组党以外，《自由中国》撰写社论《台湾人与大陆人》，触到国民党人的要害，由“二二八”事变引起的省籍鸿沟伤痕，一向是敏感到谈不得的问题，雷震却说：“人与人不会成为仇敌，除非由于政治上的错误，”又说：一些迷误于政治权力的人们发现大陆人和台湾人在政治改革运动上携手合作，起了恐惧心。故意危言耸听，说台湾人的势力抬头，内地人将受歧视等等。＇4＇
国民党一面发动自己控制的舆论工具进行反击，一面制造谣言，硬说中共驻港的工作人员暗中支持台湾的新党活动等等。同时通过美国驻华大使庄莱德，向国务院缓颊，俾一旦采取行动时，减少美国官方的压力和冲击，奉命执行此项任务的，即经国指挥下的情治系统－台湾警备总司令部。
大前提上，父子俩为维护自己的权力统治，利害相同，观点一致。纵使，蒋先生不下命令，经国亦必去之为快。白雅灿的案子，＇5＇就是最好的说明。雷震的情况，比白要严重千百倍，他焉能视若无睹！从个人恩怨出发，吴国祯、孙立人是他夺权的障碍，雷的《自由中国》是他愚民政策的绊脚石。允许这个杂志的存在，很多神话、谎言，就有被拆穿的危险。
雷、蒋冲突，据雷自己说，肇始于五十年代初期，且完全来自误会。试看下面一个故事：
“我于民国三十九年（一九五O年）十月第一次去香港时，这些党派人士并未提到国民党要‘党化军队’一事，大概国民党改造委员会此时尚未定案也。追民国四十年（一九五一年）元月二十八日我和洪兰友同去香港慰问各党派及民主人士时，青年党左舜生和李璜等一见我们，就大骂国民党首领蒋中正和蒋经国（此时陈立夫已被逐至海外了）不该违反现行宪法的规定，在所有军队里，以及持有枪杆子的宪兵和警察里设立国民党支部之事，和过去的军阀与大陆时代国民党一样，采用苏俄的‘以党治国’，不想依照现行宪法，实行民主政治，建设民主国家。这完全是家天下的政治，终有一天要失败的。我和洪兰友无法撒谎来解释此事，只有任其任意咒骂，因为池们骂的是事实，他们都是青年党领袖，参加过制宪国民大会这一幕。
我们回台后，国民党在改造委员会曾邀我们吃便饭，改造委员出席者有胡健中、张其昀、崔书琴、萧自诚等，工作同志有唐纵等。饭后他们详询香港各方人士之意见，我们尽情报告，谓其中党派人士最不满意者，为国民党违反宪法在所有军队中设立国民党分部，民主人士最讨厌者为不思建设民主政治，还是个人独裁，真是自取灭亡。各位改造委员要我用书面将今天所讲的向改造委员会报告，我因去港月余，个人和《自由中国》半月刊积压之事太多，这种报告必须亲手撰写，实在没有工夫，故我一再说：‘现有党部的速记，可供参考。’不料改造委员坚持要我写，尤其是胡健中，我只有勉为其难，亲笔写了六条，包括反对党化军队在内，亲自送改造委员会。不料是年三月二十九日上午九时前，我去参加台北市大直圆山忠烈祠祭祀的时候，改造委员蒋大少爷经国一见我就气势汹汹，板着脸对我说：‘你们为什么反对在军队中设立党部之事，这是反动分子，是共产党同路人之所为。’说毕不待我解释，蒋经国就走进忠烈祠去了，里面已吹号，我也跟着进去行礼如仪。蒋经国这一种少年气盛的态度，简直目中无人，和当年袁世凯大儿子袁克定的骄傲，只有过之而无不及也。据说当年袁克定去某地阅兵时，阅兵典礼处只派一名军官来迎接，袁克定以为大不恭，即掉头而返，连阅兵典礼也不参加了。
蒋经国这一天气得我发昏至第十三章，回家后倒床即睡，连午饭也未吃。我们报告书上，明明说是香港各党派和民主人士的意见，我为使者应照实报告，总不能‘报喜不报忧’吧？”＇6＇
大陆之败，蒋先生认为政治工作不如“中共”，恢复政工在军队中的地位，被认为是对抗敌人的一道灵符，所以，谁反对党进入军队，谁就是“反动的子”、“中共同路人”，这原是最简单的两分法，是国民党人的思想原型（Prototype）。
雷震反对军队党化，反对青年救国团，反对特务统治，严格地说，基于良知信念的成分，远超过个人的好恶，《自由中国》的宗旨第一条，就说得明明白白：“我们要向全国国民宣传自由与民主的真实价值，并要督促政府（各级政府）切实改革政治经济，努力建立自由民主的社会。”第四条更明确地指出“我们的最后目标是要使整个中华民国成为自由的中国。”＇7＇
不过国民党内的保守派，他们虽同意《自由中国》这些宗旨，作为橱饰，作为光耀夺目的霓虹灯，而不愿意表里一致。因为“台湾现政权的本质，只是中国大陆旧政权的延续。”＇8＇舵手的人格和国民党的性格，受环境改变的驱策，有所修改调整，其态度和政治倾向，依然故我。
过完短暂的蜜月期，《自由中国》变成当权派的眼中钉，为了《政府不可诱民入罪》文（第四卷十一期，一九五一年六月），彭孟缉向蒋先生哭诉，指责该文“破坏了台湾的金融管制。”遭彭的特务报复不算，险些捉进宫里。
在《祝寿专号》以前，经国按兵不动。合理的研判，雷震虽然讨厌，不合当局的口味，揭发李基光等敲诈勒索，毕竟无伤大雅，箭头射到蒋先生头上，近乎胆大包天。于是，以周国光名义（台湾的梁效），发出特字第九十九号的“特种指示”，实施反击行动。
《祝寿专号》，本响应蒋的号召，“婉谢祝寿，以六事咨询于国人，均盼海内外同胞，直率抒陈所见，俾政府洞察舆情，集纳众议。”《自由中国》在歌颂之余，说几句真话，并无损于蒋的威望和权力。胡适那篇《述艾森豪威尔总统的两个故事给蒋总统祝寿》，奉劝他老人家努力做一个无智而能“御众智”，无能无为而能“乘众势”的元首，更谈不上对蒋先生有何不敬。
然而，经国慌了，蒋先生既是神，神怎么会能受凡人批评呢？
盖着极机密印记的特种指示，共列九条，大意是：
（1）《自由中国》企图不良，颠倒是非，混淆视听，有不当的政治野心。
（2）明确它是思想上的敌人。
（3）《自由中国》的言论，与吴国祯的“滥调”，如出一辙，是中共的“统战阴谋”。
（4）记住大陆失败的历史教训，对于“敌人的思想，思想的敌人”，势不两立。
（5）要求党内和军中刊物，针锋相对，予以驳斥批判。
（6）动员力量，策动反击，以口头宣传，耳语运动，读者投书等方式，使“人们在心理上，产生一种极恶劣的印象，由不相信他们的滥调，进而反对他们的滥调。”
（7）暂时不攻击刊物及个人，只攻击“毒素思想”。＇9＇
一九五七年一月，长达六十一页的《向毒素思想总攻击》的小册子，在军中发行。
细读全文，除了被国民党奉为暮鼓晨钟的陈腔滥调，了无新意。其观点的幼稚，逻辑引证的牵强，一眼可以认定，是王升之流的手笔。何以国民党人如此惊惶失措？其道理相当明显。《自由中国》的言论，象把利刃，直穿心脏。经国一向扮演孝子忠臣的双重角色，“英明领袖”、“人类救星”的神化形象，岂容雷震等人任意破坏。在经国看来，这是“勤王”“卫道”之战，“对敌人的宽恕，就是对自己的残忍。”
文章霸气十足，强调国共斗争是“思想对思想的战争”，但又把人的大脑禁锢为一种固定的程式，信共产主义当然不许．个人自由民主不许，违背领袖的意旨
不许，也就是说，任何人的思维活动，仅限于钦定的范围。
官方定下十项准则，＇10＇细看内容，拉杂零乱，大都是模棱两可，似是而非的十条框框。实行起来，除了忠贞的党员，任何人将难免有带帽子、挨棒子的危险。
文章说，思想战场，“始终有激烈的战斗”。胡适《向政府争取言论自由》一文，和吴国祯“公然叛国”，是两个重大战役。妄指胡“破坏团结”，搞“分化”阴谋，“为共匪特务打前锋”。吴使用“共匪”的策略：“挖心脏，钻空隙”，离间“领袖与干部的关系”，“政工人员与部队长的关系”，“救国团与教育界的关系”，“情报人员与民众的关系”。
旋又自我吹嘘地说：“检讨以上两个战役，使我们认识思想战取胜的条件就是以思想对思想，谁的理由充足，谁的理论正确，谁能获得大多数人的同情，就是谁的最后胜利。”
作者认为，凡主张“言论自由”、“军队国家化”、“自由教育”，批评“总统个人”的，一概“荒谬绝伦”。是“共匪的帮凶”，目的：“毁损国民党的声誉”，“打击政府的威信”，“便利共匪间谍活动”，“造成友邦恶劣印象，减少援助。”
散播毒素思想的有哪些人呢？他们是“长居国外的所谓知名学者”，在野党分子，“所谓自由主义者”，“失意的官僚政客”，“好出风头的所谓政论家”，“不满现实人士”，“盲从附和分子”。＇11＇
然后，逐条批判，我们不妨以奇文共赏的态度，读读下列两段节录的宏论：
“‘取消军队中的国民党党部’。这是抗战胜利时共匪的言论，并不象出自某刊物编者之口，因为某刊物编者是反共的，或者是非共的，他不能说共匪要说的话，但现在他竟然做出了，况且所待的理由，亦同共匪一样，就是军队应该是国家的，不能为一党私有，现在国民党在军队中设立党部，应该取消，将军队归还国家。
上述准共匪的理论似是而非。第一，不明了国民革命的历史。因为国民革命是由中国国民党领导的，中华民国亦是中国国民党一手建立的。有中国国民党就有中华民国，没有中国国民党就没有中华民国。现在台湾的中华民国政府，没有中国国民党领导支持，大家能想象吗？所以国与党，党与国两者是不可分的。第二，反对军中有党的最大理由，是宪法规定‘全国陆海空军须超出个人、地域及党派关系以外’。宪法如此规定是不错的。但他忘记了宪法另一重要规定，即宪法第一条规定：‘中华民国基于三民主义，为民有民治民享之民主共和国’。宪法第一条是开宗明义，为全宪法纲领，亦就是中华民国的立国精神。中国国民党是信仰三民主义的，现在在军中设立党部，以三民主义来教育全国陆海空军官兵与宪法规定中华民国立国精神是符合的。第三，军中设立党部，是革命事实需要。总裁检讨这次大陆戡乱失败，认为基本的原目，就是党部脱离了军队。
……总裁的话买在太沉痛了，我们党员应该知所悔悟，如果有人‘还要跟着共匪和他的尾巴来唱旧调，还要反对军队设立党部，这样下去，不仅是要毁灭自己革命的党国，而且连整个的民族文化和五千年的历史，都要从此一笔勾销，世世子孙，永为俄寇的奴隶，而无自由翻身的日子’。第四，反对军中设立党部还有一个理由，就是民主国家军队里没有政党活动，象美国军队里就没有共和党或民主党设立的党部。答复这一个问题是简单的。因为一个国家军队组织的如何形成，以及思想和武力的如何结合，是不可能完全与各国相同的。一个军队有一个军队的传统精神，一个军队有一个军队的历史背景，一个军队有一个军队的对敌客观条件及其战斗需要。为澄清此一观念，总裁曾有特别训示，他说：‘我们政工和党务，依美国军队的传统来说，是不易了解的，但是照我们国军的传统，确是非此不可的。大家更应知道，我们国军里的官兵百分之七十以上，都是有党籍的党员，你看军队组成分子，有这样绝大多数党员的成分，如你禁止他党员组织和活动的话，那就等于是共匪朱毛在民国三十五、六年（一九四六、一九四七年）时代，要求我们撤销政工和党员活动一样办法。这无异于要求我们军队全部却除武装，你看行不行呢？’这样，大家就知道我国军队的一切是不能与美国，以及其他民主国家军队相提并论的，其理由即在此。”＇12＇就胡适《祝寿专题》的文章，该文反驳说：
“某刊物批评总裁个人，阴险毒辣！因为国民革命历史证明，领袖与群众为决定革命事业成败的基本条件。广大的革命群众如果一心一德，坚决服从大智、大仁、大勇的革命领袖的领导，则革命事业必获进展与成功，反之，必然遭遇到重大挫折与失败。阴狠毒辣的反革命集团，对此深深了解，所以他们破坏革命事业的一贯策略，就是攻击革命领袖，分化群众对领袖的信仰。俄帝、共匪在民国三干七、三十八年（一九四八、一九四九年）间，利用各种人士，（