6月21日，叶剑英批准下发关于军队“文化大革命”的六条指示。
指示要求对各院校的情况进行具体分析，区别对待，并决定“整风彻底”的院校不开展“四大”，即不搞大鸣、大放、大辩论、大字报。
7月8日，叶剑英在《部队文化革命动态》上以总政治部名义加上一个批语：军队“文化大革命”只限制在23所高等技术学校中进行……8月16日、23日，叶剑英主持军委常委会继续强调军队与地方不同，军队运动一定要在各级党委领导下进行，不能乱不能随便揪斗、处分干部。
“罢官”总是要等运动后期处理。
不能不经过批准查阅军委和总部相关档案，要严格控制。
这时，全国各地连续发生红卫兵和“造反派”冲击领导机关和军事机关、揪斗领导干部的事件。
求救电函纷至沓来。
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叶剑英的非常之路 第六篇（2）
为了稳定局势，叶剑英于9月3日批准总政治部及时发出不准军队院校师生来京串连的三条指示。
9月4日，叶剑英参加周恩来召集的中央碰头会，商拟给新疆维吾尔自治区党委并告西北局的两个特急电，强调伊犁、塔城、阿尔泰等边境地区的“文化大革命”，由区党委负责，通过自上而下加强领导，不要采取群众直接“罢官”的做法。
特别要劝阻各地学生不要进入这些地区串连，已去的外地学生应该离开。
新疆的“文化大革命”运动必须加强维、汉等民族的团结。
叶剑英根据民族政策，对赛福鼎、王恩茂等非常关心，尽力要部队加以保护。
9月23日，叶剑英主持军委常委会讨论通过《关于干部战士亲属被斗被抄民政部及处理意见》，在会上提出，各大军区目前工作重点应即转向抓好部队工作，保证部队正常秩序，在此期间，叶剑英还派出联络小组出席海、空军常委扩大会议，交代联络员“只带耳朵，不带嘴巴”，进行大量调查。
当发现林彪暗中指使李作鹏等人搞派性，制造混乱，妄图夺取海军领导权时，叶剑英即报告刘少奇、邓小平，在中央、军委常务联席会议上，对海军“文革”问题作了专题研究。
他根据总书记邓小平的指示，亲自到海军党委扩大会议上讲话，明确指出：萧劲光等是好同志，有错误可以批评；军队不能罢官夺权，会议本身作决议撤换领导是错误的；要按照党的民主集中制办事，不准搞地下活动，强调分清是非，搞好团结，并批评了某些人“抢班夺权”的错误。
对空军也是如此，他亲自打电话给空军司令部参谋长何廷一，告诉他“不要卷进去”，站稳立场。
从而有效地抵制了林彪一伙夺取海、空军领导权的阴谋活动。
由于及时采取了这些措施，在“文革”初期，军队开展“四大”仍由各级党委领导，在党委领导下设立文化革命小组及其办事机构具体掌管，并限定“四大”只在宣传、文化、院校、科研等少数部门和单位开展，从而使军队基本上保持了稳定的局面。
二、面对林彪一伙的指责和反扑，正气凛然，针锋相对予以反击
林彪、江青一伙出于乱军夺权的卑鄙目的，对叶剑英等抵制“文革”、稳定军队的做法怀恨在心，多次密谋要搞乱军队，惟恐天下不乱。
在钓鱼台“中央文革小组”的一次碰头会上，陈伯达叫嚷：军队已经跌到了修正主义的边缘！江青质问列席会议的总政治部负责人：你们军队为什么按兵不动？对军队那些“走资派”为什么不揪？我看就是有人压着。
她说的“有人”，首先指的就是叶剑英。
叶剑英大义凛然，毫无惧色。
他们经过精心策划，10月1日在天安门城楼上，由第二军医大学群众组织“红色造反纵队”的一个头头向毛泽东、林彪告状，说军队镇压群众，与地方做法不同，搞了许多条条框框，限制太多等。
于是林彪下令要全军“文化革命小组”立即发一个紧急指示，让军队院校的“文化大革命”完全按地方的做法搞，10月5日《关于军队院校无产阶级文化大革命紧急指示》颁布。
这个“指示”写道，根据林彪的建议，“军队院校的文化大革命运动，必须把那些束缚群众运动的条条框框取消”，明令取消军委、总政关于《军队院校文化大革命运动在撤出工作组后由院校党委领导》的规定，以及不在军种、兵种院校范围内的地方搞院校串连等其他许多规定。
要求军队院校完全按照“十六条”的规定办，开展“四大”。
叶剑英目睹“造反派”自毁长城的破坏活动，又无力制止，十分焦虑。
他在西山住所同军委、总政的领导同志个别接触，商量对策。
随后，即以总政治部名义，起草了关于各总部国防科委军种兵种机关必须经常保持战备状态的通知，要求“我军必须经常保持高度的警惕和战备状态，随时准备对付敌人的突然袭击。
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叶剑英的非常之路 第六篇（3）
各总部、国防科委、各军种的主要领导同志，在完成上述任务中担负着重要的责任。
必须保证他们对部队实施经常的指挥，不能中断。
未经军委许可，他们不能离开指挥岗位。
在文化大革命期间，院校的革命师生，向他们反映情况，要求他们解答问题，对他们提批评意见等，应该和接待机关商量，根据领导同志的工作情况，安排接待时间、地点，每次谈话或开会的时间不要太长；对于机关的办公室、通信设施、保密设备要妥为保护，以免影响他们对部队的指挥和日常工作的进行。”
这个通知，林彪看后转送给“中央文革”，被陈伯达以“借战备压革命”的罪名加以扣压。
10月9日至28日，在毛泽东主持的中央工作会议上，叶剑英得到毛泽东同意，在会议期间连续作了7次发言，针对林彪、陈伯达的谬论，提出一系列质疑：军队怎么搞？农村搞不搞？小学如何搞？哪些可办，哪些一时不好办？……他在发言中极力坚持军队师以下单位不搞“四大”，进行正面教育。
他坚决反对“造反派”随便揪人和抄家。
他的发言得到周恩来等的赞同。
三、利用两个十万人大会的讲坛公开抗争，实行“反冲击”，争取教育广大师生
林彪、陈伯达无视周恩来、叶剑英等的正确意见，利用手中的权力和工具，向全国印发他们的“报告”和“讲话”，流毒甚广。
自从他们提出了批判所谓“资产阶级反动路线”之后，林彪、江青一伙的追随者们到处煽风点火，迅速在全国各地掀起批判的浪潮。
军队的形势急转直下，院校师生和部分机关“造反派”纷纷外出串连，参与造反夺权活动。
总部和各军区机关不断被冲击，许多负责干部被揪斗。
到11月，进入北京的军队院校师生达10万人。
林彪、江青一伙唆使并纠合一些不明真相的人带头冲击国防部，冲击中共中央和国务院所在地中南海。
叶剑英感到，事态的发展越来越严重，如果听任年轻学生盲目的行动，可能酿成更大祸害，使军事首脑机关完全陷入瘫痪状态。
因此，当务之急，必须迅速采取措施，扭转这种局面。
他同军委、总政的领导同志紧急磋商，决定动员军队院校师生员工离京回校复课闹革命。
经报毛泽东批准，11月13日，以总政治部名义在北京工人体育场召开军队院校和文体单位来京人员大会，即“第一次10万人大会”，周恩来、陶铸、贺龙、徐向前、陈毅、叶剑英、萧华、杨成武以及各总部负责人同时出席。
大会由总政主任萧华主持。
周恩来和陶铸提前退场。
几位军委副主席作了重要讲话，强调稳定军队，军队不能乱，对“文化大革命”中出现的许多非正常现象和错误做法提出了严肃批评，动员大家离京返校。
叶剑英在讲话中，向大家反复说明军队院校在“文化大革命”中的任务和方针、政策。
他说，同志们要掌握党的政策，使运动沿着正确的方向发展。
你们顶得住，坚决斗争，我们不仅同情，还支持。
但是真理是有限度的，列宁说过，真理跨过一步就成了谬误。
越过了一定的量就发生了质变。
叶剑英指出一些单位揪斗领导干部，外出串连，搞打砸抢，败坏军队的名声等错误行为的同时说，我们睁着一只眼睛，闭着一只眼睛。
闭着的一只眼睛放手，睁着的一只眼睛看情况。
他引证毛主席的话说，鲁迅的《阿Q正传》中有个人，是不准别人改正错误的。
不准人家革命。
毛主席讲过，要允许人家犯错误，允许人家改正错误，允许人家革命。
毛主席说，过去旧戏是《三娘教子》，文化大革命是“子教三娘”。
我们要向青年学习。
叶剑英的非常之路 第六篇（4）
但是我们奉劝青年同志们，不要把毛主席著作当圣经念，不要再犯教条主义错误。
叶剑英劝大家要有阶级感情。
他对有些“造反派”不顾老干部心脏病发作，不管人家死活，硬把人家抓去批斗的做法，表示十分愤慨！他批评这些人没有无产阶级的感情，不是无产阶级的军人！要大家警惕少数别有用心的人，不要受坏分子利用……正当叶剑英讲话时，解放军兽医大学“红色造反团”的一名“战士”（学员）递条子给会议主持人萧华，责问这个大会“林副主席批准没有？”“你们四位副主席的讲话是不是林副主席批准的？”叶剑英在主席台上当众宣读了这张条子，气愤地问大家：“同志们，他怀疑我们大会是偷偷开的，同学们相信不相信我们？”台下回答：“相信军委。”
叶剑英接着说：“我代表军委的全体同志感谢同志们信任我们，请同志们信任我们。”
他告诉大家，四个人的讲话是军委集体讨论过的。
他重复说，现在“文化大革命”是“子教三娘，儿子教育老子、教爷爷。”
他希望递条子的那个学员也要接受帮助教育。
这次大会，在全国范围内，尤其在北京引起巨大反响，陈、叶等元帅的讲话迅速传播四方。
受迫害的老同志和一切正直的人们，无不表示赞同。
而林彪江青一伙及其追随者们则认为陈、叶的讲话违背了“十六条”和“紧急指示”，是“镇压群众”，是“资产阶级反动路线的猖狂反攻”。
有几个院校成立“批资筹备处”，准备批斗几个元帅。
“陈毅、叶剑英讲话必须批判”的大标语出现在街头。
11月29日，在工人体育场再次召开了军队院校师生大会，即“第二次十万人大会”。
这次大会比上次大会气氛更为紧张。
“造反派”在林彪、江青一伙指使下，决定利用这次大会，进行“反击”。
他们在会场贴满了大字标语，声言陈、叶上次讲话有“严重错误”，必须“彻底批判”。
周恩来得知这一情况后，对大会非常关心，亲自到会场看望大家，绕场一周。
陈毅第一个讲话。
他在讲话中说，满腔热忱地鼓励和教育青年军人，要他们学会正确对待路线斗争，“应该弄清思想，团结同志，共同对敌”。
陈毅讲话之后，叶剑英再次作长篇发言。
他首先念了几张台下递来的条子，回答了所提的问题。
对有人提出要为上次递条子的学生恢复名誉问题，叶剑英耐心地讲明道理，明确表示了否定的态度。
接着，叶剑英着重阐述了毛泽东对青年一代的亲切关怀和殷切希望，以及军队院校培养学生的重要意义。
他肯定绝大多数师生是革命的，是好的，同时对少数人不守纪律，“住大房子、”“坐小汽车”，讲排场、摆阔气等破坏解放军优良传统等不良倾向提出了严厉批评。
他说，有一些人煽动一部分群众到毛主席办公的地方猛冲、猛打，这行吗？这些人如果不改，就是废品，将来不能用的。
有人说我又挑动群众斗群众，不是！我不敢挑动群众斗群众。
这样的人不是群众，是废品，要洗刷！有人冲我们的国防部是个大错误，严格讲是反革命！最后，他苦口婆心地劝说同学们返校闹革命，搞好本单位的斗、批、改。
就在这次大会的同一天，叶剑英针对一些“造反派”提出怀疑中共中央某些领导同志的问题，明确指示军事博物馆要保留刘少奇和邓小平在各个革命历史时期的照片。
叶剑英和军委其他几位领导同志两次出席“十万人大会”并发表讲话，是对“文化大革命”的第一次公开对抗