直接后果是，没有读书人再愿意投靠他，除了证明了残暴，屠杀没有带来任何益处。
有个在长安的读书人愤恨黄巢等人，在尚书省的大门上题了一首诗，极力嘲讽了大齐政权。结果，惹得尚让大发雷霆。他将大院包围起来，追查诗作者，却无人承认。尚让便下令杀死了在尚书省工作的所有官员，并将这些人挖出眼珠，尸体倒挂起来示众。就连守卫尚书省大门的农民军卫士也被一道杀死。尚让还觉得不解气，下令大索城中，杀死长安城中有诗名的旧官吏，还抓了一批识字的人罚作仆役。因为这一首诗被杀的人多达三千多人。这是继公卿士族、唐宗室之后的第三次大屠杀。
当时滞留在长安的文人名士甚多，倘若大齐政权能妥善任用，这些人定然会成为大齐的栋梁。然而，农民军一味杀戮，这些人不免惶惶不安，都想法设法地化妆逃出了长安城。这其中便有后来成名的韦庄和杜荀鹤、谢瞳等人。杜荀鹤（杜牧庶子）和韦庄前面都已经提过，谢瞳在这里多提两句。谢瞳好不容易逃出长安后，又被朱温手下的农民军抓住，朱温听说他是读书人，倒以礼相待。谢瞳从此跟随朱温，成为其手下著名的谋士。
毫无疑问，黄巢占领长安期间，长安被彻底地破坏了，被破坏的不仅仅是城市，还有这座城市所体现的政治秩序。当黄巢如秋风扫落叶一般袭卷长安城的时候，他为得到他理想中的城市而高兴，但他不知道他改变的将是长久以来维系的社会秩序。尊严与放纵交织、怡然与惶恐背离。之后，这座城市再也没有恢复过来。作为京师而言，长安自此退出了历史的舞台。
长安血战
黄巢建立大齐政权后，与之前一度战无不胜、攻无不取的威风形象判若两人，既没有出台什么改革措施，以稳定人心，也没有及时出兵，乘胜追击望风而逃的唐僖宗，也没有消灭关中附近的禁军，以致给了唐朝廷以难得的喘息机会。
而黄巢本人当了皇帝后，开始了花天酒地的享乐生活，一头扎进了后宫的温柔乡中，为争相献宠的宫女和宦官所包围，与宫门外的世界完全隔绝。上行下效。农民军将领们在得到高官厚禄后，也沉湎于纸醉金迷的生活，不思进取。尤其令人难以置信的是，黄巢也很快学会了唐朝皇帝的那一套，开始派宦官去当监军。这是相当令农民军将领寒心的一项新举措。这些农民军将领在外驻防，辛苦地拱卫长安，非但不能享受京城花天酒地的生活，还要遭到曾经称兄道弟、亲密相依的大齐皇帝的猜忌，背后始终跟着双监视的眼睛，这是怎样的感受，又是怎样的难受！从某种程度上说，后来不少农民军将领投降唐朝廷，多多少少跟宦官监军有关。
不过，黄巢进长安后立即传檄诸道，在农民军声势的威慑下，唐藩镇中有十分之三、四都投降大齐政权。黄巢一时更加志得意满。他没有意识到，这些藩镇不过是各怀私心，不愿意替唐朝廷出头，暂时持观望态度，降跟叛一样，对他们来说不过是家常便饭，这些藩镇实力雄厚，对农民军的潜在威胁却丝毫没有减少。首先发难的是已经投降黄巢的河中留后王重荣。
王重荣三兄弟皆入军籍，父亲是禁军将领。乾符年间，王重荣任河中都虞候。广明元年（880年）十一月，正值黄巢跨过长江，进兵中原之际，唐朝廷忙得焦头烂额，疲于应付。王重荣趁机煽动军士作乱，四乱抢劫，河中坊市被抢夺一空。并率军包围了节度使府，要求河中节度使李都交出大印。唐朝廷对此无能为力，只好顺乎“民意”，任王重荣为河中留后，将河中节度使李都召回京师。自此，王重荣完全控制了河中兵权。黄巢率军攻克潼关后，王重荣主动派人向黄巢请降，于是被黄巢任命为河中节度使。
黄巢虽然攻进了长安，但农民军所控制的地盘只限于长安四周。黄巢进长安后，粮草供应农民军最紧迫的问题。农民军四处流动作战，还不能控制漕运，河中（今山西永济）的地位在这个时候就凸显出来。为了调发兵粮，黄巢不断派遣使者到河中督促粮运，使者前后竟然有数百人之多。河中吏民不堪忍受，苦不堪言。王重荣忍无可忍，对部众说：“起初我屈节事贼，是想缓解军府的急患，如今黄巢来调财不已，又要征调士兵，我们早晚要死于他手，不如发兵抗拒黄巢。”“众皆以为然”。于是将黄巢派来的使者全部处死，重新归附唐朝。此时，距离王重荣主动投降黄巢不过十四天。
王重荣料到黄巢必然来大举来攻，一面积极备战，一面主动与义武节度使王处存联络，要求连兵抗齐。
王处存祖上数代均为神策军军官。他父亲一面当官，一面经商，这是当时神策军官流行的做法。但王父却善于经营，很快成为长安巨富。王处存成年后也能继家声，当上了节度使，成为家族中官职最高者。王处存听说长安失守后，痛哭了好几天。这其中自然有心痛王家在长安的巨额财富的因素在里面。之后，王处存决定与农民军不共戴天，所以，他在出师对抗黄巢的行动中特别积极，与其他藩镇要么投降黄巢、要么坐山观望的态度截然不同。当时僖宗还在逃难当中，王处存不等收到诏令，就主动派军队入援，调遣军队二千人走小道赶到兴元，以护卫僖宗的车驾。
黄巢听到王重荣杀掉己方使者的消息后，勃然大怒，派弟弟黄思邺从华州发兵，得力部将朱温从同州发兵，两军会合后，一齐进攻河中。然而，王重荣早有防备，出兵拒战，大破黄思邺和朱温军。刚好此时大齐的吏部尚书兼水陆转运使张言押运四十多船粮食兵仗，停在风陵渡，也被王重荣趁势截获。张言无法向黄巢交差，只好只身驾小舟下游逃去。
之后，长安农民军的军需供应就更加困难了。黄巢的得力谋士费传古出了个主意，让黄巢派朱温开辟一条山南交通线。朱温率数千精兵，奔驰千里，一举拿下邓州。有了邓州作屏障，商、洛至兰田关的运路便畅通了。如果再给朱温增兵，或者由朱温自行发展，逐步打通襄、荆大道，形势可能会再生变化，但此时黄巢还无此远虑，朱温本人也未必有此雄心。
王重荣一战得胜后，声势大振。义武节度使王处存亲自率部赶来支援。而惊魂未定的唐朝廷也开始了调度，以进行反击。僖宗任命凤翔节度使郑畋为京城四面诸军行营都统，相当于进攻长安的总指挥。郑畋走马上任后，立即任命泾原节度使程宗楚为副都统，前朔方节度使唐弘夫为行军司马。大批唐军开始调动，向长安结集。
长安城中的黄巢这才开始担心。中和元年（881年）三月，黄巢派尚让率众五万进攻凤翔，打算打败在凤翔指挥唐军的郑畋以壮声威。尚让自恃农民军一直战无不胜，而对手郑畋不过是一介书生，定然不谙军事。然而，麻痹大意下，尚让军在龙尾陂中了埋伏，被唐军大败，农民军损折过半。
郑畋乘胜传檄天下藩镇合兵推翻大齐黄巢政权。当时僖宗李儇逃入成都，诏令不通，诸镇以为唐朝廷就此完了，因此大多坐山观望局势发展，收到郑畋檄文后，诸镇各怀目的，争相发兵关中。夏绥节度使拓跋思恭也纠合夷、夏之兵，会合鄜延节度使李孝昌，结盟讨伐义军。代北监军陈景思率沙陀酋长李友金及萨葛、安庆、吐谷浑诸部入关助阵。奉天镇使齐克俭主动派人与郑畋联系，要求效力。前夏绥节度使诸葛爽本已投降大齐，此时又自河阳奉表降唐。
中和元年（881年）四月，唐军向长安推进。郑畋坐镇盩厔，命唐弘夫进军渭北，王重荣驻守沙苑，王处存进居渭桥，拓跋思恭扎营武功，形成围攻长安之态势。
尚让兵败回长安后不久，便发生了尚书省大门题诗事件。尚让怒不可遏，在长安大肆屠杀。整个长安笼罩在一片恐怖的气氛中。加上城外唐军大兵压境，就连农民军自己也感到气氛紧张，压抑得令人难受。
在这样的情况下，黄巢非常担心长安城内发生变故，农民军受到里应外合的夹攻。他现在才知道，皇帝的宝座并不是那么好坐，长安的天子也不是那么好当。他曾经向往的华丽的宫殿，在目前看来只是空落落的成片的屋子，令人恐惧而没有安全感。
显然，在各种各样莫名的压力下，黄巢的日子十分不好过。中和元年（881年）四月初五黄昏时分，黄巢正一肚子惆怅，烦恼不堪。北苑突然有唐军大声叫喊，黄巢误以为唐朝大军赶到，惊惶失措，匆忙率军从春明门出城，往东退走。城内其他农民军得知皇帝逃跑后，纷纷就近从各门一拥而出。数十万农民军就此退出了长安，散布在灞上和南郊山野。长安顿时成了一座空城。
值得一提的是，农民军完全是在不明唐军的情况下因恐惧撤出长安城的，并非是黄巢事先胸有成竹，安排了“诱官军入城，伺机反攻”的妙计。只不过，黄巢出城后不久，天便黑了下来，如果点火继续赶路很容易被唐军发现目标，于是黄巢就地安营扎寨，打算第二天天亮再走。想不到，这一停，局势就完全起了变化，令人不得不感慨偶然性在历史棋局中的神妙。
黄巢匆忙撤退后，城外的唐军也搞不清城中的情况。唐京城四面诸军行营副都统程宗楚率部先自延秋门进入，行军司马唐弘夫唯恐落后，也紧跟着贸然进入。随后，义武节度使王处存率五千锐卒入城。
长安城内的百姓听说唐军打回来了，争相赶来欢迎庆贺，为唐官军献食敬酒，欢呼声响成一片。有百姓还用瓦砾投击尚在城中的黄巢散军，也有百姓主动收拾箭头供给唐官军。由此可见黄巢在长安始终不得人心。
这时候，天已经黑了，先入城的程宗楚、唐弘夫、王处存三路人马争功图利心切，贸然进城后，谁都没有想到要派兵去守城，而是生怕后面诸将都赶到后抢了功劳，既不派人向总指挥郑畋报告，也不跟长安外围其他各道人马联络以结援兵，更不打算派兵追击农民军，而是连夜疯狂地去抢战利品。这一抢就乱了套，不光是抢官署的，连百姓家也遭了抢。
因为已经是晚上，夜黑难辨，为了便于识别，王处存下令唐官军通通用白布裹头。许多长安坊市无赖之徒却趁机浑水摸鱼，也以白巾为号，混同唐军，一起趁火打劫。长安城里无比混乱，长安百姓再一次承受了巨大的苦难。这苦难，是难以名状的，他们本来是欢天喜地地盼回了唐军，却想不到官军无恶不作，跟农民军没有任何区别。当夜，唐军大肆掳掠财帛，奸淫妇女，乱不成军。
此时，黄巢正露营长安城东灞上，得知唐军正在城中大肆劫掠。他断定进入长安的几路人马没有统一指挥，且各自为战，当机决定引兵反攻。第二天天明时，黄巢主力军分头从诸门回返长安，展开巷战。唐军事先没有任何防备，而且经过一夜抢劫，每个官军都收获极丰，身上背满了抢来的财物，重负难行，毫无还手之力，以致被杀者十之八九，几乎是全军覆没。唐主帅程宗楚、唐弘夫也先后被农民军杀死。只有王处存反应快，加上熟悉长安地形，收集少数残兵败将，狼狈逃出长安。
围攻长安的各路唐军，遭此挫败，只得撤围。黄巢军声势更盛。之后，黄巢恼恨长安百姓曾经帮助唐官军，纵兵进行报复性地屠杀，称之为“洗城”，长安城血流成河。
唐军收复长安不到一天，便遭受了重大挫折。但这“光复长安”消息却传了开去，由于时间的滞后性，引发出一连串的事来。
农民军同州刺史王溥、华州刺史乔钤、商州刺史宋岩听说黄巢已经退出长安，均慌忙弃城而走，率部众投奔邓州朱温。朱温此时尚忠实于黄巢，对三人弃城而逃极为恼怒，将王溥、乔钤斩首示众，收编了他们的部队，而将宋岩释放，让他率军回商州。
稍有风吹草动，从上到下，从黄巢到农民军部将，便弃城逃走。这只能说明，所谓的大齐政权还只是一个名号，从体系上而言，是相当不稳固的。
受到“光复长安”消息影响的，还有忠武军节度使周岌。周岌原为唐朝廷任命，刚到许州上任，就遇到黄巢攻克长安。不几天，黄巢传檄到许州，周岌不敢强出头，只好投降了黄巢。听到唐官军光复长安的消息后，周岌立即派人去请老监军杨复光（曾经劝说王仙芝归降、直接导致尚君长之死的那位监军）。杨复光心向唐朝，一直不满周岌投降。左右都劝他不要去：“周岌已投降黄巢，恐怕将不利于你，不可轻易前往。”杨复光回答说：“事已如此，义不图全。”（《资治通鉴·卷二百五十四》）于是前往赴宴。去了才知道，原来周