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后来他任钦差大臣，被派赴广东执行鸦片的禁止进口。林则徐出于责任感，到达现地即埋首于文献的搜集，热中于外国事情的研究。在和英国的接触中，慢慢地亲身体验了真正的“外来的压力”。当然作为一个礼教体制出身的官僚，对外国的理解自有某种程度的局限。但以当时的情况来说，林则徐做出的努力，已很难能可贵了。因为在某种程度上理解外国的事情，分析其所采取的强硬政策，应该与现实不会发生太大的矛盾，但是要把中国强硬的抵抗手段示之于外人，在当时来说，事出必要，不可不为，在当时也确有难度。
可是一旦发生战争，双方打起来，对主张维持现状的特权阶级来说，此属意料之外，非加以阻止不可。北京宫廷里的最高权力者军机大臣穆彰阿，一个热心的维持现状派，就认定是林则徐的强硬政策招来深刻的事态，便以对英交涉不当为由，在战争进行当中把林则徐撤职查办，贬流到新疆的伊犁地方。
林则徐被贬到伊犁，是道光二十二年（1842）二月。三月到达洛阳，四月抵达西安，在这里林则徐病倒了。他抱病出发是在七月，十一月安抵目的地。这一年，林则徐五十八岁。三年后，返任陕甘总督，又重回高职。在新疆的滞留中，林则徐所关心的，仍然是对外问题。
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永远的反烟英雄林则徐（2）
林则徐到达伊犁的第二年，写成一本书叫《俄罗斯国纪要》。根据《国朝先正事略》的记载，有一位深恐西洋侵略中国的年轻后辈，向他求教对策，林则徐说：“西洋（指英国）不足为惧，终犯中国者，惟俄罗斯耶！余已老矣，君辈俟可亲眼见之。”他虽有这样的先见之明，可是在对外问题上已渐渐失去热心。
鸦片战争和太平天国两次战争的十年间，前半段，林则徐是过着贬放的流罪生活；后半段，却是过着复职的地方官生活。从身份来说，的确是不同的两种身份。可是从关心对外关系来说，十年之间却都具有同一色彩。
林则徐与琦善的鲜明对比
林则徐所贬放之地的新疆，现称为新疆维吾尔自治区，居民的大部分是维吾尔族，信奉回教；虽同归清廷统治，但在政治上、生活上，和汉族有所不同。
林则徐回调署陕甘总督时最初办的一件事，就是“办理番案”（他办完这件事后马上又被调任），亦即办理一件少数民族的纷争事件。纷争起因于这些少数民族杀害了地方官吏，并且开始掠夺民物。林则徐在这里铸造大炮，平定了番人的叛乱。利用近代的武器，制压使用弓矢的未开化民族，就像他在广东被英国人所制服一样，事后的处置颇为宽大，除了几个主犯之外，其他人统统释放。
虎门海战图
其后陕甘总督的是满人琦善。林则徐在以主战派的鹰派姿态主张抗英的四面楚歌下，被撤职查办时，接任他的后任钦差大臣同样是这个琦善。琦善把林则徐苦心经营的广东海防设施逐件撤除之后，又把香港割让给英国，他是如假包换彻底的鸽派人物。但他接任陕甘总督后，却一反鸽派人物的嘴脸，变成彻头彻尾的鹰派作风，把黑城撒拉的回教徒造反分子全杀无赦，一个不留。由于手段过于残酷不仁，受到清廷的谴责，被调吉林，贬职流放。
林则徐对于英国是主张战争的鹰派作风，对于边疆的少数民族却是主张和平的鸽派姿态；相反地，琦善对英主和，对沙漠匪徒却主战。
1847年，林则徐调任云贵总督，管辖云南省和贵州省，任地是云南省的昆明。28年前，林则徐曾主持府试于此，可以说是旧地重任，驾轻就熟。可是现在此地却是汉回反目，纷争频繁之地，无日不有殴斗事件发生。回教徒“马大事件”，就是他到任时发生的；马大是回族歌手，他到处演唱讥讽汉人的歌曲，激起汉人的不满，一怒之下汉人烧毁了回教寺院。林则徐对于处理汉回冲突，在贬放新疆的三年期间积有经验，他主张只有良莠之分，没有汉回之别，成功地解决了马大事件。这是他处理民族关系的另一事例。
林则徐在云贵总督任中，长年随侍身边的老妻郑淑卿与他永别，使他痛惋良深。他十四岁订婚，二十岁时成家。因念痛失良妻，又加病魔缠身，便在翌年（1849）提出辞呈，去职回乡。他先离开昆明，到江西南昌百花洲养病。第二年三月，才回到故乡福州。这次回乡，距离他父亲逝世时的丁忧回乡，正好20年。当他回到福州时，又接道光帝驾崩的恶耗，使他倍感家国之忧。
十年前攘外，十年后安内
道光逝，咸丰立，新皇帝又想到这位鸦片战争的英雄，特地召他赴京“听侯简用”。林则徐以年老多病为由恳辞。据福建巡抚的奏文所称：林则徐犯有疝气，时常发作，两腿疼胀异常，难作跪拜之礼，惟言语精神尚称健爽。言下之意，俟他病愈，仍可请他重受大任。林则徐有子三人，女儿林普晴嫁给沈葆桢。沈葆桢亦属异数人才，每见林丈人，必说国家仍需林公之才；林则徐则答以除非国有大事，老夫焉有重出之日？虽为轻轻的一句话，却成为重言。
原来，广西省“上帝会”会众叛乱，首谋洪秀全起兵，是太平天国之乱的开始。当时，由于交通不便，通信不快，情报的传递既非迅速又非正确，再加地方上的叛乱，有损地方官治绩，便尽量压抑情报的流传。情报最终被公开出来，却是由于当地豪强的上京诉苦，因他们的利益受到重大的损害，恳求当局采取强硬措施。
永远的反烟英雄林则徐（3）
清廷第一步的做法，便是改派湖南提督向荣为广西提督，并命云南提督张必禄从旁救援。但乱情不但未受到抑止，反而蔓延得更广。这时，咸丰皇帝便下诏征召林则徐为钦差大臣，一方面念其鸦片战争时的表现果敢，一方面是往返时间的方便，因福建距离广西较近，林则徐由福建赶往处理就比其他人事半功倍。就这样，六十六岁的林则徐，在国家有事之秋，相距十年又拜任为钦差大臣，镇压太平天国之乱。
当时传进林则徐耳中的广西太平天国大乱的消息，仅是广西的当地人和客家人之间的抗争。他以为这次老骥伏枥，应该像处理陕甘总督任内的番案和云贵总督任内的汉回冲突事件一样，并没有把它看得很重大。他带着犯有疝气和痔瘘的病身，在道光三十年（1850）十月离开福州城，走马上任。林则徐等关于虎门销烟的奏折十月十九日（阳历11月22日）在赴任途中，刚到抵广东潮州府晋宁县，即下赤痢，吐泻不止，一命呜呼。六十六岁的病老经不起旅途劳顿，才造成这场悲剧。普宁民众为这位鸦片战争英雄之死备加痛悼。曾全市罢业举哀，为他穿丧服烧香哀悼的几近万人。
林则徐的突然死去，为他保存了民族英雄的英名。如果晚死几年，他将玷污太平天国革命的血迹，和曾国藩、李鸿章、左宗棠一样，背负遗臭万年的恶名。太平天国革命是农民起义运动，是打倒异族统治的民族运动，参加镇压的一方，便成为反动的封建王朝的帮凶。我们认为林则徐是误信广西之乱乃为土客之间的当地人冲突，如认清此为反清的大规模民族起义，他是否会从容上任，衔命镇压，则不得而知。
英人林洛列（Lindley）著有《太平天国》一书，指出林则徐曾收到太平天国领袖洪秀全的劝降书，因反应激烈，生病致死；这样说，林则徐是拒绝投降，出而镇压。但此说纯属恶意中伤，因为林则徐接受钦差大臣的钦命是在十月间，死在十月十九日的赴任途中；而洪秀全的金田起兵，是在十二月十日，这一天正是洪秀全的三十八岁生日，自封为天王。从时间上来说，太平军的起义是在林则徐死后，怎么可以胡言乱语林则徐曾接受洪秀全的劝降书呢？
与太平军的微妙关系
太平天国有十五年的命脉，其时清廷虽已渐走下坡，但仍保持相当的权威。太平天国之乱和当时各地的农民起义不可同日而语，其能建立伟业，完全出于开始几年的满帆风顺，风卷云涌。在他们起兵当初若能受当头棒喝，彻底剿平，也就不会带来清廷十五年之久的烦恼。这有几件凑巧的偶然事故，给太平天国带来好运。接连三次派往镇压的最高责任者相继死亡是第一桩：最初是林则徐之死，继而支援镇压的云贵提督张必禄的病死，林则徐的后任两江总督李星沅，又在到任之后死在广西武宣。
林则徐之死，可说是清廷的一大痛恨事。从他虎门拒英的英雄事迹来看，他是一位团结内部的天才大政治家，依照当时清朝的规矩，能把周围的官僚团结起来，一丝不乱地协力抗英，的确是非有一股号召力难以成事。
清朝的规矩，亦即清廷对待高级官僚的方式，采取“互相监视”的制度。清朝是满族入关统治中国的，所以在中央政府方面，相当于各省大臣的尚书，各以满人和汉人二人任命之。同一行政事务的长官，分属二人管理，就是采用互相督管的政策。次长级的侍郎，也分左侍郎和右侍郎，当然又是满汉各二人任命之。等于说同一部有两位部长和四位次长。曾国藩在镇压太平军之前，就担任过礼部右侍郎，也就是说除他之外，尚有一个汉人侍郎和二个满人侍郎。这是中央政府体制中的满汉互相监视的制度。
地方政府也是一样。太平天国起兵前，广东巡抚（省长）是叶名琛，广西巡抚是郑祖琛，而管辖广东和广西的尚有两广总督，当时是徐广缙。这不是说巡抚之上有总督，而是说他们是对等的关系，互相“会同”处理地方政务。十年前鸦片战争即将爆发时，林则徐以钦差大臣的身份遣赴广东，当时的两广总督是邓廷桢，广东巡抚是怡良（满人），广东海关总督是豫厚庵（满人），广东水师提督是关天培。在这一地方高级官僚集团中，满汉人各占一半，在互相监视的体制下，林则徐登高一呼，他们都团结在他的身边，号令不紊，共同抗英，实在不简单。
永远的反烟英雄林则徐（4）
太平天国的起义，以破竹之势席卷了半壁江山，除了上面所说派赴镇压的三人最高责任者的猝死以外，清廷的互相监视体制也帮了太平军很大的忙。
道光三十年（1850），两广总督徐广缙不知林则徐已死，奏请清廷派林则徐担任钦差大臣，兼任广西巡抚。因为他和广西巡抚郑祖琛有隙，说他老龄多病、粉饰太平。既知林则徐已死，就改任周天爵为广西巡抚。清廷再命李星沅接替林则徐为钦差大臣，但是钦差大臣李星沅和两广总督徐广缙却成为死对头，一方广西巡抚周天爵又偏向于徐广缙，他方广西提督向荣却和周天爵合不来。
中英《南京条约》抄本（局部）
这样，互相勾心斗角，明争暗斗，镇压军步伐就乱了。例如派来支持的湖南兵司令继雄，就是向荣的儿子，他不听周天爵的指挥，就改派四川兵来。而四川兵的军权又操在四川出身的军头向荣手中；另一方面，军粮、辎重的调度之权却是掌握在地方官手上，周天爵和他的靠山徐广缙，便多方刁难，诸多阻碍。钦差大臣李星沅站在一旁，无能为力，只能再奏请赶快从北京调派一位“总统将军”统筹军事。
北京的皇帝，派遣大学士赛尚阿（满人）到广西来调停，并给李星沅、周天爵、向荣三人严重警告，意谓即使派出特使，三人不得袖手旁观，互相牵制，以坏大事。李星沅遵旨写信给向荣说：“异姓同心，无分彼此，和衷共济。”换句话说，大家不要争吵，让太平军渔翁得利。但是，赛尚阿还没到达之前，这位最高长官的钦差大臣李星沅就病死在广西武宣。清廷只得马上改任赛尚阿为钦差大臣。
因死得名，永垂不朽
这样看来，林则徐如不病死在潮州府普宁的赴任途上，得以进入广西经营几年，这些地方军政长官之间的摩擦也就不会发生，洪秀全的太平军也就无法扩大势力。可是，这样又会使林则徐成为镇压太平天国的罪魁。在他本人来说，却是因死得名，他永远是鸦片战争中的英雄。
林则徐还有一个伟大功绩，却为后人忘记，那就是“林公井”，和左宗棠的“左公柳”前后辉映，永垂不朽。他被贬放新疆的三年岁月里，在地方上大力推行开垦事业，兴水利，垦良田。新疆的水利工程便是多多开拓沙漠绿洲：以天山山脉的冰水注入沙漠之中，成为下水道，再把地下水引到缺水的干漠地区，当地人称作“坎儿井”，这是自古有之的引水办法。林则徐到任之后，不知修筑了多少坎儿井，嘉惠干漠地区。因