即使这样，昭宗还被迫封韩建为守太傅、中书令、兴德尹，封颍川郡王，赐铁券，并赏赐御笔亲书的“忠贞”二字。这时候的昭宗，因为朝不保夕，已经完全失去先前进取的锐气。
华州节度使韩建在当时实力不算强大，竟然挟天子以令诸侯，自然令其他强藩不平，其中反应最强烈的就是朱温。朱温当时在众藩镇中实力最强，地盘最大，只有他敢于与彪悍勇武的李克用争锋。韩建与李茂贞商议后，也害怕朱温出兵来抢夺昭宗，于是将昭宗主动送回长安。
经过两年多形如囚徒的生活，昭宗已经完全变了一个人，不但不思进取，还开始自暴自弃。他性情愈加暴躁，经常酗酒麻痹自己。因复兴无望，变得喜怒无常，动不动就杀死左右侍奉的人来排泄愤怒。此时的昭宗，已经是一个凶狠暴虐的人物，行为不可预知。这引起了宦官们的恐惧，生怕哪一天不小心就被昭宗已杀死。宦官刘季述、王仲先，枢密使王彦范、薛齐屋四大宦官暗中合谋，打算废黜昭宗。
光化三年（900年）十一月的一天，昭宗在禁苑中打猎，大醉而归。当天夜间，昭宗突然发怒，趁酒兴亲手杀死身边宦官、侍女数人，宫人大为恐慌。第二天上午，昭宗还宿醉未醒，宫门不开。宦官刘季述、王仲先借机要挟宰相崔胤召集百官。崔胤怕死，率领群臣在同意“废昏立明”的文书上签了字。宦官们随即率领禁兵入宫。此时，昭宗刚刚酒醒，突然看见有兵士进来，“惊坠床下”，爬起来刚要逃跑，却被刘季述、王仲先拉住，左右挟持着坐下。
［崔胤，字昌遐，乾宁二年（895年）进士。王重荣为河中节度使时，曾辟请他为从事。后进入中央朝廷做官，不断得到升迁。唐大顺年间，崔胤历任兵部、吏部侍郎，不久又以本官任平章事，这是崔胤第一次拜相。唐末王室衰微，大权旁落，宦官与朝臣南北二司互相争权倾轧。双方都暗结朋党，结纳外镇的藩帅。崔胤为人阴险狡诈，工于心计，又善于阿谀附合，外表看上去老成持重，实则内心险恶。凤翔节度使李茂贞杀进长安时，宰相杜让能、韦昭度、李谿先后被杀，崔胤却幸免遇难，由此可见他善于在乱世中生存。昭宗回长安后，罢免了崔胤的相位，出为岭南东道节度诸使。崔胤立即秘密写信给朱温求援。在朱温的要挟下，昭宗无奈，只好召回崔胤任平章事，再度拜相。崔胤先后四次拜相，时人称其为“崔四人”。］
昭宗皇后何氏颇为见识，见大势不妙，立即站出来周旋：“军容长官本是护卫官家的，你们不要吓着他，有事请各位做主就是了。”宦官刘季述立即拿出有百官签名的文书说：“陛下厌倦了这个宝位，大家的意思是要太子监国，请陛下颐养于东宫。”昭宗却不想让位，自己辩解说：“我昨日与卿等欢饮，不觉过了点，何至于此呢！”何皇后立即说：“圣人就依他们的意思吧！”随后，何皇后当着昭宗的面，取出传国宝玺交给刘季述，表示昭宗同意退位。
昭宗和何皇后及侍从十余人随后被关进东宫少阳院内。刘季述还以银杖画地，当面历数昭宗罪过：“某时某事，汝不从我，其罪一也……”如此数十不止。之后，刘季述亲自给少阳院院门上锁，门上的大锁也用铁水熔固，防止有人进出。昭宗等人的饮食就从一个墙洞中送进去。
同一天，宦官假传昭宗之命，立昭宗子李裕为皇帝。
宰相崔胤曾劝昭宗诛杀了宦官宋道弼、景务修等，令宦官们对他十分畏惧，不胜忿恨。刘季述虽然痛恨崔胤，但却因为畏惧朱温而不敢杀他，只是罢免了他的相位。崔胤立即告难于朱温，请他发兵相救。刘季述也派使者去见朱温，表示愿意奉上大唐社稷。朱温虽然有当皇帝的野心，但感觉此时还不到时机，他还需要昭宗这张牌。权衡利益下，朱温囚禁了刘季述的使者，派亲信蒋玄晖秘密进入长安，与崔胤秘密策划，打算铲除宦官，迎昭宗复位，挟天子以令诸侯。
天复元年（901年）正月，崔胤联合神策军将领孙德昭、董彦弼、周承诲三人，发动神策军（禁军）打败了刘季述，迎昭宗复位。昭宗在群臣的朝贺中“反正”，黜太子李裕为德王，杀刘季述党羽宦官数十人，刘季述被乱棒打死，暴尸于市。这场宦官发动的宫廷政变，不到两个月就失败了。神策军将领孙德昭、董彦弼、周承诲得到重赏，时人称为“三使相”。
昭宗复位以后，鉴于刘季述之乱，迫不及待地要尽除宦官，便命崔胤和陆宸分掌左右神策军，尽夺宦官兵权。但神策军将领都是宦官心腹，大力反对，昭宗的诏令不能施行，只得任宦官韩全诲为神策军中尉。
崔胤急于铲除宦官，病急乱投医，居然想利用凤翔节度使李茂贞来制宦官，就暗中邀请他遣兵三千进驻长安，以为援助。谁知韩全诲做过凤翔监军，与李茂贞私交极好，二人早有勾结。凤翔兵进驻长安，反而助长了宦官的气势。崔胤便催朱温速到长安，从宦官手中夺取昭宗。这正中朱温下怀，他立即带兵出发，到河东时，先上书请昭宗去东都洛阳。
宦官韩全诲等人闻讯后大惊，干脆先下手为强，劫持昭宗及其家属到凤翔投靠李茂贞。朱温率兵入关中后，首先打败华州节度使韩建，取得华州，随后进入长安城。宰相崔胤率文武百官在渭桥迎接，并设宴接风。其间，崔胤举酒杯为朱温祝寿，丑态百出。
天复二年（902年），朱温带兵围困凤翔，与凤翔李茂贞为争夺昭宗展开了激战。凤翔孤立无援，城中粮食断绝，又遇严寒大雪，城中军民大量冻饿而死。昭宗也不得不在行宫自磨粮食，每天磨豆麦喝粥，以求生存。凤翔百姓更惨，吃人的现象普遍发生，“人肉每斤值百钱，犬肉值五百钱，每日进奉御膳，就把此肉充当”。在内无粮草、外无援兵的情况下，凤翔肯定是守不住了，李茂贞只得接受朱温的条件，同意主动送出昭宗、韩全诲等人。
这时候的李茂贞还不忘向昭宗伸手，要求昭宗将跟随在身边女儿平原公主嫁给自己的儿子宋继偘（李茂贞原姓宋）。何皇后心疼亲生女儿，不肯同意。昭宗劝她说：“不尔，我无安所！”（《新唐书·卷八十三·公主传》）堂堂大唐天子，为了一处安所，竟然连女儿也要舍弃，真是可悲可叹。
昭宗等人出凤翔后，朱温就地诛杀韩全诲等宦官数百人，将昭宗像战利品一样带回长安。
根据《五代史阙文》记载，朱温从凤翔迎昭宗回长安时，昭宗假装鞋带脱落，对朱温说：“全忠（朱温）为吾系鞋。”朱温不得已，只得跪下为昭宗系结，汗流浃背。当时昭宗身边还有卫兵，昭宗故意如此，是让左右擒朱温而杀之，但左右竟然没有一个敢动手的。
朱温回兵长安后，尽诛宫中宦官八百余人，只留下黄衣（品秩最低的宦官）幼弱三十人，供宫中打扫。同时，朱温还下令各地藩镇将担任监军的宦官一律杀死。唐朝持续一百多年的宦官势力，至此被彻底铲除。谁也没有想到，中唐之后祸乱不已的宦官问题竟然是被朱温解决。朱温因诛杀宦官有功，被封梁王，从此挟天子以令天下，控制了中央政权。
［在中国历史上，秦始皇为大杀宦官第一人。秦始皇灭掉六国，暴虐无度，仇家遍及天下。为了防止遭人刺杀，他每天都要改变住处。有一天，秦始皇出游，看到丞相李斯出行，车马、随从众多，浩浩荡荡，排场很大。秦始皇很不高兴。有人将此事告诉了李斯，李斯立即精简了车辆随从。秦始皇知道后仍然不高兴，说：“肯定是宫中的宦官把我的话泄露出去。”于是将身边的宦官全部处死。］
昭宗记挂尚在凤翔的女儿平原公主，让朱温写信给李茂贞索要。李茂贞畏惧朱温的势力，只得将平原公主送回了长安。
天复三年（903年），朱温领兵回大梁，留侄儿朱友伦领一万兵控制京师，昭宗完全孤立了。
天祐元年（904年），凤翔节度使李茂贞举兵逼京畿。朱温为了更好地控制昭宗，又见关中经济萧条，黄河漕运中断，洛阳经济复苏、且有江淮经济支持这一形势，提出要把首都迁到洛阳。但朝臣们反对。宰相崔胤猜到朱温将会篡位，他身为宰相，难免有一天会祸及自身，于是暗中召募六军十二卫，密为防御。又与京兆尹郑元规等人谋划，缮治兵甲，日夜不息。朱温有所防备，指使部下数百人去应崔胤之募兵，崔胤却毫不知情。
刚好这时候，朱温派在长安典禁军的侄子朱友伦打马球时不慎坠马而死。朱温怀疑是崔胤故意而为，便以此为借口，派侄子朱友谅带兵入长安，胁昭宗迁都洛阳，并以“专权乱国，离间君臣”的罪名捕杀了崔胤、郑元规。长安民众痛恨崔胤，听说他被杀后，十分振奋，纷纷向他的尸体投掷瓦砾砖石以泄忿。唐末诸相之中，崔胤名声最差，被认为亡国害民。尽管当时时局混乱，情势复杂，唐朝廷面临着个人无法解决的危机，但后来朱温挟持天子直至唐朝灭亡，崔胤难辞其咎。
朱温另用裴枢、柳璨等人为宰相，使裴枢强迫昭宗和百官迁都洛阳。长安城中，一片阴云惨淡。长安居民也被迫迁往洛阳，一路上哭号之声不绝，其惨象恰如董卓挟持汉献帝驱赶洛阳百姓西迁长安一样，因而大骂宰相崔胤是“国贼”，斥责他引来了朱温倾覆社稷，连累众生。
昭宗刚刚出长安，朱温就下令毁掉长安的宫室和民房，以绝众望。长安房屋被拆后的木材扔在渭河当中，顺河而下，月余不息。长安城化为废墟，从此，结束了为都的历史。
之前昭宗曾经几次离开长安，但这次离开后，就再也没有能够回来，长安从此成为梦中遥想的故都。
昭宗车驾路过华州，华州百姓夹道高呼“万岁”。昭宗泪流满面，说：“不要朝我呼万岁了，我不再是你们的天子！”又对左右侍从说：“鄙语说：”纥干山头冻杀雀，何不飞去生处乐。‘我这次漂泊，不知何处是归宿了！“说罢大哭不止。左右人也都黯然泪下。
天祐元年（904年）二月，昭宗到达陕州（今河南三门峡），因洛阳宫室尚未建成，车驾暂驻于此。朱温亲自到洛阳督修宫室。昭宗趁机向西川节度使王建传书告难。王建派兵会合凤翔节度使李茂贞军，前来抢夺昭宗，途中遇到朱温军队的阻挡而退回。昭宗又向李克用传书告急，但是朱温早又准备，屯重兵在河中，李克用虽然急切地想得到昭宗，却难以一时奏效。
四月，洛阳宫室建成，朱温催促昭宗出发。昭宗近乎哀求地向朱温声明，说何皇后刚刚生育，月子里出行不方便，要到十月再进入洛阳。朱温认为昭宗有意拖延，想等待援兵，很是恼怒，恶狠狠地对手下牙将寇彦卿说：“你马上到陕州，立即督促官家动身。”
［何皇后生下的这个孩子下落如何，史书上没有记载。根据安徽西递胡氏宗谱记载，何皇后在陕州生下一个男婴。刚好当时新安婺源人胡三宦游于陕，昭宗知道前途险恶，便将孩子交给了萍水相逢的胡三。胡三将皇子抱回徽州婺源考水，将其改姓胡，取名昌翼。昌是吉祥平安，翼为翅膀，意思是平安地飞离了虎口。百年匆匆而去，胡氏五世祖胡士良赴南京公干，途经西递，被西递优美的山水风光所吸引，便将全家迁居西递，之后写下了胡氏宗族在西递土地上九百余年繁衍生息的历史。想来这样的结局，是唐昭宗万万没有预料到的。］
昭宗无奈，只好从陕州出发。车驾至谷水，朱温设宴洗尘。经过几次变乱，此刻昭宗身边已没有了禁卫亲军，随从他东迁者只有诸王、十几个小黄门以及打毬代奉内园小儿共二百余人。朱温仍然不放心，担心这些人也会惹是生非。为防止节外生枝，朱温当夜指使部下将这二百余人一一绞死，然后另换二百余人身着死者的衣服。直到数日后，昭宗才发现身边的人全被替换。
到了洛阳，何皇后哭着对朱温说：“此后大家夫妇，委身全忠了。”昭宗在洛阳宫贞观殿接受朝贺，宣布改元，大赦天下，被严密监视，如入牢笼，完全成为朱温手上的傀儡和招牌。之后，昭宗日益消沉，终日与皇后、内人“沉饮自宽”。既然是“自宽”，就说明他内心深处一直担心发生不测。此时的皇帝，不过是苟延残喘而已。
凤翔李茂贞、太原李克用，以及割据西川的王建，割据淮南的杨行密等人，连盟举义，打出了“兴复”的旗号，虚张声势，声称要出兵救出昭宗，其实不过是要和朱温对抗。朱温却感觉到危机，知道留下昭宗对自己不利。他领兵西讨李茂贞前，担心昭宗有变，招来心�