年）间，利用各种人士，（如‘民主同盟’及无党无派分子、各种方式，集中共产国际所有宣传力量，诬蔑毁谤我们的总裁，煽惑军民，分化群众，结果总裁被迫引退总统职位，国家失去元首，三军失去统帅，革命失去领导，演出大陆沦陷一幕的悲剧。我们全体军民经过这次革命失败的惨痛教训，深深地知道领袖的重要，同时亦了解共匪阴谋的毒辣，于是重新团结在领袖的周围，要求领袖复视总统职事。这时正是革命最黑暗时期—军事溃败，外援断绝，人心危疑震撼，革命历史不绝如缕的严重关头。领袖为了革命责任的驱驶，毅然决然顺应全国军民的要求，继续领导革命，人心士气为之一振。从三十九年（一九五0年）到现在，七年以来，自由中国全体军民在领袖坚强正确领导之下，一德一心，克服困难，努力迈进，已把国军改造成世界第一流的作战部队，把台湾建设为三民主义的模范省，因而受到友邦人士的敬重，大陆同胞的向往。今后全国军民只要虔诚信仰领袖，服从领袖，继续奋斗下去，一定获得胜利和成功。可是共匪则决不允许我们这么做，一定要重施故技，攻击革命领袖，分化群众的力量，这一点我们看得非常清楚。最近某刊物借替领袖祝寿机会，对领袖施以种种恶毒批评和攻击，其用意显然可见，而其幕后是否有匪谋指使亦难揣测。但我们必须提高警觉，注视其阴谋的发展。”
结论指鹿为马，和中共“和平解放台湾”的攻势，混为一谈。颇有雷震《自由中国》，已和毛泽东互通声气，要把蒋家的天下，瓦解崩溃，这篇“特种指示”，不仅火药气特浓，更是满纸“狼来了”的歇斯底里。
说理说不过《自由中国》，只好采取“说理”以外的办法，先是骚扰，用特务力量，压迫承印该刊的印刷所，拒绝买卖，雷震叹他的苦经时说：
“《自由中国》半月刊的稿子一旦送到印刷所时，各方面的特务就川流不息的跑到印刷所索取已经排好的稿子，拿回去审查后而来找麻烦，他们就可以大邀其功。这些持务本是不学无术，而又带着‘有色眼镜’—成见，来看稿子，据说有警备总部的特务，有宪兵司令部和首都警察局的特务，印刷厂因不胜其烦，所以不愿续印了。还有，特务老爷竟敢命令印刷厂不要给《自由中国》半月刊印刷。后来在台北长沙街的精华印书馆系立法委员陈纪滢介绍的，说他印刷好，排印错字少，中央研究院的东西都是在那里印的。我就移到精华印书馆，并订有合同，由陈纪滢作证人。不料后来陈纪滢撤回‘证人’，且叫精华印书馆不要再印了，以免麻烦。这件事陈纪滢不够朋友，不仅不来帮忙，反来扯腿。关于印刷所的事情，我们在十年功夫里，竟换了七个厂，还说了不少的好话。”＇13＇
其次，以挖墙脚、卧底的惯技，制造雷震的困扰。
《自由中国》第二十卷第二期一九五九年出版，登了两则读者投书。它们是《军人也赞成反对党》和《革命军人为何要以‘狗’自居？》署名的为陈怀琪。
《自由中国》的编辑部，处理这样敏感性的读者投书，显然，没有认真调查核实作者的真伪，防范经国的恶作剧，“无处不是战场，无时不是战斗”的点面战术。出刊不久，陈怀琪即写就万余字的长函，要求雷震“来函照刊”。《自由中国》于两期后，虽予更正，陈不满意，乃在党报《中央日报》，官报《新生报》，军报《青年战士报》，和《联合报》，以广告方式，全函揭载。
陈怀琪仅一收入菲薄的军人，他哪来的钱支付巨额广告费呢？谁在幕后指使插手，已不言而喻。跟着陈向台北地方法院提出自诉，责雷犯“伪造文书”、“诽谤”和“有利于叛徒之宣传”等三项罪名。在此同时，警总下达公函，谓该投书有“匪谍”嫌疑。《自由中国》发表的反驳声明，除《联合报》和真正独立的《公论报》照登以外，党报只字不刊。
陈怀琪其人的背景来历，官方讳莫如深，仅日本《读卖新闻》的记者若莱正义，略知一二：
“陈怀琪一切讲话，完全依照写好的稿子照念。不敢多讲一字，由于要控告《自由中国》半月刊，故暂迁来台北居住（福州街的陆军服务社）。
‘这次广告费一定花了不少钱？’若莱问。‘为自已名誉计而不得不如此，且系借贷而来。’”
一九五九年二月二日，雷震接获台北地方法院检察官的传票，规定于次日下午一时应讯。
庭讯经过，有雷的自述，可供参考：
“三月三日下午一时二十五分，我到台北地方法院检察庭应讯，殊不料有一百多位学生已在法院检察庭门口等候。因为检察庭不能旁听，他们等我出来后始散去。还有一位青年人，一定要送我一百元台币，帮助讼费，青年人之有正义感，由此可见一斑。此外除《自由中国》社职员外，还有《自立晚报》社长李玉阶和青年党领袖夏涛声、诗人周弃子诸先生。李、夏二人还携带机关图章来，必要时给我作保之用，但检察庭未要交保。检察官为谢俊峰，广东人，习法律。另有一位书记官，文笔则不通。我进入检察庭后，检察官对我说：‘雷先生，我对你很敬仰。’又搬张椅子给我坐。检察官告诉我说：陈怀琪控告你三个罪：‘伪造文书’、‘诽谤名誉’和‘触犯惩治叛乱条例第七条：有利于叛徒之宣传’。旋由检察官开始问话，我除口头答复外，并将陈怀琪投书贴在一个本子上送交检察官。最后检察官嘱我补个书状。我于四时二十分退出。在庭外等候的学生和新闻记者围拢来问我许多话，我说：‘现已进入司法程序，不愿作进一步的说明，’谢谢各位关心！’
胡适先生很焦急，曾打几个电话来。是日下午六时模样，我去南港中央研究院。胡适倒杯酒给我喝，说给我压惊。他盛称我之出席法庭受讯，是最文明的。”＇14＇二十天后，雷再度应讯，雷说：
“三月二十三日，地方法院检察处又送来一张传票，嘱我于三月二十五日出庭应讯。我届时出庭，又看到陈怀琪和他的训育主任陆伯琨。陆告我‘伪造文书’来诽谤他。检察官问我何以要登出这件投书？我答复说：‘我反对国民党在所有军队中，包括宪兵警察等持有武力的机关里设立国民党党部，那是违反现行宪法第一百三十八条和第一百三十九条的基本国策的。’检察官又问我对军中政治教育意见如何？我说：‘在军队中宣传宪法，我是赞成的，而宣传任何党派的党义我是反对的。’检察官又问我参加过党派没有？我答说：‘民国十五年（一九二六年）五月七日国耻纪念日在东京加入国民党的。回国后做过国民党南京特别市党部常务委员，我是民国二十四年（一九三五年），国民党第五次全国代表大会选出的中央监察委员，第六届连任。国民党总裁来台后，擅自取销了第六届中央委员，而另设‘改造委员’，我是改造委员会下面设计委员会的设计委员。由于主持《自由中国》半月刊而批评了国民党及其政府，民国四十三年（一九五四年）由于登了一篇《抢救教育危机》而被国民党总裁开除国民党党籍，现在是一个无党派的人了。”＇15＇
当局的真实用意，十分模糊，可能是一种吓阻，给雷震一个明确的警告，“你再胡来，我们就不客气了！”，也可能借此试探一下国外舆论反应，特别是美国的官方态度。
出乎国民党人意料之外的，党内的开明派如成舍我、胡秋原等，并不以当局的手段做法为然，认为这场官司打下去，国民党和政府“一定名誉扫地”。原任发行人的胡适，也挺身而出，撰《容忍与自由》一文，委婉地向蒋氏父子档表态，因此，当局暂时鸣金收兵，讼案告一段落。
当局的“宽大”，原希望雷震有所警惕，其奈，雷顽强固执的个性，和追求信念的精神，只同意停火，而不停战，且挑战性愈来愈强，相对地国民党的敌性也愈升愈高。一九六0年九月四日，终在事非得已的情况下，下令逮捕雷震。
其实，政府明知“在今日国际形势下必发生于我不利之反响”，＇16＇蒋先生于拘雷之外有很多途径，足资选择，如查禁《自由中国》，强迫改组等，可是，当局“经过长期慎重考虑”的结果，宁可采取前者的原因，打击萌芽中的新党，乃成为捕雷的主体目标。
四日上午九时，雷震和该刊主编傅正，经理马之骕，会计刘子英同时自住宅带走，送进西宁南路三十六号的保安处“黑牢”内，“先用疲劳讯问，继则威胁利诱”，强迫刘子英承认是中共派遣的间谍，且雷预知全部内情，俾造成雷震“明知为匪谍而不告密检举”（“戡乱时期检肃匪谍条例”第九条）的罪名。
经国用过相同的方法，对付情敌任显群，比康熙皇帝单靠文字狱整人，的确技巧上，大跨一步，也容易判十年徒刑。另一方面，单从《自由中国》所刊过的文章中，“断章取义，东拼西凑，张冠李戴，和改头换面”，罗织雷的罪名，究难昭信于世人。
特务机构先派洪国式和雷同间，拟由洪诬雷为“匪谍”。讵料，雷说“洪国式不但不肯诬陷我，反而同情我，要我说话当心。”
洪国式这着棋失败了，改向刘子英下手。雷说：
“因为刘子英是我担保入台的，抵台时又住在《自由中国》社里面，而我又一再给他介绍工作。如果刘子英能够自认是匪谋而又告诉了我，那就可以课我以叛国之罪，在‘莫须有’的表面上，总比较好看一点。至于这样做法，是否丧尽了良心和伤天害理，那就完全不顾了。过去许多王朝时代就不必说了，为了家天下和个人统治起见，清末的那位慈禧固是如此，民国的袁世凯亦复如是。刘子英在受不住威胁利诱的情形下，就‘自认是匪谍，而且告诉了雷震。’被迫缮写‘自白书’而六易其稿，始得警备总部当局和国民党中央党部主持‘雷案’的人，大为满意。其条件则是警备总部，当然就是国民党及其政府豢养刘子英的一生和其大陆的家属”。＇17＇
逮捕雷震，举手之劳；防悠悠之口，可就不简单了。九月五日，警总政治部主任王超凡举行记者招待会，一口咬定雷“涉嫌叛乱”，但事实如何，搪塞以对。又说：警总系根据“惩治叛乱条例”第十条采取行动。第十条规定，在戒严区域内，不论犯本条例之罪者为军人，抑为非军人，概由军事机关审判。
王超凡同时以书面文件，公开指责《自由中国》的言论文字，涉嫌叛乱，国民党中央党部，不甘落后，亦以言论摘要配合。
司马桑敦在其《雷震与〈自由中国〉半月刊》一文中，摘要归纳如下：
“（1）倡导反攻无望。引用《自由中国》第七卷第七期的《反攻大陆问题》中文例：‘而马上就要回大陆这一假想，又是颇为渺茫。一个国家的一切做法都是建立在这样一个渺茫的假想之上，这是太不稳健了。一群人在这样一个渺茫的假想之上活动，哪里会生死以之、全力以赴？’文件作者认为这种说法影响民心士气，莫此为甚。
（2）主张美国干步我国内政。引用《自由中国》第十八卷第六期社论：《中国人看美国的远东政策》中说‘假若美国今后改换一个方式，把这种经济援助的重心，不专放在各国的政府上面也放在各国的人民，或严格规定凡接受美援者，必须遵守国内言论自由、保障人权、一切案件公开审判、经济政策符合平民大众利益，及司法独立等为前提条件，那我们相信东南亚各国没有一国的人民会反对这种干涉’。又引用《自由中国》第二十二卷第十二期社论《欢迎艾森豪威尔总统访华》文：‘试想，如果由上而下的改革竟被事实证明为无法走通之路，则中国将面临怎样一个可怕选择，流血？政变？还是让绝望来销蚀人民的反共意志？’文件作者认为这篇社论，将‘流血’‘政变’来激动艾森豪威尔总统干涉我内政。
（3）煽动军人愤恨政府。文例引自《自由中国》第十七卷第四期社论：《我们的军事》内有：‘但军人生活的困难，内心的苦闷，实已相当的严重’，‘这种现象，还不够严重吗？任其发展下去，我们军事将成一个什么样子，真可以使你想起来发抖！’文例又引《自由中国》第二十卷第二期读者投书《革命军人为何要以‘狗’自居？》等文，认为《自由中国》用意在煽动军人情绪，为其企图颠覆政府重要对象之一。
（4）为共匪作统战宣传。引用《自由中国》第十九卷第八期社论：《认清当前局势展开新运动》，内有：‘于是乎台湾一天一天地走向孤立的道路。这种统治的结果，使整个政治机能愈来愈僵固，政治的格局愈来愈狭小’，又有：‘我们兹举几项最需要办的事项如