由于冯云山的天才擘画，一年间，拜上帝教就拥有三千多忠实教徒。冯云山诚可谓熟知人性，善用谋略的政治大师。冯云山虽然用一套神神道道的鬼把戏糊弄群众，但他也深知，要发动一场大规模的反清运动，必须逐步抛弃装神弄鬼的草台班子，转变成一个高效而正规的军政组织，同时也要逐渐将教徒的思想意识从斩妖除魔转变到反清夺权上来，教徒入教的宗旨，应该从信奉上帝，剪除妖魔改为武装暴动，争取生存权利。冯云山预先为拜上帝教的转型埋下伏笔，他在“披着宗教外衣的里面慢慢地灌输着一些简单的概念和政治意识，使他们对现存的制度发生憎恨”（罗尔纲《冯云山传》）。冯云山拟订的教义，往往表面是宗教训条，实际上却是政治制度，他定教规，严格管理教徒，使拜上帝教成为一个有组织有效率的高动员力的准军事团体。冯云山模仿摩西十诫，结合中国的民俗，拟订十款天条，并编成歌诀，方便教徒记忆，又诈称天条为皇上帝所授，成为拜上帝会内部的法律。
十款天条前四条崇拜皇上帝、不拜邪神、不妄呼皇上帝之名、七日礼拜颂赞皇上帝，都是属于宗教方面例行公事的教条。而第五条孝顺父母，第六条不杀人害人，第七条不奸邪淫乱，第八条不偷窃劫抢，第九条不讲谎话，第十条不起贪心，这六条都是根据中国社会情况尤其是中国传统习俗和道德观念对摩西十诫进行的修改和增加，属于对教徒世俗道德的约束，平时作为教徒的生活规则，战时就变为军律（十款天条详细内容见本卷附录）。
冯云山还制定了礼拜制度、洗礼仪式甚至历法，形成一整套完备的政教合一的制度。中国人本无宗教情怀，汉天师张鲁在汉中实行的那个半成品的政教合一制度实验被曹操摧毁后，中国再没有政教合一的实践基础。冯云山以其天才，创立拜上帝教全般制度，更为拜上帝教转化为国家组织留下伏笔，落笔极为辽远。使其取洪秀全而代之，成就当不在穆罕默德之下。
又据称，冯云山因见夏历气朔交争，岁年错乱，四季失位，算数烦琐，于是潜心研究历法，创造以四季划分一年、用立春为岁首、合于自然、算数整齐的新历法——天历，这是中国行阳历之始，也是世界用四季历法的首创。笔者不通天文，无法判别此说真假，现录于此，仅供参考。
天父和天兄（1）
冯云山在紫荆山地区迅猛发展，洪秀全则回到花县家中。花县的父老是淳朴厚道的，他们很快原谅了洪秀全捣毁孔子牌位的所作所为，继续让他担任村里的塾师。一年多的时间里，洪秀全实现了拜上帝教的基本宗教理论建设，写成《原道醒世训》、《原道觉世训》、《百正歌》、《改邪归正》等通俗的文献。前文笔者也提及，基督教上帝是舶来品，教义和偶像并不对中国人的胃口，基督教的传播在国内困难重重。要想传播教义，必须对基督教的理论改弦更张。这时洪秀全与冯云山不约而同地想到一个高招，就是利用儒家传统来反对儒家社会，把反传统反儒家反满清的理论包装在传统的思想信仰、风俗习惯的外壳之下，给洋人的上帝穿上唐装。洪秀全极其高明地指出他所宣传的上帝，就是中国古代经书上所崇拜的上帝。他在《原道觉世训》中宣称说：“历考中国史册，自盘古至三代，君民一体，皆敬拜皇上帝”，中国与外国本来都是同走这条大路的。“至秦政出，遂开神仙怪事之厉阶”，差入鬼路，致“惹蛇魔阎罗妖缠捉”。这样，就把西洋上帝，等同于中国古代经书上的上帝，从而与中国历史结合了起来。这样，洪秀全的教义上承三代，成为中国最纯正的法统，而不是被人排斥的西洋邪说了。
洪秀全又到广州府传教士罗孝全的礼堂学习了四个月基督教教义，研究基督教的仪式和教条，读了《旧约》和《新约》，丰富了宗教理论。但罗孝全并不愿意给这个中国人施行“洗礼”，因为他发现，这个中国人来教堂，并不是要为上帝献身，而是要试图证明自己上帝之子的神圣地位，换句话说，上帝只是洪秀全企图利用的一个工具。这对基督徒来讲，几乎是亵渎神灵的行为。洪秀全不厌其烦地给罗孝全讲述他的梦境，希望这个基督教的理论专家帮忙确立自己上帝次子的地位，罗孝全则认为洪秀全神经不太正常（罗孝全《洪秀全革命之真相》）。
洪秀全得知冯云山在紫荆山后，立刻动身赶往紫荆山，冯云山率领久盼教主圣驾的教众迎接。见到紫荆山大好形势远远超过最初期望，洪秀全大喜过望。洪秀全的性格远比冯云山激烈，眼见拜上帝教声势极壮，开始推行过激的捣毁神像和清理异教徒政策。道光二十七年（1847年），洪秀全和冯云山远赴象州，摧毁当地香火最盛的甘王庙。洪秀全宣布甘王十大罪状，然后令冯云山把神像眼睛挖出，头发割去，弁冠踏烂，龙袍扯碎，身放倒，手折断。洪秀全捣毁甘王庙，诗兴大发，又在墙壁上打油一首，现录于下（错别字改于括号中）：
题诗行檄斥甘妖，该灭该诛罪不饶。
打死母亲干国法，欺瞒上帝犯天条。
迷缠男妇雷当劈，害累世人■（火）定烧。
作速潜藏归地狱，腥身岂得挂隆（龙）袍！
洪秀全毁坏甘王庙后，下令“该处人等永不准复立此庙，拜此邪魔，倘敢抗命，定与此妖一同治罪”。接着，洪秀全又派人把紫荆山花雷、天泗左右两水所有社稷神坛全部捣毁，香炉打破，宣布在当地只能信奉唯一真神皇上帝。据罗尔纲先生说，甘王是一个凶神，当地百姓是因为惧怕其作恶才以香火供奉，洪秀全所做大快人心。但无论如何，洪秀全的行为已类似欧洲中世纪的宗教迫害。
冯云山所收信徒多数为当地遭到土著团练和会党土匪侵扰的客家人，他们在村社的仇杀中因为缺乏凝聚力而处于下风，冯云山创立的拜上帝教给了他们一个可团结的核心和纽带。在拜上帝教的旗帜下，散居的客家人针对拥有共同家族和设防村落的本地人的严密编制而实施军事自卫。拜上帝教信奉的外来教义和它的刻板的二元论（在灵魂得救和罚入地狱之间作出抉择），使他们在当时广西社会环境里处于不兼容的地位，因此拜上帝教旗帜所团结的客家人和以士绅为领导的本地土著形成两大对立的武装团体。由于冯云山一直推行温和政策，约束客家教徒狂热的宗教信仰和复仇情绪，避免了双方的冲突升级。因为洪秀全的到来，这种和平局面被打破。拜上帝教教徒在狂热的信仰下，越益好战，捣毁神像和强迫当地群众信教的行动，使客家人与土著之间的紧张关系更形加剧，双方的流血冲突此起彼伏，广西农村的形势急剧恶化。
天父和天兄（2）
十一月二十一日，武宣县团练头目秀才王作新本着捍卫名教的目的，率领团练突袭拜上帝教总坛，抓走冯云山。尚未解送官府，卢六率拜上帝教武装在路上救回冯云山。王作新极狡猾，待拜上帝教放松戒备后，于十二月十二日，再起团练数千人把洪秀全、冯云山、卢六、曾玉珍都捉了押送大湟江司。巡检王基放走洪秀全、曾玉珍，把冯云山、卢六解去桂平县，下了监狱，告冯云山聚众谋反。
这是拜上帝教创立以来遭遇最大的危机，冯云山在狱，洪秀全逃亡广东，拜上帝教群龙无首，更因为首脑被捉时并未表现出神力而人心动摇，几乎就要溃亡。然而一个本来默默无闻的小人物挺身而出，拯救了拜上帝教，这人就是杨秀清。
杨秀清是广西桂平县人，生于清道光三年（1823年）八月十九日。他的家境远比冯云山、洪秀全恶劣，是真正的“上无片瓦，下无寸地”的赤贫之家。杨秀清长到九岁时，父母全已亡故，“茕茕孑立，形影相吊”，靠伯父杨庆善教养成人。《天情道理书》说：“至贫莫如东王，至苦亦莫如东王，生长深山之中，五岁失怙，九岁失恃，零丁孤苦，困厄难堪。”杨秀清没有土地，“以种山烧炭为业”，生活异常艰苦，大致相当于我们所说无产阶级。但汪士铎、张德坚等人说杨秀清“贩木料者也，乡间为人治病”（汪士铎《汪悔翁乙丙日记》），闲时“同洪秀全结伙护送洋货，积殖自封”（张德坚《贼情汇纂》）。笔者近来颇倾向汪张二人说法，杨秀清的见解气度，并不似常年在深山烧炭之人，说是跑江湖的贩子倒有几分相像。
杨秀清系半文盲，在教中本来“并不知机”，属于普通教徒。但他颇有权谋干练，野心勃勃，晚清一等一的奇才，自不甘心久居人下，做“黑锅你背，送死我去”（香港演员罗家英名言）的马仔。杨秀清与其妹夫萧朝贵暗中谋算要在教中执掌大权，此时冯云山被捉，洪秀全外逃，教中分崩离析，正是大好机会。自古创设宗教者，只敢称自己是最高神的使者、仆人，以耶稣基督的才德，也只敢私下宣称是最高神的儿子。杨秀清下手却极狠，横竖都是骗，不如就横下心干票大的，于是干脆宣称自己是洪秀全他爹，最高神天父皇上帝。这大概是古往今来，凡人敢僭越的最高尊号。
中国向来迷信一种降童巫术，或称请人（神）上身，大致原理是为维护天地轮回、阴阳次序正常运行，保护六道众生各不相扰，盘古大神设有禁制，天界神灵和地府鬼魅无法在日光下现身，万不得已欲通消息于人间，则暂借凡人之体代言。被借体凡人先要选一块不容易跌伤人的软泥地，待众人聚集后突然昏倒，把后脑勺朝地面最软处狠狠砸去，然后口吐白沫，癫狂不止，过一会苏醒站起，暴喝一声，“吾神（鬼）乃张三李四王二麻子等等等等也”，接着口吐神灵鬼魅的启示，言毕再次昏倒，重复口吐白沫程序一次。这极可能是装神弄鬼的巫婆神汉，借神鬼言事糊弄群众，神鬼却从没在人间现身，屡屡被人质疑拆穿后想出的一个遮羞的损招。杨秀清就利用这最低级但是也是最有效的损招，在教徒###时走到中庭，响亮地跌在地上装作不省人事，过了一刻，待众人注意力集中过来，他微闭眼睛扶着妹夫萧朝贵站立起来，瞬即摆出一副关公张飞之类的肃穆面孔，厉声对众人说：“众小子听着！我乃天父是也！今日下凡，降托杨秀清，来传圣旨。希伯来语朕就先不讲了，谅尔等也不省得，且用客家话传谕尔等……（末一句系笔者杜撰）”杨秀清宣讲了一番天父无所不在，无所不能的权能，命令会众同心同力去杀妖，不可怀疑主，不可心生动摇，要死命追随洪秀全，信仰天父可得救，当然也没忘记告知群众，以后杨秀清为天父专用肉体，大家要追随杨秀清等。《天情道理书》记其事说：“当其时真道兄弟姊妹多被妖人恐吓，若非天父下凡教导作主，恐伊等心无定见，安得不忘却真道，差入鬼呼乎！”群众的迷信当然占了很大成分，但最主要的原因是杨秀清本人有雄才远略，对形势看得分明，对教众心理把握得深刻，这才能假借天父，为教众分析局势，稳定军心。杨秀清极有统率才干，假借天父下凡树立教中威信后，逐渐在教内强化集权管理，分派教众各司其职，将拜上帝教管理得井井有条。
天父和天兄（3）
冯云山被关在监狱，虽被告谋反，却暂无性命之忧。当时清廷腐败，各级官员都希望偷安旦夕，粉饰升平，怕闻谋反案件。州县官望风承旨，讳匿不报，已成惯例。是故小偷小摸，性命堪忧，谋反大罪，反高枕无妨。王作新迂腐秀才，以谋反告云山，正触上官大讳，冯云山逃得性命，但仍被关在狱中。洪秀全欲上广东求见耆善，希望耆善兑现其允许自由信教的诺言，释放冯云山。洪秀全的想法过于天真，不得要领，徒劳无功。杨秀清则要机灵得多，他组织救援冯云山，以行贿为主。杨秀清下令烧炭的教徒每卖一百斤木炭就抽一部分炭税上缴拜上帝教，叫做“科炭”，作为行贿营救冯云山的专款。道光二十八年五月间，桂平知县贾柱收受杨秀清巨款，称“冯云山并无为匪不法情事”，派两个差役押解回广东花县，交原籍地方官管束。冯云山在路上发挥其口才，大讲上帝次子的神迹，两个差役被深深吸引，于是跟着冯云山到紫荆山入伙。
洪秀全、冯云山回到基地，杨秀清已是拜上帝教事实上的领导，凭空多出个“爹”，洪秀全有苦说不出，如果否认杨秀清，拆穿其装神弄鬼，就等于否认了拜上帝教先前的神性，连自己也给套进去了，他只得马虎承认杨秀清这个二爹。洪秀全凭空给基督教的上帝添个二胎，杨秀清给洪秀全添个继父，真是天理循环，一报还一报。所幸