随后，李天佑详细地向陈明仁介绍了广西剿匪的情况，并授陈明仁全权指挥桂西北部队剿匪。
宴会后，陈明仁上书党中央和毛泽东，表示：“一定不辜负党的信任，坚决完成剿匪任务。”毛泽东收信后说：
“冤家变亲家，对手变同志，看他李天佑如何唱好这出戏！”
原来，毛泽东派陈明仁入桂，果然有激将李天佑之意！
（3）受到毛泽东嘉奖
在李天佑、陈明仁的正确指挥下，地方党组织大力协助，广大军民哪里有土匪就往哪里追，原来嚣张得不得了的土匪在很快如同丧家犬，死的死，逃的逃，自首的自首，广西剿匪很快局势逆转。
李天佑亲自指挥瑶山剿匪，2月底胜利结束，前后历时50天。主要匪首杨创奇、甘竟生、林秀山被活捉，韩蒙轩被击毙，其他骨干分子全部被歼，无一漏网，38万多名土匪全部被剿。大瑶山获得了彻底解放。
随后，李天佑指挥部队回师桂西北，收回了放弃的地区。
与此同时，陈明仁在桂西南剿匪也卓有成效。
1951年4月，广西共歼灭土匪33万多人，其中，军（纵队）级以上匪首190人或被捉或被毙，收缴各种武器38万余件，李天佑终于如期完成了毛泽东规定的肃清全省股匪的任务。为此，毛泽东两次致电进行嘉奖。
剿匪工作完成后，37岁的李天佑升任广西军区司令员。
19广州军区代司令员逸事（1）
1957年11月，李天佑出任广州军区第一副司令员。12月任军区党委第三书记。不久，军区司令员调出学习，他又被任命为军区代司令员，主持军区全面工作。
（1）
在战争年代，李天佑战功赫赫，凡是大仗都有他的份，并且他多是担任最艰巨的任务，但革命胜利后，他并不居功自傲，为人很谦虚。他任代司令员后，很多人在会上会下都不再称他副司令员，也不称他代司令员，而喊他为“李司令员”。每遇到这种情况，他就严肃地说：
“请你注意，中央军委只任命我为副司令员、代司令员，今后你最好叫我李天佑，或李副司令员。”
这一说常常弄得对方很是尴尬。
但是，军区机关呈送文件或报告，有的人仍继续称他为“司令员”。结果，他只好又重申：“这样的称呼不恰当，不符合中央任命我的职务，应当纠正。”为此，他特地又要秘书向军区司令部办公室传达他的要求，正式通知机关各部门纠正这种名不副实的称呼。在他一再严肃提出纠正后，再也没人称李天佑为“司令员”了。为此，他高兴地说：
“你们没权力把这个‘副’字拿掉，用上也不难！你们按中央规定办事了，我也不觉得你们拍马屁！两全其美，这样多好呀！”
（2）
20世纪50年代末和60年代初，国内经济发生极大困难，国际上反华势力蠢蠢欲动，华南地区是美蒋势力在沿海发动武装入侵的前沿地区，国防任务十分艰巨。
谁知偏偏在这时，时任国防部长的林彪在军事设防问题上却提出了一个“北顶南放”的战略方针，即在北方要处处设防，加修工事，而在华南地区则要“放”。所谓“放”，就是不搞设防，甚至可以废弃原有工事。1958年，林彪去海南岛走了一趟，回到广州后，在谈到华南防务时，在一张海南岛地图上批了10个大字：
“坚守五指山，全岛打游击”
这连个句号都没有的批语之意还是贯彻他所谓的“北顶南放”方针。为此，他还对李天佑等人说：“一旦敌人从华南入侵，就任其长驱直入，放进来打。”
李天佑说：“自古以来，没有一个国家不抵抗就直接把敌人放进自己的国土上打的，这不符合积极防御的军事原则。我们是统一的社会主义国家。中国长期存在的那种有军无防的状态必须结束。不管敌人现在来不来，但一定要设防。有备才能无患，无备就要挨打。‘南放’方针，这不符合毛主席一贯主张的积极防御的军事思想，更不符合华南的实际状况。”
据说，在当年东北部队中，敢于向林彪提出不同意见，并且能为他接受的下属，只有两个人，一个是刘亚楼，一个就是李天佑。但林彪这次却没有接受他的意见：“‘南放’方针不能变，具体如何做，你去想办法。”
李天佑没办法，但他暗中对林彪的“南放”方针留了一手，搞出了一个“重点设防，搞纵深防御，有梯次的配置兵力，不搞一线式设防”的防御方案，其主旨是在敌人可能进攻的主要方向上层层设防，同时掌握强大的预备队。对此，他形象地说：“绝不能让敌人一捅就破，同时要有拳头。”
按照此防御方案，广州军区在重要海岛、主要军事要地都配置了大口径的大炮，在必要时可以“有效地封锁航道”。另外，根据朝鲜战场的经验，各个部队还挖了许多坑道工事，能够防原子弹、防化学、防细菌武器的袭击。
李天佑的设防计划与林彪的“南攻”方针完全相反，得到了时任中央军委秘书长、总参谋长罗瑞卿的赞同。
（3）
1959年庐山会议后，广州部队因批判所谓的“单纯军事观点”，战备训练受到很大冲击。
一天，在工作安排会议上，李天佑说：“军区工作要继续坚持以战备训练为中心。”
但是，许多人还是顾虑重重，不敢抓军事训练，军事干部也犯了难。李天佑发现此情况后，对他们说：“当兵不搞战备训练，这和工厂不搞生产、农民不种地有什么区别？这怎么行呢？国家和人民会遭殃的！”
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19广州军区代司令员逸事（2）
“抓战备风险很大，弄得不好，就会被扣上‘脱离政治’，或‘以军事冲击政治’的帽子。”
“风险再大，罪名再多，也要搞！”
由于李天佑决心很大，全军区继续进行严格的战备训练。结果，这一年广州军区的战备训练搞得轰轰烈烈，取得了显著的成绩。1960年，中央军委把现场会开到了广州军区。
会上，李天佑又提出了一个要求：请中央军委批准广州军区建立装甲兵种。
这也获得了上级的批准。随后，广州军区率先在全国几大军区中建立了装甲兵。对此，他高兴地说：“当兵就是要准备打仗，不然，仗打起来了，就没法赢了！当兵的搞战备有什么错呢？！”
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20“文革”中三次“救人”（1）
1962年9月，李天佑调任中国人民解放军副总参谋长，11月，他到北京就职。“文革”爆发后，他置身于旋涡中，却有3次“救人”的故事。
（1）
1966年10月5日，林彪借军委和总政治部的名义，发出《关于军队院校无产阶级文化大革命的紧急指示》。这个文件下发后，在动荡中的军队院校更是火上加油，立即和地方院校一样大鸣大放，并且外出“串联”。
一天，总参二部副部长张挺出于关心，去招待所探望从南京外语学院来京“串联”的造反派学生，谁知他这一去，竟是“自投罗网”，造反派说他“历史问题不清楚”，反把他扣留起来了。
分管二部的副总长李天佑接到报告后，立刻赶去与造反派头头交涉，告诉他们说张挺副部长正在参加一个外事活动，要求他们马上放人。经过长时间的耐心说服，学生们答应第二天放人。
可是，第二天早晨，他一去上班，就接到两个电话，说造反派要带张挺回南京批斗，已去火车站了。他放下话筒，又立刻赶去火车站。
此时正是学生“大串联”高潮，火车站人山人海，十分混乱。因走得匆忙，他身边只有一个警卫员。但他不顾个人安危，在杂乱的人群中，找到了那些学生，再次劝诫他们以大局为重，并说：“有问题可以提出来在北京解答，不能把人带走。”
可是，谈了一个小时，造反派还是不答应，李天佑严厉地批评他们：“你们什么也不顾，这样做是错误的！”
“造反有理，革命无罪！”
李天佑没有办法，最后只好向学生们提出3条要求：一、必须保证人身安全；二、快去快回；三、只能解答问题，不能批斗。学生们终于同意了。
为稳妥起见，他与南京军区联系，请他们协助做学生的说服工作。3天后，张挺副部长平安地返回了北京，逢人便说：“李副总长救了我一命。”
（2）
在“文革“中，李天佑大概是有在东北时赫赫战功，又是在林彪麾下，所以受冲击并不大，但他并不因此在运动中作壁上观，而是尽自己之力，保护同志和战友。
1967年夏天，武汉发生了震惊中外的“7？20事件”，武汉军区司令员陈再道被视为这一事件的“黑后台”，遭到了批斗。不久，副总长彭绍辉的一位亲戚在武汉大学读书，从武汉来京，问及此事，彭副总长说：
“陈再道有什么问题？他是个好同志，是我们的老战友。”
谁知这位亲戚将这话记在了本子上。回到武汉后，此话被武汉大学的造反派发现，他们立刻上京，要把彭副总长拉到武汉批斗。
彭绍辉是毛泽东的湘潭老乡，从小就参加革命，在战争年代就成了有名的独臂将军。李天佑得知造反派要批斗彭绍辉后，亲自与学生见面，劝他们说：“我们总参的干部你们不能抓，有问题我们自己解决。”
由于李天佑坚决反对批斗彭绍辉，学生们只好悻悻回去了。可不久总参内部有人有意见，说：“‘7？20事件’是中央定了性的，彭说这样的话，就是替陈再道翻案。”
李天佑坚持说：“要核实后再下结论。”
事情查清后，彭副总长作了一般性检讨。不久，毛泽东在总参的报告上批示：
“我看还是这样处理好。”
彭绍辉随即恢复了副总长工作，见到李天佑后说：“谢谢你火线救人呀。”
（3）
1968年3月，林彪、江青一伙制造了“杨（成武）、余（立金）、傅（崇碧）”冤案，杨成武代总参谋长受到批判后被关押起来，黄永胜调任总参谋长。随后，全国展开审干工作。李天佑负责军队审干工作。
在审干中，有人在清查北京的敌伪档案时，发现了一个叫王德的特务，其姓名、籍贯，都与总参作战部副部长王德相同。这是一个重大的情况！总参作战部的副部长是特务，这还得了？！总参一位领导当即指示作战部将王德副部长隔离起来。作战部负责审干工作的肖剑飞副部长却认为，只凭一份材料，就将一位副部长关起来，太过于轻率，于是建议说：
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20“文革”中三次“救人”（2）
“是不是待调查后，再视情况处理？”
这位领导坚持说：“如果我们作战部的副部长是特务，还不果断采取措施，行吗？去按我的意见办。”
肖剑飞思想不通，只好去请示李天佑。
李天佑听了汇报，赞同他的意见，说：“现在是‘文革’时期，我们审查干部更应当掌握好党的政策，按政策办事，当矛盾性质未弄清楚之前，应先按人民内部矛盾处理，不能轻易关人，党的一贯政策是不冤枉一个好人，也不放过一个坏人。”
接着，他交代肖剑飞：“要妥善安排好王德副部长眼前的工作，同时组织人员抓紧调查。那位领导同志的工作则由我去做。”
经过半年多的外调和查证，最后审干组查明：敌伪档案中的王德和作战部王德副部长并不是同一个人，他们是同县、同区，但不同乡，敌伪王德的年龄也比王德副部长大五六岁。这样，王德副部长就免受了一次不白之冤。
情况弄清楚后，李天佑说：“同名同姓，竟然还同县、同区，这么巧事还真不多！幸好，两人不同乡，不同年。不然，我们就冤枉一位好同志了。做工作不能不细致呀！”
作战部王德副部长则说：“大特务的罪名，谁担得起呀！幸好李副总长救了我一命！”
21“冲击国防部事件”（1）
在“文革”中，李天佑救了别人，自己却遭过劫难。这就是1966年11月7日在北京发生的震惊国内外的“冲击国防部事件”。
（1）
总参三部下属有一所军事院校，叫张家口技术工程学院。早在1965年院校整风时，李天佑曾带工作组去过这个学院。后来，三部副部长姜钟又带着工作组进驻学院。1966年8月《关于无产阶级文化大革命的决定》公布后，工作组被迫撤出学院，一些学生进京“上访”，冲击三部机关，并因李天佑派工作组去学院，称他是“学院黑帮的总后台”，要求他出面“回答问题”。
李天佑先后5次接见学生代表，回答了他们提出的各种各样的“怪问题”。几天后，他又带领检查组前