对督政官们竟要他把军队一分为二并与年长的克勒曼共事特别恼火：要克勒曼在意大利与我联合指挥的打算是失策的。我不可能自愿的与一位以欧洲第一将才自居的人共事。此外，我认为即使用一位蹩脚的将军主事也比用两位优秀的将军同时主事要好。拿破仑对于部队调动必须报请特派员批准的指示也非常愤愤，尽管其中的一位是他的故交和同盟者萨利切蒂。最后，他提出了辞呈。督政官们拗不过这位血气方刚的青年司令官，5月21日，卡尔诺以抚慰的措辞又给他写了一封信，克勒曼的阿尔卑斯军团仍继续充当拿破仑的意大利军团的兵员补充站。
拿破仑在米兰停留了一周，以便休整并让他那衣衫褴褛的部队换装。他从当地居民中勒索了80万英镑的巨款，用现金给部队发放了薪饷。帕维亚的居民起而造反，遭到了他的无情*。米兰公国本是奥地利的一个封地，如今已在拿破仑的控制之下。他决定追击正在朝蒂罗尔溃逃的博利厄残部，为此，他必须穿越威尼西亚共和国的中立领土。5月27日，马塞纳的前锋进入布雷西亚；30日，他在瓦莱焦渡过明乔河并于6月1日在维罗纳开设了司令部。然而在瓦莱焦发生的一个意外的小事件却几乎使其总司令惨遭不测。马塞纳的前卫部队走后，拿破仑在桥边的一所农舍里歇息并进午餐。突然，一支奥军骑兵侦察队闯进了村子，一时枪声四起。由于周围没有警卫，拿破仑及其参谋人员几乎被俘，但总司令还是穿了一半衣服由后门逃了出去。这次侥幸逃脱后，拿破仑为自己建立了一支由两营掷弹兵（由拉纳上校指挥）和一个骑兵连（由贝西埃尔上尉率领）组成的私人卫队。这就是其后第一执政所拥有的以及再往后发展为法兰西皇帝所拥有的那支近卫军的雏形。到6月初时，拿破仑不仅从奥地利总督费迪南大公手中夺回了整个伦巴第，而且还侵犯了威尼西亚共和国的中立。他这样做并非师出无名，因为博利厄为了确保自己能退往特伦提诺，已经占领了威尼西亚的佩斯基耶腊要塞。这是著名的中世纪四边形要塞区中四座要塞的一座。这四座要塞是：佩斯基耶腊、维罗纳、莱尼亚戈和曼图亚，它们在西面扼守着通向威尼斯的要道。而这其中，唯一真正可守的要塞是曼图亚，它也是奥地利的一个封地。由于该要塞几乎完全为明乔河所环抱，而该河在这里又泛滥形成一座湖泊，因此，若进行一般的围城作战，曼图亚是攻不破的。这些要塞，尤其是维罗纳和曼图亚，对于尔后的军事行动十分重要，因为它们控制着波河流域沼泽状泛滥平原上的要道交叉点和河川渡口。博利厄本人带领万人躲进了曼图亚要塞，余部则往北逃入蒂罗尔。
封锁曼图亚并暂时肃清残余奥军之后，拿破仑在威尼西亚境内，沿阿迪杰河右岸设置了一道警戒线。此时，为了安抚其主子，他决定去执行巴黎的督政官们在5月7日指示中责令他去执行的那种大规模的掠夺性远征。届时，其部下也可以乘机捞一把而不必冒招致伤亡的危险。
把阿迪杰河及南北维罗纳一线的警戒任务交给马塞纳之后，拿破仑于6月中旬启程，从事劫掠。首先，他派缪拉率一支快速纵队前往热那亚去维护法国在那里的权威，然后又派奥热罗率另一支纵队前往波伦亚，这是教皇国的一部分。他本人率第三支纵队也赶到了波伦亚，他威胁说要向罗马进军。6月23日，他与教皇庇护六世的代表签订了一项停战协定，结果法国迫使教皇割让波伦亚、斐拉拉和安科纳，并获取巨额赔款和梵蒂冈珍藏的大批油画、雕像和手稿等稀世之宝。尔后，拿破仑又闪电般地穿过亚平宁山脉，到达皮斯托亚、里窝那和佛罗伦萨，在那里他接受了托斯卡纳大公的投降。无论何地，凡敢抵抗者（如在拉韦纳附近的卢戈）他都无情*，严惩不贷。到7月中旬，他回到了设在米兰的司令部。6月21日，拿破仑曾致函督政府说：意大利现已全部落入法国手中，但由于兵力太单薄，我们必须做好准备以应付各种事变；……我们在任何地方都必须强硬。因此，在军事、外交和财政事务方面必须有统一的政策。在有的地方，我们必须严刑峻法，杀一儆百；而在另一些地方，我们对所发生的事情却不得不采取视而不见和少说为佳的方针，因为时机尚未成熟。就目前的意大利局势而言，外交应从属于军事。由此可见，这位成功的军人正在向一位政治家的方向发展，不过其治国之才是以武力为后盾的。
拿破仑南行劫掠一月，不仅是为了取悦于督政官并使其部下痛快痛快，他降服意大利中部各国也是着眼于其既定的军事目的，即确保其右翼和后方交通以解除深入奥地利作战的后顾之忧。这是他从未放弃的最终目的，尽管督政府无意让他这样做。现在他着手应付更为紧迫的军事任务，即迎击奥军日益迫近的反攻。
在奥军的反攻尚未发动之前，拿破仑认为夺取其后方孤立要塞曼图亚是非常重要的。尽管他的炮兵拥有大量的攻城炮（大都是从意大利兵工厂掳来的），那也绝非易事。曼图亚凭借天险固若金汤，它三面以明乔河为屏障，水面宽约500～800码，第四面受到一片沼泽的保护，仅有一条堤道与外界相通。夏季，围城部队由于疟疾而损失严重。担任攻城任务的塞律里埃师屡攻皆败。拿破仑于是决定7月30日，对该城发动最后一次猛攻。
到6月底时，奥军才开始从拿破仑迅雷不及掩耳地征服皮埃蒙特和伦巴第所给予他们的打击中恢复过来。维尔姆泽元帅是一位比博利厄还要年长的老将，此时率2万人由莱茵转战意大利前线。维尔姆泽在特伦蒂诺集中了万人的兵力，比拿破仑的万人还多，他奉命解曼图亚之围并把法军逐出意大利。由于山地地形所限，维尔姆泽只能自蒂罗尔沿那些南去的狭窄谷地行进。他决定以三路纵队平行推进，其中两路去加尔达湖东西两侧，另一路走上阿迪杰河谷；还有一支第四纵队则越过威尼西亚平原自维琴察威胁维罗纳。所有四支纵队会聚于布里西亚——佩斯基耶腊——维罗纳一线，尔后再向曼图亚进军。
除了围攻曼图亚的塞律里埃师和在瓦莱乔作预备队的基尔马内骑兵师外，拿破仑的部队散布在一条长达75英里的战线上，即从阿迪杰河下游的莱尼亚戈，沿该河右岸经维罗纳到利沃里北面的巴多山，然后再往西至加尔达湖，越过该湖，这条战线往西还延至依索湖。这是一条漫长而危险的防线，但是拿破仑无法知道敌人的主要打击将选在何处。
维尔姆泽的进攻是7月29日开始的，其主攻方向在阿迪杰河的狭窄谷地和加尔达湖之间的中心地带，这一带是马塞纳师（万人）的防区。维尔姆泽的两支中央纵队（万人）把马塞纳师的儒贝尔旅撵出了巴多山的低坡地带和利沃里高原。到夜幕降临时，马塞纳师已经后退12英里到达卡斯特尔卢翁——佩斯基耶腊一线。拿破仑对这一打击迅速作出反应，因为他面临着自己的战线被分割切断的危险。他放弃了对曼图亚的围攻，从阿迪杰河防线撤回了所有的部队，并把他们集中在加尔达湖以南的罗纳托——斯蒂维耶雷——索菲里诺地区。维尔姆泽的右翼纵队在科斯达诺维奇的率领下已经夺取了布里西亚，但又为法军反冲击所收复。拿破仑成功地把四个师即苏尔特、法斯皮罗、马塞纳和奥热罗师的兵力插入科斯达诺维奇纵队和加尔达湖东南的维尔姆泽主力之间。塞律里埃师则从曼图亚移至斯蒂维耶雷以南20英里的马卡里亚。维尔姆泽朝曼图亚运动正中拿破仑下怀，因为这样一来，维部主力与其右路纵队科斯达诺维奇部之间的间隙便越来越大。后者曾于8月2日攻占过罗纳托，但是在马塞纳的猛烈反击之下，他又被赶回佩斯基耶腊。维尔姆泽此时转而西进以便与科斯达诺维奇会合，但拿破仑在8月5日用马塞纳师和奥热罗师在斯蒂维耶雷挡住了他的去路，因此会师之举已为时太晚。其·蒂维耶雷村坐落在一个可控制周围平原的岩质高原上，此时为维尔姆泽所据守。当德斯皮罗和马塞纳与其正面相峙时，奥热罗和由博阿蒙率领的一个骑兵旅快速绕到其左翼，拿破仑的副官马尔蒙中校也率乘骑炮兵飞驰前往参战。尽管法军由于长途奔袭而筋疲力尽，但是对维尔姆泽侧翼的这个威胁却迫使他后撤回到明乔河一线，而且他经佩斯基耶腊向北的撤退已经死伤6000余人。法军收复了他们在阿迪杰河一线原有的阵地，包括维罗纳和利沃里。然而，曼图亚仍有万奥军，尽管孤军困守，但他们已经从维尔姆泽那里得到增援和补给。
拿破仑还从没有像斯蒂维耶雷之战的前一天那样接近失败的边缘。那天他的形势如此危急以致曾想往阿达河一退了之。维尔姆泽已经突入到法军的中心地带，在明乔河谷打进一根很深的楔子，倘若维尔姆泽与科斯达诺维奇取得联系，那么法军也许在得以集中之前就被打垮了。拿破仑由于反应敏捷、行动神速才转败为胜。他迅速收拢其分散的兵力，然后将彼此分隔的敌人各个击破。尽管他自己的部队经过一周的激战和行军已经疲惫不堪，但他决心不给敌人以喘息之机。他仍希望在冬季来临之前实施钳形攻势，给奥地利以致命的一击，即他自己的部队经蒂罗尔指向因斯布鲁克而莫罗的莱茵和摩泽尔军团直下多瑙河谷发动强大的联合攻势。这是他长期以来梦寐以求的。因此，他发了一封密信给莫罗说他将于9月2日进攻维尔姆泽并将于9月5日抵达特伦托。当马塞纳被告知担任这次攻势的先锋时，他愤怒地抗议说他的师已不能参加这次进攻作战，因为他的部下衣衫褴褛而且“完全赤脚”了。可是拿破仑根本不听他的申诉，9月2日率3个师的人马出发了。9月4日，马塞纳冲入维尔姆泽设在罗韦雷托的前哨阵地，5日进入特伦托，正如拿破仑原先告知莫罗的一样。但莫罗却行动迟缓，迄无动静。
维尔姆泽现在转而东向，企图经巴萨诺和维琴察进军曼图亚以迂回包抄拿破仑，仅在拉维斯留下由达维*奇指挥的一个师封锁上阿迪杰河谷。而拿破仑却沿法尔索加纳和上布仑塔河谷对维尔姆泽穷追不舍，一直到9月8日才在巴萨诺追上奥军。他用马塞纳和奥热罗的两个师对敌进行翼侧包围，结果俘敌3000并缴获35门火炮。维尔姆泽的残部逃脱了法军的追击，9月15日躲进了曼图亚。这个要塞现在再次变成了专为奥军司令官而准备的捕鼠器。1796年的战役并未到此结束，因为奥军为解曼图亚之围正在作进一步的努力。10月间，一位年老的匈牙利元帅阿尔文齐受命率皮亚韦河谷的4万生力军驰援曼图亚，夺取维罗纳，并与达维*奇会合，后者尚有万人的兵力，将由蒂罗尔进至阿迪杰河。拿破仑再次发现自己处于劣势。沃布瓦师（8000人）正据守在利沃里附近的阿迪杰峡谷；而基尔马内（9000人）正封锁着曼图亚，因此只有马塞纳和奥热罗的两个师（万人）可用以迎击阿尔文齐的攻势。法军在医院里有万名病员和4000名伤兵。塞律里埃正患着疟疾，其他许多指挥官也是如此。法军几乎得不到什么增援，士气十分低落，甚至连拿破仑本人也深为沮丧。
11月初，阿尔文齐向前推进，迫使马塞纳的前方警戒线慢慢地从巴萨诺退至维琴察。拿破仑命令马塞纳和奥热罗沉着撤往阿迪杰河一线。他希望把阿尔文齐从维罗纳往南引，以便阻止他与达维*奇会合。11月11日，马塞纳在维罗纳以东10英里的卡尔迪埃罗山岭进行了一场激烈的后卫战，结果伤亡惨重。11月14日，阿尔文齐转而向南，打算在维罗纳下游8英里处的昔维奥借助浮桥渡过阿迪杰河，进军曼图亚。有鉴于此，拿破仑在14日到15日的夜间暗中撤回马塞纳师和奥热罗师，这两个师穿过维罗纳，沿右岸下行15英里进抵龙科，拿破仑曾命令安德烈奥西少校在这里架设一座浮桥。渡过阿迪杰河后，他们又沿左岸下行，然后折往该河的一道小支流河——阿尔朋河的右岸，并在阿尔科拉村的对面停了下来。这样，拿破仑就把他的打击力量调到了阿尔文齐行军纵队的左侧。
11月15日晨，奥热罗师的右翼在阿尔科拉与奥军前哨遭遇。双方为那里的一座木桥展开了激烈的争夺，该桥当时为奥军把守，但法军屡攻不下。拿破仑到后发现奥热罗的部队不能或者不愿向桥头冲击，于是抓起一面团旗亲自率领部队向桥头进攻，他的兄弟路易·波拿巴和两名炮兵出身的副官马尔蒙和米尔隆护住他一同向敌人冲去。另一位军官却把总司令拖回，说他这样做等于送命。紧接着发生了一阵争夺，在混乱中，拿破仑滑下堤岸，掉进了河沟，米尔�