乾等了解这一点。东林党人不断添扰之际，他们就在一旁挑拨，加重朱由校的不悦。他们说，这些人打着忧国旗号，目的却是拉帮结派。这个分析，很能打动朱由校。他觉得这些人喋喋不休的样子，确实像是宗派主义、山头主义。
十月八日，他第一次表态：
近日蹊径歧分，意见各别，爱憎毁誉，附和排挤。大臣顾昔【惜】身名，动思引去，小臣瞻风望气，依违自合。职业不修，政事隳废。当由纪纲不肃、结党徇私，以至于此。特戒谕尔等，涤虑深思，更【改易，丢弃】私易辙。｛125｝
虽然不曾点名，矛头是指向东林党的，“大臣顾昔身名，动思引去”这句一望而知是针对叶向高。整个旨意，明显可见阉党观点的影响，“结党徇私”四个字正是阉党急欲给予杨涟、左光斗、赵南星、高攀龙等人的定性，现在终于被写入上谕。这是重大信号。
过了几日，因为山西巡抚人选之争，再出一道圣旨，指名道姓谴责魏大中“欺朕冲幼，把持会推，以朝廷封疆为师生报德”。又有“你部院大臣，奉旨看议，何必含糊偏比【偏，偏向；比，勾结】，委曲【这里作不正直讲】调停”｛126｝之语。部院分别指吏部和都察院，它们的领导人，一个是赵南星，一个是高攀龙。这道圣旨再次提到“朋谋结党”。
受到皇帝明确指责，赵南星、高攀龙按照惯例，先后请求罢免己职，均得批准。其中，赵南星免职的旨意，径由内出，根本不经过内阁票拟，也就是不给内阁———叶向高去后，韩爌继任首辅，他也被视为东林党———说话的机会。高攀龙之罢，虽然交由内阁票拟，但当内阁认为以一件并不很严重的事，驱逐两位重臣（吏部尚书、左都御史属于“九卿”），处置失当时，朱由校———或者完全将他控制起来的魏忠贤等———便甩开内阁，直接传旨准许高攀龙辞职。
难兄难弟：由校和由检（31）
韩爌、朱国桢两位内阁大臣做了最后抗争，批评这样的重大问题一个“御批径发、不复到阁”，另一个虽下内阁票拟却“又蒙御笔改移”，“大骇听闻，有伤国体”。而朱由校的回答，不仅重申对免职者“师生植党”、“附和依违，全无公论”、“不知有朝廷”的指责，还特意提到“或世庙时必不敢如此”。｛127｝世庙即世宗嘉靖皇帝，那是士大夫被收拾得最服服帖帖的一段时期，看来，朱由校以及魏忠贤等都对嘉靖时代心向往之，也希望亲眼看到那样的局面。
除内阁外，吏部和都察院是东林党人盘踞的两块最主要的朝中要地，吏部主管干部选用和升迁，都察院负责干部监察和纪检，因此，如果说东林党一度操天启朝组织工作大权，不为过。反之，自朱由校和魏忠贤来看，过去的吏部、都察院完全变质，为牛鬼蛇神把持，是个黑窝。赵南星、高攀龙被揪出打倒，乃端黑窝的第一步。要彻底打掉东林党人的黑线，还需要把斗争引向深入。
十月十六日、十八日，赵南星、高攀龙先后去位，仅隔两天，十月二十日，由顾秉谦、魏广微起草，朱由校批准的一份诏书，即向全国公布。｛128｝诏书有别于日常政务中的上谕，用以发布更加正式并且要宣达于全体国民的重大决策。与一般的简短不同，这份诏书长四百余字，有点鸿篇巨制的意思，实际上，它就相当于发动反对东林党运动的宣言书。内容分三层，首先是对朝中严峻的政治形势加以回顾和描述：
大小臣庶，坐享国家之禄，靡【无，没有】怀君父之忧，内外连结，呼吸应答，盘踞要地，把持通津，念在营私【心思都在营私上】，事图【对事情的看法、思路和主张】颠倒，诛锄正人【阉党之自诩】，朋比为奸，欺朕幼冲，无所忌惮。
第二，当前“群小”的猖狂和斗争的紧迫性：“迩年以来，恣行愈甚，忠贞皆为解体，明哲咸思保身。”提到四月份以来杨涟等踵继弹劾魏忠贤的浪潮，说：“朕前已有特谕，备极鲜明，如何大小臣工，视若弁髦【弁髦，古代贵族子弟行加冠礼时用弁束住头发，礼成后把弁去掉不用，后喻没用的东西】，全不尊信？”———我明明表过态了嘛，立场很鲜明嘛，为什么这些人根本听不进去，全当耳旁风？提到山西巡抚职位会推一事，“皆是欺瞒，但遂营谋之私”，提到赵南星、高攀龙的垮台及其反响，“今元凶已放，群小未安，或公相党救，或妄肆猜忖”，意即他们“人还在，心不死”。第三，发出严正警告，表明将斗争进行到底的决心：
谕尔徒众【正告你们这些反动派的追随者们】，姑与维新【姑且让你们参加到改过自新的队伍中来】，洗涤肾肠，脱换胎骨。果能改图【改变思想认识】，仍当任用，如有怙【恃，倚仗】其稔恶【稔，熟悉的意思；稔恶，犹言邪恶成性】，嫉夫善类【阉党之自诩】，甘愿指纵之鹰犬，罔虑胎【指早已种下的根因；《汉书》：“福生有基，祸生有胎。”】遗之祸患，朕将力行祖宗之法，决不袭姑息之政矣！
曾经有人设想，赵、高罢免之后，东林党人暂作韬晦之想，俯首低眉，或能躲过一劫。其实并无此种可能。权力斗争，犹如两个互相扼住咽喉的人之间的比拼，毫无退路，谁先松手，则性命立为对方所取。职是之故，尽管诏书声色俱厉，尚存于朝的东林党骨干仍然只能硬着头皮顺惯性往下走。赵、高空下的位子，需要提出人选。起初，吏部、都察院分别提出由吏部侍郎陈于廷、左副都御史杨涟暂时代理。这两人都是东林党，不可能获准。不过朱由校还算客气，只是留中不发，冷处理，但意思并不含糊：各位，请给我知趣点儿！
东林党人并非不知趣，然而又有什么办法？如今举朝除了他们自己，都团结到了魏忠贤周围，他们倘若不推举自家人，就只能推举阉党分子，那岂非太过搞笑！因此，朱由校留中不发之后，在陈于廷主持下又搞了一次会推，报上几个人选供定夺———这几个人，还是东林党。
难兄难弟：由校和由检（32）
朱由校大觉此乃“给脸不要脸”，怒甚。十月二十八日，降下严旨，痛斥长期以来吏部、都察院为黑线人物所控制，已成独立王国（“吏部、都察院浊乱已久”），质问既然三番五次责令整改，“如何此次会推，仍是赵南星拟用之私人？”他接着立刻点出陈于廷、杨涟、左光斗三人，钦定了“钳制众正，抗旨徇私”的罪名，乃至痛骂“老奸巨猾、冥顽无耻”，最末一句：“陈于廷、杨涟、左光斗，都著革了职为民！”｛129｝
写到这里，不能忘记交代一下。几个月来，今日一道圣旨，明日一篇诏书，似乎朱由校忽然之间变得勤于政事起来。但实在而言，谁也搞不清这些以朱由校名义发表的言论，究竟有多少真正出自他本人。《实录》都直截了当记在他名下，那只是因为它不便指出这些圣旨可能并非出于皇帝本人，否则历史会出现太多的混乱，太多的荒唐。但我们从侧面了解到，朱由校一直无心理国，一直抱着多一事不如少一事的态度，以便有更多的时间和精力去做所感兴趣的事。刘若愚证实，平时，魏忠贤、王体乾等专拣朱由校沉迷于自己手艺的时候来奏事，使后者感到不耐烦，挥挥手：你们用心去办，我知道了。｛130｝比较可靠的推想是，上述大多数旨意，都由阉党写好，念或解释给朱由校听，取得他同意，然后发表。至于怎么解释，以及念了什么，却是可以有很大自由空间的。
杨涟、左光斗丢官，是东林党人的滑铁卢。这是东林党战斗力最强、声望最高的两位斗士。他们的倒掉，就如同东林党旗帜的倒掉。
除上述三人革职，参与会推的其他官员，被降职贬外。
二十天后，首辅韩爌见局势如此，无心恋栈，求去，谕旨即准，且冷嘲热讽，给足难堪。
依序继为首辅的朱国桢｛131｝，既非东林党亦非阉党，算是当时的无党派人士，魏忠贤对他谈不上仇恨。但过不了多久，老先生发现自己在内阁里呆着，怎么都别扭。表面上他是首辅，权力却教顾秉谦、魏广微之流分去不少。他想不计较吧，别人觉着他还挺碍事，没意思得很。熬到十二月份，熬不下去，请辞，当然也获批准。
天启四年就这么过去了。新年来临之前，整个朝廷，从部院到内阁，原来位居要津的东林党人，辞的辞，免的免，贬的贬，几乎清理一空。毫无疑问，东林党遭受了惨败。
然而，赶跑东林党巨头，并不是阉党的最终目的。阉党分子虽然无缘拜读《农夫与蛇》的寓言，但休让冻僵了的蛇苏醒后咬上一口的道理，还是懂的。打倒之后，还要再踏上一只脚、教他永世不得翻身的认识，也是有的。因此，历史掀到天启五年这一页时，“迫害”成了新的年度主题。
任何政治迫害，首先从圈定名单开始，排阵营、站队、确立打击目标；现在如此，古时也不例外。东林党一倒，各种名单马上出笼，顾秉谦、魏广微进《缙绅便览》，崔呈秀进《天鉴录》，此外有《东林点将录》《东林同志录》《东林姓名》等。这些名单提供给魏忠贤和朱由校，作为组织清理的依据。《缙绅便览》对于列入名单者，分别以姓名旁点三点、二点、一点，区分其重要性。《同志录》与此相仿，唯将点改成圈，画三圈、二圈或一圈。《天鉴录》则将所有人分做首恶、胁从两种。御史卢承钦对提供名单做出解释：
东林自顾宪成、李三才、赵南星外，如王图、高攀龙等，谓之“副帅”，曹于汴、汤兆京、史记事、魏大中、袁化中等，谓之“前锋”，李朴、贺烺、沈正宗、丁元荐，谓之“敢死军人”，孙丕杨、邹元标，谓之“土木魔神”。｛132｝
这种取浑名、将人妖魔化的斗争手法，经历过“文革”的人，会感到眼熟。别出心裁、最有创意的是《点将录》，考虑到上呈的对象文化水平不高，为使其了解名单中各人的角色和重要程度，特意模仿《水浒传》“梁山泊英雄排座次”：
天罡星托塔天王李三才、及时雨叶向高、浪子钱谦益、圣手书生文震孟。白面郎君郑鄤、霹雷火惠世扬、鼓上皂【蚤】汪文言、大刀杨涟、智多星缪昌期等共三十六人，地煞星神机军师顾大章、早地忽律游士任等共七十二人。｛133｝
难兄难弟：由校和由检（33）
凑足一百单八将，就像美军发给士兵的萨达姆集团的扑克牌通缉令，非常形象，寓政治于娱乐，大老粗魏忠贤一看就懂。
这类名单一时满天飞，乃至有书贾借以牟利。江阴一位书商，不知从哪里弄来东林党人李应升（天启朝御史，《三朝野记》作者李逊之之父）之舅蔡士顺编撰的书稿《尚论录》，“凡列声气【志同道合者】二百余人”，刻印数十部携至京城来卖。礼科都给事中徐耀听说其中有自己的名字，“恐为异己者所构”，出大价钱把全部的书买断，“秘不出”｛134｝，等于被敲诈一把。
后来，形成了统一的钦定的名单：《东林党人榜》。朱由校批示：“一切党人，不论曾否处分，俱将姓名、罪状刊刻成书，榜示。”｛135｝
敌我“甄别”工作开展同时，再定是非，把被东林党颠倒了的历史重新颠倒过来。前面说过，魏忠贤在“移宫案”中追随李选侍、阻挠朱由校登基，这无法改变，也无法否认，他为己洗清的唯一办法，是推翻东林党赋予此案的是非。魏忠贤之外，阉党绝大多数人来自当年东林党的对立面，在若干重大历史问题上，与魏忠贤有同样需要。
天启五年初，这种呼声渐起。四月，刑科给事中霍维华上疏，全面推倒“三案”（梃击、红丸、移宫）。五月，吏科给事中杨所修主张正式布置官方历史编写机构，以新的观点，对“三案”历史问题重新叙述；还要求比照“大礼议”后嘉靖皇帝———又是嘉靖———所修《明伦大典》，把“三案”中的有关奏疏编辑成书，从中传达何为正确何为谬误的立场。天启六年元月，正式决定开馆修《三朝要典》（成立写作班子），特谕明确指出，《要典》“凡例体裁，一仿《明伦大典》”，“凡系公论【阉党观点主张】，一切订存。其群奸邪说，亦量行摘录，后加史官断案【反映官方立场的批判文字】，以昭是非之实”。｛136｝
《要典》以极快速度编成，八月即刊行天下，规定：今后一切咸依《要典》论是非。彻底否定东林党，乃是主旨。因此，从万历年间立储争国本（替朱常洛争太子地位）到朱由校登基问题，长达六十年的历史，全部按照反东林党的观点重新审视。这当然符合阉党利益，但