。有学者认为皮日休是“一位忧国忧民的知识分子”，“是一位善于思考的思想家”。鲁迅评价皮日休“是一蹋糊涂的泥塘里的光辉的锋芒”。］
黄巢后来还逮住了唐宰相王徽，逼迫王徽出任大齐的官。王徽装聋作哑，一言不发。后设法逃出长安，投奔僖宗，被任命为兵部尚书。
黄巢也知道自己部下中能负文治之责的有限之极，要让政治机构运转起来，还是要靠那些唐朝官员。于是，黄巢下了一道令：唐官三品以上全部停任，四品以下则官复原职。不过要到宰相赵璋府第投递名衔（名片），才可以复官。
然而，农民军进长安后大肆劫掠，已经杀了不少人，其中包括一些唐朝大臣。在这样的情况下，谁都不愿意去相信黄巢的话，因此大都没有理黄巢的那一套，没有去赵璋府第投递名衔，而是各自躲藏起来。
黄巢见自己的号令竟然无人理睬，又回想起当年他来长安应试时名落孙山的落魄，顿时勃然大怒，下令四处搜查唐朝大臣，凡搜获者全部杀死。唐宰相豆卢瑑、崔沆及左仆射于琮、右仆射刘邺、太子少师裴谂（裴度子）等人，都被搜出后处死。于琮妻子为广德公主，见丈夫被杀，上前握住杀人者的刀刃，慨然道：“我是唐室女，誓与于仆射同死。”于是被杀。将作监郑綦、库部郎中郑綦拒不投降，“举家自杀”。
金吾大将军张直方曾经领衔到灞上迎降，主动投降了黄巢，颇得农民军信任。但张直方心念旧情，将许多无处可去的唐大臣冒险藏在自己的永宁里府第里，人数多达数百名，结果被黄巢发现，张直方全家都被杀死。因此有人认为张直方先前是伪降黄巢。历史人物因为当时所处的复杂环境与局势，已经很难完整复原。根据当时的情况看来，张直方投降黄巢为情势所逼，并不一定心甘情愿，但是为了性命和前程，只得如此。
［灞上也称灞桥，由于扼长安东去洛阳，南下襄、邓的交叉口，具有极重要的战略地位。秦末刘邦自武关进军关中，屯兵灞上，秦王子婴不得不素车白马系颈降于道旁。历史上，只要占领灞上，就敲开了长安的大门。张直方，前卢龙节度使张仲武之子。张仲武死后，卢龙军推立张直方。唐朝廷以张直方为卢龙留后，很快立为节度使。然而，张直方性格残忍暴率，军中许多人不服他，预谋废除他。张直方以打猎为名，借机逃回长安。军中遂立周林为卢龙留后。张直方到长安后，被任为金吾大将军。但他残暴性情不改，因小罪笞杀金吾使，被贬为右羽林统军，负责京师宿卫。张直方喜欢出游打猎，恨不得杀尽天下所有的动物。在东都洛阳，他一出门，洛阳飞鸟看见他必然大声群噪逃跑，颇有传奇色彩。因为张直方经常出去打猎，多日不归，右羽林统军当得极不称职，被为左骁卫将军。后又因为小过屡杀家中的奴婢，被贬为恩州司户。之后，郑畋任宰相，考虑到张直方之父张仲武有功，才调张直方回京师任金吾大将军。张直方喜欢吃含胎的动物的肉，经常活剥牛、羊、狗、猪的胚胎，认为这些肉脆香味美。他家必须用鸡蛋洗锅具，每天所花费的鸡蛋无法计算。但张直方在朝臣中人缘颇好，有豪气之名。事见《新唐书·卷二百一十二·藩镇卢龙》。］
农民军四处搜查可疑人物，除了唐官员外，还搜查有名的读书人，以逼迫他们做大齐的官，凡是不从的便当场杀死。当时，礼部郎中司空图也在长安，于是上演了极为戏剧性的一幕。
司空图，字表圣，河中虞乡（今山西永济）人。史称司空图少有文才，后以文章为绛州刺史王凝所赏识。王凝回朝任礼部侍郎，知贡举。司空图于唐懿宗咸通十年（869年）应试，擢进士上第，时年三十三岁。因受到王凝赞许，司空图名声益振。不久，王凝因事被贬为商州刺史，司空图感于知遇之恩，主动表请随行。唐僖宗乾符四年（877年），王凝出任宣歙观察使，召请司空图为幕府。第二年，朝廷授司空图殿中侍御史，他因不忍离开王凝，拖延逾期，被左迁为光律寺主薄，分司东都洛阳。当时卢携因与郑畋争吵罢相，正居于洛阳，对司空图的才华和为人很爱重，常相往来共游。有一次，卢携经过司空图的宅第，在壁上题了一首诗称赞他说：“姓氏司空贵，官班御史卑。老夫如且在，不用念屯奇。”后来，卢携回朝复相，召司空图为礼部员外郎，寻迁郎中。
黄巢进驻长安的时候，司空图正住在西安崇义里。他听说农民军大肆搜人后，立即准备转移为常平仓下藏匿。当他正要出门时，被一群农民军士兵当场堵住。正当司空图绝望的时候，其中一个持枪的农民军士兵上前与司空图相认。此人竟然是司空图以前的车夫段章。段章热情地向司空图宣传农民起义军的各种好处，劝他加入起义军。司空图表示誓不辱节，段章怅然泪下，于是，将司空图领到大道上，便与他分手了。司空图得以有机会乘夜逃出长安城去。
无疑，司空图得以逃脱，完全是因为段章的念旧。后来司空图特意写了一篇《段章传》以纪念恩人。段章这样的人，应该代表了农民军中的一类人。他们是最普通的一类人，一样有血有肉，有自己的人生经历。他们加入农民军，更多地是出于自愿，农民军确实给了他们唐朝廷不能给予的东西，否则段章不会热情地向旧主人宣传农民军的好处。然而，他们也加入到破坏中，杀人、放火、抢掠，也许是野性迸发，也许是身不由己。他们的生命被历史的浪潮卷入，又被历史的浪潮冲没。就像大浪淘沙，如同细微的沙粒，不可能被人区分。
［司空图逃出长安城后，到咸阳桥，又遇到好心的船夫韩钧，连夜将他渡河，才算脱离了险境。司空图听说僖宗正在凤翔，便赶去拜见，被封为知制诰、中书舍人。后僖宗逃到成都，他追随未及，便回到家乡河中。之后，司空图过着一种消极的隐居生活，他的大部分诗歌和诗论都是在这一时期写成的。他出身于官僚地主阶级家庭，又处在黄巢起义和唐王朝行将覆灭的时代，在历史的大动荡中，他没有勇气面对现实，就采取避世隐退的人生态度。回乡以后，他既不同百姓往来，也不与官府联络，而是“将取一壶闲日月，长歌深入武陵溪”（《丁未岁归王官谷》），“侬家自有麒麟阁，第一功名只赏诗。”（《力疾山下吴村看杏花》）当时王重荣兄弟镇守汉中，很仰慕他的名声，常多馈赠，他都拒绝不纳，后骗他作碑文，并赠绢数千匹，司空图就把绢堆放在虞乡市上，任众人取用。后来他定居在中条山王官谷的先人别墅，在这“泉石林亭，颇称幽栖之趣”的“世外桃源”里，每日与高僧、名士吟咏为乐。唐昭宗即位后，曾先后数次召他入朝，拜舍人、谏议大夫、户部侍郎、兵部侍郎等职，他都以老病，坚辞不受。为此，他在王官谷庄园特地修了一个亭子，取名叫“休休亭”，并写了一篇《休休亭记》以明其志：“休，美也。既休而美具。谓其才，一宜休也；揣其分，二宜休也；耄而聩，三宜休也。而又少而坠，长而率，老而迂，是三者皆非济时之用，则又宜休也。”还自号“知非子”、“耐辱居士”。又作了一首《耐辱居士歌》，反复咏叹“休休休，莫莫莫”，表示自己“宁处不出”的心志。天复四年（904年），朱全忠（朱温）把持朝政，迁都洛阳，召司空图为礼部尚书。司空图佯装老朽，不任事，被放还，由此逃过一劫。唐朝灭亡后，司空图悲痛欲绝，绝食呕血而死，终年七十二岁。］
杀完隐匿不肯报到的唐大臣后，“黄巢杀唐宗室在长安者无遗类”。唐宗室、公卿士族遭受了巨大打击，“华轩绣毂皆销散，甲第朱门无一半”：“内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨”。韦庄的这些诗句形象地反映了这一历史事件。从事实上来说，这不过是一个新政权对一个旧政权的清洗。但因为唐朝始终不失人心，而黄巢始终未得人心，这一在历史上常见的清洗被妖魔化了，极大地影响了黄巢的形象。到后面可以看到，即使是长安百姓急切盼望的唐官军回到长安时，也对平民进行了无情的掠夺和屠杀。当战乱之时，权与血、火与泪，几乎成了动荡时局的特征，而遭殃受苦的总是老百姓。
当初坚决不同意授予黄巢广州节度使的宰相卢携是黄巢的头号敌人，不过他早已经喝毒药自杀。为了泄愤，黄巢下令打开棺材，将卢携的尸体在长安市集上公开碎尸万段。
大杀宗室后，黄巢的农民军再一次表现出“流寇”的特征，通过劫掠来获取军饷，这无疑给长安带来的巨大的骚乱和破坏。黄巢进长安时，年青士子韦庄正在京城准备应举，如同当年年轻时的黄巢一样。然而，与黄巢当时所看到的长安的繁华不同，昔盛今衰，韦庄还目睹了农民军烧杀抢掠的暴行，亲眼见证了一个繁华的都市如何变成一座废墟的过程。韦庄本人也在这场劫难中与弟妹失散，还生了一场大病，经历了一次人生的大磨难。后来，韦庄将这段经历写成著名的长诗《秦妇吟》。此诗以长安为中心，通过一位从长安逃难出来的女子——即秦妇的“自述”，讲述了黄巢农民军给长安带来的深重灾难，黄金甲下的长安，并非是冲天香阵，而是地狱般的噩梦。农民军令人发指的所作所为，使长安百姓遭受了巨大浩劫。秦妇的讲述从从黄巢起义军攻占长安开始，到黄巢称帝建国，再到农民军与唐军反复争夺长安，一直到最后城中被围绝粮的情形。
《秦妇吟》因真实地反映了唐末动荡的社会面貌，写成后轰动一时，在当时极负盛名。韦庄也因此诗被时人呼为“秦妇吟秀才”。然而，这样一首争相传抄的诗之后却失传了近千年。因为韦庄在诗中写有“内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨”这样的诗句，引起了唐公卿贵族的愤怒。韦庄见惹怒了唐朝廷权贵，也相当后悔，立即想法设法到各处去回收抄本。但这首诗已经广泛流传，许多人家的屏风、幛子上都写着这首诗。韦庄临死前，遗嘱上还写明不许家里挂写有《秦妇吟》的幛子。后来，有人给韦庄编定诗集，没有选入这首诗。因此，从宋朝后，《秦妇吟》失传。宋人孙光宪在《北梦琐言》中记录了这件事，但谁也没有见过《秦妇吟》这首诗。一直到光绪二十六年（1900年），英国人斯坦因、法国人伯希和在敦煌发现了许多古代写本书籍及文件，其中就有《秦妇吟》写本。这些写本后由伯希和取走，整理全诗后寄回中国，这首失传了一千年的叙事长诗至此才重新得见天日。《秦妇吟》是现存唐诗中最长的一首。
特别要说明的是，有人认为韦庄在他的立场，对农民军有诸多诬蔑之词。实际上，这首《秦妇吟》大体上写黄巢军队的奸淫烧杀，但从诗中一位老人口中吐露出来的，却是唐官军比黄巢军更坏。这首诗后来之所以失传，不光是“内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨”两句而为公卿所惊讶，还因为诗中所描绘的官军的情况触怒了那些“东诸侯”。由此可见，韦庄的角度应该是相当公正的。正因为它的写实，所以诗成后才会引起许多人的共鸣，广为传抄，以致韦庄都不能回收抄本。也幸亏如此，此诗才得以流传到今天。
［韦庄，字端己，长安杜陵（今西安东南）人。远祖是武则天时的宰相韦待价，高祖父韦应物是中唐时期的著名诗人。到韦庄时家道中落已久。韦庄父母早亡，家境寒微，后来发愤苦读，于昭宗乾宁元年（894年）中进士。韦庄的诗词都很有名，他年轻时生活放荡，极为自负，自称“平生志业匡尧舜”。但却遭逢乱世，颠沛流离中经历了黄巢农民起义和藩镇割据大混战，因而，忧时伤乱为他诗词的重要内容。比如，他有著名《台城》：“江雨霏霏江草齐，六朝如梦鸟空啼。无情最是台城柳，依旧烟笼十里堤。”六朝如梦的怅惘与凄凉，流露出强烈的末世情调。韦庄的一生，经历颇为起伏，前期仕唐，后入蜀为王建掌书记。唐朝灭亡后，王建称帝，任命韦庄为宰相。］
黄巢曾经有凌云之志，却没有与之匹配的才干。他应该是不希望看到一幕幕杀人放火的景象出现在长安的，但他却无力制止自己的部下。黄巢的追随者，大都是以抢掠出名，没有深谋远虑的眼光。那些在长安的有才干的唐大臣都被他的部下毫无犹豫地杀死。而黄巢所建立的大齐政权只在历史上留下了暴虐的名声。毫无理由的大屠杀所带来的直接后果是，没有读书人再愿意投靠他，除了证明了残暴，屠杀没有带来任何益处。
有个在长安的读书人愤