴内政。因此，美国总统艾森豪威尔认为古巴是襁褓里的婴儿，离不开美国的支持，巴蒂斯塔曾得到五角大楼的支持，尤其是得到副总统理查德·尼克松的支持，但现在形势发生了不一样的变化。
此外，与巴蒂斯塔政府有亲密关系的、原驻古大使厄尔·史密斯回到美国后，他在控告美国中央情报局长阿伦·杜勒斯的同时，建议派特工打入卡斯特罗的游击队的高层领导机构，弄清共产党对卡斯特罗的影响程度。不过，美国政府中的温和反对派主张与卡斯特罗对话，因为他们认为在卡斯特罗的革命纲领中没有反美内容。与此同时，他们积极同“七·二六运动”领导人福斯蒂诺·佩雷斯、阿曼多·阿特等进行接触，并就有关问题交换意见。另外，美国中央情报局官员罗伯特·维查作为驻圣地亚哥副领事，积极为“七·二六运动”提供资助。
卡斯特罗虽然不反对与美国政府对话，但他仍然对美国政府的诚意表示怀疑，并保持高度警惕。因此，他仍然全力致力于发展和扩大游击队的工作，这是促使巴蒂斯塔下台的最有力的动力。于是，他派豪尔赫·索图斯下山，前往迈阿密为游击队筹资和运送武器。与此同时，劳尔·奇瓦斯也走出国门，积极为游击队筹措资金和武器。这时，他还获得确切的消息，古巴政府反对派的联合工作正在美国紧锣密鼓地进行。
1957年11月1日，经过有各党各派参加的一系列会谈后，终于形成了迈阿密协议，实际是组成了“古巴解放委员会”。参加“委员会”的共有七个流亡组织，即：（真正）古巴革命党、（正统）古巴人民党、真正组织、大学生联合会、革命工人领导委员会、民主党、革命领导委员会和没有派代表参加的“七·二六运动”。
根据“古巴解放委员会”的建议，在拟定的纲领中决定成立以帕索斯为首的临时政府，将接受美洲国家组织和联合国的监管，并在18个月内实行改革和举行大选。然而，这个拟定的纲领，或是协议，完全与卡斯特罗、劳尔·奇瓦斯、费利佩·帕索斯于7月联名发表的马埃斯特腊山宣言背道而驰，其中的主要内容是不反对外国干涉和军人执政。
不久，委员会形成的协议被送到哈瓦那后，“七·二六运动”的领导看到这个协议后，感到十分震惊，因为协议上有费利佩·帕索斯和军方代表莱斯特·罗德里格斯代表组织签的字，但他们从未参加任何协议的谈判。在这种情况下，“七·二六运动”的领导人商议后，决定起草一份致委员会的声明，明确告知“七·二六运动”对委员会不承担任何允诺，直到听取卡斯特罗的意见。但是，这份由阿曼多·阿特和路易斯·布赫起草的声明并没有完全否定协议的签名，因为他们很快知晓了“七·二六运动”的领导人豪尔赫·索图斯和雷内·拉莫斯·拉托尔（即丹尼尔）也支持这个协议。
在此之前，莱斯特为了向国内运送武器，在墨西哥与原总统普里奥的代表举行会谈，并在这里见到了自格拉玛号远征后，一直留在墨西哥的佩德罗·米雷特和阿尔弗雷多·格瓦拉。当卡斯特罗率远征军出发后，米雷特一直在准备第二次远征古巴，但却没有行动。而阿尔弗雷多·格瓦拉被当局关押几个月后释放。这之后，莱斯特又来到迈阿密，找到革命领导委员会的主要领导人福雷·乔蒙，并�